Protein–RNA interactions for Protein: Q9EPU0

Upf1, Regulator of nonsense transcripts 1, mousemouse

Known RBP Predictions only

Length 1,124 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (Experimental data)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
Upf1Q9EPU0 Vstm2b-203ENSMUST00000205845 1455 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.1■■□□□ 1.13
Upf1Q9EPU0 Gnaq-201ENSMUST00000025541 5644 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.1■■□□□ 1.13
Upf1Q9EPU0 Wtap-203ENSMUST00000159551 2060 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.1■■□□□ 1.13
Upf1Q9EPU0 Gm15952-201ENSMUST00000122858 490 ntTSL 3 BASIC22.1■■□□□ 1.13
Upf1Q9EPU0 Ssr2-207ENSMUST00000195014 1059 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.1■■□□□ 1.13
Upf1Q9EPU0 Gm32031-203ENSMUST00000208993 649 ntTSL 2 BASIC22.1■■□□□ 1.13
Upf1Q9EPU0 AC156016.1-201ENSMUST00000227190 1035 ntBASIC22.1■■□□□ 1.13
Upf1Q9EPU0 Cnih2-201ENSMUST00000025805 1237 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.1■■□□□ 1.13
Upf1Q9EPU0 Nkx2-6-201ENSMUST00000062437 1134 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.1■■□□□ 1.13
Upf1Q9EPU0 Lce1j-201ENSMUST00000107304 420 ntAPPRIS P1 BASIC22.09■■□□□ 1.13
Upf1Q9EPU0 Hnrnpa3-204ENSMUST00000111964 1654 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.09■■□□□ 1.13
Upf1Q9EPU0 Mbp-208ENSMUST00000114676 1685 ntTSL 1 (best) BASIC22.09■■□□□ 1.13
Upf1Q9EPU0 Spast-202ENSMUST00000224711 2066 ntAPPRIS ALT2 BASIC22.09■■□□□ 1.13
Upf1Q9EPU0 Rnf8-201ENSMUST00000024817 2077 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.09■■□□□ 1.13
Upf1Q9EPU0 Gm7102-201ENSMUST00000180168 1624 ntAPPRIS P1 BASIC22.09■■□□□ 1.13
Upf1Q9EPU0 Otud5-205ENSMUST00000115668 2543 ntTSL 1 (best) BASIC22.09■■□□□ 1.13
Upf1Q9EPU0 Nisch-222ENSMUST00000172142 2780 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.08■■□□□ 1.13
Upf1Q9EPU0 Mall-201ENSMUST00000028856 2006 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.08■■□□□ 1.13
Upf1Q9EPU0 Mocs1-202ENSMUST00000165390 729 ntTSL 1 (best) BASIC22.08■■□□□ 1.13
Upf1Q9EPU0 Fxyd1-208ENSMUST00000205807 539 ntTSL 3 BASIC22.08■■□□□ 1.13
Upf1Q9EPU0 Gm45631-201ENSMUST00000210318 1244 ntTSL 1 (best) BASIC22.08■■□□□ 1.13
Upf1Q9EPU0 Odf3b-204ENSMUST00000227834 930 ntBASIC22.08■■□□□ 1.13
Upf1Q9EPU0 Gpatch2-201ENSMUST00000044812 1639 ntTSL 1 (best) BASIC22.08■■□□□ 1.13
Upf1Q9EPU0 Gyg-201ENSMUST00000118015 1922 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.08■■□□□ 1.12
Upf1Q9EPU0 Gdf1-201ENSMUST00000207684 1349 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.07■■□□□ 1.12
Upf1Q9EPU0 Cklf-208ENSMUST00000212433 1304 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.07■■□□□ 1.12
Upf1Q9EPU0 Arnt-204ENSMUST00000107160 783 ntTSL 1 (best) BASIC22.07■■□□□ 1.12
Upf1Q9EPU0 Gm18032-201ENSMUST00000222541 538 ntBASIC22.07■■□□□ 1.12
Upf1Q9EPU0 Rpp25l-201ENSMUST00000038434 856 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.07■■□□□ 1.12
Upf1Q9EPU0 Barhl1-203ENSMUST00000113849 2102 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.07■■□□□ 1.12
Upf1Q9EPU0 Ankdd1a-201ENSMUST00000061766 1443 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC22.06■■□□□ 1.12
Upf1Q9EPU0 Tcf7-202ENSMUST00000109071 1742 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.06■■□□□ 1.12
Upf1Q9EPU0 Susd6-203ENSMUST00000220238 2127 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.06■■□□□ 1.12
Upf1Q9EPU0 Spint2-202ENSMUST00000108236 1211 ntTSL 1 (best) BASIC22.06■■□□□ 1.12
Upf1Q9EPU0 Tsen2-203ENSMUST00000130425 638 ntTSL 3 BASIC22.06■■□□□ 1.12
Upf1Q9EPU0 AC159205.6-201ENSMUST00000224935 887 ntBASIC22.06■■□□□ 1.12
Upf1Q9EPU0 Insl6-201ENSMUST00000052380 708 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.06■■□□□ 1.12
Upf1Q9EPU0 Zfp771-201ENSMUST00000052509 1484 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.06■■□□□ 1.12
Upf1Q9EPU0 Gm15688-201ENSMUST00000161394 2418 ntTSL 1 (best) BASIC22.06■■□□□ 1.12
Upf1Q9EPU0 Nat8f3-202ENSMUST00000168531 1347 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.06■■□□□ 1.12
Upf1Q9EPU0 Fbxl15-201ENSMUST00000026256 1348 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.06■■□□□ 1.12
Upf1Q9EPU0 Shc4-202ENSMUST00000110477 1988 ntTSL 1 (best) BASIC22.05■■□□□ 1.12
Upf1Q9EPU0 Fbxo9-203ENSMUST00000159099 1201 ntTSL 1 (best) BASIC22.05■■□□□ 1.12
Upf1Q9EPU0 Ccnd2-204ENSMUST00000201637 1006 ntTSL 1 (best) BASIC22.05■■□□□ 1.12
Upf1Q9EPU0 AC154266.1-201ENSMUST00000223190 503 ntBASIC22.05■■□□□ 1.12
Upf1Q9EPU0 AC107452.1-201ENSMUST00000227963 481 ntBASIC22.05■■□□□ 1.12
Upf1Q9EPU0 Sdccag3-201ENSMUST00000028293 2031 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.05■■□□□ 1.12
Upf1Q9EPU0 Ezh2-203ENSMUST00000114616 2670 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC22.05■■□□□ 1.12
Upf1Q9EPU0 Peg12-201ENSMUST00000094339 2640 ntAPPRIS P1 BASIC22.05■■□□□ 1.12
Upf1Q9EPU0 Frmd5-201ENSMUST00000110592 2222 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.04■■□□□ 1.12
Upf1Q9EPU0 1810010H24Rik-201ENSMUST00000106767 1100 ntAPPRIS P2 TSL 2 BASIC22.04■■□□□ 1.12
Upf1Q9EPU0 Mzt2-202ENSMUST00000117136 758 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.04■■□□□ 1.12
Upf1Q9EPU0 Gm36736-201ENSMUST00000206060 646 ntTSL 3 BASIC22.04■■□□□ 1.12
Upf1Q9EPU0 Gm18959-201ENSMUST00000208954 655 ntBASIC22.04■■□□□ 1.12
Upf1Q9EPU0 Gm9745-201ENSMUST00000021573 684 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.04■■□□□ 1.12
Upf1Q9EPU0 B4galt2-201ENSMUST00000030266 2312 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.04■■□□□ 1.12
Upf1Q9EPU0 Grasp-201ENSMUST00000000543 2013 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.04■■□□□ 1.12
Upf1Q9EPU0 Mrpl9-202ENSMUST00000196143 1657 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.04■■□□□ 1.12
Upf1Q9EPU0 Prss32-201ENSMUST00000061725 1689 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.04■■□□□ 1.12
Upf1Q9EPU0 Morf4l1-202ENSMUST00000169860 1824 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.03■■□□□ 1.12
Upf1Q9EPU0 Ica1-201ENSMUST00000038403 2075 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC22.03■■□□□ 1.12
Upf1Q9EPU0 Trappc6a-201ENSMUST00000002112 785 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.03■■□□□ 1.12
Upf1Q9EPU0 Hsbp1-201ENSMUST00000034300 1208 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.03■■□□□ 1.12
Upf1Q9EPU0 2310039H08Rik-201ENSMUST00000071430 773 ntAPPRIS P1 BASIC22.03■■□□□ 1.12
Upf1Q9EPU0 Gzmd-201ENSMUST00000082093 964 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.03■■□□□ 1.12
Upf1Q9EPU0 Doc2g-201ENSMUST00000025806 1446 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.03■■□□□ 1.12
Upf1Q9EPU0 Krt10-201ENSMUST00000103131 2094 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.03■■□□□ 1.12
Upf1Q9EPU0 Csnk1a1-207ENSMUST00000166990 1860 ntTSL 5 BASIC22.03■■□□□ 1.12
Upf1Q9EPU0 Rpf2-201ENSMUST00000045114 1853 ntTSL 1 (best) BASIC22.03■■□□□ 1.12
Upf1Q9EPU0 Ebf4-203ENSMUST00000110288 2982 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC22.02■■□□□ 1.12
Upf1Q9EPU0 Dennd5a-201ENSMUST00000080437 5004 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.02■■□□□ 1.12
Upf1Q9EPU0 Zbtb7a-203ENSMUST00000119606 1841 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.02■■□□□ 1.12
Upf1Q9EPU0 Gm16192-201ENSMUST00000148357 937 ntTSL 1 (best) BASIC22.02■■□□□ 1.12
Upf1Q9EPU0 Grrp1-201ENSMUST00000060050 1226 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.02■■□□□ 1.12
Upf1Q9EPU0 Prdm11-205ENSMUST00000178666 1870 ntTSL 5 BASIC22.02■■□□□ 1.12
Upf1Q9EPU0 Jag2-201ENSMUST00000075827 5106 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.02■■□□□ 1.12
Upf1Q9EPU0 Hoxc6-201ENSMUST00000001711 1581 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.01■■□□□ 1.11
Upf1Q9EPU0 Hist1h2bj-201ENSMUST00000110452 463 ntAPPRIS P1 BASIC22.01■■□□□ 1.11
Upf1Q9EPU0 Hist1h2bp-202ENSMUST00000110473 621 ntTSL 1 (best) BASIC22.01■■□□□ 1.11
Upf1Q9EPU0 Hist1h2bm-201ENSMUST00000224651 524 ntAPPRIS P1 BASIC22.01■■□□□ 1.11
Upf1Q9EPU0 Ggnbp2-202ENSMUST00000100686 2275 ntTSL 5 BASIC22.01■■□□□ 1.11
Upf1Q9EPU0 Dedd-203ENSMUST00000111299 2322 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.01■■□□□ 1.11
Upf1Q9EPU0 Lrrc59-201ENSMUST00000021239 2837 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.01■■□□□ 1.11
Upf1Q9EPU0 Samd8-201ENSMUST00000022292 1574 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC22■■□□□ 1.11
Upf1Q9EPU0 Nhlrc1-201ENSMUST00000052747 2294 ntAPPRIS P1 BASIC22■■□□□ 1.11
Upf1Q9EPU0 Gm12382-201ENSMUST00000122005 922 ntBASIC22■■□□□ 1.11
Upf1Q9EPU0 Ccdc125-202ENSMUST00000170347 1216 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22■■□□□ 1.11
Upf1Q9EPU0 Gm43183-201ENSMUST00000200632 547 ntBASIC22■■□□□ 1.11
Upf1Q9EPU0 Nfu1-201ENSMUST00000032060 948 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22■■□□□ 1.11
Upf1Q9EPU0 Idnk-201ENSMUST00000051490 764 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22■■□□□ 1.11
Upf1Q9EPU0 Xbp1-201ENSMUST00000063084 2129 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC22■■□□□ 1.11
Upf1Q9EPU0 Mrpl15-205ENSMUST00000146665 1569 ntTSL 1 (best) BASIC21.99■■□□□ 1.11
Upf1Q9EPU0 Gm43514-201ENSMUST00000198852 424 ntBASIC21.99■■□□□ 1.11
Upf1Q9EPU0 Gm3375-201ENSMUST00000203929 796 ntBASIC21.99■■□□□ 1.11
Upf1Q9EPU0 Grcc10-201ENSMUST00000004389 863 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.99■■□□□ 1.11
Upf1Q9EPU0 Pfdn4-201ENSMUST00000063682 935 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.99■■□□□ 1.11
Upf1Q9EPU0 Prkar1b-201ENSMUST00000026973 2637 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.99■■□□□ 1.11
Upf1Q9EPU0 Krt72-201ENSMUST00000071104 1951 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC21.99■■□□□ 1.11
Upf1Q9EPU0 Adap2-201ENSMUST00000021050 1785 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.99■■□□□ 1.11
Upf1Q9EPU0 AA543186-201ENSMUST00000180841 1696 ntTSL 1 (best) BASIC21.98■■□□□ 1.11
Retrieved 100 of 76,532 protein–RNA pairs in 20.1 ms