Protein–RNA interactions for Protein: P08121

Col3a1, Collagen alpha-1(III) chain, mousemouse

Predictions only

Length 1,464 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (Experimental data)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
Col3a1P08121 Ube2i-213ENSMUST00000174031 824 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.09■■□□□ 1.29
Col3a1P08121 Mcrip2-201ENSMUST00000026828 816 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.09■■□□□ 1.29
Col3a1P08121 Grrp1-201ENSMUST00000060050 1226 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.09■■□□□ 1.29
Col3a1P08121 Lpcat3-201ENSMUST00000004381 2281 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.08■■□□□ 1.29
Col3a1P08121 Snx12-204ENSMUST00000156473 1114 ntTSL 1 (best) BASIC23.08■■□□□ 1.29
Col3a1P08121 Dmwd-202ENSMUST00000108479 2388 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC23.08■■□□□ 1.28
Col3a1P08121 Ccng2-201ENSMUST00000031331 2810 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.08■■□□□ 1.28
Col3a1P08121 1700065D16Rik-204ENSMUST00000189348 1540 ntTSL 2 BASIC23.08■■□□□ 1.28
Col3a1P08121 Cdo1-201ENSMUST00000035804 1530 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.08■■□□□ 1.28
Col3a1P08121 Ier2-201ENSMUST00000060427 1522 ntAPPRIS P1 BASIC23.08■■□□□ 1.28
Col3a1P08121 Stx4a-201ENSMUST00000033075 1456 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.07■■□□□ 1.28
Col3a1P08121 Etv4-202ENSMUST00000107176 2377 ntTSL 1 (best) BASIC23.07■■□□□ 1.28
Col3a1P08121 5730522E02Rik-201ENSMUST00000109511 1162 ntAPPRIS P5 TSL 1 (best) BASIC23.07■■□□□ 1.28
Col3a1P08121 Immp2l-203ENSMUST00000134965 977 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC23.07■■□□□ 1.28
Col3a1P08121 Rex1bd-206ENSMUST00000136913 671 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC23.07■■□□□ 1.28
Col3a1P08121 Gm20049-201ENSMUST00000219950 730 ntBASIC23.07■■□□□ 1.28
Col3a1P08121 Irf2bp2-201ENSMUST00000054960 5080 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC23.07■■□□□ 1.28
Col3a1P08121 Gm15441-202ENSMUST00000107095 1653 ntTSL 1 (best) BASIC23.07■■□□□ 1.28
Col3a1P08121 Ntmt1-201ENSMUST00000041830 1387 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.07■■□□□ 1.28
Col3a1P08121 Phospho1-201ENSMUST00000054173 1910 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC23.07■■□□□ 1.28
Col3a1P08121 Paip1-201ENSMUST00000026520 2551 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC23.07■■□□□ 1.28
Col3a1P08121 Gm13441-201ENSMUST00000140104 1168 ntTSL 1 (best) BASIC23.06■■□□□ 1.28
Col3a1P08121 Lypla1-208ENSMUST00000150971 877 ntTSL 1 (best) BASIC23.06■■□□□ 1.28
Col3a1P08121 1110004E09Rik-201ENSMUST00000023694 1143 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.06■■□□□ 1.28
Col3a1P08121 Gng10-201ENSMUST00000041160 1192 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.06■■□□□ 1.28
Col3a1P08121 Rpl21-203ENSMUST00000099272 1067 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC23.06■■□□□ 1.28
Col3a1P08121 Paqr6-204ENSMUST00000147991 1670 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.06■■□□□ 1.28
Col3a1P08121 Tmem145-201ENSMUST00000108409 2298 ntAPPRIS P2 TSL 2 BASIC23.06■■□□□ 1.28
Col3a1P08121 Dpf1-201ENSMUST00000049977 2309 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC23.06■■□□□ 1.28
Col3a1P08121 Kcne1l-201ENSMUST00000134825 1543 ntAPPRIS P1 BASIC23.05■■□□□ 1.28
Col3a1P08121 Gm37563-201ENSMUST00000192580 1513 ntBASIC23.05■■□□□ 1.28
Col3a1P08121 Nudt8-203ENSMUST00000122924 1082 ntTSL 2 BASIC23.05■■□□□ 1.28
Col3a1P08121 Gm12473-201ENSMUST00000137535 579 ntTSL 5 BASIC23.05■■□□□ 1.28
Col3a1P08121 2900042K21Rik-201ENSMUST00000194444 653 ntBASIC23.05■■□□□ 1.28
Col3a1P08121 Crb3-202ENSMUST00000097299 1206 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC23.05■■□□□ 1.28
Col3a1P08121 Tsen54-202ENSMUST00000106481 1862 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.05■■□□□ 1.28
Col3a1P08121 Hoxc6-201ENSMUST00000001711 1581 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.05■■□□□ 1.28
Col3a1P08121 Picalm-212ENSMUST00000208730 3427 ntTSL 1 (best) BASIC23.05■■□□□ 1.28
Col3a1P08121 Psmd3-201ENSMUST00000017365 2148 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.05■■□□□ 1.28
Col3a1P08121 Timp4-202ENSMUST00000205131 945 ntTSL 1 (best) BASIC23.05■■□□□ 1.28
Col3a1P08121 Qk-202ENSMUST00000097414 4658 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.04■■□□□ 1.28
Col3a1P08121 Vim-206ENSMUST00000193675 1777 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC23.04■■□□□ 1.28
Col3a1P08121 Crlf2-203ENSMUST00000200284 1405 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.04■■□□□ 1.28
Col3a1P08121 Taz-208ENSMUST00000132437 768 ntTSL 3 BASIC23.04■■□□□ 1.28
Col3a1P08121 1700067K01Rik-203ENSMUST00000172548 986 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC23.04■■□□□ 1.28
Col3a1P08121 Zfp580-201ENSMUST00000069324 1096 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC23.04■■□□□ 1.28
Col3a1P08121 Adgrv1-211ENSMUST00000146749 1592 ntTSL 1 (best) BASIC23.04■■□□□ 1.28
Col3a1P08121 Lhx2-203ENSMUST00000143783 1696 ntTSL 1 (best) BASIC23.04■■□□□ 1.28
Col3a1P08121 Arrb2-205ENSMUST00000108568 1777 ntTSL 1 (best) BASIC23.04■■□□□ 1.28
Col3a1P08121 Gm45640-201ENSMUST00000210665 1896 ntBASIC23.04■■□□□ 1.28
Col3a1P08121 Hook2-203ENSMUST00000209764 2516 ntTSL 5 BASIC23.03■■□□□ 1.28
Col3a1P08121 Sphk1-203ENSMUST00000100201 1800 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.03■■□□□ 1.28
Col3a1P08121 Tcf7-202ENSMUST00000109071 1742 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.03■■□□□ 1.28
Col3a1P08121 Lpar3-201ENSMUST00000039164 2464 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.03■■□□□ 1.28
Col3a1P08121 E030030I06Rik-202ENSMUST00000179054 2081 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC23.03■■□□□ 1.28
Col3a1P08121 Phc2-202ENSMUST00000106079 2535 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.03■■□□□ 1.28
Col3a1P08121 Foxj3-209ENSMUST00000162267 1391 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.03■■□□□ 1.28
Col3a1P08121 Anapc16-201ENSMUST00000020307 1379 ntTSL 2 BASIC23.03■■□□□ 1.28
Col3a1P08121 Gm20760-201ENSMUST00000179197 648 ntBASIC23.03■■□□□ 1.28
Col3a1P08121 Smn1-201ENSMUST00000022147 1222 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.03■■□□□ 1.28
Col3a1P08121 Rab3c-203ENSMUST00000224180 967 ntBASIC23.03■■□□□ 1.28
Col3a1P08121 Pigt-202ENSMUST00000117066 1712 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.03■■□□□ 1.28
Col3a1P08121 Agtpbp1-222ENSMUST00000171606 3037 ntTSL 1 (best) BASIC23.03■■□□□ 1.28
Col3a1P08121 Rbmxl1-202ENSMUST00000211719 1622 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.03■■□□□ 1.28
Col3a1P08121 AB124611-202ENSMUST00000086361 1310 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.02■■□□□ 1.28
Col3a1P08121 Alg9-201ENSMUST00000034561 2873 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.02■■□□□ 1.28
Col3a1P08121 P2ry2-202ENSMUST00000178340 2137 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.02■■□□□ 1.28
Col3a1P08121 Ube2d2a-202ENSMUST00000170693 2483 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.02■■□□□ 1.28
Col3a1P08121 Speg-204ENSMUST00000113589 833 ntTSL 2 BASIC23.02■■□□□ 1.28
Col3a1P08121 Metap1-201ENSMUST00000029804 2686 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.02■■□□□ 1.28
Col3a1P08121 Cyp4f13-201ENSMUST00000075253 1752 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.02■■□□□ 1.28
Col3a1P08121 Thra-201ENSMUST00000064187 2452 ntTSL 1 (best) BASIC23.01■■□□□ 1.27
Col3a1P08121 Tspan2-203ENSMUST00000196611 682 ntTSL 5 BASIC23.01■■□□□ 1.27
Col3a1P08121 Cck-204ENSMUST00000216138 799 ntTSL 1 (best) BASIC23.01■■□□□ 1.27
Col3a1P08121 Nat8-201ENSMUST00000032073 1123 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.01■■□□□ 1.27
Col3a1P08121 Lmbr1l-201ENSMUST00000023736 2300 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.01■■□□□ 1.27
Col3a1P08121 Polr3gl-201ENSMUST00000091924 1427 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.01■■□□□ 1.27
Col3a1P08121 Cers2-201ENSMUST00000015858 2216 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.01■■□□□ 1.27
Col3a1P08121 Gm26971-201ENSMUST00000182423 1072 ntBASIC23■■□□□ 1.27
Col3a1P08121 D16Ertd472e-202ENSMUST00000114219 1576 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23■■□□□ 1.27
Col3a1P08121 Rbfox3-202ENSMUST00000069343 1553 ntTSL 1 (best) BASIC23■■□□□ 1.27
Col3a1P08121 Chtop-207ENSMUST00000107346 1321 ntTSL 1 (best) BASIC23■■□□□ 1.27
Col3a1P08121 Nfe2-201ENSMUST00000075192 1697 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23■■□□□ 1.27
Col3a1P08121 Wdr20-205ENSMUST00000193053 1351 ntTSL 1 (best) BASIC23■■□□□ 1.27
Col3a1P08121 Trabd-206ENSMUST00000169891 1422 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.99■■□□□ 1.27
Col3a1P08121 Avp-201ENSMUST00000046001 577 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.99■■□□□ 1.27
Col3a1P08121 Rps16-201ENSMUST00000082134 1109 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.99■■□□□ 1.27
Col3a1P08121 Kcnn4-202ENSMUST00000205428 1945 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.99■■□□□ 1.27
Col3a1P08121 Spint1-203ENSMUST00000110817 2323 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.99■■□□□ 1.27
Col3a1P08121 Khdc3-201ENSMUST00000034737 1681 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.99■■□□□ 1.27
Col3a1P08121 Rad1-201ENSMUST00000022856 1514 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.99■■□□□ 1.27
Col3a1P08121 Arpc5-202ENSMUST00000097536 1737 ntTSL 1 (best) BASIC22.99■■□□□ 1.27
Col3a1P08121 Cldn5-201ENSMUST00000043577 1414 ntAPPRIS P1 BASIC22.99■■□□□ 1.27
Col3a1P08121 Nt5c3b-204ENSMUST00000107398 1635 ntTSL 1 (best) BASIC22.99■■□□□ 1.27
Col3a1P08121 Hist1h4c-201ENSMUST00000102967 820 ntAPPRIS P1 BASIC22.98■■□□□ 1.27
Col3a1P08121 Tnfaip8-208ENSMUST00000148989 1002 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.98■■□□□ 1.27
Col3a1P08121 C430014B12Rik-202ENSMUST00000186858 657 ntTSL 2 BASIC22.98■■□□□ 1.27
Col3a1P08121 Gm44238-201ENSMUST00000203300 353 ntTSL 3 BASIC22.98■■□□□ 1.27
Col3a1P08121 Dgat1-201ENSMUST00000023214 1888 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.98■■□□□ 1.27
Col3a1P08121 Mrps23-203ENSMUST00000118784 1404 ntTSL 1 (best) BASIC22.98■■□□□ 1.27
Retrieved 100 of 76,532 protein–RNA pairs in 18.6 ms