Protein–RNA interactions for Protein: Q9CQ56

Use1, Vesicle transport protein USE1, mousemouse

Predictions only

Length 270 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (Experimental data)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
Use1Q9CQ56 Naxd-202ENSMUST00000177955 1307 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.09■□□□□ 0.49
Use1Q9CQ56 Donson-202ENSMUST00000114031 2147 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC18.09■□□□□ 0.49
Use1Q9CQ56 Sumf1-206ENSMUST00000172188 723 ntTSL 5 BASIC18.09■□□□□ 0.49
Use1Q9CQ56 Gm20621-202ENSMUST00000176618 1234 ntTSL 1 (best) BASIC18.09■□□□□ 0.49
Use1Q9CQ56 Serbp1-212ENSMUST00000204294 717 ntTSL 5 BASIC18.09■□□□□ 0.49
Use1Q9CQ56 Obsl1-202ENSMUST00000113567 5679 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.09■□□□□ 0.49
Use1Q9CQ56 Notch4-201ENSMUST00000015612 6591 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.09■□□□□ 0.49
Use1Q9CQ56 Tomm40-202ENSMUST00000093552 1577 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.08■□□□□ 0.49
Use1Q9CQ56 Myo1b-203ENSMUST00000114537 4618 ntTSL 5 BASIC18.08■□□□□ 0.49
Use1Q9CQ56 Gnb5-206ENSMUST00000215875 2105 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.08■□□□□ 0.49
Use1Q9CQ56 Foxa2-201ENSMUST00000047315 2128 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC18.08■□□□□ 0.49
Use1Q9CQ56 Cdk4-201ENSMUST00000006911 2053 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.08■□□□□ 0.49
Use1Q9CQ56 Mall-201ENSMUST00000028856 2006 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.08■□□□□ 0.49
Use1Q9CQ56 Crocc-211ENSMUST00000168157 6244 ntTSL 1 (best) BASIC18.08■□□□□ 0.49
Use1Q9CQ56 Crocc-201ENSMUST00000040222 6248 ntTSL 5 BASIC18.08■□□□□ 0.49
Use1Q9CQ56 Ikbip-202ENSMUST00000020150 1328 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC18.08■□□□□ 0.49
Use1Q9CQ56 Dctn3-203ENSMUST00000171641 885 ntTSL 3 BASIC18.08■□□□□ 0.48
Use1Q9CQ56 Ptms-201ENSMUST00000032216 1149 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.08■□□□□ 0.48
Use1Q9CQ56 AC122335.2-201ENSMUST00000213901 6181 ntBASIC18.08■□□□□ 0.48
Use1Q9CQ56 Pigt-202ENSMUST00000117066 1712 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC18.08■□□□□ 0.48
Use1Q9CQ56 Rhobtb3-201ENSMUST00000022078 4980 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.08■□□□□ 0.48
Use1Q9CQ56 Rnaseh2b-201ENSMUST00000022499 1494 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.07■□□□□ 0.48
Use1Q9CQ56 Vps26a-201ENSMUST00000092473 2712 ntTSL 1 (best) BASIC18.07■□□□□ 0.48
Use1Q9CQ56 Pianp-201ENSMUST00000032479 2250 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC18.07■□□□□ 0.48
Use1Q9CQ56 Ncoa7-206ENSMUST00000215725 1445 ntTSL 1 (best) BASIC18.07■□□□□ 0.48
Use1Q9CQ56 Camta1-204ENSMUST00000105670 4961 ntTSL 1 (best) BASIC18.07■□□□□ 0.48
Use1Q9CQ56 Prss16-201ENSMUST00000006341 2155 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.07■□□□□ 0.48
Use1Q9CQ56 Scaf8-201ENSMUST00000076734 4869 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.07■□□□□ 0.48
Use1Q9CQ56 Hyal2-207ENSMUST00000195752 2062 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC18.07■□□□□ 0.48
Use1Q9CQ56 St3gal4-201ENSMUST00000034537 2095 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.07■□□□□ 0.48
Use1Q9CQ56 Nkx6-2-202ENSMUST00000106095 1299 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.07■□□□□ 0.48
Use1Q9CQ56 Gm11586-201ENSMUST00000123060 566 ntTSL 2 BASIC18.07■□□□□ 0.48
Use1Q9CQ56 Gm26558-201ENSMUST00000180559 861 ntAPPRIS P1 BASIC18.07■□□□□ 0.48
Use1Q9CQ56 6430500D05Rik-201ENSMUST00000198286 1176 ntBASIC18.07■□□□□ 0.48
Use1Q9CQ56 Gramd1a-201ENSMUST00000001280 2713 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC18.07■□□□□ 0.48
Use1Q9CQ56 Nectin3-201ENSMUST00000023334 3062 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC18.07■□□□□ 0.48
Use1Q9CQ56 Ubp1-201ENSMUST00000009885 3742 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC18.07■□□□□ 0.48
Use1Q9CQ56 Csnk1a1-210ENSMUST00000170862 2259 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC18.07■□□□□ 0.48
Use1Q9CQ56 Rcor3-203ENSMUST00000192128 1578 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC18.07■□□□□ 0.48
Use1Q9CQ56 Hat1-202ENSMUST00000112122 1899 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC18.07■□□□□ 0.48
Use1Q9CQ56 Gm45640-201ENSMUST00000210665 1896 ntBASIC18.07■□□□□ 0.48
Use1Q9CQ56 Plekhm2-202ENSMUST00000084203 4136 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC18.07■□□□□ 0.48
Use1Q9CQ56 Mrpl3-205ENSMUST00000149243 2309 ntTSL 1 (best) BASIC18.06■□□□□ 0.48
Use1Q9CQ56 Stx2-201ENSMUST00000031378 2939 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC18.06■□□□□ 0.48
Use1Q9CQ56 AW047730-202ENSMUST00000181406 2579 ntTSL 1 (best) BASIC18.06■□□□□ 0.48
Use1Q9CQ56 Lats2-201ENSMUST00000022531 5191 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.06■□□□□ 0.48
Use1Q9CQ56 Nat14-201ENSMUST00000047309 1612 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.06■□□□□ 0.48
Use1Q9CQ56 Fzd2-201ENSMUST00000057893 3663 ntAPPRIS P1 BASIC18.06■□□□□ 0.48
Use1Q9CQ56 Sco1-202ENSMUST00000108690 2186 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC18.06■□□□□ 0.48
Use1Q9CQ56 Arl4c-203ENSMUST00000187810 2740 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.06■□□□□ 0.48
Use1Q9CQ56 AC161180.2-201ENSMUST00000222567 1015 ntAPPRIS P1 BASIC18.06■□□□□ 0.48
Use1Q9CQ56 Golgb1-201ENSMUST00000023534 498 ntBASIC18.06■□□□□ 0.48
Use1Q9CQ56 AC126028.2-201ENSMUST00000228100 1833 ntBASIC18.06■□□□□ 0.48
Use1Q9CQ56 Ythdf3-201ENSMUST00000108345 5102 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.06■□□□□ 0.48
Use1Q9CQ56 Ildr2-204ENSMUST00000192732 2263 ntTSL 1 (best) BASIC18.06■□□□□ 0.48
Use1Q9CQ56 Kis2-201ENSMUST00000133214 1717 ntTSL 1 (best) BASIC18.06■□□□□ 0.48
Use1Q9CQ56 Stoml1-201ENSMUST00000034883 1984 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.06■□□□□ 0.48
Use1Q9CQ56 Actrt3-201ENSMUST00000047630 1961 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.06■□□□□ 0.48
Use1Q9CQ56 Ahr-202ENSMUST00000116436 5548 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.06■□□□□ 0.48
Use1Q9CQ56 Tmem179-201ENSMUST00000066791 2380 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.05■□□□□ 0.48
Use1Q9CQ56 Sumf1-201ENSMUST00000032191 2593 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC18.05■□□□□ 0.48
Use1Q9CQ56 Naa20-202ENSMUST00000110000 1142 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.05■□□□□ 0.48
Use1Q9CQ56 Siglec15-201ENSMUST00000170760 1156 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.05■□□□□ 0.48
Use1Q9CQ56 AB124611-203ENSMUST00000173769 1188 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC18.05■□□□□ 0.48
Use1Q9CQ56 Rusc2-202ENSMUST00000098106 5325 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.05■□□□□ 0.48
Use1Q9CQ56 Kcnip2-209ENSMUST00000162528 2395 ntTSL 1 (best) BASIC18.05■□□□□ 0.48
Use1Q9CQ56 Fblim1-202ENSMUST00000105784 3036 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC18.05■□□□□ 0.48
Use1Q9CQ56 Mtmr9-201ENSMUST00000058679 2570 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.05■□□□□ 0.48
Use1Q9CQ56 Mpp6-201ENSMUST00000036225 1896 ntTSL 1 (best) BASIC18.05■□□□□ 0.48
Use1Q9CQ56 Gm9828-202ENSMUST00000126622 1446 ntTSL 3 BASIC18.05■□□□□ 0.48
Use1Q9CQ56 D830050J10Rik-202ENSMUST00000203858 1813 ntBASIC18.05■□□□□ 0.48
Use1Q9CQ56 Clint1-201ENSMUST00000109260 3311 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC18.05■□□□□ 0.48
Use1Q9CQ56 Usp36-202ENSMUST00000106296 5655 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC18.05■□□□□ 0.48
Use1Q9CQ56 Slc39a5-202ENSMUST00000167859 2025 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.05■□□□□ 0.48
Use1Q9CQ56 Cdk19-201ENSMUST00000044672 5807 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.04■□□□□ 0.48
Use1Q9CQ56 Rimklb-201ENSMUST00000068242 4725 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.04■□□□□ 0.48
Use1Q9CQ56 5033417F24Rik-201ENSMUST00000181575 1787 ntTSL 1 (best) BASIC18.04■□□□□ 0.48
Use1Q9CQ56 Trim72-201ENSMUST00000081042 1755 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.04■□□□□ 0.48
Use1Q9CQ56 Rab5a-201ENSMUST00000017975 2357 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.04■□□□□ 0.48
Use1Q9CQ56 Moap1-201ENSMUST00000173760 1312 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC18.04■□□□□ 0.48
Use1Q9CQ56 Nsfl1c-202ENSMUST00000089140 1486 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC18.04■□□□□ 0.48
Use1Q9CQ56 Cdc42ep5-201ENSMUST00000076831 1025 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.04■□□□□ 0.48
Use1Q9CQ56 6330562C20Rik-201ENSMUST00000098867 784 ntTSL 1 (best) BASIC18.04■□□□□ 0.48
Use1Q9CQ56 Asphd1-203ENSMUST00000106340 1647 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC18.04■□□□□ 0.48
Use1Q9CQ56 Ppp1cb-201ENSMUST00000015100 5962 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.04■□□□□ 0.48
Use1Q9CQ56 Wipi2-202ENSMUST00000110778 1959 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC18.04■□□□□ 0.48
Use1Q9CQ56 Tcp11-201ENSMUST00000042692 1984 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC18.04■□□□□ 0.48
Use1Q9CQ56 Eif4h-205ENSMUST00000202622 2726 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC18.04■□□□□ 0.48
Use1Q9CQ56 Ttc39a-203ENSMUST00000106619 1778 ntTSL 1 (best) BASIC18.04■□□□□ 0.48
Use1Q9CQ56 Srsf4-202ENSMUST00000053819 2257 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.03■□□□□ 0.48
Use1Q9CQ56 Smad7-201ENSMUST00000026999 4278 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.03■□□□□ 0.48
Use1Q9CQ56 Ttc34-203ENSMUST00000207854 4733 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC18.03■□□□□ 0.48
Use1Q9CQ56 Golph3-205ENSMUST00000228671 2842 ntBASIC18.03■□□□□ 0.48
Use1Q9CQ56 Gm10209-201ENSMUST00000203397 1607 ntBASIC18.03■□□□□ 0.48
Use1Q9CQ56 Gm12922-201ENSMUST00000120626 809 ntBASIC18.03■□□□□ 0.48
Use1Q9CQ56 Gm11691-201ENSMUST00000130963 658 ntTSL 2 BASIC18.03■□□□□ 0.48
Use1Q9CQ56 Tarbp1-201ENSMUST00000170518 6383 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC18.03■□□□□ 0.48
Use1Q9CQ56 Dtymk-201ENSMUST00000027503 1003 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.03■□□□□ 0.48
Use1Q9CQ56 Mtmr1-201ENSMUST00000015358 4634 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC18.03■□□□□ 0.48
Use1Q9CQ56 Cpeb3-202ENSMUST00000123727 2411 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC18.03■□□□□ 0.48
Retrieved 100 of 76,532 protein–RNA pairs in 22.6 ms