Protein–RNA interactions for Protein: Q62226

Shh, Sonic hedgehog protein, mousemouse

Predictions only

Length 437 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (Experimental data)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
ShhQ62226 Evi5l-209ENSMUST00000177053 1542 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC17.87■□□□□ 0.45
ShhQ62226 Zmym3-202ENSMUST00000117637 1593 ntTSL 1 (best) BASIC17.87■□□□□ 0.45
ShhQ62226 AI846148-201ENSMUST00000025924 3183 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.87■□□□□ 0.45
ShhQ62226 Tmem250-ps-201ENSMUST00000133808 2483 ntTSL 2 BASIC17.87■□□□□ 0.45
ShhQ62226 Ltbp3-201ENSMUST00000081496 5190 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC17.86■□□□□ 0.45
ShhQ62226 Acvrl1-206ENSMUST00000121718 1906 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.86■□□□□ 0.45
ShhQ62226 Msx1-201ENSMUST00000063116 1935 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.86■□□□□ 0.45
ShhQ62226 Lmbr1l-201ENSMUST00000023736 2300 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.86■□□□□ 0.45
ShhQ62226 Gga2-201ENSMUST00000033160 4915 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.86■□□□□ 0.45
ShhQ62226 Gm26660-201ENSMUST00000181582 2543 ntTSL 1 (best) BASIC17.86■□□□□ 0.45
ShhQ62226 Gfra4-205ENSMUST00000110239 810 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC17.86■□□□□ 0.45
ShhQ62226 Spr-202ENSMUST00000174286 775 ntTSL 2 BASIC17.86■□□□□ 0.45
ShhQ62226 Gm44210-201ENSMUST00000205253 713 ntTSL 3 BASIC17.86■□□□□ 0.45
ShhQ62226 Tssk6-201ENSMUST00000050373 1335 ntAPPRIS P1 BASIC17.86■□□□□ 0.45
ShhQ62226 Cbfb-202ENSMUST00000109392 2891 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC17.86■□□□□ 0.45
ShhQ62226 Cbfb-201ENSMUST00000052209 2883 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC17.86■□□□□ 0.45
ShhQ62226 Map2k2-207ENSMUST00000143517 2405 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC17.86■□□□□ 0.45
ShhQ62226 Sft2d3-201ENSMUST00000054984 2810 ntAPPRIS P1 BASIC17.85■□□□□ 0.45
ShhQ62226 Gls-202ENSMUST00000114510 5596 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC17.85■□□□□ 0.45
ShhQ62226 Wnk2-201ENSMUST00000035538 6630 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC17.85■□□□□ 0.45
ShhQ62226 Paip2-203ENSMUST00000115735 1521 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC17.85■□□□□ 0.45
ShhQ62226 Tfdp2-202ENSMUST00000165120 2341 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC17.85■□□□□ 0.45
ShhQ62226 Kcnn4-201ENSMUST00000171904 1990 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.85■□□□□ 0.45
ShhQ62226 Jsrp1-203ENSMUST00000181039 1108 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC17.85■□□□□ 0.45
ShhQ62226 Schip1-205ENSMUST00000182532 2059 ntTSL 1 (best) BASIC17.85■□□□□ 0.45
ShhQ62226 Reep6-207ENSMUST00000186864 2015 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC17.85■□□□□ 0.45
ShhQ62226 A730056A06Rik-202ENSMUST00000206959 526 ntTSL 3 BASIC17.85■□□□□ 0.45
ShhQ62226 Dbnl-201ENSMUST00000020769 1638 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC17.85■□□□□ 0.45
ShhQ62226 Cdkn3-203ENSMUST00000227149 1952 ntBASIC17.85■□□□□ 0.45
ShhQ62226 Ccdc34-201ENSMUST00000028580 2070 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.85■□□□□ 0.45
ShhQ62226 Dnajb11-201ENSMUST00000004574 1927 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.85■□□□□ 0.45
ShhQ62226 Siah2-201ENSMUST00000070368 2511 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.84■□□□□ 0.45
ShhQ62226 Ccdc85c-202ENSMUST00000222310 4298 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC17.84■□□□□ 0.45
ShhQ62226 Tmem79-202ENSMUST00000107552 2063 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC17.84■□□□□ 0.45
ShhQ62226 Dnajb11-205ENSMUST00000178320 1628 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC17.84■□□□□ 0.45
ShhQ62226 Polr2c-201ENSMUST00000109521 1580 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.84■□□□□ 0.45
ShhQ62226 Wdsub1-202ENSMUST00000102751 1526 ntTSL 1 (best) BASIC17.84■□□□□ 0.45
ShhQ62226 Gm11691-201ENSMUST00000130963 658 ntTSL 2 BASIC17.84■□□□□ 0.45
ShhQ62226 Zfp653-201ENSMUST00000043922 2108 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC17.84■□□□□ 0.45
ShhQ62226 Acvrl1-202ENSMUST00000117984 1852 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC17.84■□□□□ 0.45
ShhQ62226 Cacnb1-202ENSMUST00000092736 1880 ntTSL 1 (best) BASIC17.84■□□□□ 0.45
ShhQ62226 Sdsl-201ENSMUST00000031594 1476 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.83■□□□□ 0.45
ShhQ62226 Dtnb-216ENSMUST00000173736 2175 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC17.83■□□□□ 0.45
ShhQ62226 Pitx3-201ENSMUST00000026259 1380 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.83■□□□□ 0.45
ShhQ62226 Rela-201ENSMUST00000025867 2716 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.83■□□□□ 0.45
ShhQ62226 Gm12441-201ENSMUST00000121806 588 ntBASIC17.83■□□□□ 0.44
ShhQ62226 2310068J16Rik-201ENSMUST00000188271 1124 ntBASIC17.83■□□□□ 0.44
ShhQ62226 Cmc1-201ENSMUST00000044220 1169 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.83■□□□□ 0.44
ShhQ62226 Vgll2-201ENSMUST00000058347 966 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC17.83■□□□□ 0.44
ShhQ62226 Zfp428-201ENSMUST00000071361 1182 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC17.83■□□□□ 0.44
ShhQ62226 Gm10153-201ENSMUST00000084415 522 ntTSL 5 BASIC17.83■□□□□ 0.44
ShhQ62226 Maml1-201ENSMUST00000059458 5528 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.83■□□□□ 0.44
ShhQ62226 Bspry-202ENSMUST00000107449 2167 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC17.83■□□□□ 0.44
ShhQ62226 Bend3-202ENSMUST00000167488 6337 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC17.83■□□□□ 0.44
ShhQ62226 Hnrnpd-211ENSMUST00000172361 6811 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC17.83■□□□□ 0.44
ShhQ62226 Qsox2-201ENSMUST00000036187 2559 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC17.83■□□□□ 0.44
ShhQ62226 Hook2-203ENSMUST00000209764 2516 ntTSL 5 BASIC17.82■□□□□ 0.44
ShhQ62226 Agtpbp1-222ENSMUST00000171606 3037 ntTSL 1 (best) BASIC17.82■□□□□ 0.44
ShhQ62226 Dscam-201ENSMUST00000056102 7498 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.82■□□□□ 0.44
ShhQ62226 Gm27045-201ENSMUST00000182145 1402 ntBASIC17.82■□□□□ 0.44
ShhQ62226 Tmem145-201ENSMUST00000108409 2298 ntAPPRIS P2 TSL 2 BASIC17.82■□□□□ 0.44
ShhQ62226 Zfp213-201ENSMUST00000095606 2672 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.82■□□□□ 0.44
ShhQ62226 Donson-203ENSMUST00000117159 2215 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC17.82■□□□□ 0.44
ShhQ62226 Gm26995-201ENSMUST00000182216 1306 ntTSL 1 (best) BASIC17.82■□□□□ 0.44
ShhQ62226 Crh-201ENSMUST00000061294 1320 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.82■□□□□ 0.44
ShhQ62226 Tfg-202ENSMUST00000121554 716 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC17.82■□□□□ 0.44
ShhQ62226 Mvb12a-201ENSMUST00000034272 1062 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.82■□□□□ 0.44
ShhQ62226 Bag5-201ENSMUST00000054636 2139 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.82■□□□□ 0.44
ShhQ62226 Rtl8b-201ENSMUST00000088778 1232 ntAPPRIS P1 BASIC17.82■□□□□ 0.44
ShhQ62226 Hoxd13-201ENSMUST00000001872 2483 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.82■□□□□ 0.44
ShhQ62226 Gm7102-201ENSMUST00000180168 1624 ntAPPRIS P1 BASIC17.82■□□□□ 0.44
ShhQ62226 Brsk2-205ENSMUST00000172652 2501 ntTSL 5 BASIC17.81■□□□□ 0.44
ShhQ62226 Tpst2-202ENSMUST00000071455 1741 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.81■□□□□ 0.44
ShhQ62226 Zfp467-202ENSMUST00000114556 2287 ntTSL 1 (best) BASIC17.81■□□□□ 0.44
ShhQ62226 Klhl32-201ENSMUST00000084781 2287 ntTSL 1 (best) BASIC17.81■□□□□ 0.44
ShhQ62226 Spint1-202ENSMUST00000110816 1913 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC17.81■□□□□ 0.44
ShhQ62226 Gm22240-201ENSMUST00000175225 82 ntBASIC17.81■□□□□ 0.44
ShhQ62226 Krtcap3-205ENSMUST00000201625 902 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC17.81■□□□□ 0.44
ShhQ62226 Tceanc2-201ENSMUST00000030362 935 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC17.81■□□□□ 0.44
ShhQ62226 Fam58b-201ENSMUST00000059468 1224 ntAPPRIS P1 BASIC17.81■□□□□ 0.44
ShhQ62226 Tmem53-201ENSMUST00000062824 991 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.81■□□□□ 0.44
ShhQ62226 Lsm2-201ENSMUST00000007266 873 ntTSL 1 (best) BASIC17.81■□□□□ 0.44
ShhQ62226 B130046B21Rik-201ENSMUST00000181510 2216 ntTSL 1 (best) BASIC17.81■□□□□ 0.44
ShhQ62226 Rfk-201ENSMUST00000025617 2482 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.81■□□□□ 0.44
ShhQ62226 Gm15043-201ENSMUST00000118843 1543 ntBASIC17.81■□□□□ 0.44
ShhQ62226 AC165080.2-201ENSMUST00000217491 1530 ntBASIC17.81■□□□□ 0.44
ShhQ62226 Xk-201ENSMUST00000015486 5076 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.81■□□□□ 0.44
ShhQ62226 Syap1-201ENSMUST00000033723 2087 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.81■□□□□ 0.44
ShhQ62226 Zfp3-201ENSMUST00000060444 2061 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.81■□□□□ 0.44
ShhQ62226 Gm6802-201ENSMUST00000167843 1983 ntBASIC17.8■□□□□ 0.44
ShhQ62226 Zfp692-202ENSMUST00000153510 1887 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC17.8■□□□□ 0.44
ShhQ62226 Daxx-202ENSMUST00000170075 2673 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC17.8■□□□□ 0.44
ShhQ62226 Klhl8-201ENSMUST00000031254 3193 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.8■□□□□ 0.44
ShhQ62226 1700016H13Rik-203ENSMUST00000120108 797 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC17.8■□□□□ 0.44
ShhQ62226 Gm11421-201ENSMUST00000122124 294 ntBASIC17.8■□□□□ 0.44
ShhQ62226 A230065N10Rik-201ENSMUST00000172178 1028 ntBASIC17.8■□□□□ 0.44
ShhQ62226 Specc1-215ENSMUST00000202744 674 ntTSL 3 BASIC17.8■□□□□ 0.44
ShhQ62226 Rps2-ps3-201ENSMUST00000213102 832 ntBASIC17.8■□□□□ 0.44
ShhQ62226 Gm9988-201ENSMUST00000069786 435 ntBASIC17.8■□□□□ 0.44
ShhQ62226 Purg-201ENSMUST00000070340 1064 ntAPPRIS P1 BASIC17.8■□□□□ 0.44
Retrieved 100 of 76,532 protein–RNA pairs in 15.8 ms