Protein–RNA interactions for Protein: Q5I043

Usp28, Ubiquitin carboxyl-terminal hydrolase 28, mousemouse

Predictions only

Length 1,051 aa.

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Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (Experimental data)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
Usp28Q5I043 Rapgef1-201ENSMUST00000091146 6212 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.85■■□□□ 1.09
Usp28Q5I043 Zfp579-206ENSMUST00000162731 2489 ntAPPRIS P1 BASIC21.85■■□□□ 1.09
Usp28Q5I043 Tmem44-204ENSMUST00000140402 2405 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.85■■□□□ 1.09
Usp28Q5I043 Tm9sf3-201ENSMUST00000025989 6144 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.85■■□□□ 1.09
Usp28Q5I043 Neil2-201ENSMUST00000038229 1932 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.85■■□□□ 1.09
Usp28Q5I043 Pgf-204ENSMUST00000223220 2080 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.85■■□□□ 1.09
Usp28Q5I043 Smox-206ENSMUST00000110183 1159 ntTSL 1 (best) BASIC21.85■■□□□ 1.09
Usp28Q5I043 Pawr-202ENSMUST00000218332 870 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.85■■□□□ 1.09
Usp28Q5I043 Ntsr2-202ENSMUST00000220892 846 ntTSL 3 BASIC21.85■■□□□ 1.09
Usp28Q5I043 4930519A11Rik-202ENSMUST00000221053 667 ntTSL 3 BASIC21.85■■□□□ 1.09
Usp28Q5I043 2810025M15Rik-201ENSMUST00000061537 1194 ntTSL 1 (best) BASIC21.85■■□□□ 1.09
Usp28Q5I043 Surf4-201ENSMUST00000015011 3281 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.85■■□□□ 1.09
Usp28Q5I043 Kiz-201ENSMUST00000099278 2183 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.85■■□□□ 1.09
Usp28Q5I043 Vrk1-202ENSMUST00000072040 1509 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.85■■□□□ 1.09
Usp28Q5I043 Gal3st3-201ENSMUST00000061169 2421 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.85■■□□□ 1.09
Usp28Q5I043 Golga7b-202ENSMUST00000122375 2836 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.84■■□□□ 1.09
Usp28Q5I043 Hoxd4-202ENSMUST00000111980 1494 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.84■■□□□ 1.09
Usp28Q5I043 Sebox-202ENSMUST00000125670 1300 ntTSL 1 (best) BASIC21.84■■□□□ 1.09
Usp28Q5I043 Ehmt2-203ENSMUST00000097342 3934 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.84■■□□□ 1.09
Usp28Q5I043 Nfatc2-201ENSMUST00000029057 2310 ntTSL 1 (best) BASIC21.84■■□□□ 1.09
Usp28Q5I043 March11-202ENSMUST00000140840 1558 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC21.84■■□□□ 1.09
Usp28Q5I043 Ltb4r2-201ENSMUST00000044554 1439 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.84■■□□□ 1.09
Usp28Q5I043 Jagn1-201ENSMUST00000101070 1201 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.84■■□□□ 1.09
Usp28Q5I043 Spcs1-204ENSMUST00000226782 949 ntBASIC21.84■■□□□ 1.09
Usp28Q5I043 Bcl2l10-201ENSMUST00000034709 1220 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.84■■□□□ 1.09
Usp28Q5I043 Gm9847-201ENSMUST00000052528 599 ntBASIC21.84■■□□□ 1.09
Usp28Q5I043 Cldn23-201ENSMUST00000060128 1848 ntAPPRIS P1 BASIC21.84■■□□□ 1.09
Usp28Q5I043 Cbln2-202ENSMUST00000122079 2549 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.84■■□□□ 1.09
Usp28Q5I043 Mfsd14a-201ENSMUST00000029570 2782 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.84■■□□□ 1.09
Usp28Q5I043 Cacna2d2-205ENSMUST00000168532 5807 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.84■■□□□ 1.09
Usp28Q5I043 Cpeb3-202ENSMUST00000123727 2411 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.84■■□□□ 1.09
Usp28Q5I043 Smap1-201ENSMUST00000027339 2289 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.83■■□□□ 1.09
Usp28Q5I043 Gas2l1-203ENSMUST00000109895 2530 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC21.83■■□□□ 1.09
Usp28Q5I043 Agmat-201ENSMUST00000038161 1407 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.83■■□□□ 1.09
Usp28Q5I043 Hdhd5-201ENSMUST00000075303 1928 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.83■■□□□ 1.09
Usp28Q5I043 0610039K10Rik-202ENSMUST00000184724 952 ntBASIC21.83■■□□□ 1.09
Usp28Q5I043 N4bp2os-203ENSMUST00000202673 699 ntTSL 1 (best) BASIC21.83■■□□□ 1.09
Usp28Q5I043 Nipa2-202ENSMUST00000117812 3039 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC21.83■■□□□ 1.08
Usp28Q5I043 Deptor-203ENSMUST00000100660 1377 ntTSL 1 (best) BASIC21.83■■□□□ 1.08
Usp28Q5I043 Mpg-201ENSMUST00000020528 1737 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.83■■□□□ 1.08
Usp28Q5I043 Stmn4-201ENSMUST00000074523 1303 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.82■■□□□ 1.08
Usp28Q5I043 Plin1-201ENSMUST00000032762 1916 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC21.82■■□□□ 1.08
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Usp28Q5I043 Tmbim1-201ENSMUST00000016309 2378 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.82■■□□□ 1.08
Usp28Q5I043 Rce1-201ENSMUST00000025823 1402 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.82■■□□□ 1.08
Usp28Q5I043 Wdr37-203ENSMUST00000164183 1780 ntTSL 1 (best) BASIC21.82■■□□□ 1.08
Usp28Q5I043 Etnk1-203ENSMUST00000204947 1791 ntTSL 1 (best) BASIC21.82■■□□□ 1.08
Usp28Q5I043 Pxk-201ENSMUST00000036682 2812 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.82■■□□□ 1.08
Usp28Q5I043 Gm21964-202ENSMUST00000213641 1649 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC21.82■■□□□ 1.08
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Usp28Q5I043 Svbp-201ENSMUST00000030395 733 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.82■■□□□ 1.08
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Usp28Q5I043 Arpc5-202ENSMUST00000097536 1737 ntTSL 1 (best) BASIC21.82■■□□□ 1.08
Usp28Q5I043 2310015A10Rik-201ENSMUST00000180643 1399 ntTSL 1 (best) BASIC21.82■■□□□ 1.08
Usp28Q5I043 Mchr1-201ENSMUST00000166855 2188 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.82■■□□□ 1.08
Usp28Q5I043 Phldb3-204ENSMUST00000206422 2564 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC21.82■■□□□ 1.08
Usp28Q5I043 Gls2-201ENSMUST00000044776 2573 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.82■■□□□ 1.08
Usp28Q5I043 Cadps-202ENSMUST00000112657 5455 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC21.82■■□□□ 1.08
Usp28Q5I043 Mplkip-201ENSMUST00000049744 2672 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.82■■□□□ 1.08
Usp28Q5I043 Kdelr3-201ENSMUST00000010974 1414 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.81■■□□□ 1.08
Usp28Q5I043 Olfm2-204ENSMUST00000217198 2005 ntAPPRIS ALT2 TSL 3 BASIC21.81■■□□□ 1.08
Usp28Q5I043 Gm9922-201ENSMUST00000066461 435 ntAPPRIS P1 BASIC21.81■■□□□ 1.08
Usp28Q5I043 Them6-201ENSMUST00000070923 1784 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.81■■□□□ 1.08
Usp28Q5I043 Erlin1-202ENSMUST00000112028 3136 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.81■■□□□ 1.08
Usp28Q5I043 Brd1-201ENSMUST00000088911 4702 ntTSL 1 (best) BASIC21.81■■□□□ 1.08
Usp28Q5I043 Ndfip2-206ENSMUST00000181969 2532 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.8■■□□□ 1.08
Usp28Q5I043 Rabgap1l-201ENSMUST00000028049 2748 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.8■■□□□ 1.08
Usp28Q5I043 Lrrfip1-201ENSMUST00000068116 2050 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC21.8■■□□□ 1.08
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Usp28Q5I043 BC004004-202ENSMUST00000120346 1297 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC21.8■■□□□ 1.08
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Usp28Q5I043 Ssx2ip-201ENSMUST00000039021 3410 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.8■■□□□ 1.08
Usp28Q5I043 Eif3b-201ENSMUST00000100507 2945 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.8■■□□□ 1.08
Usp28Q5I043 Rap1b-201ENSMUST00000064667 2724 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.8■■□□□ 1.08
Usp28Q5I043 Gm9885-202ENSMUST00000186234 2209 ntBASIC21.8■■□□□ 1.08
Usp28Q5I043 Trib3-201ENSMUST00000040312 2026 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.8■■□□□ 1.08
Usp28Q5I043 Klc3-203ENSMUST00000108458 1823 ntTSL 1 (best) BASIC21.8■■□□□ 1.08
Usp28Q5I043 Gm11747-201ENSMUST00000142751 1648 ntTSL 1 (best) BASIC21.8■■□□□ 1.08
Usp28Q5I043 Ube2h-202ENSMUST00000102993 4657 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.8■■□□□ 1.08
Usp28Q5I043 Bnc2-214ENSMUST00000176612 3963 ntTSL 5 BASIC21.8■■□□□ 1.08
Usp28Q5I043 Rbm18-201ENSMUST00000028251 2617 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.79■■□□□ 1.08
Usp28Q5I043 Sae1-204ENSMUST00000211741 1663 ntTSL 1 (best) BASIC21.79■■□□□ 1.08
Usp28Q5I043 Znrf3-201ENSMUST00000109867 6311 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC21.79■■□□□ 1.08
Usp28Q5I043 Rdh14-201ENSMUST00000020947 1480 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.79■■□□□ 1.08
Usp28Q5I043 Tmcc1-202ENSMUST00000088896 5838 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC21.79■■□□□ 1.08
Usp28Q5I043 Gm4737-201ENSMUST00000059524 2093 ntAPPRIS P1 BASIC21.78■■□□□ 1.08
Usp28Q5I043 Cacng4-201ENSMUST00000021066 3500 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.78■■□□□ 1.08
Usp28Q5I043 Naa20-202ENSMUST00000110000 1142 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.78■■□□□ 1.08
Usp28Q5I043 Ankra2-205ENSMUST00000150916 1028 ntTSL 1 (best) BASIC21.78■■□□□ 1.08
Usp28Q5I043 Nubp1-201ENSMUST00000023146 2121 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.78■■□□□ 1.08
Usp28Q5I043 Slc39a5-201ENSMUST00000042666 1947 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.78■■□□□ 1.08
Usp28Q5I043 AB124611-202ENSMUST00000086361 1310 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.78■■□□□ 1.08
Usp28Q5I043 Rpap3-201ENSMUST00000023104 2260 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.77■■□□□ 1.08
Usp28Q5I043 Yipf2-203ENSMUST00000180365 2014 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.77■■□□□ 1.08
Usp28Q5I043 Clint1-202ENSMUST00000109261 3365 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC21.77■■□□□ 1.08
Usp28Q5I043 Gspt1-201ENSMUST00000080030 2898 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC21.77■■□□□ 1.08
Usp28Q5I043 Pde6d-203ENSMUST00000146220 879 ntTSL 2 BASIC21.77■■□□□ 1.08
Usp28Q5I043 Bsg-205ENSMUST00000179781 1261 ntTSL 1 (best) BASIC21.77■■□□□ 1.08
Usp28Q5I043 Hyi-205ENSMUST00000194248 936 ntTSL 1 (best) BASIC21.77■■□□□ 1.08
Usp28Q5I043 Egln1-201ENSMUST00000034469 3594 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.77■■□□□ 1.08
Retrieved 100 of 76,532 protein–RNA pairs in 18.2 ms