Protein–RNA interactions for Protein: Q62226

Shh, Sonic hedgehog protein, mousemouse

Predictions only

Length 437 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (Experimental data)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
ShhQ62226 Klrg2-201ENSMUST00000096030 2276 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC17.94■□□□□ 0.46
ShhQ62226 Vstm2b-201ENSMUST00000044705 2627 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC17.94■□□□□ 0.46
ShhQ62226 Krtap5-2-202ENSMUST00000190456 1471 ntAPPRIS P2 BASIC17.94■□□□□ 0.46
ShhQ62226 Fkbp9-201ENSMUST00000031795 3009 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.93■□□□□ 0.46
ShhQ62226 Npr3-205ENSMUST00000228603 2437 ntAPPRIS ALT2 BASIC17.93■□□□□ 0.46
ShhQ62226 Tusc3-203ENSMUST00000209440 1535 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.93■□□□□ 0.46
ShhQ62226 Spint1-203ENSMUST00000110817 2323 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.93■□□□□ 0.46
ShhQ62226 Ankrd9-201ENSMUST00000043459 1706 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC17.93■□□□□ 0.46
ShhQ62226 Pbx1-202ENSMUST00000072863 1709 ntTSL 1 (best) BASIC17.93■□□□□ 0.46
ShhQ62226 Maz-203ENSMUST00000205568 2650 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC17.93■□□□□ 0.46
ShhQ62226 Ppp1r16a-201ENSMUST00000037551 2692 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.93■□□□□ 0.46
ShhQ62226 Nfix-201ENSMUST00000076715 1403 ntTSL 1 (best) BASIC17.93■□□□□ 0.46
ShhQ62226 1810059C17Rik-201ENSMUST00000125173 487 ntTSL 1 (best) BASIC17.93■□□□□ 0.46
ShhQ62226 Faim-201ENSMUST00000035038 1019 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC17.93■□□□□ 0.46
ShhQ62226 Nr2c2ap-201ENSMUST00000095273 1161 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC17.93■□□□□ 0.46
ShhQ62226 Laptm4a-201ENSMUST00000020909 1773 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.93■□□□□ 0.46
ShhQ62226 Htra3-201ENSMUST00000087629 2750 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.93■□□□□ 0.46
ShhQ62226 Stac-201ENSMUST00000035083 2644 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.93■□□□□ 0.46
ShhQ62226 Lpar3-201ENSMUST00000039164 2464 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.93■□□□□ 0.46
ShhQ62226 Olfr94-201ENSMUST00000055324 1304 ntAPPRIS P2 BASIC17.93■□□□□ 0.46
ShhQ62226 Fdxacb1-203ENSMUST00000176335 1817 ntTSL 1 (best) BASIC17.93■□□□□ 0.46
ShhQ62226 Fmnl2-204ENSMUST00000127122 5508 ntTSL 5 BASIC17.93■□□□□ 0.46
ShhQ62226 Zbed3-201ENSMUST00000045909 1894 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.92■□□□□ 0.46
ShhQ62226 Mrps16-201ENSMUST00000061444 2572 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.92■□□□□ 0.46
ShhQ62226 Pycr2-201ENSMUST00000027802 1580 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.92■□□□□ 0.46
ShhQ62226 Rasgrp2-206ENSMUST00000113472 2124 ntTSL 1 (best) BASIC17.92■□□□□ 0.46
ShhQ62226 Gm17098-201ENSMUST00000166507 628 ntTSL 5 BASIC17.92■□□□□ 0.46
ShhQ62226 Mpz-201ENSMUST00000070758 2002 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.92■□□□□ 0.46
ShhQ62226 Ahcyl1-201ENSMUST00000029490 3863 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.92■□□□□ 0.46
ShhQ62226 Wnk2-204ENSMUST00000110096 6534 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC17.92■□□□□ 0.46
ShhQ62226 Ptov1-201ENSMUST00000046575 1883 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.92■□□□□ 0.46
ShhQ62226 Serbp1-211ENSMUST00000204293 1336 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC17.92■□□□□ 0.46
ShhQ62226 Kirrel3-202ENSMUST00000115148 2851 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC17.92■□□□□ 0.46
ShhQ62226 Bicdl2-201ENSMUST00000062967 1913 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.92■□□□□ 0.46
ShhQ62226 Vav3-201ENSMUST00000046864 5019 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.91■□□□□ 0.46
ShhQ62226 Tatdn2-201ENSMUST00000089018 3096 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC17.91■□□□□ 0.46
ShhQ62226 Rab28-203ENSMUST00000201422 1697 ntTSL 5 BASIC17.91■□□□□ 0.46
ShhQ62226 Wnk2-202ENSMUST00000049265 6738 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC17.91■□□□□ 0.46
ShhQ62226 Uap1-202ENSMUST00000111350 2311 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC17.91■□□□□ 0.46
ShhQ62226 Nab2-202ENSMUST00000099157 2311 ntTSL 1 (best) BASIC17.91■□□□□ 0.46
ShhQ62226 Npm3-ps1-201ENSMUST00000119728 528 ntBASIC17.91■□□□□ 0.46
ShhQ62226 Vax2os-202ENSMUST00000150233 595 ntTSL 3 BASIC17.91■□□□□ 0.46
ShhQ62226 Sco2-201ENSMUST00000167643 1143 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.91■□□□□ 0.46
ShhQ62226 Hspb1-201ENSMUST00000005077 903 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.91■□□□□ 0.46
ShhQ62226 Npm3-201ENSMUST00000070215 888 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.91■□□□□ 0.46
ShhQ62226 Rpl13-201ENSMUST00000000756 780 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.91■□□□□ 0.46
ShhQ62226 Hdgfl3-202ENSMUST00000107305 5887 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC17.91■□□□□ 0.46
ShhQ62226 Gm10209-201ENSMUST00000203397 1607 ntBASIC17.9■□□□□ 0.46
ShhQ62226 Tomm40-201ENSMUST00000032555 1646 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.9■□□□□ 0.46
ShhQ62226 AC123857.1-201ENSMUST00000181053 2312 ntTSL 1 (best) BASIC17.9■□□□□ 0.46
ShhQ62226 Arhgdia-202ENSMUST00000106197 1867 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.9■□□□□ 0.46
ShhQ62226 Cdkn1c-201ENSMUST00000037287 1901 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC17.9■□□□□ 0.46
ShhQ62226 Fgfr2-217ENSMUST00000124096 2425 ntTSL 5 BASIC17.9■□□□□ 0.46
ShhQ62226 Rab5c-201ENSMUST00000019317 1967 ntTSL 1 (best) BASIC17.9■□□□□ 0.46
ShhQ62226 Mark2-207ENSMUST00000165286 2975 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC17.9■□□□□ 0.46
ShhQ62226 Mfsd4a-202ENSMUST00000112365 1536 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC17.9■□□□□ 0.46
ShhQ62226 Rgs19-201ENSMUST00000002532 1511 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.9■□□□□ 0.46
ShhQ62226 Art5-201ENSMUST00000094128 1518 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC17.9■□□□□ 0.46
ShhQ62226 Gm22325-201ENSMUST00000158904 308 ntBASIC17.9■□□□□ 0.46
ShhQ62226 C430014B12Rik-202ENSMUST00000186858 657 ntTSL 2 BASIC17.9■□□□□ 0.46
ShhQ62226 Wdr41-208ENSMUST00000222995 1112 ntTSL 5 BASIC17.9■□□□□ 0.46
ShhQ62226 Zfand3-202ENSMUST00000226208 923 ntAPPRIS P1 BASIC17.9■□□□□ 0.46
ShhQ62226 Fam3c-205ENSMUST00000165576 2826 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.9■□□□□ 0.46
ShhQ62226 Khk-204ENSMUST00000201621 1583 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.9■□□□□ 0.46
ShhQ62226 Csnk1a1-207ENSMUST00000166990 1860 ntTSL 5 BASIC17.9■□□□□ 0.46
ShhQ62226 Gm43909-201ENSMUST00000203443 1876 ntBASIC17.9■□□□□ 0.46
ShhQ62226 Agmat-201ENSMUST00000038161 1407 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.89■□□□□ 0.46
ShhQ62226 Syt6-205ENSMUST00000121834 1710 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.89■□□□□ 0.46
ShhQ62226 Mtfr1l-201ENSMUST00000102550 2025 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.89■□□□□ 0.46
ShhQ62226 Uckl1os-201ENSMUST00000122831 2018 ntTSL 1 (best) BASIC17.89■□□□□ 0.46
ShhQ62226 Runx2-207ENSMUST00000160673 1791 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC17.89■□□□□ 0.45
ShhQ62226 Tmem230-206ENSMUST00000180286 1531 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC17.89■□□□□ 0.45
ShhQ62226 Espn-210ENSMUST00000105656 1593 ntTSL 5 BASIC17.89■□□□□ 0.45
ShhQ62226 Dpyd-204ENSMUST00000149101 531 ntTSL 3 BASIC17.89■□□□□ 0.45
ShhQ62226 Mpzl1-210ENSMUST00000194437 643 ntTSL 3 BASIC17.89■□□□□ 0.45
ShhQ62226 Gucd1-211ENSMUST00000219774 806 ntTSL 3 BASIC17.89■□□□□ 0.45
ShhQ62226 Uqcrc1-201ENSMUST00000026743 1653 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.89■□□□□ 0.45
ShhQ62226 Ahsa2-201ENSMUST00000020529 3023 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC17.89■□□□□ 0.45
ShhQ62226 Golph3-202ENSMUST00000226517 2359 ntBASIC17.89■□□□□ 0.45
ShhQ62226 Doc2a-201ENSMUST00000064110 2538 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.89■□□□□ 0.45
ShhQ62226 Galnt11-201ENSMUST00000045737 2552 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.88■□□□□ 0.45
ShhQ62226 Stoml2-201ENSMUST00000030169 1874 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.88■□□□□ 0.45
ShhQ62226 Lpcat3-201ENSMUST00000004381 2281 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.88■□□□□ 0.45
ShhQ62226 Arhgap8-201ENSMUST00000006029 1527 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC17.88■□□□□ 0.45
ShhQ62226 Zbed3-202ENSMUST00000221807 1945 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.88■□□□□ 0.45
ShhQ62226 Hdhd2-206ENSMUST00000145634 1585 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC17.88■□□□□ 0.45
ShhQ62226 Syt7-203ENSMUST00000169121 6834 ntTSL 5 BASIC17.88■□□□□ 0.45
ShhQ62226 Tedc1-201ENSMUST00000049271 2441 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.88■□□□□ 0.45
ShhQ62226 Trpc1-201ENSMUST00000053785 2912 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC17.88■□□□□ 0.45
ShhQ62226 Gm4881-201ENSMUST00000206705 1152 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC17.88■□□□□ 0.45
ShhQ62226 Erh-205ENSMUST00000218740 981 ntTSL 2 BASIC17.88■□□□□ 0.45
ShhQ62226 Stmn4-201ENSMUST00000074523 1303 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.88■□□□□ 0.45
ShhQ62226 Wbp1-201ENSMUST00000032111 1419 ntTSL 1 (best) BASIC17.88■□□□□ 0.45
ShhQ62226 Sfmbt2-204ENSMUST00000114864 1901 ntTSL 1 (best) BASIC17.88■□□□□ 0.45
ShhQ62226 Rora-202ENSMUST00000113624 2591 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.87■□□□□ 0.45
ShhQ62226 Ptpmt1-203ENSMUST00000125001 3183 ntTSL 1 (best) BASIC17.87■□□□□ 0.45
ShhQ62226 Gmds-201ENSMUST00000041859 1713 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.87■□□□□ 0.45
ShhQ62226 Ccdc84-211ENSMUST00000217270 681 ntTSL 1 (best) BASIC17.87■□□□□ 0.45
ShhQ62226 Hist1h2ag-201ENSMUST00000091741 485 ntAPPRIS P1 BASIC17.87■□□□□ 0.45
ShhQ62226 Neto2-205ENSMUST00000216286 2932 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.87■□□□□ 0.45
Retrieved 100 of 76,532 protein–RNA pairs in 13.5 ms