Protein–RNA interactions for Protein: Q04857

Col6a1, Collagen alpha-1(VI) chain, mousemouse

Predictions only

Length 1,025 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (Experimental data)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
Col6a1Q04857 Hsf1-205ENSMUST00000227478 2084 ntAPPRIS P1 BASIC21.3■■□□□ 1
Col6a1Q04857 Spns2-201ENSMUST00000045303 3241 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.3■■□□□ 1
Col6a1Q04857 Fndc5-201ENSMUST00000102600 2763 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.3■■□□□ 1
Col6a1Q04857 Svbp-203ENSMUST00000106345 684 ntTSL 2 BASIC21.3■■□□□ 1
Col6a1Q04857 Speg-204ENSMUST00000113589 833 ntTSL 2 BASIC21.3■■□□□ 1
Col6a1Q04857 Gm6211-202ENSMUST00000167849 925 ntBASIC21.3■■□□□ 1
Col6a1Q04857 AA465934-203ENSMUST00000177150 383 ntTSL 1 (best) BASIC21.3■■□□□ 1
Col6a1Q04857 Cklf-203ENSMUST00000211809 525 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.3■■□□□ 1
Col6a1Q04857 AC130671.1-201ENSMUST00000227384 1237 ntBASIC21.3■■□□□ 1
Col6a1Q04857 Selenom-201ENSMUST00000094469 707 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.3■■□□□ 1
Col6a1Q04857 Gm45015-201ENSMUST00000207943 1364 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC21.3■■□□□ 1
Col6a1Q04857 Jmjd7-201ENSMUST00000044675 1373 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.3■■□□□ 1
Col6a1Q04857 Dpf1-201ENSMUST00000049977 2309 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC21.3■■□□□ 1
Col6a1Q04857 Celf6-202ENSMUST00000118164 1583 ntTSL 1 (best) BASIC21.3■■□□□ 1
Col6a1Q04857 Mbip-201ENSMUST00000021416 1512 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.29■■□□□ 1
Col6a1Q04857 Slc26a10-201ENSMUST00000095270 2215 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC21.29■■□□□ 1
Col6a1Q04857 Lzts2-202ENSMUST00000178087 2773 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.29■■□□□ 1
Col6a1Q04857 Tmcc1-202ENSMUST00000088896 5838 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC21.29■■□□□ 1
Col6a1Q04857 Foxi3-202ENSMUST00000163089 1278 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC21.29■■□□□ 1
Col6a1Q04857 Trmt13-210ENSMUST00000198454 880 ntBASIC21.29■■□□□ 1
Col6a1Q04857 Cmc1-202ENSMUST00000215799 531 ntTSL 1 (best) BASIC21.29■■□□□ 1
Col6a1Q04857 Foxi3-201ENSMUST00000069634 1206 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC21.29■■□□□ 1
Col6a1Q04857 Fam193a-202ENSMUST00000180376 5536 ntAPPRIS P5 TSL 5 BASIC21.29■■□□□ 1
Col6a1Q04857 Akt1s1-204ENSMUST00000107885 1812 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.29■■□□□ 1
Col6a1Q04857 Ankrd33b-202ENSMUST00000076942 1641 ntTSL 1 (best) BASIC21.29■■□□□ 1
Col6a1Q04857 Trim3-203ENSMUST00000106791 2466 ntTSL 1 (best) BASIC21.29■■□□□ 1
Col6a1Q04857 Ankrd13d-201ENSMUST00000056888 2139 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.28■■□□□ 1
Col6a1Q04857 Inpp5a-203ENSMUST00000106098 2826 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.28■■□□□ 1
Col6a1Q04857 Mir9-3hg-206ENSMUST00000182937 636 ntTSL 3 BASIC21.28■■□□□ 1
Col6a1Q04857 2900042K21Rik-201ENSMUST00000194444 653 ntBASIC21.28■■□□□ 1
Col6a1Q04857 AC122769.4-201ENSMUST00000228166 901 ntBASIC21.28■■□□□ 1
Col6a1Q04857 Sephs2-201ENSMUST00000082428 2177 ntAPPRIS P1 BASIC21.28■■□□□ 1
Col6a1Q04857 Nup153-201ENSMUST00000021803 6109 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.28■■□□□ 1
Col6a1Q04857 Pkm-201ENSMUST00000034834 2432 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC21.28■■□□□ 1
Col6a1Q04857 Hp1bp3-205ENSMUST00000105827 5155 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC21.28■■□□□ 1
Col6a1Q04857 B630019K06Rik-201ENSMUST00000064196 2583 ntAPPRIS P1 BASIC21.28■■□□□ 1
Col6a1Q04857 Hs2st1-201ENSMUST00000043325 6177 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.28■■□□□ 1
Col6a1Q04857 3110053B16Rik-202ENSMUST00000140360 2004 ntTSL 1 (best) BASIC21.28■■□□□ 1
Col6a1Q04857 Nphp1-202ENSMUST00000110357 2296 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.27■■□□□ 1
Col6a1Q04857 Gm10125-201ENSMUST00000074702 2286 ntTSL 1 (best) BASIC21.27■■□□□ 1
Col6a1Q04857 Fezf2-201ENSMUST00000022262 2188 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.27■■□□□ 1
Col6a1Q04857 Cbx3-201ENSMUST00000031862 1889 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.27■■□□□ 1
Col6a1Q04857 Cav2-201ENSMUST00000000058 2733 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.27■■□□□ 1
Col6a1Q04857 Mrps10-203ENSMUST00000119945 1018 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC21.27■■□□□ 1
Col6a1Q04857 Gm13836-201ENSMUST00000121159 501 ntBASIC21.27■■□□□ 1
Col6a1Q04857 Snrpd3-203ENSMUST00000220229 442 ntTSL 3 BASIC21.27■■□□□ 1
Col6a1Q04857 Hikeshi-201ENSMUST00000075010 715 ntTSL 3 BASIC21.27■■□□□ 1
Col6a1Q04857 Hopxos-201ENSMUST00000148568 1661 ntTSL 1 (best) BASIC21.27■■□□□ 1
Col6a1Q04857 Sept5-201ENSMUST00000096987 2127 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.26■□□□□ 0.99
Col6a1Q04857 Papd7-202ENSMUST00000198607 4750 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.26■□□□□ 0.99
Col6a1Q04857 Nxph4-201ENSMUST00000095266 1675 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.26■□□□□ 0.99
Col6a1Q04857 Nudt8-203ENSMUST00000122924 1082 ntTSL 2 BASIC21.26■□□□□ 0.99
Col6a1Q04857 CT010467.1-202ENSMUST00000205406 714 ntBASIC21.26■□□□□ 0.99
Col6a1Q04857 Gng10-201ENSMUST00000041160 1192 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.26■□□□□ 0.99
Col6a1Q04857 Snhg20-203ENSMUST00000182811 2153 ntBASIC21.26■□□□□ 0.99
Col6a1Q04857 Tmprss5-205ENSMUST00000170246 1491 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.26■□□□□ 0.99
Col6a1Q04857 Inhbb-201ENSMUST00000038765 4255 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.25■□□□□ 0.99
Col6a1Q04857 Ghitm-201ENSMUST00000042564 2573 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.25■□□□□ 0.99
Col6a1Q04857 Gm12660-201ENSMUST00000123764 664 ntTSL 3 BASIC21.25■□□□□ 0.99
Col6a1Q04857 Trak1-208ENSMUST00000210636 2197 ntTSL 1 (best) BASIC21.25■□□□□ 0.99
Col6a1Q04857 Dtymk-201ENSMUST00000027503 1003 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.25■□□□□ 0.99
Col6a1Q04857 Stac-201ENSMUST00000035083 2644 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.25■□□□□ 0.99
Col6a1Q04857 Chst12-201ENSMUST00000043050 2331 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.25■□□□□ 0.99
Col6a1Q04857 Gpr137-204ENSMUST00000099782 1742 ntTSL 1 (best) BASIC21.25■□□□□ 0.99
Col6a1Q04857 Phc2-202ENSMUST00000106079 2535 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.25■□□□□ 0.99
Col6a1Q04857 Il23a-201ENSMUST00000026449 1360 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.24■□□□□ 0.99
Col6a1Q04857 Etv2-201ENSMUST00000108147 1048 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.24■□□□□ 0.99
Col6a1Q04857 Mpc1-208ENSMUST00000155364 958 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC21.24■□□□□ 0.99
Col6a1Q04857 Gm6420-201ENSMUST00000193885 723 ntBASIC21.24■□□□□ 0.99
Col6a1Q04857 4833428L15Rik-202ENSMUST00000215652 641 ntTSL 3 BASIC21.24■□□□□ 0.99
Col6a1Q04857 Pkmyt1-201ENSMUST00000024701 2039 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.24■□□□□ 0.99
Col6a1Q04857 Atg3-201ENSMUST00000023343 2057 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.24■□□□□ 0.99
Col6a1Q04857 Hccs-202ENSMUST00000112115 2473 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.23■□□□□ 0.99
Col6a1Q04857 Nkpd1-203ENSMUST00000214205 2309 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC21.23■□□□□ 0.99
Col6a1Q04857 Stard10-211ENSMUST00000210192 1258 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC21.23■□□□□ 0.99
Col6a1Q04857 Bex2-201ENSMUST00000049130 903 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.23■□□□□ 0.99
Col6a1Q04857 Arhgdia-202ENSMUST00000106197 1867 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.23■□□□□ 0.99
Col6a1Q04857 Senp6-201ENSMUST00000037484 5111 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC21.23■□□□□ 0.99
Col6a1Q04857 Art5-204ENSMUST00000106937 1713 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.23■□□□□ 0.99
Col6a1Q04857 Mapk11-201ENSMUST00000088823 2440 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.23■□□□□ 0.99
Col6a1Q04857 Cyp4f13-204ENSMUST00000139353 1389 ntTSL 1 (best) BASIC21.23■□□□□ 0.99
Col6a1Q04857 Gm10655-201ENSMUST00000098658 1397 ntBASIC21.23■□□□□ 0.99
Col6a1Q04857 Spsb3-203ENSMUST00000117890 1641 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.22■□□□□ 0.99
Col6a1Q04857 Dmrta2-201ENSMUST00000061187 2922 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.22■□□□□ 0.99
Col6a1Q04857 Lypd3-201ENSMUST00000080718 1649 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.22■□□□□ 0.99
Col6a1Q04857 Alx3-201ENSMUST00000014747 1874 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.22■□□□□ 0.99
Col6a1Q04857 Idnk-202ENSMUST00000109868 1462 ntTSL 1 (best) BASIC21.22■□□□□ 0.99
Col6a1Q04857 2610528J11Rik-202ENSMUST00000106367 736 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC21.22■□□□□ 0.99
Col6a1Q04857 5730522E02Rik-201ENSMUST00000109511 1162 ntAPPRIS P5 TSL 1 (best) BASIC21.22■□□□□ 0.99
Col6a1Q04857 Gm15155-201ENSMUST00000112542 1009 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.22■□□□□ 0.99
Col6a1Q04857 Wdr33-202ENSMUST00000082319 1152 ntTSL 1 (best) BASIC21.22■□□□□ 0.99
Col6a1Q04857 Ttc32-201ENSMUST00000085741 1000 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.22■□□□□ 0.99
Col6a1Q04857 Stbd1-201ENSMUST00000050952 1985 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.22■□□□□ 0.99
Col6a1Q04857 Akt1-201ENSMUST00000001780 2690 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.22■□□□□ 0.99
Col6a1Q04857 Rundc3a-202ENSMUST00000107102 1837 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC21.22■□□□□ 0.99
Col6a1Q04857 AC123857.1-201ENSMUST00000181053 2312 ntTSL 1 (best) BASIC21.22■□□□□ 0.99
Col6a1Q04857 Cnrip1-201ENSMUST00000058159 1654 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.21■□□□□ 0.99
Col6a1Q04857 Tspan2os-201ENSMUST00000146624 590 ntTSL 1 (best) BASIC21.21■□□□□ 0.99
Col6a1Q04857 Slc39a7-203ENSMUST00000169397 2107 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC21.21■□□□□ 0.99
Col6a1Q04857 CT030146.1-201ENSMUST00000220919 217 ntBASIC21.21■□□□□ 0.99
Retrieved 100 of 76,532 protein–RNA pairs in 19.9 ms