Protein–RNA interactions for Protein: O55187

Cbx4, E3 SUMO-protein ligase CBX4, mousemouse

Predictions only

Length 551 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (Experimental data)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
Cbx4O55187 E4f1-201ENSMUST00000056032 2574 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC18.87■□□□□ 0.61
Cbx4O55187 Eefsec-206ENSMUST00000205179 2208 ntTSL 1 (best) BASIC18.86■□□□□ 0.61
Cbx4O55187 Gjc2-201ENSMUST00000108790 2169 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.86■□□□□ 0.61
Cbx4O55187 Hat1-202ENSMUST00000112122 1899 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC18.86■□□□□ 0.61
Cbx4O55187 Gm13830-204ENSMUST00000149609 1851 ntTSL 1 (best) BASIC18.86■□□□□ 0.61
Cbx4O55187 Rcor3-203ENSMUST00000192128 1578 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC18.86■□□□□ 0.61
Cbx4O55187 Gm11691-201ENSMUST00000130963 658 ntTSL 2 BASIC18.86■□□□□ 0.61
Cbx4O55187 Wdr41-202ENSMUST00000159647 2289 ntTSL 5 BASIC18.86■□□□□ 0.61
Cbx4O55187 Wdr41-206ENSMUST00000167155 2289 ntTSL 1 (best) BASIC18.86■□□□□ 0.61
Cbx4O55187 Mylip-201ENSMUST00000038275 3065 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.85■□□□□ 0.61
Cbx4O55187 Hnrnpab-203ENSMUST00000109103 1437 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC18.85■□□□□ 0.61
Cbx4O55187 Dcbld1-203ENSMUST00000218582 2795 ntTSL 1 (best) BASIC18.85■□□□□ 0.61
Cbx4O55187 St3gal4-201ENSMUST00000034537 2095 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.85■□□□□ 0.61
Cbx4O55187 Gfi1-203ENSMUST00000159164 2648 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC18.85■□□□□ 0.61
Cbx4O55187 Gp1bb-201ENSMUST00000051160 645 ntAPPRIS P3 BASIC18.85■□□□□ 0.61
Cbx4O55187 Cdk8-201ENSMUST00000031640 2973 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC18.85■□□□□ 0.61
Cbx4O55187 Bend3-202ENSMUST00000167488 6337 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC18.85■□□□□ 0.61
Cbx4O55187 Podxl-201ENSMUST00000026698 5379 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.84■□□□□ 0.61
Cbx4O55187 Eml4-203ENSMUST00000112363 5238 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC18.84■□□□□ 0.61
Cbx4O55187 Fgf3-201ENSMUST00000105898 2299 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.84■□□□□ 0.61
Cbx4O55187 Kcnip1-201ENSMUST00000065970 1749 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.84■□□□□ 0.61
Cbx4O55187 Paip2-204ENSMUST00000115736 857 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC18.84■□□□□ 0.61
Cbx4O55187 Gm43173-201ENSMUST00000202246 593 ntBASIC18.84■□□□□ 0.61
Cbx4O55187 Lhx8-201ENSMUST00000177846 2076 ntTSL 1 (best) BASIC18.84■□□□□ 0.61
Cbx4O55187 Nexmif-201ENSMUST00000056502 5211 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC18.84■□□□□ 0.61
Cbx4O55187 Bend7-204ENSMUST00000184139 2251 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC18.84■□□□□ 0.61
Cbx4O55187 Trmt61a-202ENSMUST00000168338 2131 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC18.83■□□□□ 0.61
Cbx4O55187 Lmtk3-204ENSMUST00000209617 5051 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC18.83■□□□□ 0.61
Cbx4O55187 Kl-201ENSMUST00000078856 5118 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.83■□□□□ 0.6
Cbx4O55187 Smad6-203ENSMUST00000179458 273 ntBASIC18.83■□□□□ 0.6
Cbx4O55187 Slc37a3-211ENSMUST00000202749 434 ntTSL 5 BASIC18.83■□□□□ 0.6
Cbx4O55187 AI846148-201ENSMUST00000025924 3183 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.83■□□□□ 0.6
Cbx4O55187 D830050J10Rik-202ENSMUST00000203858 1813 ntBASIC18.83■□□□□ 0.6
Cbx4O55187 Rin3-202ENSMUST00000101114 2394 ntTSL 1 (best) BASIC18.83■□□□□ 0.6
Cbx4O55187 Ythdf1-201ENSMUST00000037299 3184 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.83■□□□□ 0.6
Cbx4O55187 Stoml1-201ENSMUST00000034883 1984 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.82■□□□□ 0.6
Cbx4O55187 Dscam-201ENSMUST00000056102 7498 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.82■□□□□ 0.6
Cbx4O55187 Wnk2-201ENSMUST00000035538 6630 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC18.82■□□□□ 0.6
Cbx4O55187 Stau2-203ENSMUST00000115359 1151 ntTSL 1 (best) BASIC18.82■□□□□ 0.6
Cbx4O55187 Epb41l4aos-201ENSMUST00000146010 430 ntTSL 1 (best) BASIC18.82■□□□□ 0.6
Cbx4O55187 Ctf1-204ENSMUST00000206506 784 ntTSL 2 BASIC18.82■□□□□ 0.6
Cbx4O55187 Gtsf1-201ENSMUST00000023129 819 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.82■□□□□ 0.6
Cbx4O55187 Gm6139-201ENSMUST00000079261 882 ntBASIC18.82■□□□□ 0.6
Cbx4O55187 Chtf8-201ENSMUST00000169312 2730 ntTSL 1 (best) BASIC18.82■□□□□ 0.6
Cbx4O55187 Tk2-201ENSMUST00000050211 2406 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.82■□□□□ 0.6
Cbx4O55187 Cd24a-201ENSMUST00000058714 1816 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC18.81■□□□□ 0.6
Cbx4O55187 Gm12660-201ENSMUST00000123764 664 ntTSL 3 BASIC18.81■□□□□ 0.6
Cbx4O55187 6430500D05Rik-201ENSMUST00000198286 1176 ntBASIC18.81■□□□□ 0.6
Cbx4O55187 Vgll2-202ENSMUST00000163017 1650 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC18.81■□□□□ 0.6
Cbx4O55187 Gm45640-201ENSMUST00000210665 1896 ntBASIC18.81■□□□□ 0.6
Cbx4O55187 Nol9-202ENSMUST00000103197 2271 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC18.81■□□□□ 0.6
Cbx4O55187 Lefty1-201ENSMUST00000037361 1620 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.81■□□□□ 0.6
Cbx4O55187 D5Ertd579e-204ENSMUST00000140653 2014 ntTSL 1 (best) BASIC18.81■□□□□ 0.6
Cbx4O55187 Dtx4-201ENSMUST00000045521 5765 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.81■□□□□ 0.6
Cbx4O55187 Ints6-201ENSMUST00000053959 4993 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.81■□□□□ 0.6
Cbx4O55187 Cstf2-202ENSMUST00000113286 2717 ntTSL 1 (best) BASIC18.8■□□□□ 0.6
Cbx4O55187 Smc6-201ENSMUST00000020931 5603 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.8■□□□□ 0.6
Cbx4O55187 Cwh43-202ENSMUST00000065543 2316 ntTSL 1 (best) BASIC18.8■□□□□ 0.6
Cbx4O55187 Dnaja4-201ENSMUST00000070070 3003 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.8■□□□□ 0.6
Cbx4O55187 Nlgn2-201ENSMUST00000056484 5003 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.8■□□□□ 0.6
Cbx4O55187 Lrp8-204ENSMUST00000106733 3332 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC18.8■□□□□ 0.6
Cbx4O55187 Sqstm1-202ENSMUST00000102774 2037 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.8■□□□□ 0.6
Cbx4O55187 Aktip-201ENSMUST00000109609 1171 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.8■□□□□ 0.6
Cbx4O55187 Kirrel-201ENSMUST00000041732 2160 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC18.8■□□□□ 0.6
Cbx4O55187 Alg9-201ENSMUST00000034561 2873 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.8■□□□□ 0.6
Cbx4O55187 Sfrp5-201ENSMUST00000018966 1900 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.8■□□□□ 0.6
Cbx4O55187 Pigt-202ENSMUST00000117066 1712 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC18.8■□□□□ 0.6
Cbx4O55187 Ccdc84-201ENSMUST00000053286 1725 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.8■□□□□ 0.6
Cbx4O55187 Mpp6-201ENSMUST00000036225 1896 ntTSL 1 (best) BASIC18.8■□□□□ 0.6
Cbx4O55187 Brpf3-201ENSMUST00000004985 5766 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.79■□□□□ 0.6
Cbx4O55187 1700003E16Rik-201ENSMUST00000032106 2020 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC18.79■□□□□ 0.6
Cbx4O55187 Crh-201ENSMUST00000061294 1320 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.79■□□□□ 0.6
Cbx4O55187 Aadat-201ENSMUST00000079472 1972 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC18.79■□□□□ 0.6
Cbx4O55187 Gm26646-201ENSMUST00000180715 1490 ntTSL 5 BASIC18.79■□□□□ 0.6
Cbx4O55187 Baiap2l2-201ENSMUST00000165408 2100 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.79■□□□□ 0.6
Cbx4O55187 Gm11421-201ENSMUST00000122124 294 ntBASIC18.79■□□□□ 0.6
Cbx4O55187 AC137127.1-201ENSMUST00000213466 1078 ntBASIC18.79■□□□□ 0.6
Cbx4O55187 Lrfn4-201ENSMUST00000053597 3194 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.79■□□□□ 0.6
Cbx4O55187 Ascl4-202ENSMUST00000170396 2016 ntAPPRIS P1 BASIC18.79■□□□□ 0.6
Cbx4O55187 Mall-201ENSMUST00000028856 2006 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.79■□□□□ 0.6
Cbx4O55187 Gm9725-202ENSMUST00000166229 2326 ntTSL 5 BASIC18.79■□□□□ 0.6
Cbx4O55187 Adpgk-201ENSMUST00000026266 2464 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC18.79■□□□□ 0.6
Cbx4O55187 Sept7-202ENSMUST00000165594 2516 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC18.78■□□□□ 0.6
Cbx4O55187 Hyal2-207ENSMUST00000195752 2062 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC18.78■□□□□ 0.6
Cbx4O55187 Zfp771-201ENSMUST00000052509 1484 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.78■□□□□ 0.6
Cbx4O55187 Gabpb1-203ENSMUST00000103226 1338 ntTSL 1 (best) BASIC18.78■□□□□ 0.6
Cbx4O55187 Gm15751-201ENSMUST00000134552 1862 ntTSL 1 (best) BASIC18.78■□□□□ 0.6
Cbx4O55187 Fblim1-202ENSMUST00000105784 3036 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC18.78■□□□□ 0.6
Cbx4O55187 Stk35-201ENSMUST00000165413 2882 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.78■□□□□ 0.6
Cbx4O55187 Mgat4b-201ENSMUST00000041725 2429 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.78■□□□□ 0.6
Cbx4O55187 Trnau1ap-201ENSMUST00000030730 1130 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.78■□□□□ 0.6
Cbx4O55187 Scarb1-201ENSMUST00000086075 2521 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.78■□□□□ 0.6
Cbx4O55187 Mir155hg-202ENSMUST00000185662 1362 ntTSL 5 BASIC18.78■□□□□ 0.6
Cbx4O55187 Pafah1b1-201ENSMUST00000021091 5803 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.78■□□□□ 0.6
Cbx4O55187 Aire-203ENSMUST00000105396 1749 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC18.77■□□□□ 0.6
Cbx4O55187 Aire-214ENSMUST00000154374 1712 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC18.77■□□□□ 0.6
Cbx4O55187 Aire-215ENSMUST00000155021 1737 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC18.77■□□□□ 0.6
Cbx4O55187 Klhdc3-202ENSMUST00000165007 1973 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.77■□□□□ 0.6
Cbx4O55187 Hoxa11os-201ENSMUST00000134512 1839 ntTSL 1 (best) BASIC18.77■□□□□ 0.6
Cbx4O55187 Plin1-202ENSMUST00000178257 1841 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.77■□□□□ 0.6
Retrieved 100 of 76,532 protein–RNA pairs in 35.1 ms