Protein–RNA interactions for Protein: Q8BX13

Ube3d, E3 ubiquitin-protein ligase E3D, mousemouse

Predictions only

Length 368 aa.

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Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (Experimental data)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
Ube3dQ8BX13 Dus1l-203ENSMUST00000106135 1863 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC17.14■□□□□ 0.33
Ube3dQ8BX13 Lmbr1l-201ENSMUST00000023736 2300 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.14■□□□□ 0.33
Ube3dQ8BX13 Dnajb2-206ENSMUST00000187058 1732 ntTSL 1 (best) BASIC17.14■□□□□ 0.33
Ube3dQ8BX13 0610010K14Rik-208ENSMUST00000108578 880 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC17.14■□□□□ 0.33
Ube3dQ8BX13 Gm29394-204ENSMUST00000177504 448 ntAPPRIS ALT2 TSL 3 BASIC17.14■□□□□ 0.33
Ube3dQ8BX13 1700012B09Rik-201ENSMUST00000060330 688 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC17.14■□□□□ 0.33
Ube3dQ8BX13 Nr2c2ap-201ENSMUST00000095273 1161 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC17.14■□□□□ 0.33
Ube3dQ8BX13 Pde7a-202ENSMUST00000099195 6298 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC17.14■□□□□ 0.33
Ube3dQ8BX13 Pknox1-203ENSMUST00000175806 2272 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.14■□□□□ 0.33
Ube3dQ8BX13 Bnc2-214ENSMUST00000176612 3963 ntTSL 5 BASIC17.14■□□□□ 0.33
Ube3dQ8BX13 Bag5-202ENSMUST00000160576 1852 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.14■□□□□ 0.33
Ube3dQ8BX13 Def6-201ENSMUST00000002327 2277 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.13■□□□□ 0.33
Ube3dQ8BX13 Lrfn1-201ENSMUST00000055110 1479 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC17.13■□□□□ 0.33
Ube3dQ8BX13 Gpatch3-201ENSMUST00000030662 2004 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.13■□□□□ 0.33
Ube3dQ8BX13 Cd248-201ENSMUST00000070630 2560 ntAPPRIS P1 BASIC17.13■□□□□ 0.33
Ube3dQ8BX13 Cdc20-201ENSMUST00000006565 1793 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.13■□□□□ 0.33
Ube3dQ8BX13 Dedd2-201ENSMUST00000058702 1828 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.13■□□□□ 0.33
Ube3dQ8BX13 Paip2-204ENSMUST00000115736 857 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC17.13■□□□□ 0.33
Ube3dQ8BX13 Rps2-208ENSMUST00000170715 998 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.13■□□□□ 0.33
Ube3dQ8BX13 Krtap5-4-201ENSMUST00000061403 1046 ntAPPRIS P1 BASIC17.13■□□□□ 0.33
Ube3dQ8BX13 Pycr2-201ENSMUST00000027802 1580 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.13■□□□□ 0.33
Ube3dQ8BX13 Pla2g12a-201ENSMUST00000029629 1561 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.13■□□□□ 0.33
Ube3dQ8BX13 E2f1-202ENSMUST00000103145 2732 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC17.13■□□□□ 0.33
Ube3dQ8BX13 Luc7l2-201ENSMUST00000057692 2702 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.13■□□□□ 0.33
Ube3dQ8BX13 Vmn1r17-205ENSMUST00000228342 2230 ntAPPRIS P2 BASIC17.13■□□□□ 0.33
Ube3dQ8BX13 Lfng-201ENSMUST00000031555 2305 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.13■□□□□ 0.33
Ube3dQ8BX13 Ltb4r2-201ENSMUST00000044554 1439 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.13■□□□□ 0.33
Ube3dQ8BX13 Gm15645-201ENSMUST00000131504 2208 ntTSL 5 BASIC17.12■□□□□ 0.33
Ube3dQ8BX13 Hoxb3os-201ENSMUST00000131275 2315 ntTSL 3 BASIC17.12■□□□□ 0.33
Ube3dQ8BX13 Gm10209-201ENSMUST00000203397 1607 ntBASIC17.12■□□□□ 0.33
Ube3dQ8BX13 Paip2-205ENSMUST00000115737 713 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC17.12■□□□□ 0.33
Ube3dQ8BX13 Arl6ip4-201ENSMUST00000031351 1192 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC17.12■□□□□ 0.33
Ube3dQ8BX13 Fdx1-201ENSMUST00000034552 875 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.12■□□□□ 0.33
Ube3dQ8BX13 Ankrd40-203ENSMUST00000107818 3487 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC17.12■□□□□ 0.33
Ube3dQ8BX13 Tk2-201ENSMUST00000050211 2406 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.12■□□□□ 0.33
Ube3dQ8BX13 Gas2-203ENSMUST00000107591 2232 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.12■□□□□ 0.33
Ube3dQ8BX13 Usf2-201ENSMUST00000058860 2419 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.11■□□□□ 0.33
Ube3dQ8BX13 Igf2bp2-201ENSMUST00000100052 3899 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.11■□□□□ 0.33
Ube3dQ8BX13 Dact3-201ENSMUST00000108493 2989 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.11■□□□□ 0.33
Ube3dQ8BX13 Gmds-201ENSMUST00000041859 1713 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.11■□□□□ 0.33
Ube3dQ8BX13 Apoe-205ENSMUST00000173739 1221 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.11■□□□□ 0.33
Ube3dQ8BX13 Apoe-209ENSMUST00000174355 1104 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC17.11■□□□□ 0.33
Ube3dQ8BX13 Gm26881-201ENSMUST00000180426 593 ntTSL 1 (best) BASIC17.11■□□□□ 0.33
Ube3dQ8BX13 Flvcr1-202ENSMUST00000191946 1216 ntBASIC17.11■□□□□ 0.33
Ube3dQ8BX13 Apoe-201ENSMUST00000003066 1128 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC17.11■□□□□ 0.33
Ube3dQ8BX13 Gm5577-201ENSMUST00000134600 1434 ntTSL 1 (best) BASIC17.11■□□□□ 0.33
Ube3dQ8BX13 Gtpbp2-217ENSMUST00000172170 2587 ntTSL 5 BASIC17.11■□□□□ 0.33
Ube3dQ8BX13 Maml1-201ENSMUST00000059458 5528 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.11■□□□□ 0.33
Ube3dQ8BX13 Pold2-201ENSMUST00000102922 1646 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.1■□□□□ 0.33
Ube3dQ8BX13 Tomm40-201ENSMUST00000032555 1646 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.1■□□□□ 0.33
Ube3dQ8BX13 Rasgef1a-201ENSMUST00000164960 3284 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC17.1■□□□□ 0.33
Ube3dQ8BX13 Spock1-204ENSMUST00000186271 2005 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC17.1■□□□□ 0.33
Ube3dQ8BX13 Sumo2-205ENSMUST00000121185 911 ntTSL 3 BASIC17.1■□□□□ 0.33
Ube3dQ8BX13 Pole4-204ENSMUST00000160281 648 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC17.1■□□□□ 0.33
Ube3dQ8BX13 Selenos-205ENSMUST00000206575 1157 ntAPPRIS ALT1 TSL 2 BASIC17.1■□□□□ 0.33
Ube3dQ8BX13 Tmem114-201ENSMUST00000023400 1406 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.1■□□□□ 0.33
Ube3dQ8BX13 Mfsd4a-202ENSMUST00000112365 1536 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC17.1■□□□□ 0.33
Ube3dQ8BX13 A130051J06Rik-201ENSMUST00000180649 2618 ntTSL 1 (best) BASIC17.1■□□□□ 0.33
Ube3dQ8BX13 Dbnl-201ENSMUST00000020769 1638 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC17.1■□□□□ 0.33
Ube3dQ8BX13 Lrig1-202ENSMUST00000101126 4951 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.1■□□□□ 0.33
Ube3dQ8BX13 Stau2-201ENSMUST00000027052 2763 ntTSL 1 (best) BASIC17.1■□□□□ 0.33
Ube3dQ8BX13 Neto2-205ENSMUST00000216286 2932 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.1■□□□□ 0.33
Ube3dQ8BX13 Rhbdd3-201ENSMUST00000036320 1790 ntTSL 1 (best) BASIC17.1■□□□□ 0.33
Ube3dQ8BX13 Dnaja4-201ENSMUST00000070070 3003 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.1■□□□□ 0.33
Ube3dQ8BX13 Mark2-202ENSMUST00000032557 4488 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC17.1■□□□□ 0.33
Ube3dQ8BX13 Dll3-201ENSMUST00000108315 2618 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.09■□□□□ 0.33
Ube3dQ8BX13 Srxn1-201ENSMUST00000041500 2812 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.09■□□□□ 0.33
Ube3dQ8BX13 Rpusd3-204ENSMUST00000129047 1045 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC17.09■□□□□ 0.33
Ube3dQ8BX13 Ppp4r1l-ps-204ENSMUST00000140992 367 ntTSL 3 BASIC17.09■□□□□ 0.33
Ube3dQ8BX13 Rtn4rl2-201ENSMUST00000054514 1263 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.09■□□□□ 0.33
Ube3dQ8BX13 Rpusd3-201ENSMUST00000060634 1224 ntTSL 1 (best) BASIC17.09■□□□□ 0.33
Ube3dQ8BX13 Hyi-201ENSMUST00000006562 910 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC17.09■□□□□ 0.33
Ube3dQ8BX13 Gabpb1-203ENSMUST00000103226 1338 ntTSL 1 (best) BASIC17.09■□□□□ 0.33
Ube3dQ8BX13 Lefty1-201ENSMUST00000037361 1620 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.09■□□□□ 0.33
Ube3dQ8BX13 Rbm38-201ENSMUST00000029014 1768 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.09■□□□□ 0.33
Ube3dQ8BX13 Exosc4-201ENSMUST00000059045 1796 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.09■□□□□ 0.33
Ube3dQ8BX13 Eif2b4-203ENSMUST00000166769 1878 ntTSL 5 BASIC17.09■□□□□ 0.33
Ube3dQ8BX13 Shisa5-202ENSMUST00000112059 1910 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC17.09■□□□□ 0.33
Ube3dQ8BX13 Uck1-201ENSMUST00000002625 2005 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.09■□□□□ 0.33
Ube3dQ8BX13 Plppr3-201ENSMUST00000092325 2766 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC17.09■□□□□ 0.33
Ube3dQ8BX13 Alg9-201ENSMUST00000034561 2873 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.09■□□□□ 0.33
Ube3dQ8BX13 Clint1-202ENSMUST00000109261 3365 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC17.08■□□□□ 0.33
Ube3dQ8BX13 Rhbdf1-201ENSMUST00000020524 2946 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.08■□□□□ 0.33
Ube3dQ8BX13 Hdgfl3-202ENSMUST00000107305 5887 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC17.08■□□□□ 0.33
Ube3dQ8BX13 Lig3-204ENSMUST00000131537 1782 ntTSL 1 (best) BASIC17.08■□□□□ 0.33
Ube3dQ8BX13 Wnt11-205ENSMUST00000167303 1792 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.08■□□□□ 0.33
Ube3dQ8BX13 Lig3-209ENSMUST00000173009 1785 ntTSL 1 (best) BASIC17.08■□□□□ 0.33
Ube3dQ8BX13 Syt6-205ENSMUST00000121834 1710 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.08■□□□□ 0.32
Ube3dQ8BX13 Hoxd4-202ENSMUST00000111980 1494 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.08■□□□□ 0.32
Ube3dQ8BX13 Gm27045-201ENSMUST00000182145 1402 ntBASIC17.08■□□□□ 0.32
Ube3dQ8BX13 Srsf1-202ENSMUST00000107920 1209 ntTSL 5 BASIC17.08■□□□□ 0.32
Ube3dQ8BX13 Epb41l4aos-201ENSMUST00000146010 430 ntTSL 1 (best) BASIC17.08■□□□□ 0.32
Ube3dQ8BX13 4930519A11Rik-202ENSMUST00000221053 667 ntTSL 3 BASIC17.08■□□□□ 0.32
Ube3dQ8BX13 Rps7-203ENSMUST00000221871 820 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.08■□□□□ 0.32
Ube3dQ8BX13 Mark2-206ENSMUST00000164205 3104 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC17.08■□□□□ 0.32
Ube3dQ8BX13 Chtf8-201ENSMUST00000169312 2730 ntTSL 1 (best) BASIC17.08■□□□□ 0.32
Ube3dQ8BX13 Pex11b-202ENSMUST00000118557 2424 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.08■□□□□ 0.32
Ube3dQ8BX13 Aplp1-201ENSMUST00000006828 2343 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.08■□□□□ 0.32
Ube3dQ8BX13 Gnb2-201ENSMUST00000031726 1860 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.07■□□□□ 0.32
Ube3dQ8BX13 Tnpo2-207ENSMUST00000211601 2941 ntTSL 1 (best) BASIC17.07■□□□□ 0.32
Retrieved 100 of 76,532 protein–RNA pairs in 38.7 ms