Protein–RNA interactions for Protein: Q64347

Clcn1, Chloride channel protein 1, mousemouse

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Length 994 aa.

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Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (Experimental data)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
Clcn1Q64347 BC107364-201ENSMUST00000093126 1159 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC24.6■■□□□ 1.53
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Clcn1Q64347 BC107364-202ENSMUST00000098841 1065 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.6■■□□□ 1.53
Clcn1Q64347 Akr1a1-201ENSMUST00000030455 1420 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.6■■□□□ 1.53
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Clcn1Q64347 Acsl3-203ENSMUST00000134566 2492 ntTSL 1 (best) BASIC24.59■■□□□ 1.53
Clcn1Q64347 Hsf1-201ENSMUST00000072838 2018 ntTSL 1 (best) BASIC24.59■■□□□ 1.53
Clcn1Q64347 Hook1-201ENSMUST00000030306 5517 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.59■■□□□ 1.53
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Clcn1Q64347 Aire-203ENSMUST00000105396 1749 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.59■■□□□ 1.53
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Clcn1Q64347 Aire-215ENSMUST00000155021 1737 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.59■■□□□ 1.53
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Clcn1Q64347 Ntf5-201ENSMUST00000058879 1963 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.59■■□□□ 1.53
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Clcn1Q64347 H2-Q7-201ENSMUST00000071951 1406 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC24.59■■□□□ 1.53
Clcn1Q64347 Bhlhe23-201ENSMUST00000108878 2520 ntAPPRIS P1 BASIC24.59■■□□□ 1.53
Clcn1Q64347 Sfmbt2-204ENSMUST00000114864 1901 ntTSL 1 (best) BASIC24.59■■□□□ 1.53
Clcn1Q64347 Kctd9-201ENSMUST00000078053 3157 ntTSL 1 (best) BASIC24.58■■□□□ 1.53
Clcn1Q64347 Sept5-201ENSMUST00000096987 2127 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.58■■□□□ 1.53
Clcn1Q64347 Kcnc3-202ENSMUST00000107907 5281 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC24.58■■□□□ 1.53
Clcn1Q64347 Smim27-201ENSMUST00000129758 1044 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.58■■□□□ 1.53
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Clcn1Q64347 Dtnb-216ENSMUST00000173736 2175 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC24.58■■□□□ 1.53
Clcn1Q64347 Socs2-201ENSMUST00000020215 2222 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.58■■□□□ 1.52
Clcn1Q64347 Lypla2-202ENSMUST00000105852 1588 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.58■■□□□ 1.52
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Clcn1Q64347 Gsto2-201ENSMUST00000056159 1351 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.57■■□□□ 1.52
Clcn1Q64347 Thap11-201ENSMUST00000040445 1819 ntAPPRIS P1 BASIC24.57■■□□□ 1.52
Clcn1Q64347 Clta-201ENSMUST00000107845 1031 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC24.57■■□□□ 1.52
Clcn1Q64347 2310068J16Rik-201ENSMUST00000188271 1124 ntBASIC24.57■■□□□ 1.52
Clcn1Q64347 Gm3807-201ENSMUST00000193520 1168 ntBASIC24.57■■□□□ 1.52
Clcn1Q64347 Slc9a3r2-201ENSMUST00000002572 2118 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.57■■□□□ 1.52
Clcn1Q64347 Kremen2-201ENSMUST00000046525 2123 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.57■■□□□ 1.52
Clcn1Q64347 Fah-201ENSMUST00000032865 1585 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.57■■□□□ 1.52
Clcn1Q64347 Zfp598-201ENSMUST00000047179 3286 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.57■■□□□ 1.52
Clcn1Q64347 Aifm2-201ENSMUST00000067857 1442 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.56■■□□□ 1.52
Clcn1Q64347 Dsg2-203ENSMUST00000121837 953 ntTSL 1 (best) BASIC24.56■■□□□ 1.52
Clcn1Q64347 Cdk19os-202ENSMUST00000143103 1124 ntTSL 1 (best) BASIC24.56■■□□□ 1.52
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Clcn1Q64347 Tead4-202ENSMUST00000112157 1909 ntTSL 1 (best) BASIC24.56■■□□□ 1.52
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Clcn1Q64347 Cdh4-203ENSMUST00000108911 1208 ntTSL 1 (best) BASIC24.55■■□□□ 1.52
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Clcn1Q64347 Zfp637-203ENSMUST00000112860 1231 ntTSL 1 (best) BASIC24.53■■□□□ 1.52
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Clcn1Q64347 Foxi3-202ENSMUST00000163089 1278 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC24.53■■□□□ 1.52
Clcn1Q64347 Mcl1-202ENSMUST00000178686 858 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.53■■□□□ 1.52
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Clcn1Q64347 Sh3bp1-204ENSMUST00000109698 1923 ntTSL 1 (best) BASIC24.53■■□□□ 1.52
Clcn1Q64347 Foxj3-209ENSMUST00000162267 1391 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.53■■□□□ 1.52
Clcn1Q64347 Noa1-201ENSMUST00000047860 2288 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.52■■□□□ 1.52
Clcn1Q64347 Ubl3-202ENSMUST00000164904 2001 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.52■■□□□ 1.52
Clcn1Q64347 Shox2-201ENSMUST00000029422 3079 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.52■■□□□ 1.52
Clcn1Q64347 Ccdc149-202ENSMUST00000198008 2470 ntTSL 5 BASIC24.52■■□□□ 1.52
Clcn1Q64347 Mknk2-205ENSMUST00000200082 3439 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC24.52■■□□□ 1.52
Clcn1Q64347 1700018M17Rik-201ENSMUST00000052502 456 ntBASIC24.52■■□□□ 1.52
Clcn1Q64347 Irx5-202ENSMUST00000210246 2550 ntTSL 5 BASIC24.52■■□□□ 1.52
Clcn1Q64347 Spsb3-209ENSMUST00000168265 1953 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.52■■□□□ 1.52
Clcn1Q64347 Gm37035-201ENSMUST00000194809 2148 ntBASIC24.52■■□□□ 1.52
Clcn1Q64347 Mrps23-203ENSMUST00000118784 1404 ntTSL 1 (best) BASIC24.52■■□□□ 1.52
Clcn1Q64347 Dus1l-203ENSMUST00000106135 1863 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC24.51■■□□□ 1.51
Clcn1Q64347 Gm38399-201ENSMUST00000112103 1645 ntTSL 2 BASIC24.51■■□□□ 1.51
Clcn1Q64347 Vkorc1-202ENSMUST00000119922 387 ntTSL 3 BASIC24.51■■□□□ 1.51
Clcn1Q64347 Ndufa12-204ENSMUST00000179990 566 ntTSL 1 (best) BASIC24.51■■□□□ 1.51
Clcn1Q64347 Cck-204ENSMUST00000216138 799 ntTSL 1 (best) BASIC24.51■■□□□ 1.51
Clcn1Q64347 Uqcc2-201ENSMUST00000025045 500 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.51■■□□□ 1.51
Clcn1Q64347 Vax2-201ENSMUST00000037807 1242 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.51■■□□□ 1.51
Retrieved 100 of 76,532 protein–RNA pairs in 29.3 ms