Protein–RNA interactions for Protein: Q5I043

Usp28, Ubiquitin carboxyl-terminal hydrolase 28, mousemouse

Predictions only

Length 1,051 aa.

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Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (Experimental data)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
Usp28Q5I043 Gm42911-201ENSMUST00000199360 1630 ntBASIC22.04■■□□□ 1.12
Usp28Q5I043 Gm32699-201ENSMUST00000221728 1988 ntBASIC22.04■■□□□ 1.12
Usp28Q5I043 Cd248-201ENSMUST00000070630 2560 ntAPPRIS P1 BASIC22.04■■□□□ 1.12
Usp28Q5I043 Arhgef1-204ENSMUST00000117796 3508 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.04■■□□□ 1.12
Usp28Q5I043 Lrrc43-203ENSMUST00000196809 2031 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.04■■□□□ 1.12
Usp28Q5I043 Ciapin1-201ENSMUST00000034233 1807 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.03■■□□□ 1.12
Usp28Q5I043 Atp2b2-208ENSMUST00000205052 5658 ntTSL 1 (best) BASIC22.03■■□□□ 1.12
Usp28Q5I043 Uck1-201ENSMUST00000002625 2005 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.03■■□□□ 1.12
Usp28Q5I043 Prodh-206ENSMUST00000139861 677 ntTSL 1 (best) BASIC22.03■■□□□ 1.12
Usp28Q5I043 AC124603.1-201ENSMUST00000223843 308 ntBASIC22.03■■□□□ 1.12
Usp28Q5I043 Dnpep-204ENSMUST00000185797 2510 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.03■■□□□ 1.12
Usp28Q5I043 Ppp2r1b-209ENSMUST00000176349 1890 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC22.03■■□□□ 1.12
Usp28Q5I043 Adrm1-201ENSMUST00000061437 1535 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.02■■□□□ 1.12
Usp28Q5I043 Dll3-201ENSMUST00000108315 2618 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.02■■□□□ 1.12
Usp28Q5I043 Gm10209-201ENSMUST00000203397 1607 ntBASIC22.02■■□□□ 1.11
Usp28Q5I043 Metap1-201ENSMUST00000029804 2686 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.02■■□□□ 1.11
Usp28Q5I043 B3gnt9-201ENSMUST00000093217 2325 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.01■■□□□ 1.11
Usp28Q5I043 R3hdm4-201ENSMUST00000045628 1898 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.01■■□□□ 1.11
Usp28Q5I043 Wnt8a-201ENSMUST00000012426 1746 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.01■■□□□ 1.11
Usp28Q5I043 Lypla2-202ENSMUST00000105852 1588 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.01■■□□□ 1.11
Usp28Q5I043 Gm9828-202ENSMUST00000126622 1446 ntTSL 3 BASIC22.01■■□□□ 1.11
Usp28Q5I043 Gm10941-201ENSMUST00000105408 708 ntTSL 1 (best) BASIC22.01■■□□□ 1.11
Usp28Q5I043 Gm9207-201ENSMUST00000198773 1115 ntBASIC22.01■■□□□ 1.11
Usp28Q5I043 Rnaset2b-201ENSMUST00000089119 1013 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.01■■□□□ 1.11
Usp28Q5I043 Wdsub1-201ENSMUST00000028368 2072 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.01■■□□□ 1.11
Usp28Q5I043 Gm43231-201ENSMUST00000202960 2258 ntBASIC22.01■■□□□ 1.11
Usp28Q5I043 Cep57-209ENSMUST00000148086 2467 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.01■■□□□ 1.11
Usp28Q5I043 Hs3st5-202ENSMUST00000167191 2408 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22■■□□□ 1.11
Usp28Q5I043 Def6-201ENSMUST00000002327 2277 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22■■□□□ 1.11
Usp28Q5I043 0610010K14Rik-208ENSMUST00000108578 880 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22■■□□□ 1.11
Usp28Q5I043 Smox-205ENSMUST00000110182 985 ntTSL 1 (best) BASIC22■■□□□ 1.11
Usp28Q5I043 Cyc1-201ENSMUST00000023210 1194 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22■■□□□ 1.11
Usp28Q5I043 Hspb1-201ENSMUST00000005077 903 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22■■□□□ 1.11
Usp28Q5I043 Papd7-202ENSMUST00000198607 4750 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22■■□□□ 1.11
Usp28Q5I043 Syt3-203ENSMUST00000120262 2096 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22■■□□□ 1.11
Usp28Q5I043 Moap1-201ENSMUST00000173760 1312 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22■■□□□ 1.11
Usp28Q5I043 AB041806-201ENSMUST00000062902 2105 ntTSL 1 (best) BASIC22■■□□□ 1.11
Usp28Q5I043 Lrfn4-202ENSMUST00000113822 2918 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.99■■□□□ 1.11
Usp28Q5I043 Enah-203ENSMUST00000111025 3385 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC21.99■■□□□ 1.11
Usp28Q5I043 Bex1-202ENSMUST00000113118 754 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC21.99■■□□□ 1.11
Usp28Q5I043 Ubxn1-202ENSMUST00000166407 1032 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.99■■□□□ 1.11
Usp28Q5I043 Gm20522-201ENSMUST00000173576 784 ntTSL 1 (best) BASIC21.99■■□□□ 1.11
Usp28Q5I043 Pxk-202ENSMUST00000112689 2840 ntTSL 1 (best) BASIC21.99■■□□□ 1.11
Usp28Q5I043 1700028E10Rik-201ENSMUST00000181114 2034 ntTSL 1 (best) BASIC21.99■■□□□ 1.11
Usp28Q5I043 Rcc1-202ENSMUST00000084250 2285 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.99■■□□□ 1.11
Usp28Q5I043 Tekt5-201ENSMUST00000043415 1803 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.99■■□□□ 1.11
Usp28Q5I043 Dhx15-205ENSMUST00000199321 2550 ntTSL 1 (best) BASIC21.98■■□□□ 1.11
Usp28Q5I043 Kcnip2-209ENSMUST00000162528 2395 ntTSL 1 (best) BASIC21.98■■□□□ 1.11
Usp28Q5I043 Aars-201ENSMUST00000034441 5750 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.98■■□□□ 1.11
Usp28Q5I043 9130221H12Rik-201ENSMUST00000169914 1465 ntTSL 1 (best) BASIC21.98■■□□□ 1.11
Usp28Q5I043 Ripply3-201ENSMUST00000023660 1531 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.98■■□□□ 1.11
Usp28Q5I043 AB124611-203ENSMUST00000173769 1188 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC21.98■■□□□ 1.11
Usp28Q5I043 Copz2-201ENSMUST00000018816 930 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.98■■□□□ 1.11
Usp28Q5I043 Snx16-203ENSMUST00000195822 1084 ntTSL 1 (best) BASIC21.98■■□□□ 1.11
Usp28Q5I043 A530010L16Rik-201ENSMUST00000212007 2336 ntTSL 1 (best) BASIC21.98■■□□□ 1.11
Usp28Q5I043 Fbxl5-201ENSMUST00000047857 2858 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC21.98■■□□□ 1.11
Usp28Q5I043 Irx3-201ENSMUST00000093312 2610 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC21.98■■□□□ 1.11
Usp28Q5I043 Clcc1-203ENSMUST00000106613 3064 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.98■■□□□ 1.11
Usp28Q5I043 Adamtsl5-201ENSMUST00000095446 1957 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC21.98■■□□□ 1.11
Usp28Q5I043 Dio3-202ENSMUST00000173014 2030 ntAPPRIS P1 BASIC21.97■■□□□ 1.11
Usp28Q5I043 Nags-201ENSMUST00000055409 2028 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.97■■□□□ 1.11
Usp28Q5I043 Eif2b4-212ENSMUST00000202758 1767 ntTSL 5 BASIC21.97■■□□□ 1.11
Usp28Q5I043 Ipmk-201ENSMUST00000079252 5447 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC21.97■■□□□ 1.11
Usp28Q5I043 Ehmt2-201ENSMUST00000013931 4026 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC21.97■■□□□ 1.11
Usp28Q5I043 Gm11762-201ENSMUST00000135630 1705 ntTSL 1 (best) BASIC21.97■■□□□ 1.11
Usp28Q5I043 Cacfd1-202ENSMUST00000114004 2194 ntTSL 1 (best) BASIC21.97■■□□□ 1.11
Usp28Q5I043 Hpca-204ENSMUST00000116444 1847 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC21.96■■□□□ 1.11
Usp28Q5I043 Gabarapl1-201ENSMUST00000032264 1820 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.96■■□□□ 1.11
Usp28Q5I043 2310061I04Rik-203ENSMUST00000148482 1193 ntTSL 1 (best) BASIC21.96■■□□□ 1.11
Usp28Q5I043 Spr-203ENSMUST00000174769 1029 ntTSL 1 (best) BASIC21.96■■□□□ 1.11
Usp28Q5I043 Ldb1-201ENSMUST00000026252 1718 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC21.96■■□□□ 1.11
Usp28Q5I043 Kcnk1-202ENSMUST00000212831 1309 ntTSL 5 BASIC21.96■■□□□ 1.11
Usp28Q5I043 Stac3-201ENSMUST00000035839 1790 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.96■■□□□ 1.11
Usp28Q5I043 Tbkbp1-203ENSMUST00000107614 2391 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC21.96■■□□□ 1.11
Usp28Q5I043 Dyrk1b-203ENSMUST00000172761 2018 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC21.96■■□□□ 1.11
Usp28Q5I043 Pcnp-202ENSMUST00000114444 2295 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.95■■□□□ 1.1
Usp28Q5I043 Pcmtd1-201ENSMUST00000061280 5232 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.95■■□□□ 1.1
Usp28Q5I043 Slc25a16-201ENSMUST00000044977 3145 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.95■■□□□ 1.1
Usp28Q5I043 Snx4-201ENSMUST00000023502 2442 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.95■■□□□ 1.1
Usp28Q5I043 Srp68-201ENSMUST00000021133 2526 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.95■■□□□ 1.1
Usp28Q5I043 Sox10-201ENSMUST00000040019 2713 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.94■■□□□ 1.1
Usp28Q5I043 Cpne7-201ENSMUST00000037900 2398 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.94■■□□□ 1.1
Usp28Q5I043 Palm-202ENSMUST00000105379 2519 ntTSL 1 (best) BASIC21.94■■□□□ 1.1
Usp28Q5I043 Pnkd-204ENSMUST00000113805 740 ntTSL 1 (best) BASIC21.94■■□□□ 1.1
Usp28Q5I043 Gm11691-201ENSMUST00000130963 658 ntTSL 2 BASIC21.94■■□□□ 1.1
Usp28Q5I043 D630036H23Rik-201ENSMUST00000171007 940 ntAPPRIS P1 BASIC21.94■■□□□ 1.1
Usp28Q5I043 Gm3448-203ENSMUST00000179539 787 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.94■■□□□ 1.1
Usp28Q5I043 AC117245.1-201ENSMUST00000215481 566 ntTSL 3 BASIC21.94■■□□□ 1.1
Usp28Q5I043 Dtymk-201ENSMUST00000027503 1003 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.94■■□□□ 1.1
Usp28Q5I043 Fbxo2-201ENSMUST00000047951 1288 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.94■■□□□ 1.1
Usp28Q5I043 Gm3448-201ENSMUST00000097399 787 ntAPPRIS P5 TSL 1 (best) BASIC21.94■■□□□ 1.1
Usp28Q5I043 Mgll-202ENSMUST00000113581 1308 ntTSL 5 BASIC21.94■■□□□ 1.1
Usp28Q5I043 Twist2-201ENSMUST00000007949 1329 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.94■■□□□ 1.1
Usp28Q5I043 Hnrnpab-203ENSMUST00000109103 1437 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.94■■□□□ 1.1
Usp28Q5I043 Krt24-201ENSMUST00000017255 1847 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.94■■□□□ 1.1
Usp28Q5I043 Myd88-201ENSMUST00000035092 1960 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.94■■□□□ 1.1
Usp28Q5I043 Suz12-201ENSMUST00000017692 4373 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC21.94■■□□□ 1.1
Usp28Q5I043 Rncr4-201ENSMUST00000194541 2234 ntBASIC21.94■■□□□ 1.1
Usp28Q5I043 Lrrc36-202ENSMUST00000109355 2411 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC21.94■■□□□ 1.1
Usp28Q5I043 Gpr137c-207ENSMUST00000227086 4997 ntAPPRIS ALT2 BASIC21.94■■□□□ 1.1
Retrieved 100 of 76,532 protein–RNA pairs in 46.9 ms