Protein–RNA interactions for Protein: Q00780

Col8a1, Collagen alpha-1(VIII) chain, mousemouse

Predictions only

Length 744 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (Experimental data)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
Col8a1Q00780 AC164883.3-201ENSMUST00000227396 1774 ntBASIC16.52■□□□□ 0.24
Col8a1Q00780 Slc35a2-201ENSMUST00000096514 1757 ntTSL 5 BASIC16.52■□□□□ 0.24
Col8a1Q00780 Carm1-203ENSMUST00000115395 3152 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.52■□□□□ 0.24
Col8a1Q00780 Baz1a-201ENSMUST00000038926 6188 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC16.52■□□□□ 0.24
Col8a1Q00780 Ssu72-202ENSMUST00000105595 874 ntTSL 1 (best) BASIC16.52■□□□□ 0.24
Col8a1Q00780 Zfp467-209ENSMUST00000114566 543 ntTSL 3 BASIC16.52■□□□□ 0.24
Col8a1Q00780 Foxi3-202ENSMUST00000163089 1278 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC16.52■□□□□ 0.24
Col8a1Q00780 Klf13-204ENSMUST00000185175 487 ntTSL 2 BASIC16.52■□□□□ 0.24
Col8a1Q00780 4833428L15Rik-202ENSMUST00000215652 641 ntTSL 3 BASIC16.52■□□□□ 0.24
Col8a1Q00780 Fitm1-201ENSMUST00000022826 971 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.52■□□□□ 0.24
Col8a1Q00780 Uqcc2-201ENSMUST00000025045 500 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.52■□□□□ 0.24
Col8a1Q00780 Slc7a6os-201ENSMUST00000035925 1246 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.52■□□□□ 0.24
Col8a1Q00780 Foxi3-201ENSMUST00000069634 1206 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC16.52■□□□□ 0.24
Col8a1Q00780 Gm26775-201ENSMUST00000180684 2197 ntTSL 5 BASIC16.52■□□□□ 0.24
Col8a1Q00780 Rgs19-202ENSMUST00000108769 1460 ntTSL 2 BASIC16.52■□□□□ 0.23
Col8a1Q00780 Impa2-201ENSMUST00000025403 1661 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.52■□□□□ 0.23
Col8a1Q00780 Shisa4-201ENSMUST00000041240 1763 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.51■□□□□ 0.23
Col8a1Q00780 Wbp1-202ENSMUST00000113936 1314 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.51■□□□□ 0.23
Col8a1Q00780 Sptssa-201ENSMUST00000056228 1346 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.51■□□□□ 0.23
Col8a1Q00780 Gusb-202ENSMUST00000111307 932 ntTSL 1 (best) BASIC16.51■□□□□ 0.23
Col8a1Q00780 Gm15155-201ENSMUST00000112542 1009 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.51■□□□□ 0.23
Col8a1Q00780 Speg-204ENSMUST00000113589 833 ntTSL 2 BASIC16.51■□□□□ 0.23
Col8a1Q00780 Cxxc4-201ENSMUST00000166288 1290 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC16.51■□□□□ 0.23
Col8a1Q00780 Gng10-201ENSMUST00000041160 1192 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.51■□□□□ 0.23
Col8a1Q00780 Tmem91-201ENSMUST00000079439 877 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.51■□□□□ 0.23
Col8a1Q00780 Hipk1-201ENSMUST00000029438 4185 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.51■□□□□ 0.23
Col8a1Q00780 Bean1-202ENSMUST00000164076 2423 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.51■□□□□ 0.23
Col8a1Q00780 Gm42418-201ENSMUST00000182010 1831 ntBASIC16.51■□□□□ 0.23
Col8a1Q00780 Arl4d-201ENSMUST00000039388 1382 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.51■□□□□ 0.23
Col8a1Q00780 Ptpre-202ENSMUST00000209256 2593 ntTSL 1 (best) BASIC16.5■□□□□ 0.23
Col8a1Q00780 Hopxos-201ENSMUST00000148568 1661 ntTSL 1 (best) BASIC16.5■□□□□ 0.23
Col8a1Q00780 Pbx2-201ENSMUST00000038149 3068 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.5■□□□□ 0.23
Col8a1Q00780 1700123O20Rik-201ENSMUST00000038539 1843 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.5■□□□□ 0.23
Col8a1Q00780 Hira-201ENSMUST00000004222 4218 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.5■□□□□ 0.23
Col8a1Q00780 Mthfsl-201ENSMUST00000113110 801 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.5■□□□□ 0.23
Col8a1Q00780 Mthfs-203ENSMUST00000118870 705 ntTSL 3 BASIC16.5■□□□□ 0.23
Col8a1Q00780 Mir6236-201ENSMUST00000184437 123 ntBASIC16.5■□□□□ 0.23
Col8a1Q00780 Prss21-201ENSMUST00000024928 1094 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.5■□□□□ 0.23
Col8a1Q00780 Bex2-201ENSMUST00000049130 903 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.5■□□□□ 0.23
Col8a1Q00780 Ankrd13d-201ENSMUST00000056888 2139 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.5■□□□□ 0.23
Col8a1Q00780 Mthfs-201ENSMUST00000085256 816 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.5■□□□□ 0.23
Col8a1Q00780 Ttc32-201ENSMUST00000085741 1000 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.5■□□□□ 0.23
Col8a1Q00780 Selenom-201ENSMUST00000094469 707 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.5■□□□□ 0.23
Col8a1Q00780 Mpzl1-202ENSMUST00000111435 2285 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.5■□□□□ 0.23
Col8a1Q00780 Xk-201ENSMUST00000015486 5076 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.5■□□□□ 0.23
Col8a1Q00780 Rassf7-201ENSMUST00000046890 1525 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC16.5■□□□□ 0.23
Col8a1Q00780 Kif1bp-202ENSMUST00000159704 2622 ntTSL 1 (best) BASIC16.49■□□□□ 0.23
Col8a1Q00780 Akt1s1-204ENSMUST00000107885 1812 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.49■□□□□ 0.23
Col8a1Q00780 Dscam-201ENSMUST00000056102 7498 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.49■□□□□ 0.23
Col8a1Q00780 Ubtf-201ENSMUST00000006754 3213 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.49■□□□□ 0.23
Col8a1Q00780 Idnk-202ENSMUST00000109868 1462 ntTSL 1 (best) BASIC16.49■□□□□ 0.23
Col8a1Q00780 6330403K07Rik-201ENSMUST00000156068 1494 ntTSL 1 (best) BASIC16.49■□□□□ 0.23
Col8a1Q00780 Lypd3-201ENSMUST00000080718 1649 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.49■□□□□ 0.23
Col8a1Q00780 Gm13647-201ENSMUST00000154654 622 ntTSL 5 BASIC16.49■□□□□ 0.23
Col8a1Q00780 Gm6211-202ENSMUST00000167849 925 ntBASIC16.49■□□□□ 0.23
Col8a1Q00780 AV026068-208ENSMUST00000189098 286 ntTSL 5 BASIC16.49■□□□□ 0.23
Col8a1Q00780 Gm44672-201ENSMUST00000206944 1098 ntBASIC16.49■□□□□ 0.23
Col8a1Q00780 Trim71-201ENSMUST00000111816 9332 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.49■□□□□ 0.23
Col8a1Q00780 Mindy2-202ENSMUST00000213380 2521 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.49■□□□□ 0.23
Col8a1Q00780 Kctd20-201ENSMUST00000057174 2368 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.49■□□□□ 0.23
Col8a1Q00780 Trim3-203ENSMUST00000106791 2466 ntTSL 1 (best) BASIC16.48■□□□□ 0.23
Col8a1Q00780 Ugdh-201ENSMUST00000031103 2550 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.48■□□□□ 0.23
Col8a1Q00780 Smc6-201ENSMUST00000020931 5603 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.48■□□□□ 0.23
Col8a1Q00780 Pgam1-201ENSMUST00000011896 1831 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.48■□□□□ 0.23
Col8a1Q00780 Gm19426-201ENSMUST00000181711 726 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC16.48■□□□□ 0.23
Col8a1Q00780 Rian-206ENSMUST00000182119 329 ntTSL 3 BASIC16.48■□□□□ 0.23
Col8a1Q00780 Gm29994-201ENSMUST00000195495 1193 ntBASIC16.48■□□□□ 0.23
Col8a1Q00780 Brd1-201ENSMUST00000088911 4702 ntTSL 1 (best) BASIC16.48■□□□□ 0.23
Col8a1Q00780 Cdkn1c-201ENSMUST00000037287 1901 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC16.48■□□□□ 0.23
Col8a1Q00780 Foxj2-201ENSMUST00000003238 5283 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.48■□□□□ 0.23
Col8a1Q00780 Alx3-201ENSMUST00000014747 1874 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.48■□□□□ 0.23
Col8a1Q00780 Tmub1-202ENSMUST00000115033 1598 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC16.47■□□□□ 0.23
Col8a1Q00780 Atpaf1-203ENSMUST00000176047 2330 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.47■□□□□ 0.23
Col8a1Q00780 Rbfox3-204ENSMUST00000106278 1542 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.47■□□□□ 0.23
Col8a1Q00780 Ppp1r36-201ENSMUST00000063977 1515 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC16.47■□□□□ 0.23
Col8a1Q00780 Gm15648-201ENSMUST00000149681 778 ntTSL 5 BASIC16.47■□□□□ 0.23
Col8a1Q00780 Cck-201ENSMUST00000035120 691 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.47■□□□□ 0.23
Col8a1Q00780 Jmjd7-201ENSMUST00000044675 1373 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.47■□□□□ 0.23
Col8a1Q00780 Uap1-202ENSMUST00000111350 2311 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC16.47■□□□□ 0.23
Col8a1Q00780 Ccdc84-201ENSMUST00000053286 1725 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.47■□□□□ 0.23
Col8a1Q00780 Bpifb4-202ENSMUST00000109757 2420 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC16.47■□□□□ 0.23
Col8a1Q00780 Tial1-209ENSMUST00000141126 1344 ntTSL 5 BASIC16.46■□□□□ 0.23
Col8a1Q00780 Gm21992-201ENSMUST00000172000 1434 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC16.46■□□□□ 0.23
Col8a1Q00780 Gm21992-206ENSMUST00000179909 1435 ntTSL 5 BASIC16.46■□□□□ 0.23
Col8a1Q00780 Pi4kb-207ENSMUST00000167008 1962 ntTSL 1 (best) BASIC16.46■□□□□ 0.23
Col8a1Q00780 Eef1a2-201ENSMUST00000055990 2084 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.46■□□□□ 0.23
Col8a1Q00780 Dcxr-202ENSMUST00000106148 830 ntTSL 2 BASIC16.46■□□□□ 0.23
Col8a1Q00780 Etv2-201ENSMUST00000108147 1048 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.46■□□□□ 0.23
Col8a1Q00780 Gm13146-201ENSMUST00000118508 780 ntBASIC16.46■□□□□ 0.23
Col8a1Q00780 Nudt8-203ENSMUST00000122924 1082 ntTSL 2 BASIC16.46■□□□□ 0.23
Col8a1Q00780 Smim1-212ENSMUST00000146543 839 ntTSL 1 (best) BASIC16.46■□□□□ 0.23
Col8a1Q00780 Krtap5-1-202ENSMUST00000188274 742 ntBASIC16.46■□□□□ 0.23
Col8a1Q00780 Rsu1-209ENSMUST00000191959 720 ntTSL 3 BASIC16.46■□□□□ 0.23
Col8a1Q00780 Cklf-203ENSMUST00000211809 525 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.46■□□□□ 0.23
Col8a1Q00780 AC122769.4-201ENSMUST00000228166 901 ntBASIC16.46■□□□□ 0.23
Col8a1Q00780 Hikeshi-201ENSMUST00000075010 715 ntTSL 3 BASIC16.46■□□□□ 0.23
Col8a1Q00780 Gm45015-201ENSMUST00000207943 1364 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC16.46■□□□□ 0.23
Col8a1Q00780 Bicdl2-201ENSMUST00000062967 1913 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.46■□□□□ 0.23
Col8a1Q00780 Pth1r-201ENSMUST00000006005 2307 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.46■□□□□ 0.23
Col8a1Q00780 Ppp5c-201ENSMUST00000003183 2072 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.46■□□□□ 0.22
Retrieved 100 of 76,532 protein–RNA pairs in 51.7 ms