Protein–RNA interactions for Protein: Q3U319

Rnf40, E3 ubiquitin-protein ligase BRE1B, mousemouse

Predictions only

Length 1,001 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (Experimental data)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
Rnf40Q3U319 Sfmbt2-204ENSMUST00000114864 1901 ntTSL 1 (best) BASIC20.13■□□□□ 0.81
Rnf40Q3U319 Dap3-201ENSMUST00000090938 4760 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC20.13■□□□□ 0.81
Rnf40Q3U319 Anks6-202ENSMUST00000107747 3980 ntTSL 1 (best) BASIC20.13■□□□□ 0.81
Rnf40Q3U319 Itsn1-206ENSMUST00000113999 5393 ntTSL 5 BASIC20.13■□□□□ 0.81
Rnf40Q3U319 Wnt11-205ENSMUST00000167303 1792 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.13■□□□□ 0.81
Rnf40Q3U319 Gabra4-205ENSMUST00000199357 2407 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC20.13■□□□□ 0.81
Rnf40Q3U319 Olig2-201ENSMUST00000035608 2437 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.13■□□□□ 0.81
Rnf40Q3U319 Arhgap44-202ENSMUST00000093001 2256 ntTSL 2 BASIC20.13■□□□□ 0.81
Rnf40Q3U319 Galnt9-201ENSMUST00000040001 2883 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.13■□□□□ 0.81
Rnf40Q3U319 Schip1-206ENSMUST00000182719 2156 ntTSL 1 (best) BASIC20.12■□□□□ 0.81
Rnf40Q3U319 Ulk2-201ENSMUST00000004920 5743 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.12■□□□□ 0.81
Rnf40Q3U319 Syndig1-202ENSMUST00000109935 2050 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC20.12■□□□□ 0.81
Rnf40Q3U319 Gm572-201ENSMUST00000105698 1385 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC20.12■□□□□ 0.81
Rnf40Q3U319 Hmox2-202ENSMUST00000118885 1392 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.12■□□□□ 0.81
Rnf40Q3U319 Btnl9-202ENSMUST00000066531 1945 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC20.12■□□□□ 0.81
Rnf40Q3U319 Mgea5-201ENSMUST00000026243 5024 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.12■□□□□ 0.81
Rnf40Q3U319 Gm11847-201ENSMUST00000125165 1119 ntBASIC20.12■□□□□ 0.81
Rnf40Q3U319 Kiss1-201ENSMUST00000007433 779 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC20.12■□□□□ 0.81
Rnf40Q3U319 Hnrnpa3-201ENSMUST00000090792 1140 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC20.12■□□□□ 0.81
Rnf40Q3U319 Arhgap23-203ENSMUST00000121799 5816 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC20.12■□□□□ 0.81
Rnf40Q3U319 Gm19439-201ENSMUST00000198195 2273 ntBASIC20.12■□□□□ 0.81
Rnf40Q3U319 Smap1-201ENSMUST00000027339 2289 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.12■□□□□ 0.81
Rnf40Q3U319 Otx2-204ENSMUST00000122009 1737 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.12■□□□□ 0.81
Rnf40Q3U319 1700030C10Rik-203ENSMUST00000189625 1735 ntTSL 1 (best) BASIC20.12■□□□□ 0.81
Rnf40Q3U319 Gm11747-201ENSMUST00000142751 1648 ntTSL 1 (best) BASIC20.12■□□□□ 0.81
Rnf40Q3U319 Zfp644-204ENSMUST00000112696 5785 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC20.12■□□□□ 0.81
Rnf40Q3U319 Blcap-202ENSMUST00000109528 2056 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.12■□□□□ 0.81
Rnf40Q3U319 Grk6-201ENSMUST00000001115 2994 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC20.12■□□□□ 0.81
Rnf40Q3U319 Ung-201ENSMUST00000031587 1985 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC20.12■□□□□ 0.81
Rnf40Q3U319 Ovol2-201ENSMUST00000037423 1539 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC20.12■□□□□ 0.81
Rnf40Q3U319 Cyp4f13-201ENSMUST00000075253 1752 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.11■□□□□ 0.81
Rnf40Q3U319 Ccdc149-201ENSMUST00000059428 3295 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC20.11■□□□□ 0.81
Rnf40Q3U319 Zfand2b-201ENSMUST00000027394 1316 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.11■□□□□ 0.81
Rnf40Q3U319 Rps6ka2-201ENSMUST00000024575 5404 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.11■□□□□ 0.81
Rnf40Q3U319 Nxn-201ENSMUST00000021204 2755 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.11■□□□□ 0.81
Rnf40Q3U319 Crct1-201ENSMUST00000029521 718 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.11■□□□□ 0.81
Rnf40Q3U319 Gm4675-202ENSMUST00000164755 2322 ntTSL 1 (best) BASIC20.11■□□□□ 0.81
Rnf40Q3U319 Gabbr1-209ENSMUST00000174456 1595 ntTSL 1 (best) BASIC20.11■□□□□ 0.81
Rnf40Q3U319 Prkg2-201ENSMUST00000031277 2618 ntTSL 5 BASIC20.11■□□□□ 0.81
Rnf40Q3U319 Pus1-201ENSMUST00000031481 1563 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC20.11■□□□□ 0.81
Rnf40Q3U319 Sox30-201ENSMUST00000049038 2997 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.11■□□□□ 0.81
Rnf40Q3U319 Zfp653-202ENSMUST00000179605 1888 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC20.11■□□□□ 0.81
Rnf40Q3U319 Gm18688-201ENSMUST00000204695 1859 ntBASIC20.11■□□□□ 0.81
Rnf40Q3U319 Adra2a-201ENSMUST00000036700 3801 ntAPPRIS P1 BASIC20.1■□□□□ 0.81
Rnf40Q3U319 Tmem160-201ENSMUST00000019302 815 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.1■□□□□ 0.81
Rnf40Q3U319 Ak2-201ENSMUST00000030583 986 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC20.1■□□□□ 0.81
Rnf40Q3U319 Gna11-201ENSMUST00000043604 3414 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.1■□□□□ 0.81
Rnf40Q3U319 Ctbp2-201ENSMUST00000033269 2321 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.1■□□□□ 0.81
Rnf40Q3U319 Exosc4-201ENSMUST00000059045 1796 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.1■□□□□ 0.81
Rnf40Q3U319 1600012H06Rik-201ENSMUST00000052691 2506 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.1■□□□□ 0.81
Rnf40Q3U319 Tlcd1-201ENSMUST00000092880 2700 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC20.1■□□□□ 0.81
Rnf40Q3U319 Rab4a-202ENSMUST00000118535 1419 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.1■□□□□ 0.81
Rnf40Q3U319 R3hdm4-201ENSMUST00000045628 1898 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.09■□□□□ 0.81
Rnf40Q3U319 Dip2c-203ENSMUST00000174552 8023 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.09■□□□□ 0.81
Rnf40Q3U319 Snx21-201ENSMUST00000056181 2590 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.09■□□□□ 0.81
Rnf40Q3U319 2310022A10Rik-201ENSMUST00000067386 2701 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC20.09■□□□□ 0.81
Rnf40Q3U319 Eif2b4-212ENSMUST00000202758 1767 ntTSL 5 BASIC20.09■□□□□ 0.81
Rnf40Q3U319 Gm16437-201ENSMUST00000025669 507 ntBASIC20.09■□□□□ 0.81
Rnf40Q3U319 Lsm4-201ENSMUST00000034311 925 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.09■□□□□ 0.81
Rnf40Q3U319 Dhrs11-201ENSMUST00000047560 1254 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.09■□□□□ 0.81
Rnf40Q3U319 Cdc14b-201ENSMUST00000039318 5859 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC20.09■□□□□ 0.81
Rnf40Q3U319 Mchr1-201ENSMUST00000166855 2188 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.09■□□□□ 0.81
Rnf40Q3U319 Zc3hav1l-201ENSMUST00000058524 6536 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.09■□□□□ 0.81
Rnf40Q3U319 Ssbp4-201ENSMUST00000049908 1475 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.09■□□□□ 0.81
Rnf40Q3U319 Miga1-201ENSMUST00000068243 2689 ntTSL 1 (best) BASIC20.09■□□□□ 0.81
Rnf40Q3U319 Chst7-201ENSMUST00000044138 2206 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.08■□□□□ 0.81
Rnf40Q3U319 Ubtf-204ENSMUST00000107117 3258 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC20.08■□□□□ 0.81
Rnf40Q3U319 Ciz1-201ENSMUST00000048964 2771 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC20.08■□□□□ 0.81
Rnf40Q3U319 Dalrd3-201ENSMUST00000019183 1746 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.08■□□□□ 0.81
Rnf40Q3U319 Cyth2-202ENSMUST00000107729 2519 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC20.08■□□□□ 0.81
Rnf40Q3U319 Gnb2-201ENSMUST00000031726 1860 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.08■□□□□ 0.81
Rnf40Q3U319 Gm10575-201ENSMUST00000097947 1671 ntTSL 1 (best) BASIC20.08■□□□□ 0.81
Rnf40Q3U319 Kat14-201ENSMUST00000028911 3801 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.08■□□□□ 0.81
Rnf40Q3U319 Gm9806-201ENSMUST00000051080 552 ntBASIC20.08■□□□□ 0.81
Rnf40Q3U319 Serp2-201ENSMUST00000064517 748 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.08■□□□□ 0.81
Rnf40Q3U319 Gm6311-201ENSMUST00000073790 878 ntBASIC20.08■□□□□ 0.81
Rnf40Q3U319 Dmtn-210ENSMUST00000228824 2377 ntBASIC20.08■□□□□ 0.8
Rnf40Q3U319 Ltbr-201ENSMUST00000032489 2107 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.08■□□□□ 0.8
Rnf40Q3U319 Hspa5-202ENSMUST00000100171 2613 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.07■□□□□ 0.8
Rnf40Q3U319 E030030I06Rik-202ENSMUST00000179054 2081 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC20.07■□□□□ 0.8
Rnf40Q3U319 4732440D04Rik-203ENSMUST00000191825 5428 ntBASIC20.07■□□□□ 0.8
Rnf40Q3U319 Ccne1-201ENSMUST00000108023 2000 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.07■□□□□ 0.8
Rnf40Q3U319 Sept9-201ENSMUST00000019038 3784 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC20.07■□□□□ 0.8
Rnf40Q3U319 Trpc4ap-201ENSMUST00000041059 3204 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC20.07■□□□□ 0.8
Rnf40Q3U319 Cd24a-201ENSMUST00000058714 1816 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC20.07■□□□□ 0.8
Rnf40Q3U319 Stx18-202ENSMUST00000042146 1473 ntTSL 1 (best) BASIC20.07■□□□□ 0.8
Rnf40Q3U319 Mgme1-203ENSMUST00000110028 2308 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.07■□□□□ 0.8
Rnf40Q3U319 Scarna2-201ENSMUST00000157560 414 ntBASIC20.07■□□□□ 0.8
Rnf40Q3U319 Vcpkmt-201ENSMUST00000058639 1027 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.07■□□□□ 0.8
Rnf40Q3U319 Dpy19l1-203ENSMUST00000142064 3489 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC20.07■□□□□ 0.8
Rnf40Q3U319 Irx3-201ENSMUST00000093312 2610 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC20.07■□□□□ 0.8
Rnf40Q3U319 Gmcl1-201ENSMUST00000001185 2949 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.07■□□□□ 0.8
Rnf40Q3U319 U2af2-209ENSMUST00000209099 2088 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC20.07■□□□□ 0.8
Rnf40Q3U319 Rnaseh2a-202ENSMUST00000109736 2981 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC20.07■□□□□ 0.8
Rnf40Q3U319 Acot3-203ENSMUST00000223080 1545 ntTSL 1 (best) BASIC20.07■□□□□ 0.8
Rnf40Q3U319 Map1lc3b-204ENSMUST00000181826 2633 ntBASIC20.06■□□□□ 0.8
Rnf40Q3U319 Gabarapl1-201ENSMUST00000032264 1820 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.06■□□□□ 0.8
Rnf40Q3U319 Fam78b-205ENSMUST00000165874 4986 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.06■□□□□ 0.8
Rnf40Q3U319 Ssbp1-205ENSMUST00000121360 1188 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.06■□□□□ 0.8
Rnf40Q3U319 Mall-201ENSMUST00000028856 2006 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.06■□□□□ 0.8
Retrieved 100 of 76,532 protein–RNA pairs in 20.2 ms