Protein–RNA interactions for Protein: P35123

Usp4, Ubiquitin carboxyl-terminal hydrolase 4, mousemouse

Predictions only

Length 962 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (Experimental data)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
Usp4P35123 Spsb4-201ENSMUST00000055433 2720 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.32■□□□□ 0.84
Usp4P35123 Bex1-202ENSMUST00000113118 754 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC20.32■□□□□ 0.84
Usp4P35123 4930426I24Rik-202ENSMUST00000217797 1232 ntBASIC20.32■□□□□ 0.84
Usp4P35123 AC140930.3-201ENSMUST00000222935 274 ntBASIC20.32■□□□□ 0.84
Usp4P35123 Fam118a-201ENSMUST00000023069 2543 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.32■□□□□ 0.84
Usp4P35123 Ap1ar-201ENSMUST00000051737 2662 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC20.32■□□□□ 0.84
Usp4P35123 C230037L18Rik-201ENSMUST00000136218 1886 ntTSL 1 (best) BASIC20.32■□□□□ 0.84
Usp4P35123 1700003E16Rik-201ENSMUST00000032106 2020 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC20.32■□□□□ 0.84
Usp4P35123 Dynll2-204ENSMUST00000178105 2187 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.32■□□□□ 0.84
Usp4P35123 Tmem191c-213ENSMUST00000164950 1394 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC20.32■□□□□ 0.84
Usp4P35123 Anapc5-203ENSMUST00000196640 2422 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC20.32■□□□□ 0.84
Usp4P35123 Pus1-201ENSMUST00000031481 1563 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC20.31■□□□□ 0.84
Usp4P35123 Gm26558-201ENSMUST00000180559 861 ntAPPRIS P1 BASIC20.31■□□□□ 0.84
Usp4P35123 Rell2-212ENSMUST00000177058 1762 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC20.31■□□□□ 0.84
Usp4P35123 Fiz1-204ENSMUST00000207030 2178 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.31■□□□□ 0.84
Usp4P35123 Snx4-201ENSMUST00000023502 2442 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.31■□□□□ 0.84
Usp4P35123 Zfp467-202ENSMUST00000114556 2287 ntTSL 1 (best) BASIC20.3■□□□□ 0.84
Usp4P35123 Mcu-202ENSMUST00000020312 2872 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC20.3■□□□□ 0.84
Usp4P35123 A530010L16Rik-201ENSMUST00000212007 2336 ntTSL 1 (best) BASIC20.3■□□□□ 0.84
Usp4P35123 Pou2f2-205ENSMUST00000108417 1937 ntTSL 1 (best) BASIC20.3■□□□□ 0.84
Usp4P35123 Hs3st5-202ENSMUST00000167191 2408 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.3■□□□□ 0.84
Usp4P35123 Clta-204ENSMUST00000107849 1099 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC20.3■□□□□ 0.84
Usp4P35123 Clta-205ENSMUST00000107851 1135 ntAPPRIS P4 TSL 2 BASIC20.3■□□□□ 0.84
Usp4P35123 Ppp1r12b-203ENSMUST00000112163 828 ntTSL 1 (best) BASIC20.3■□□□□ 0.84
Usp4P35123 Gm12821-201ENSMUST00000120022 600 ntBASIC20.3■□□□□ 0.84
Usp4P35123 2900079G21Rik-201ENSMUST00000139552 1139 ntTSL 1 (best) BASIC20.3■□□□□ 0.84
Usp4P35123 Gm16192-201ENSMUST00000148357 937 ntTSL 1 (best) BASIC20.3■□□□□ 0.84
Usp4P35123 Pbx1-201ENSMUST00000064438 1020 ntTSL 1 (best) BASIC20.3■□□□□ 0.84
Usp4P35123 Trib3-201ENSMUST00000040312 2026 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.3■□□□□ 0.84
Usp4P35123 Trmt11-201ENSMUST00000019927 2359 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.3■□□□□ 0.84
Usp4P35123 Slc25a16-201ENSMUST00000044977 3145 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.3■□□□□ 0.84
Usp4P35123 Mprip-204ENSMUST00000116371 8766 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC20.3■□□□□ 0.84
Usp4P35123 Smarcad1-201ENSMUST00000031984 5168 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.3■□□□□ 0.84
Usp4P35123 Endod1-203ENSMUST00000214236 419 ntAPPRIS ALT2 TSL 3 BASIC20.29■□□□□ 0.84
Usp4P35123 Chd3os-201ENSMUST00000129321 2081 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.29■□□□□ 0.84
Usp4P35123 Pqlc3-201ENSMUST00000054536 1928 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.29■□□□□ 0.84
Usp4P35123 Enah-203ENSMUST00000111025 3385 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC20.29■□□□□ 0.84
Usp4P35123 Gatad2a-202ENSMUST00000116463 3363 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC20.29■□□□□ 0.84
Usp4P35123 Map6-202ENSMUST00000107100 2335 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC20.28■□□□□ 0.84
Usp4P35123 Klhdc3-202ENSMUST00000165007 1973 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.28■□□□□ 0.84
Usp4P35123 Xk-201ENSMUST00000015486 5076 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.28■□□□□ 0.84
Usp4P35123 Sfrp5-201ENSMUST00000018966 1900 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.28■□□□□ 0.84
Usp4P35123 Lrrc43-203ENSMUST00000196809 2031 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC20.28■□□□□ 0.84
Usp4P35123 Gm9780-202ENSMUST00000184915 1394 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.28■□□□□ 0.84
Usp4P35123 Gnas-206ENSMUST00000109084 1695 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC20.28■□□□□ 0.84
Usp4P35123 Kcns3-201ENSMUST00000055673 2933 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.28■□□□□ 0.84
Usp4P35123 Scube1-202ENSMUST00000043634 5161 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC20.28■□□□□ 0.84
Usp4P35123 Slc36a4-202ENSMUST00000115588 1745 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC20.27■□□□□ 0.84
Usp4P35123 Lgi2-202ENSMUST00000199942 6273 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC20.27■□□□□ 0.84
Usp4P35123 Ildr2-204ENSMUST00000192732 2263 ntTSL 1 (best) BASIC20.27■□□□□ 0.84
Usp4P35123 Slc17a7-202ENSMUST00000209634 1860 ntTSL 5 BASIC20.27■□□□□ 0.84
Usp4P35123 Hdhd2-206ENSMUST00000145634 1585 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC20.27■□□□□ 0.84
Usp4P35123 Khk-204ENSMUST00000201621 1583 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.27■□□□□ 0.84
Usp4P35123 Upf1-201ENSMUST00000075666 4618 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC20.27■□□□□ 0.84
Usp4P35123 Mir6236-201ENSMUST00000184437 123 ntBASIC20.27■□□□□ 0.84
Usp4P35123 Minpp1-201ENSMUST00000025827 2619 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.27■□□□□ 0.84
Usp4P35123 Ascl4-202ENSMUST00000170396 2016 ntAPPRIS P1 BASIC20.27■□□□□ 0.84
Usp4P35123 Krt24-201ENSMUST00000017255 1847 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.27■□□□□ 0.84
Usp4P35123 Sapcd2-203ENSMUST00000114293 1600 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC20.27■□□□□ 0.83
Usp4P35123 Fzd2-201ENSMUST00000057893 3663 ntAPPRIS P1 BASIC20.26■□□□□ 0.83
Usp4P35123 Gm4779-203ENSMUST00000147742 1991 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC20.26■□□□□ 0.83
Usp4P35123 Cyp4f13-201ENSMUST00000075253 1752 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.26■□□□□ 0.83
Usp4P35123 Ltbr-201ENSMUST00000032489 2107 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.26■□□□□ 0.83
Usp4P35123 Ier3ip1-201ENSMUST00000026487 1395 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.26■□□□□ 0.83
Usp4P35123 Tbkbp1-203ENSMUST00000107614 2391 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC20.26■□□□□ 0.83
Usp4P35123 Rem2-201ENSMUST00000164697 1194 ntTSL 5 BASIC20.26■□□□□ 0.83
Usp4P35123 Sept7-201ENSMUST00000115272 2533 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC20.26■□□□□ 0.83
Usp4P35123 Gm7628-201ENSMUST00000134690 2010 ntTSL 1 (best) BASIC20.26■□□□□ 0.83
Usp4P35123 Ankrd9-203ENSMUST00000135131 1563 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC20.25■□□□□ 0.83
Usp4P35123 Bicdl2-201ENSMUST00000062967 1913 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.25■□□□□ 0.83
Usp4P35123 Gnpda1-201ENSMUST00000063814 2289 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.25■□□□□ 0.83
Usp4P35123 Pgf-204ENSMUST00000223220 2080 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC20.25■□□□□ 0.83
Usp4P35123 Snrpa1-206ENSMUST00000153609 1248 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.25■□□□□ 0.83
Usp4P35123 Zfp963-202ENSMUST00000154063 640 ntTSL 3 BASIC20.25■□□□□ 0.83
Usp4P35123 Alad-201ENSMUST00000030090 1206 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.25■□□□□ 0.83
Usp4P35123 Csnk1a1-210ENSMUST00000170862 2259 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC20.25■□□□□ 0.83
Usp4P35123 Lmtk3-204ENSMUST00000209617 5051 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC20.24■□□□□ 0.83
Usp4P35123 Trim72-202ENSMUST00000106248 2134 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC20.24■□□□□ 0.83
Usp4P35123 Lingo1-203ENSMUST00000114256 2782 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.24■□□□□ 0.83
Usp4P35123 Plppr3-201ENSMUST00000092325 2766 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC20.24■□□□□ 0.83
Usp4P35123 Pold2-201ENSMUST00000102922 1646 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.24■□□□□ 0.83
Usp4P35123 Cdc20-201ENSMUST00000006565 1793 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.24■□□□□ 0.83
Usp4P35123 Hyal2-203ENSMUST00000193747 1532 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC20.24■□□□□ 0.83
Usp4P35123 Tmem102-201ENSMUST00000051025 1933 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.24■□□□□ 0.83
Usp4P35123 Tpm1-206ENSMUST00000113686 998 ntTSL 5 BASIC20.24■□□□□ 0.83
Usp4P35123 1110065P20Rik-206ENSMUST00000185036 1223 ntTSL 2 BASIC20.24■□□□□ 0.83
Usp4P35123 Fbxl5-201ENSMUST00000047857 2858 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC20.24■□□□□ 0.83
Usp4P35123 Hnrnph3-202ENSMUST00000118898 2168 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC20.24■□□□□ 0.83
Usp4P35123 Sost-201ENSMUST00000001534 2066 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.23■□□□□ 0.83
Usp4P35123 Nexmif-201ENSMUST00000056502 5211 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC20.23■□□□□ 0.83
Usp4P35123 Gm20100-201ENSMUST00000209418 2272 ntBASIC20.23■□□□□ 0.83
Usp4P35123 Tfdp2-202ENSMUST00000165120 2341 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC20.23■□□□□ 0.83
Usp4P35123 Tor2a-208ENSMUST00000177382 396 ntTSL 5 BASIC20.23■□□□□ 0.83
Usp4P35123 Reep6-207ENSMUST00000186864 2015 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC20.23■□□□□ 0.83
Usp4P35123 Sdsl-202ENSMUST00000052258 1225 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.23■□□□□ 0.83
Usp4P35123 Sos2-206ENSMUST00000183277 4512 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC20.23■□□□□ 0.83
Usp4P35123 Syt3-203ENSMUST00000120262 2096 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC20.23■□□□□ 0.83
Usp4P35123 Gfra1-208ENSMUST00000152507 1937 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC20.23■□□□□ 0.83
Usp4P35123 Gspt1-201ENSMUST00000080030 2898 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC20.23■□□□□ 0.83
Usp4P35123 Baiap2-205ENSMUST00000106233 2442 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC20.23■□□□□ 0.83
Retrieved 100 of 76,532 protein–RNA pairs in 73.3 ms