Protein–RNA interactions for Protein: P11260

Lire1, LINE-1 retrotransposable element ORF1 protein, mousemouse

Predictions only

Length 357 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (Experimental data)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
Lire1P11260 Tmub1-202ENSMUST00000115033 1598 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC18.19■□□□□ 0.5
Lire1P11260 Gm3448-203ENSMUST00000179539 787 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC18.19■□□□□ 0.5
Lire1P11260 Dleu2-211ENSMUST00000183066 788 ntTSL 3 BASIC18.19■□□□□ 0.5
Lire1P11260 Kcnma1-215ENSMUST00000190339 890 ntTSL 5 BASIC18.19■□□□□ 0.5
Lire1P11260 Gm4553-202ENSMUST00000210925 1044 ntAPPRIS P5 BASIC18.19■□□□□ 0.5
Lire1P11260 Hfe2-201ENSMUST00000049208 2028 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.19■□□□□ 0.5
Lire1P11260 Gm3448-201ENSMUST00000097399 787 ntAPPRIS P5 TSL 1 (best) BASIC18.19■□□□□ 0.5
Lire1P11260 Glra1-202ENSMUST00000102716 2390 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC18.19■□□□□ 0.5
Lire1P11260 Mast4-205ENSMUST00000166726 5968 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC18.19■□□□□ 0.5
Lire1P11260 H2afj-201ENSMUST00000074556 1831 ntAPPRIS P2 BASIC18.19■□□□□ 0.5
Lire1P11260 Rem1-201ENSMUST00000000369 1663 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.18■□□□□ 0.5
Lire1P11260 Nr4a1-201ENSMUST00000023779 2474 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.18■□□□□ 0.5
Lire1P11260 Wnt10a-201ENSMUST00000006718 2468 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.18■□□□□ 0.5
Lire1P11260 Myh7b-201ENSMUST00000092995 6163 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC18.18■□□□□ 0.5
Lire1P11260 Akt1s1-203ENSMUST00000107882 1160 ntAPPRIS ALT2 TSL 3 BASIC18.18■□□□□ 0.5
Lire1P11260 Pnkd-204ENSMUST00000113805 740 ntTSL 1 (best) BASIC18.18■□□□□ 0.5
Lire1P11260 Gng5-203ENSMUST00000119130 593 ntTSL 2 BASIC18.18■□□□□ 0.5
Lire1P11260 Sumo2-205ENSMUST00000121185 911 ntTSL 3 BASIC18.18■□□□□ 0.5
Lire1P11260 Ppp1r18os-201ENSMUST00000145804 784 ntTSL 1 (best) BASIC18.18■□□□□ 0.5
Lire1P11260 Hrh3-203ENSMUST00000164442 1242 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC18.18■□□□□ 0.5
Lire1P11260 Gm29394-204ENSMUST00000177504 448 ntAPPRIS ALT2 TSL 3 BASIC18.18■□□□□ 0.5
Lire1P11260 Gm3448-202ENSMUST00000097400 747 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC18.18■□□□□ 0.5
Lire1P11260 Gtf2e2-202ENSMUST00000170705 1634 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.18■□□□□ 0.5
Lire1P11260 Pnrc1-201ENSMUST00000049357 1648 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.18■□□□□ 0.5
Lire1P11260 Ltbp4-205ENSMUST00000121175 5118 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC18.18■□□□□ 0.5
Lire1P11260 Hes7-201ENSMUST00000024543 1809 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.18■□□□□ 0.5
Lire1P11260 Itgb5-202ENSMUST00000115028 3090 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.18■□□□□ 0.5
Lire1P11260 Arhgap21-201ENSMUST00000114594 7351 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC18.18■□□□□ 0.5
Lire1P11260 Ankrd54-201ENSMUST00000040676 1904 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.17■□□□□ 0.5
Lire1P11260 Prss16-201ENSMUST00000006341 2155 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.17■□□□□ 0.5
Lire1P11260 Pgam1-201ENSMUST00000011896 1831 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.17■□□□□ 0.5
Lire1P11260 Tle3-211ENSMUST00000161689 2836 ntTSL 2 BASIC18.17■□□□□ 0.5
Lire1P11260 Nfu1-202ENSMUST00000117583 950 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC18.17■□□□□ 0.5
Lire1P11260 Jtb-202ENSMUST00000119304 878 ntTSL 3 BASIC18.17■□□□□ 0.5
Lire1P11260 Polr3gl-204ENSMUST00000145001 607 ntTSL 3 BASIC18.17■□□□□ 0.5
Lire1P11260 Gm21168-201ENSMUST00000199646 1096 ntBASIC18.17■□□□□ 0.5
Lire1P11260 Ppp2r2c-203ENSMUST00000201156 461 ntTSL 5 BASIC18.17■□□□□ 0.5
Lire1P11260 Cyc1-201ENSMUST00000023210 1194 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.17■□□□□ 0.5
Lire1P11260 Ppm1h-201ENSMUST00000067918 6369 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.17■□□□□ 0.5
Lire1P11260 Fabp3-201ENSMUST00000070532 823 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.17■□□□□ 0.5
Lire1P11260 Med16-204ENSMUST00000165684 2950 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC18.17■□□□□ 0.5
Lire1P11260 Mex3a-201ENSMUST00000172699 5778 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC18.17■□□□□ 0.5
Lire1P11260 Cln5-201ENSMUST00000022721 2445 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.17■□□□□ 0.5
Lire1P11260 Cops7a-201ENSMUST00000032220 1817 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.16■□□□□ 0.5
Lire1P11260 Noa1-201ENSMUST00000047860 2288 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.16■□□□□ 0.5
Lire1P11260 Taf4b-201ENSMUST00000169862 5149 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC18.16■□□□□ 0.5
Lire1P11260 Cpd-201ENSMUST00000021201 7946 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.16■□□□□ 0.5
Lire1P11260 Nkx2-2-201ENSMUST00000067075 2120 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.16■□□□□ 0.5
Lire1P11260 Siglec15-201ENSMUST00000170760 1156 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.16■□□□□ 0.5
Lire1P11260 Gm2011-201ENSMUST00000203124 1263 ntBASIC18.16■□□□□ 0.5
Lire1P11260 Oaz1-201ENSMUST00000060987 1071 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC18.16■□□□□ 0.5
Lire1P11260 Itgb4-210ENSMUST00000169928 6160 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC18.16■□□□□ 0.5
Lire1P11260 Il17rc-201ENSMUST00000058300 2302 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.16■□□□□ 0.5
Lire1P11260 Zic1-202ENSMUST00000065360 2811 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.16■□□□□ 0.5
Lire1P11260 Kcnt1-203ENSMUST00000114172 5219 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC18.16■□□□□ 0.5
Lire1P11260 Mau2-206ENSMUST00000212451 1931 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC18.15■□□□□ 0.5
Lire1P11260 Fance-204ENSMUST00000114804 1842 ntTSL 1 (best) BASIC18.15■□□□□ 0.5
Lire1P11260 Lrrfip2-205ENSMUST00000196981 1839 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC18.15■□□□□ 0.5
Lire1P11260 Adgra2-201ENSMUST00000033876 5760 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.15■□□□□ 0.5
Lire1P11260 Ddost-201ENSMUST00000030538 2120 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.15■□□□□ 0.5
Lire1P11260 Pop7-201ENSMUST00000031728 881 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.15■□□□□ 0.5
Lire1P11260 Crocc-201ENSMUST00000040222 6248 ntTSL 5 BASIC18.15■□□□□ 0.5
Lire1P11260 Def6-201ENSMUST00000002327 2277 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.15■□□□□ 0.5
Lire1P11260 Gm16286-205ENSMUST00000127234 1755 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.14■□□□□ 0.5
Lire1P11260 Pitx1-201ENSMUST00000021968 2451 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.14■□□□□ 0.5
Lire1P11260 Rfk-201ENSMUST00000025617 2482 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.14■□□□□ 0.5
Lire1P11260 Csnk1a1-206ENSMUST00000165721 2323 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC18.14■□□□□ 0.49
Lire1P11260 1700056E22Rik-201ENSMUST00000050306 967 ntAPPRIS P1 BASIC18.14■□□□□ 0.49
Lire1P11260 Zfp644-205ENSMUST00000112698 5689 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC18.14■□□□□ 0.49
Lire1P11260 Uchl5-206ENSMUST00000189936 1696 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC18.14■□□□□ 0.49
Lire1P11260 Wipi1-202ENSMUST00000103060 2050 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.14■□□□□ 0.49
Lire1P11260 Pithd1-201ENSMUST00000105851 1700 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.14■□□□□ 0.49
Lire1P11260 Ell3-201ENSMUST00000028679 2115 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.14■□□□□ 0.49
Lire1P11260 Rhobtb3-201ENSMUST00000022078 4980 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.14■□□□□ 0.49
Lire1P11260 Gp1bb-202ENSMUST00000167388 1847 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC18.14■□□□□ 0.49
Lire1P11260 Bmp6-201ENSMUST00000171970 3593 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.14■□□□□ 0.49
Lire1P11260 Podxl-201ENSMUST00000026698 5379 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.13■□□□□ 0.49
Lire1P11260 Cblc-202ENSMUST00000108449 1514 ntTSL 1 (best) BASIC18.13■□□□□ 0.49
Lire1P11260 Mmp15-201ENSMUST00000034243 5135 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.13■□□□□ 0.49
Lire1P11260 Cobll1-202ENSMUST00000102726 5031 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC18.13■□□□□ 0.49
Lire1P11260 Cobll1-203ENSMUST00000112429 5045 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC18.13■□□□□ 0.49
Lire1P11260 Gm10300-201ENSMUST00000094662 2296 ntAPPRIS P1 BASIC18.13■□□□□ 0.49
Lire1P11260 1810022K09Rik-201ENSMUST00000108365 559 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC18.13■□□□□ 0.49
Lire1P11260 Kctd8-202ENSMUST00000087231 1860 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC18.13■□□□□ 0.49
Lire1P11260 Spsb3-204ENSMUST00000119829 1955 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC18.13■□□□□ 0.49
Lire1P11260 Ankrd9-207ENSMUST00000148765 1431 ntAPPRIS P2 TSL 2 BASIC18.13■□□□□ 0.49
Lire1P11260 Ankrd9-202ENSMUST00000128353 2577 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC18.13■□□□□ 0.49
Lire1P11260 Osbpl1a-203ENSMUST00000118313 2893 ntTSL 1 (best) BASIC18.13■□□□□ 0.49
Lire1P11260 Stx2-201ENSMUST00000031378 2939 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC18.12■□□□□ 0.49
Lire1P11260 Atoh8-201ENSMUST00000042646 2355 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.12■□□□□ 0.49
Lire1P11260 Galr2-201ENSMUST00000055872 1940 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.12■□□□□ 0.49
Lire1P11260 Prr3-204ENSMUST00000172900 439 ntTSL 2 BASIC18.12■□□□□ 0.49
Lire1P11260 Gm43137-201ENSMUST00000198052 594 ntBASIC18.12■□□□□ 0.49
Lire1P11260 Slit3-201ENSMUST00000069837 5228 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.12■□□□□ 0.49
Lire1P11260 Gm44949-201ENSMUST00000206423 1450 ntBASIC18.12■□□□□ 0.49
Lire1P11260 Tmed10-201ENSMUST00000040766 1482 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.12■□□□□ 0.49
Lire1P11260 Cavin3-201ENSMUST00000047040 1662 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.12■□□□□ 0.49
Lire1P11260 Gpatch3-201ENSMUST00000030662 2004 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.11■□□□□ 0.49
Lire1P11260 Tmem8-201ENSMUST00000025010 3464 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.11■□□□□ 0.49
Lire1P11260 Kndc1-202ENSMUST00000121839 2210 ntTSL 2 BASIC18.11■□□□□ 0.49
Retrieved 100 of 76,532 protein–RNA pairs in 30.3 ms