Protein–RNA interactions for Protein: Q9R1R2

Trim3, Tripartite motif-containing protein 3, mousemouse

Predictions only

Length 744 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (Experimental data)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
Trim3Q9R1R2 Vmn1r17-205ENSMUST00000228342 2230 ntAPPRIS P2 BASIC18.3■□□□□ 0.52
Trim3Q9R1R2 Sirt1-201ENSMUST00000020257 3905 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC18.3■□□□□ 0.52
Trim3Q9R1R2 Gm5112-201ENSMUST00000204407 2368 ntBASIC18.3■□□□□ 0.52
Trim3Q9R1R2 Ung-202ENSMUST00000102584 2136 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC18.3■□□□□ 0.52
Trim3Q9R1R2 Stau2-203ENSMUST00000115359 1151 ntTSL 1 (best) BASIC18.3■□□□□ 0.52
Trim3Q9R1R2 Polr3gl-204ENSMUST00000145001 607 ntTSL 3 BASIC18.3■□□□□ 0.52
Trim3Q9R1R2 Gm43137-201ENSMUST00000198052 594 ntBASIC18.3■□□□□ 0.52
Trim3Q9R1R2 Spint1-203ENSMUST00000110817 2323 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.3■□□□□ 0.52
Trim3Q9R1R2 Arid1a-202ENSMUST00000105897 8175 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC18.3■□□□□ 0.52
Trim3Q9R1R2 Pold2-201ENSMUST00000102922 1646 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.3■□□□□ 0.52
Trim3Q9R1R2 Klhl15-205ENSMUST00000113916 2363 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.3■□□□□ 0.52
Trim3Q9R1R2 Rab5c-201ENSMUST00000019317 1967 ntTSL 1 (best) BASIC18.3■□□□□ 0.52
Trim3Q9R1R2 Lrp8-204ENSMUST00000106733 3332 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC18.29■□□□□ 0.52
Trim3Q9R1R2 Sema6d-203ENSMUST00000077847 6444 ntTSL 5 BASIC18.29■□□□□ 0.52
Trim3Q9R1R2 Cdk11b-202ENSMUST00000105598 2673 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC18.29■□□□□ 0.52
Trim3Q9R1R2 Sos2-206ENSMUST00000183277 4512 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC18.29■□□□□ 0.52
Trim3Q9R1R2 Vstm2b-201ENSMUST00000044705 2627 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC18.29■□□□□ 0.52
Trim3Q9R1R2 Tedc1-201ENSMUST00000049271 2441 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.29■□□□□ 0.52
Trim3Q9R1R2 Eif5a-209ENSMUST00000108612 1259 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.29■□□□□ 0.52
Trim3Q9R1R2 BC004004-202ENSMUST00000120346 1297 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC18.29■□□□□ 0.52
Trim3Q9R1R2 Ubxn1-202ENSMUST00000166407 1032 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.29■□□□□ 0.52
Trim3Q9R1R2 Usf2-211ENSMUST00000172417 648 ntTSL 5 BASIC18.29■□□□□ 0.52
Trim3Q9R1R2 Snx16-203ENSMUST00000195822 1084 ntTSL 1 (best) BASIC18.29■□□□□ 0.52
Trim3Q9R1R2 1700007K13Rik-201ENSMUST00000086370 812 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.29■□□□□ 0.52
Trim3Q9R1R2 Zbed3-202ENSMUST00000221807 1945 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.29■□□□□ 0.52
Trim3Q9R1R2 Hs3st4-201ENSMUST00000106437 3189 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC18.28■□□□□ 0.52
Trim3Q9R1R2 Ubr5-201ENSMUST00000110336 9242 ntTSL 5 BASIC18.28■□□□□ 0.52
Trim3Q9R1R2 Rasef-203ENSMUST00000222414 2127 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC18.28■□□□□ 0.52
Trim3Q9R1R2 Lpcat3-201ENSMUST00000004381 2281 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.28■□□□□ 0.52
Trim3Q9R1R2 B630019K06Rik-201ENSMUST00000064196 2583 ntAPPRIS P1 BASIC18.28■□□□□ 0.52
Trim3Q9R1R2 Pomgnt1-203ENSMUST00000106498 2719 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.28■□□□□ 0.52
Trim3Q9R1R2 Mark2-202ENSMUST00000032557 4488 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC18.28■□□□□ 0.52
Trim3Q9R1R2 Larp1-201ENSMUST00000071487 6614 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC18.28■□□□□ 0.52
Trim3Q9R1R2 Ppp1r16a-201ENSMUST00000037551 2692 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.28■□□□□ 0.52
Trim3Q9R1R2 Pbx1-202ENSMUST00000072863 1709 ntTSL 1 (best) BASIC18.28■□□□□ 0.52
Trim3Q9R1R2 Mtfr1l-201ENSMUST00000102550 2025 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.28■□□□□ 0.52
Trim3Q9R1R2 2310015A10Rik-201ENSMUST00000180643 1399 ntTSL 1 (best) BASIC18.28■□□□□ 0.52
Trim3Q9R1R2 Fgfr2-217ENSMUST00000124096 2425 ntTSL 5 BASIC18.28■□□□□ 0.52
Trim3Q9R1R2 Mrps16-201ENSMUST00000061444 2572 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.28■□□□□ 0.52
Trim3Q9R1R2 Nphp3-201ENSMUST00000035167 5899 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC18.28■□□□□ 0.52
Trim3Q9R1R2 Itsn2-201ENSMUST00000062580 5987 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC18.27■□□□□ 0.52
Trim3Q9R1R2 Gyg-201ENSMUST00000118015 1922 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC18.27■□□□□ 0.52
Trim3Q9R1R2 Cachd1-201ENSMUST00000030257 5765 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC18.27■□□□□ 0.52
Trim3Q9R1R2 Ugdh-201ENSMUST00000031103 2550 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.27■□□□□ 0.52
Trim3Q9R1R2 Pigp-204ENSMUST00000113914 912 ntTSL 1 (best) BASIC18.27■□□□□ 0.52
Trim3Q9R1R2 Tor3a-208ENSMUST00000190607 453 ntTSL 3 BASIC18.27■□□□□ 0.52
Trim3Q9R1R2 Erh-201ENSMUST00000021559 1293 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.27■□□□□ 0.52
Trim3Q9R1R2 Srxn1-201ENSMUST00000041500 2812 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.27■□□□□ 0.52
Trim3Q9R1R2 Hpdl-201ENSMUST00000055436 1804 ntAPPRIS P1 BASIC18.27■□□□□ 0.52
Trim3Q9R1R2 Lmo2-208ENSMUST00000170926 1529 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC18.27■□□□□ 0.51
Trim3Q9R1R2 Kirrel3-202ENSMUST00000115148 2851 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC18.27■□□□□ 0.51
Trim3Q9R1R2 Fgfr1-215ENSMUST00000179592 5041 ntTSL 5 BASIC18.27■□□□□ 0.51
Trim3Q9R1R2 Dalrd3-201ENSMUST00000019183 1746 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.26■□□□□ 0.51
Trim3Q9R1R2 Uqcrc1-201ENSMUST00000026743 1653 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.26■□□□□ 0.51
Trim3Q9R1R2 Cpsf4-202ENSMUST00000160422 1756 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC18.26■□□□□ 0.51
Trim3Q9R1R2 Siah2-201ENSMUST00000070368 2511 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.26■□□□□ 0.51
Trim3Q9R1R2 Ppa1-201ENSMUST00000020286 1364 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.26■□□□□ 0.51
Trim3Q9R1R2 Tmem260-209ENSMUST00000226422 6333 ntAPPRIS ALT2 BASIC18.26■□□□□ 0.51
Trim3Q9R1R2 Zfp697-201ENSMUST00000056096 5166 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.25■□□□□ 0.51
Trim3Q9R1R2 Pou2f2-205ENSMUST00000108417 1937 ntTSL 1 (best) BASIC18.25■□□□□ 0.51
Trim3Q9R1R2 Laptm4a-201ENSMUST00000020909 1773 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.25■□□□□ 0.51
Trim3Q9R1R2 Tusc2-203ENSMUST00000193418 410 ntTSL 3 BASIC18.25■□□□□ 0.51
Trim3Q9R1R2 1110004F10Rik-201ENSMUST00000032899 1479 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.25■□□□□ 0.51
Trim3Q9R1R2 Zbtb7a-204ENSMUST00000121840 1676 ntTSL 1 (best) BASIC18.25■□□□□ 0.51
Trim3Q9R1R2 Rell2-212ENSMUST00000177058 1762 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC18.25■□□□□ 0.51
Trim3Q9R1R2 Ank1-207ENSMUST00000118733 8201 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC18.24■□□□□ 0.51
Trim3Q9R1R2 Slc35d3-201ENSMUST00000059805 2630 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.24■□□□□ 0.51
Trim3Q9R1R2 Tmem79-202ENSMUST00000107552 2063 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC18.24■□□□□ 0.51
Trim3Q9R1R2 Pgam5-201ENSMUST00000059229 2044 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC18.24■□□□□ 0.51
Trim3Q9R1R2 Gm10941-201ENSMUST00000105408 708 ntTSL 1 (best) BASIC18.24■□□□□ 0.51
Trim3Q9R1R2 Gm11586-201ENSMUST00000123060 566 ntTSL 2 BASIC18.24■□□□□ 0.51
Trim3Q9R1R2 Pkig-204ENSMUST00000126182 762 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC18.24■□□□□ 0.51
Trim3Q9R1R2 Prr3-204ENSMUST00000172900 439 ntTSL 2 BASIC18.24■□□□□ 0.51
Trim3Q9R1R2 Tor2a-208ENSMUST00000177382 396 ntTSL 5 BASIC18.24■□□□□ 0.51
Trim3Q9R1R2 Ikzf1-202ENSMUST00000048122 911 ntTSL 1 (best) BASIC18.24■□□□□ 0.51
Trim3Q9R1R2 Gm5576-201ENSMUST00000075809 1236 ntBASIC18.24■□□□□ 0.51
Trim3Q9R1R2 Gabbr1-201ENSMUST00000025338 5248 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.24■□□□□ 0.51
Trim3Q9R1R2 Gdf11-201ENSMUST00000026408 4062 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.24■□□□□ 0.51
Trim3Q9R1R2 Ubxn2a-201ENSMUST00000020962 2696 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.24■□□□□ 0.51
Trim3Q9R1R2 D830036C21Rik-202ENSMUST00000208263 1548 ntBASIC18.23■□□□□ 0.51
Trim3Q9R1R2 Rgs19-201ENSMUST00000002532 1511 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.23■□□□□ 0.51
Trim3Q9R1R2 Cerk-201ENSMUST00000044332 4518 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.23■□□□□ 0.51
Trim3Q9R1R2 Podxl-201ENSMUST00000026698 5379 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.23■□□□□ 0.51
Trim3Q9R1R2 Rab28-203ENSMUST00000201422 1697 ntTSL 5 BASIC18.23■□□□□ 0.51
Trim3Q9R1R2 Cdv3-ps-201ENSMUST00000169632 827 ntBASIC18.23■□□□□ 0.51
Trim3Q9R1R2 Gp1bb-201ENSMUST00000051160 645 ntAPPRIS P3 BASIC18.23■□□□□ 0.51
Trim3Q9R1R2 Gm3448-202ENSMUST00000097400 747 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC18.23■□□□□ 0.51
Trim3Q9R1R2 Krt76-201ENSMUST00000100179 2312 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.23■□□□□ 0.51
Trim3Q9R1R2 Rhno1-203ENSMUST00000112152 2015 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.23■□□□□ 0.51
Trim3Q9R1R2 Sort1-203ENSMUST00000135636 6836 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC18.23■□□□□ 0.51
Trim3Q9R1R2 Nr0b1-201ENSMUST00000026036 1808 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.23■□□□□ 0.51
Trim3Q9R1R2 Fam83d-201ENSMUST00000029183 2266 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.23■□□□□ 0.51
Trim3Q9R1R2 Gm43909-201ENSMUST00000203443 1876 ntBASIC18.22■□□□□ 0.51
Trim3Q9R1R2 Ap1ar-201ENSMUST00000051737 2662 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC18.22■□□□□ 0.51
Trim3Q9R1R2 Anapc5-208ENSMUST00000197719 2383 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC18.22■□□□□ 0.51
Trim3Q9R1R2 Gm14486-201ENSMUST00000144704 644 ntTSL 3 BASIC18.22■□□□□ 0.51
Trim3Q9R1R2 Ly6h-206ENSMUST00000156032 752 ntAPPRIS P3 TSL 3 BASIC18.22■□□□□ 0.51
Trim3Q9R1R2 Ly6h-201ENSMUST00000023241 906 ntAPPRIS ALT1 TSL 2 BASIC18.22■□□□□ 0.51
Trim3Q9R1R2 Gpr137-204ENSMUST00000099782 1742 ntTSL 1 (best) BASIC18.22■□□□□ 0.51
Trim3Q9R1R2 Cbfb-202ENSMUST00000109392 2891 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC18.22■□□□□ 0.51
Retrieved 100 of 76,532 protein–RNA pairs in 17.7 ms