Protein–RNA interactions for Protein: Q9CQ56

Use1, Vesicle transport protein USE1, mousemouse

Predictions only

Length 270 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (Experimental data)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
Use1Q9CQ56 Nlgn2-202ENSMUST00000108634 5568 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.44■□□□□ 0.54
Use1Q9CQ56 Cracr2b-201ENSMUST00000053670 1698 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC18.44■□□□□ 0.54
Use1Q9CQ56 Slc30a9-204ENSMUST00000162372 5711 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC18.44■□□□□ 0.54
Use1Q9CQ56 Hcn2-201ENSMUST00000020581 3089 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC18.43■□□□□ 0.54
Use1Q9CQ56 Ahcyl2-204ENSMUST00000115242 5152 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC18.43■□□□□ 0.54
Use1Q9CQ56 Scaf11-201ENSMUST00000047835 5766 ntTSL 5 BASIC18.43■□□□□ 0.54
Use1Q9CQ56 Clta-204ENSMUST00000107849 1099 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC18.43■□□□□ 0.54
Use1Q9CQ56 Clta-205ENSMUST00000107851 1135 ntAPPRIS P4 TSL 2 BASIC18.43■□□□□ 0.54
Use1Q9CQ56 Pgls-205ENSMUST00000143441 1062 ntTSL 3 BASIC18.43■□□□□ 0.54
Use1Q9CQ56 Yjefn3-202ENSMUST00000152938 785 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC18.43■□□□□ 0.54
Use1Q9CQ56 Sumf1-203ENSMUST00000167338 1044 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC18.43■□□□□ 0.54
Use1Q9CQ56 Tram1-201ENSMUST00000027068 2938 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.43■□□□□ 0.54
Use1Q9CQ56 Rab34-202ENSMUST00000056241 1558 ntTSL 5 BASIC18.42■□□□□ 0.54
Use1Q9CQ56 B630019K06Rik-201ENSMUST00000064196 2583 ntAPPRIS P1 BASIC18.42■□□□□ 0.54
Use1Q9CQ56 Fkbp1b-201ENSMUST00000020964 976 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.42■□□□□ 0.54
Use1Q9CQ56 Rps19bp1-201ENSMUST00000052499 830 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.42■□□□□ 0.54
Use1Q9CQ56 Gatad1-201ENSMUST00000007559 2545 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC18.42■□□□□ 0.54
Use1Q9CQ56 Bnc2-214ENSMUST00000176612 3963 ntTSL 5 BASIC18.41■□□□□ 0.54
Use1Q9CQ56 Ugdh-201ENSMUST00000031103 2550 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.41■□□□□ 0.54
Use1Q9CQ56 Nfe2-201ENSMUST00000075192 1697 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.41■□□□□ 0.54
Use1Q9CQ56 Wdr41-202ENSMUST00000159647 2289 ntTSL 5 BASIC18.41■□□□□ 0.54
Use1Q9CQ56 Wdr41-206ENSMUST00000167155 2289 ntTSL 1 (best) BASIC18.41■□□□□ 0.54
Use1Q9CQ56 Stk35-201ENSMUST00000165413 2882 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.41■□□□□ 0.54
Use1Q9CQ56 Cebpg-202ENSMUST00000130491 4709 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.41■□□□□ 0.54
Use1Q9CQ56 Zfp653-201ENSMUST00000043922 2108 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC18.41■□□□□ 0.54
Use1Q9CQ56 Paxip1-201ENSMUST00000002291 5850 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.41■□□□□ 0.54
Use1Q9CQ56 Nr2f1-201ENSMUST00000091458 3207 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.41■□□□□ 0.54
Use1Q9CQ56 Sorcs2-201ENSMUST00000037370 5707 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.4■□□□□ 0.54
Use1Q9CQ56 Mtus2-205ENSMUST00000110515 1792 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.4■□□□□ 0.54
Use1Q9CQ56 Nr0b1-201ENSMUST00000026036 1808 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.4■□□□□ 0.54
Use1Q9CQ56 Pigx-211ENSMUST00000189013 982 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC18.4■□□□□ 0.54
Use1Q9CQ56 Tusc2-203ENSMUST00000193418 410 ntTSL 3 BASIC18.4■□□□□ 0.54
Use1Q9CQ56 Socs1-201ENSMUST00000038099 1220 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.4■□□□□ 0.54
Use1Q9CQ56 Camk2n2-201ENSMUST00000052939 1291 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.4■□□□□ 0.54
Use1Q9CQ56 Pigx-201ENSMUST00000096109 993 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC18.4■□□□□ 0.54
Use1Q9CQ56 Gm38399-201ENSMUST00000112103 1645 ntTSL 2 BASIC18.4■□□□□ 0.54
Use1Q9CQ56 Mcam-201ENSMUST00000034650 2989 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC18.4■□□□□ 0.54
Use1Q9CQ56 Sstr1-201ENSMUST00000044299 2014 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.4■□□□□ 0.54
Use1Q9CQ56 Gng12-202ENSMUST00000114222 1354 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.4■□□□□ 0.54
Use1Q9CQ56 4732440D04Rik-203ENSMUST00000191825 5428 ntBASIC18.4■□□□□ 0.54
Use1Q9CQ56 Ubtd1-201ENSMUST00000026170 1527 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.39■□□□□ 0.54
Use1Q9CQ56 Gm9725-202ENSMUST00000166229 2326 ntTSL 5 BASIC18.39■□□□□ 0.53
Use1Q9CQ56 Nrxn2-204ENSMUST00000113461 5505 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC18.39■□□□□ 0.53
Use1Q9CQ56 Smim10l2a-201ENSMUST00000068106 2393 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.39■□□□□ 0.53
Use1Q9CQ56 Tmie-201ENSMUST00000050958 2802 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.39■□□□□ 0.53
Use1Q9CQ56 Psmd11-214ENSMUST00000173938 1626 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.39■□□□□ 0.53
Use1Q9CQ56 2900079G21Rik-201ENSMUST00000139552 1139 ntTSL 1 (best) BASIC18.39■□□□□ 0.53
Use1Q9CQ56 Siglecf-206ENSMUST00000206299 2149 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC18.39■□□□□ 0.53
Use1Q9CQ56 Lig3-204ENSMUST00000131537 1782 ntTSL 1 (best) BASIC18.39■□□□□ 0.53
Use1Q9CQ56 Lig3-209ENSMUST00000173009 1785 ntTSL 1 (best) BASIC18.39■□□□□ 0.53
Use1Q9CQ56 Zswim8-208ENSMUST00000224751 5951 ntAPPRIS ALT2 BASIC18.39■□□□□ 0.53
Use1Q9CQ56 Antxr1-201ENSMUST00000042025 5253 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC18.39■□□□□ 0.53
Use1Q9CQ56 Mfsd4a-202ENSMUST00000112365 1536 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC18.39■□□□□ 0.53
Use1Q9CQ56 Sapcd2-203ENSMUST00000114293 1600 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC18.38■□□□□ 0.53
Use1Q9CQ56 Ehmt2-201ENSMUST00000013931 4026 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC18.38■□□□□ 0.53
Use1Q9CQ56 Fmnl2-203ENSMUST00000090952 5414 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC18.38■□□□□ 0.53
Use1Q9CQ56 Bag5-202ENSMUST00000160576 1852 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.38■□□□□ 0.53
Use1Q9CQ56 Tmem260-209ENSMUST00000226422 6333 ntAPPRIS ALT2 BASIC18.38■□□□□ 0.53
Use1Q9CQ56 Faim-202ENSMUST00000112911 803 ntAPPRIS ALT1 TSL 2 BASIC18.38■□□□□ 0.53
Use1Q9CQ56 Hist2h2ab-201ENSMUST00000073115 444 ntAPPRIS P1 BASIC18.38■□□□□ 0.53
Use1Q9CQ56 Nptx1-201ENSMUST00000026670 5217 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.38■□□□□ 0.53
Use1Q9CQ56 Hexa-201ENSMUST00000026262 1996 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.38■□□□□ 0.53
Use1Q9CQ56 Rhod-201ENSMUST00000048197 1344 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.38■□□□□ 0.53
Use1Q9CQ56 Il17re-205ENSMUST00000203661 2118 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC18.38■□□□□ 0.53
Use1Q9CQ56 Mrpl38-201ENSMUST00000106439 1411 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.38■□□□□ 0.53
Use1Q9CQ56 Lfng-201ENSMUST00000031555 2305 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.38■□□□□ 0.53
Use1Q9CQ56 Ttyh3-201ENSMUST00000042661 4658 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.38■□□□□ 0.53
Use1Q9CQ56 Chst3-202ENSMUST00000135158 6108 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC18.37■□□□□ 0.53
Use1Q9CQ56 Cetn4-203ENSMUST00000102955 1064 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.37■□□□□ 0.53
Use1Q9CQ56 3110082J24Rik-202ENSMUST00000199573 767 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.37■□□□□ 0.53
Use1Q9CQ56 Endod1-203ENSMUST00000214236 419 ntAPPRIS ALT2 TSL 3 BASIC18.37■□□□□ 0.53
Use1Q9CQ56 Tial1-209ENSMUST00000141126 1344 ntTSL 5 BASIC18.37■□□□□ 0.53
Use1Q9CQ56 Flot2-203ENSMUST00000100784 2699 ntTSL 1 (best) BASIC18.37■□□□□ 0.53
Use1Q9CQ56 Ankrd9-203ENSMUST00000135131 1563 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC18.37■□□□□ 0.53
Use1Q9CQ56 Abhd8-201ENSMUST00000008094 1978 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.37■□□□□ 0.53
Use1Q9CQ56 Mtmr1-202ENSMUST00000114601 4640 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC18.37■□□□□ 0.53
Use1Q9CQ56 Ankle2-202ENSMUST00000086674 5025 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC18.37■□□□□ 0.53
Use1Q9CQ56 Cdk11b-202ENSMUST00000105598 2673 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC18.36■□□□□ 0.53
Use1Q9CQ56 Barx2-201ENSMUST00000116615 1968 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.36■□□□□ 0.53
Use1Q9CQ56 Cers2-201ENSMUST00000015858 2216 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.36■□□□□ 0.53
Use1Q9CQ56 Med16-204ENSMUST00000165684 2950 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC18.36■□□□□ 0.53
Use1Q9CQ56 Bend7-204ENSMUST00000184139 2251 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC18.36■□□□□ 0.53
Use1Q9CQ56 Krtap5-3-202ENSMUST00000187512 1652 ntAPPRIS P2 BASIC18.36■□□□□ 0.53
Use1Q9CQ56 5930403N24Rik-204ENSMUST00000217338 337 ntTSL 2 BASIC18.36■□□□□ 0.53
Use1Q9CQ56 Sec61a2-201ENSMUST00000026926 756 ntTSL 5 BASIC18.36■□□□□ 0.53
Use1Q9CQ56 2810474O19Rik-201ENSMUST00000046689 6066 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC18.36■□□□□ 0.53
Use1Q9CQ56 Acbd6-203ENSMUST00000097529 1255 ntTSL 1 (best) BASIC18.36■□□□□ 0.53
Use1Q9CQ56 Dlg1-202ENSMUST00000064477 4663 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC18.36■□□□□ 0.53
Use1Q9CQ56 Itsn2-215ENSMUST00000220311 6080 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC18.36■□□□□ 0.53
Use1Q9CQ56 Reep6-207ENSMUST00000186864 2015 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC18.35■□□□□ 0.53
Use1Q9CQ56 Chtop-202ENSMUST00000049937 2012 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.35■□□□□ 0.53
Use1Q9CQ56 Tomm40-201ENSMUST00000032555 1646 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.35■□□□□ 0.53
Use1Q9CQ56 Sigmar1-201ENSMUST00000059354 1640 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.35■□□□□ 0.53
Use1Q9CQ56 Arhgap27os2-201ENSMUST00000123812 1390 ntTSL 1 (best) BASIC18.35■□□□□ 0.53
Use1Q9CQ56 Dusp28-201ENSMUST00000060913 1314 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.35■□□□□ 0.53
Use1Q9CQ56 Pgp-201ENSMUST00000053024 1027 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.35■□□□□ 0.53
Use1Q9CQ56 Zfp668-202ENSMUST00000106261 2410 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.35■□□□□ 0.53
Use1Q9CQ56 Mgat4b-201ENSMUST00000041725 2429 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.35■□□□□ 0.53
Use1Q9CQ56 Daxx-202ENSMUST00000170075 2673 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC18.35■□□□□ 0.53
Use1Q9CQ56 Tk2-201ENSMUST00000050211 2406 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.34■□□□□ 0.53
Retrieved 100 of 76,532 protein–RNA pairs in 16.4 ms