Protein–RNA interactions for Protein: Q4QRL3

Ccdc88b, Coiled-coil domain-containing protein 88B, mousemouse

Predictions only

Length 1,481 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (Experimental data)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
Ccdc88bQ4QRL3 Hoxb6-202ENSMUST00000173432 1964 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC32.32■■■□□ 2.76
Ccdc88bQ4QRL3 Zxdb-201ENSMUST00000101388 5619 ntAPPRIS P1 BASIC32.32■■■□□ 2.76
Ccdc88bQ4QRL3 Gm11627-201ENSMUST00000107080 585 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC32.32■■■□□ 2.76
Ccdc88bQ4QRL3 Mfap2-201ENSMUST00000071977 1073 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC32.32■■■□□ 2.76
Ccdc88bQ4QRL3 Arl4d-201ENSMUST00000039388 1382 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC32.32■■■□□ 2.76
Ccdc88bQ4QRL3 Zfp69-201ENSMUST00000106280 2362 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC32.32■■■□□ 2.76
Ccdc88bQ4QRL3 Crlf3-203ENSMUST00000103233 2230 ntTSL 1 (best) BASIC32.32■■■□□ 2.76
Ccdc88bQ4QRL3 C1qtnf12-201ENSMUST00000024338 1315 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC32.31■■■□□ 2.76
Ccdc88bQ4QRL3 Sfr1-201ENSMUST00000099353 1583 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC32.31■■■□□ 2.76
Ccdc88bQ4QRL3 Rbfox3-206ENSMUST00000120061 2150 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC32.31■■■□□ 2.76
Ccdc88bQ4QRL3 Cdh4-203ENSMUST00000108911 1208 ntTSL 1 (best) BASIC32.31■■■□□ 2.76
Ccdc88bQ4QRL3 AV026068-208ENSMUST00000189098 286 ntTSL 5 BASIC32.31■■■□□ 2.76
Ccdc88bQ4QRL3 Fbxo6-202ENSMUST00000056965 1163 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC32.31■■■□□ 2.76
Ccdc88bQ4QRL3 Srsf12-201ENSMUST00000067864 2939 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC32.31■■■□□ 2.76
Ccdc88bQ4QRL3 Ogfod2-202ENSMUST00000119269 1474 ntTSL 1 (best) BASIC32.31■■■□□ 2.76
Ccdc88bQ4QRL3 1700030C12Rik-201ENSMUST00000101462 858 ntTSL 5 BASIC32.3■■■□□ 2.76
Ccdc88bQ4QRL3 Rpusd3-202ENSMUST00000113092 1269 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC32.3■■■□□ 2.76
Ccdc88bQ4QRL3 Cdk19os-202ENSMUST00000143103 1124 ntTSL 1 (best) BASIC32.3■■■□□ 2.76
Ccdc88bQ4QRL3 Gon7-202ENSMUST00000179263 525 ntTSL 1 (best) BASIC32.3■■■□□ 2.76
Ccdc88bQ4QRL3 Psmb5-201ENSMUST00000022803 899 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC32.3■■■□□ 2.76
Ccdc88bQ4QRL3 Tmem230-206ENSMUST00000180286 1531 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC32.3■■■□□ 2.76
Ccdc88bQ4QRL3 Hist1h2ap-201ENSMUST00000081342 482 ntAPPRIS P1 BASIC32.29■■■□□ 2.76
Ccdc88bQ4QRL3 Gramd1a-202ENSMUST00000085636 2543 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC32.29■■■□□ 2.76
Ccdc88bQ4QRL3 Cacnb1-203ENSMUST00000103144 2236 ntTSL 5 BASIC32.29■■■□□ 2.76
Ccdc88bQ4QRL3 Zfp523-201ENSMUST00000002318 2710 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC32.29■■■□□ 2.76
Ccdc88bQ4QRL3 Uncx-202ENSMUST00000174792 1196 ntTSL 1 (best) BASIC32.29■■■□□ 2.76
Ccdc88bQ4QRL3 Gnai2-203ENSMUST00000192837 421 ntTSL 5 BASIC32.29■■■□□ 2.76
Ccdc88bQ4QRL3 Gm46218-201ENSMUST00000215448 801 ntTSL 5 BASIC32.29■■■□□ 2.76
Ccdc88bQ4QRL3 Marc1-202ENSMUST00000110992 2152 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC32.28■■■□□ 2.76
Ccdc88bQ4QRL3 Bfsp1-201ENSMUST00000028907 2372 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC32.28■■■□□ 2.76
Ccdc88bQ4QRL3 Ewsr1-205ENSMUST00000102930 2174 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC32.28■■■□□ 2.76
Ccdc88bQ4QRL3 Sco2-201ENSMUST00000167643 1143 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC32.28■■■□□ 2.76
Ccdc88bQ4QRL3 A730056A06Rik-202ENSMUST00000206959 526 ntTSL 3 BASIC32.28■■■□□ 2.76
Ccdc88bQ4QRL3 Slc3a2-201ENSMUST00000010239 1819 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC32.27■■■□□ 2.76
Ccdc88bQ4QRL3 Rbm39-202ENSMUST00000109584 667 ntTSL 5 BASIC32.27■■■□□ 2.76
Ccdc88bQ4QRL3 Gm39115-201ENSMUST00000211350 699 ntAPPRIS P1 BASIC32.27■■■□□ 2.76
Ccdc88bQ4QRL3 Fam228b-205ENSMUST00000218575 1281 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC32.27■■■□□ 2.76
Ccdc88bQ4QRL3 Med30-201ENSMUST00000037115 1007 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC32.27■■■□□ 2.76
Ccdc88bQ4QRL3 Ly6h-204ENSMUST00000127095 1336 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC32.27■■■□□ 2.76
Ccdc88bQ4QRL3 Akr1a1-201ENSMUST00000030455 1420 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC32.26■■■□□ 2.75
Ccdc88bQ4QRL3 Ksr1-202ENSMUST00000108264 2748 ntTSL 5 BASIC32.26■■■□□ 2.75
Ccdc88bQ4QRL3 Neurog1-201ENSMUST00000058475 1686 ntAPPRIS P1 BASIC32.25■■■□□ 2.75
Ccdc88bQ4QRL3 Gpn2-201ENSMUST00000030661 1367 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC32.25■■■□□ 2.75
Ccdc88bQ4QRL3 Fam49b-207ENSMUST00000228226 1896 ntAPPRIS P1 BASIC32.25■■■□□ 2.75
Ccdc88bQ4QRL3 Polr3gl-201ENSMUST00000091924 1427 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC32.25■■■□□ 2.75
Ccdc88bQ4QRL3 Gm13148-201ENSMUST00000118892 745 ntBASIC32.25■■■□□ 2.75
Ccdc88bQ4QRL3 Lhx1-204ENSMUST00000184646 1201 ntTSL 5 BASIC32.25■■■□□ 2.75
Ccdc88bQ4QRL3 Pts-208ENSMUST00000215416 439 ntTSL 2 BASIC32.25■■■□□ 2.75
Ccdc88bQ4QRL3 Nudt14-201ENSMUST00000002881 734 ntTSL 2 BASIC32.25■■■□□ 2.75
Ccdc88bQ4QRL3 Tmem143-201ENSMUST00000069772 2297 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC32.25■■■□□ 2.75
Ccdc88bQ4QRL3 A230065N10Rik-201ENSMUST00000172178 1028 ntBASIC32.24■■■□□ 2.75
Ccdc88bQ4QRL3 2810405F15Rik-201ENSMUST00000195368 932 ntBASIC32.24■■■□□ 2.75
Ccdc88bQ4QRL3 Wipi2-202ENSMUST00000110778 1959 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC32.24■■■□□ 2.75
Ccdc88bQ4QRL3 Theg-202ENSMUST00000077433 1275 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC32.23■■■□□ 2.75
Ccdc88bQ4QRL3 Dnajb11-201ENSMUST00000004574 1927 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC32.23■■■□□ 2.75
Ccdc88bQ4QRL3 D11Wsu47e-201ENSMUST00000042227 2196 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC32.23■■■□□ 2.75
Ccdc88bQ4QRL3 Hikeshi-201ENSMUST00000075010 715 ntTSL 3 BASIC32.23■■■□□ 2.75
Ccdc88bQ4QRL3 Pdp1-204ENSMUST00000108299 2588 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC32.22■■■□□ 2.75
Ccdc88bQ4QRL3 Raph1-202ENSMUST00000090293 2409 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC32.22■■■□□ 2.75
Ccdc88bQ4QRL3 Rhno1-202ENSMUST00000112151 1108 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC32.22■■■□□ 2.75
Ccdc88bQ4QRL3 Shq1-201ENSMUST00000089245 1638 ntTSL 1 (best) BASIC32.22■■■□□ 2.75
Ccdc88bQ4QRL3 Letm2-201ENSMUST00000079160 2126 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC32.21■■■□□ 2.75
Ccdc88bQ4QRL3 Gm13534-201ENSMUST00000121169 513 ntBASIC32.21■■■□□ 2.75
Ccdc88bQ4QRL3 4930519P11Rik-201ENSMUST00000181369 501 ntAPPRIS P1 BASIC32.21■■■□□ 2.75
Ccdc88bQ4QRL3 Rcl1-201ENSMUST00000064393 1803 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC32.21■■■□□ 2.75
Ccdc88bQ4QRL3 Fam3c-203ENSMUST00000163963 1617 ntTSL 1 (best) BASIC32.2■■■□□ 2.75
Ccdc88bQ4QRL3 Kctd20-204ENSMUST00000122163 2423 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC32.2■■■□□ 2.75
Ccdc88bQ4QRL3 Rufy1-201ENSMUST00000020643 2688 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC32.2■■■□□ 2.74
Ccdc88bQ4QRL3 Hes1-201ENSMUST00000023171 1468 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC32.2■■■□□ 2.74
Ccdc88bQ4QRL3 Cetn3-201ENSMUST00000022009 1226 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC32.19■■■□□ 2.74
Ccdc88bQ4QRL3 Tssk6-201ENSMUST00000050373 1335 ntAPPRIS P1 BASIC32.19■■■□□ 2.74
Ccdc88bQ4QRL3 Aplp1-201ENSMUST00000006828 2343 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC32.19■■■□□ 2.74
Ccdc88bQ4QRL3 Cntfr-203ENSMUST00000102961 1995 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC32.18■■■□□ 2.74
Ccdc88bQ4QRL3 Dusp22-203ENSMUST00000110310 2319 ntTSL 2 BASIC32.18■■■□□ 2.74
Ccdc88bQ4QRL3 Pbx1-202ENSMUST00000072863 1709 ntTSL 1 (best) BASIC32.18■■■□□ 2.74
Ccdc88bQ4QRL3 Gm10602-201ENSMUST00000098239 609 ntBASIC32.18■■■□□ 2.74
Ccdc88bQ4QRL3 Fbxw2-206ENSMUST00000113080 1923 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC32.18■■■□□ 2.74
Ccdc88bQ4QRL3 Hoxb6-201ENSMUST00000000704 1321 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC32.17■■■□□ 2.74
Ccdc88bQ4QRL3 Ndufb2-202ENSMUST00000119379 455 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC32.17■■■□□ 2.74
Ccdc88bQ4QRL3 5033417F24Rik-201ENSMUST00000181575 1787 ntTSL 1 (best) BASIC32.17■■■□□ 2.74
Ccdc88bQ4QRL3 Trak1-208ENSMUST00000210636 2197 ntTSL 1 (best) BASIC32.17■■■□□ 2.74
Ccdc88bQ4QRL3 E130307A14Rik-208ENSMUST00000145971 830 ntTSL 3 BASIC32.16■■■□□ 2.74
Ccdc88bQ4QRL3 Ptpn4-203ENSMUST00000163435 2365 ntTSL 1 (best) BASIC32.16■■■□□ 2.74
Ccdc88bQ4QRL3 Gm16505-202ENSMUST00000220976 1626 ntTSL 5 BASIC32.16■■■□□ 2.74
Ccdc88bQ4QRL3 Cotl1-201ENSMUST00000034285 1596 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC32.16■■■□□ 2.74
Ccdc88bQ4QRL3 Stx1a-201ENSMUST00000005509 2162 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC32.16■■■□□ 2.74
Ccdc88bQ4QRL3 Gm11691-201ENSMUST00000130963 658 ntTSL 2 BASIC32.16■■■□□ 2.74
Ccdc88bQ4QRL3 Fkbp1a-201ENSMUST00000044011 1658 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC32.16■■■□□ 2.74
Ccdc88bQ4QRL3 Khk-204ENSMUST00000201621 1583 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC32.15■■■□□ 2.74
Ccdc88bQ4QRL3 Dxo-201ENSMUST00000046244 1519 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC32.15■■■□□ 2.74
Ccdc88bQ4QRL3 Mlf2-201ENSMUST00000032214 1451 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC32.15■■■□□ 2.74
Ccdc88bQ4QRL3 Ttc9b-201ENSMUST00000008088 2052 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC32.15■■■□□ 2.74
Ccdc88bQ4QRL3 Map1lc3b-203ENSMUST00000181521 775 ntTSL 3 BASIC32.15■■■□□ 2.74
Ccdc88bQ4QRL3 Purg-201ENSMUST00000070340 1064 ntAPPRIS P1 BASIC32.15■■■□□ 2.74
Ccdc88bQ4QRL3 Crb3-202ENSMUST00000097299 1206 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC32.15■■■□□ 2.74
Ccdc88bQ4QRL3 3010003L21Rik-201ENSMUST00000047953 1729 ntTSL 5 BASIC32.14■■■□□ 2.74
Ccdc88bQ4QRL3 Kcnn4-201ENSMUST00000171904 1990 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC32.14■■■□□ 2.74
Ccdc88bQ4QRL3 Disc1-204ENSMUST00000115885 2408 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC32.14■■■□□ 2.74
Ccdc88bQ4QRL3 Disc1-202ENSMUST00000075730 2408 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC32.14■■■□□ 2.74
Ccdc88bQ4QRL3 Kremen2-201ENSMUST00000046525 2123 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC32.14■■■□□ 2.74
Retrieved 100 of 76,532 protein–RNA pairs in 20.5 ms