Protein–RNA interactions for Protein: Q04857

Col6a1, Collagen alpha-1(VI) chain, mousemouse

Predictions only

Length 1,025 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (Experimental data)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
Col6a1Q04857 Cbx4-201ENSMUST00000026665 5179 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.6■■□□□ 1.05
Col6a1Q04857 Rnf187-201ENSMUST00000094151 1949 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.6■■□□□ 1.05
Col6a1Q04857 Macrod2-206ENSMUST00000110064 4883 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC21.6■■□□□ 1.05
Col6a1Q04857 Gorasp2-201ENSMUST00000028509 2238 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC21.6■■□□□ 1.05
Col6a1Q04857 Atxn7l2-201ENSMUST00000102633 3044 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC21.6■■□□□ 1.05
Col6a1Q04857 Gse1-203ENSMUST00000120493 4610 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.6■■□□□ 1.05
Col6a1Q04857 Ccdc61-201ENSMUST00000098780 2022 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.6■■□□□ 1.05
Col6a1Q04857 Dtnb-210ENSMUST00000173199 2820 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC21.59■■□□□ 1.05
Col6a1Q04857 Ankrd9-203ENSMUST00000135131 1563 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC21.59■■□□□ 1.05
Col6a1Q04857 Nnat-205ENSMUST00000153739 1146 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC21.59■■□□□ 1.05
Col6a1Q04857 Gm3264-202ENSMUST00000166776 882 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC21.59■■□□□ 1.05
Col6a1Q04857 Nnat-206ENSMUST00000172487 404 ntTSL 5 BASIC21.59■■□□□ 1.05
Col6a1Q04857 Nnat-210ENSMUST00000173839 1135 ntTSL 1 (best) BASIC21.59■■□□□ 1.05
Col6a1Q04857 Gm2990-201ENSMUST00000180662 1118 ntTSL 1 (best) BASIC21.59■■□□□ 1.05
Col6a1Q04857 Gm7977-201ENSMUST00000193787 748 ntBASIC21.59■■□□□ 1.05
Col6a1Q04857 Ptrh1-201ENSMUST00000066352 952 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.59■■□□□ 1.05
Col6a1Q04857 Ube2s-201ENSMUST00000079496 1238 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.59■■□□□ 1.05
Col6a1Q04857 Tssk2-201ENSMUST00000055374 1387 ntAPPRIS P1 BASIC21.59■■□□□ 1.05
Col6a1Q04857 Mxi1-202ENSMUST00000025998 4996 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.59■■□□□ 1.05
Col6a1Q04857 Lsr-203ENSMUST00000108116 2071 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.59■■□□□ 1.05
Col6a1Q04857 Dus1l-209ENSMUST00000167023 1909 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC21.59■■□□□ 1.05
Col6a1Q04857 Dus1l-201ENSMUST00000026151 1930 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC21.59■■□□□ 1.05
Col6a1Q04857 Sept4-206ENSMUST00000122067 1303 ntTSL 1 (best) BASIC21.58■■□□□ 1.05
Col6a1Q04857 Acsl6-209ENSMUST00000108904 2594 ntTSL 1 (best) BASIC21.58■■□□□ 1.05
Col6a1Q04857 A930001C03Rik-204ENSMUST00000154407 1402 ntTSL 1 (best) BASIC21.58■■□□□ 1.05
Col6a1Q04857 Dsg2-203ENSMUST00000121837 953 ntTSL 1 (best) BASIC21.58■■□□□ 1.05
Col6a1Q04857 BC005561-201ENSMUST00000096452 5409 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC21.58■■□□□ 1.04
Col6a1Q04857 Rab43-203ENSMUST00000078647 4605 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.58■■□□□ 1.04
Col6a1Q04857 Six5-201ENSMUST00000049454 3007 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.58■■□□□ 1.04
Col6a1Q04857 Pcyt2-203ENSMUST00000106188 1486 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.58■■□□□ 1.04
Col6a1Q04857 Glrx5-201ENSMUST00000021522 2925 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.57■■□□□ 1.04
Col6a1Q04857 Tab2-204ENSMUST00000146444 4380 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC21.57■■□□□ 1.04
Col6a1Q04857 Stac3-201ENSMUST00000035839 1790 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.57■■□□□ 1.04
Col6a1Q04857 Kctd2-202ENSMUST00000106533 2649 ntTSL 1 (best) BASIC21.57■■□□□ 1.04
Col6a1Q04857 Josd2-204ENSMUST00000118628 864 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC21.57■■□□□ 1.04
Col6a1Q04857 Gm13168-201ENSMUST00000121771 632 ntBASIC21.57■■□□□ 1.04
Col6a1Q04857 Taz-208ENSMUST00000132437 768 ntTSL 3 BASIC21.57■■□□□ 1.04
Col6a1Q04857 Gm14207-203ENSMUST00000156538 988 ntTSL 2 BASIC21.57■■□□□ 1.04
Col6a1Q04857 Tecr-203ENSMUST00000165740 1120 ntTSL 1 (best) BASIC21.57■■□□□ 1.04
Col6a1Q04857 Josd2-201ENSMUST00000035844 930 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.57■■□□□ 1.04
Col6a1Q04857 Rab28-201ENSMUST00000031011 1635 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.57■■□□□ 1.04
Col6a1Q04857 Npr3-205ENSMUST00000228603 2437 ntAPPRIS ALT2 BASIC21.57■■□□□ 1.04
Col6a1Q04857 Tbc1d2b-201ENSMUST00000041767 5956 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.57■■□□□ 1.04
Col6a1Q04857 Moap1-201ENSMUST00000173760 1312 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC21.56■■□□□ 1.04
Col6a1Q04857 Rgs19-207ENSMUST00000108779 642 ntTSL 5 BASIC21.56■■□□□ 1.04
Col6a1Q04857 Rab6b-202ENSMUST00000189134 716 ntTSL 3 BASIC21.56■■□□□ 1.04
Col6a1Q04857 Frmd4a-201ENSMUST00000075767 6761 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.56■■□□□ 1.04
Col6a1Q04857 Rasgrf2-206ENSMUST00000216219 2115 ntTSL 5 BASIC21.56■■□□□ 1.04
Col6a1Q04857 Shisa6-201ENSMUST00000066679 1578 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.56■■□□□ 1.04
Col6a1Q04857 Agap2-202ENSMUST00000217941 5573 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.56■■□□□ 1.04
Col6a1Q04857 Best2-201ENSMUST00000059072 1971 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.56■■□□□ 1.04
Col6a1Q04857 Pdp1-204ENSMUST00000108299 2588 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC21.55■■□□□ 1.04
Col6a1Q04857 Fam3c-203ENSMUST00000163963 1617 ntTSL 1 (best) BASIC21.55■■□□□ 1.04
Col6a1Q04857 Ell3-201ENSMUST00000028679 2115 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.55■■□□□ 1.04
Col6a1Q04857 Gm13148-201ENSMUST00000118892 745 ntBASIC21.55■■□□□ 1.04
Col6a1Q04857 Tmem54-201ENSMUST00000030575 1064 ntTSL 1 (best) BASIC21.55■■□□□ 1.04
Col6a1Q04857 Cers5-201ENSMUST00000023762 2096 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC21.55■■□□□ 1.04
Col6a1Q04857 Cacna2d2-205ENSMUST00000168532 5807 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.55■■□□□ 1.04
Col6a1Q04857 Chn2-201ENSMUST00000046856 2418 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.55■■□□□ 1.04
Col6a1Q04857 Nfkbid-203ENSMUST00000108176 2014 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.55■■□□□ 1.04
Col6a1Q04857 Homer1-206ENSMUST00000109493 2580 ntTSL 5 BASIC21.54■■□□□ 1.04
Col6a1Q04857 Puf60-202ENSMUST00000100527 1878 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC21.54■■□□□ 1.04
Col6a1Q04857 Efcc1-201ENSMUST00000032132 2729 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC21.54■■□□□ 1.04
Col6a1Q04857 Ubl3-201ENSMUST00000079324 2537 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.54■■□□□ 1.04
Col6a1Q04857 Glipr2-201ENSMUST00000030202 2320 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.54■■□□□ 1.04
Col6a1Q04857 Foxj3-209ENSMUST00000162267 1391 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.54■■□□□ 1.04
Col6a1Q04857 Tmem239-201ENSMUST00000055421 1291 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.54■■□□□ 1.04
Col6a1Q04857 Irx5-202ENSMUST00000210246 2550 ntTSL 5 BASIC21.54■■□□□ 1.04
Col6a1Q04857 Pptc7-201ENSMUST00000053426 4644 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC21.54■■□□□ 1.04
Col6a1Q04857 Spry1-203ENSMUST00000108109 2451 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.54■■□□□ 1.04
Col6a1Q04857 Spry1-201ENSMUST00000038569 2481 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.54■■□□□ 1.04
Col6a1Q04857 Cacnb1-205ENSMUST00000107562 1745 ntTSL 1 (best) BASIC21.54■■□□□ 1.04
Col6a1Q04857 Strn3-201ENSMUST00000013130 3046 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.54■■□□□ 1.04
Col6a1Q04857 Serpinh1-202ENSMUST00000169437 2274 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.54■■□□□ 1.04
Col6a1Q04857 Osbp-201ENSMUST00000025590 4578 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC21.54■■□□□ 1.04
Col6a1Q04857 Rtl8a-201ENSMUST00000088779 1195 ntAPPRIS P1 BASIC21.53■■□□□ 1.04
Col6a1Q04857 Tbxa2r-201ENSMUST00000105325 1765 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.53■■□□□ 1.04
Col6a1Q04857 Ugp2-201ENSMUST00000060895 2044 ntTSL 1 (best) BASIC21.53■■□□□ 1.04
Col6a1Q04857 Eml2-202ENSMUST00000117338 2765 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC21.53■■□□□ 1.04
Col6a1Q04857 Krt8-201ENSMUST00000023952 1805 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.52■■□□□ 1.04
Col6a1Q04857 Kcng2-201ENSMUST00000077962 2813 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC21.52■■□□□ 1.04
Col6a1Q04857 Dirc2-201ENSMUST00000023554 5395 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.52■■□□□ 1.04
Col6a1Q04857 Jak2-202ENSMUST00000065796 5030 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC21.52■■□□□ 1.04
Col6a1Q04857 Gm43403-201ENSMUST00000198011 1786 ntBASIC21.52■■□□□ 1.04
Col6a1Q04857 Stxbp3-202ENSMUST00000106596 553 ntTSL 2 BASIC21.52■■□□□ 1.04
Col6a1Q04857 Gm15556-201ENSMUST00000122904 663 ntTSL 5 BASIC21.52■■□□□ 1.04
Col6a1Q04857 Map1lc3b-203ENSMUST00000181521 775 ntTSL 3 BASIC21.52■■□□□ 1.04
Col6a1Q04857 1700018M17Rik-201ENSMUST00000052502 456 ntBASIC21.52■■□□□ 1.04
Col6a1Q04857 Gm10065-201ENSMUST00000076238 345 ntAPPRIS P1 BASIC21.52■■□□□ 1.04
Col6a1Q04857 Ubxn1-201ENSMUST00000096255 1041 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.52■■□□□ 1.04
Col6a1Q04857 Galr2-201ENSMUST00000055872 1940 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.52■■□□□ 1.04
Col6a1Q04857 Cnnm1-201ENSMUST00000165311 5037 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC21.52■■□□□ 1.04
Col6a1Q04857 Gm43859-201ENSMUST00000200075 1412 ntBASIC21.52■■□□□ 1.04
Col6a1Q04857 Cldn5-201ENSMUST00000043577 1414 ntAPPRIS P1 BASIC21.52■■□□□ 1.04
Col6a1Q04857 Abhd12-201ENSMUST00000056149 1999 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.52■■□□□ 1.04
Col6a1Q04857 Ammecr1-201ENSMUST00000041317 5437 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.52■■□□□ 1.03
Col6a1Q04857 Cacng7-201ENSMUST00000092891 2212 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.51■■□□□ 1.03
Col6a1Q04857 Gm12473-201ENSMUST00000137535 579 ntTSL 5 BASIC21.51■■□□□ 1.03
Col6a1Q04857 Gm20049-201ENSMUST00000219950 730 ntBASIC21.51■■□□□ 1.03
Col6a1Q04857 Aifm2-201ENSMUST00000067857 1442 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.51■■□□□ 1.03
Retrieved 100 of 76,532 protein–RNA pairs in 24.7 ms