Protein–RNA interactions for Protein: P39428

Traf1, TNF receptor-associated factor 1, mousemouse

Predictions only

Length 409 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (Experimental data)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
Traf1P39428 Tead2-201ENSMUST00000033060 2140 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.59■■□□□ 1.21
Traf1P39428 Clta-202ENSMUST00000107846 1710 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.59■■□□□ 1.21
Traf1P39428 Hfe2-201ENSMUST00000049208 2028 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.58■■□□□ 1.21
Traf1P39428 Gm29394-202ENSMUST00000176935 1326 ntAPPRIS P5 TSL 2 BASIC22.58■■□□□ 1.21
Traf1P39428 Csnk1a1-207ENSMUST00000166990 1860 ntTSL 5 BASIC22.58■■□□□ 1.21
Traf1P39428 Bola3-207ENSMUST00000136501 2312 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.58■■□□□ 1.21
Traf1P39428 Gm26660-201ENSMUST00000181582 2543 ntTSL 1 (best) BASIC22.58■■□□□ 1.21
Traf1P39428 Fam20b-202ENSMUST00000122424 4532 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.58■■□□□ 1.21
Traf1P39428 Grifin-201ENSMUST00000042993 613 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.58■■□□□ 1.21
Traf1P39428 Ugdh-201ENSMUST00000031103 2550 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.58■■□□□ 1.21
Traf1P39428 Derl2-207ENSMUST00000171041 1466 ntTSL 1 (best) BASIC22.58■■□□□ 1.2
Traf1P39428 1700105P06Rik-201ENSMUST00000186160 1772 ntBASIC22.58■■□□□ 1.2
Traf1P39428 Gm26507-201ENSMUST00000181838 1410 ntTSL 1 (best) BASIC22.57■■□□□ 1.2
Traf1P39428 Desi2-204ENSMUST00000161075 2590 ntTSL 1 (best) BASIC22.57■■□□□ 1.2
Traf1P39428 Galnt11-201ENSMUST00000045737 2552 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.57■■□□□ 1.2
Traf1P39428 Neurl4-202ENSMUST00000108617 4892 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC22.57■■□□□ 1.2
Traf1P39428 Kifc3-201ENSMUST00000034240 3277 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC22.57■■□□□ 1.2
Traf1P39428 Gorasp2-203ENSMUST00000112205 1196 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.57■■□□□ 1.2
Traf1P39428 1810059C17Rik-201ENSMUST00000125173 487 ntTSL 1 (best) BASIC22.57■■□□□ 1.2
Traf1P39428 Rhbdd3-201ENSMUST00000036320 1790 ntTSL 1 (best) BASIC22.57■■□□□ 1.2
Traf1P39428 Meg3-207ENSMUST00000143836 1896 ntTSL 1 (best) BASIC22.57■■□□□ 1.2
Traf1P39428 Ldb1-202ENSMUST00000056931 2295 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC22.57■■□□□ 1.2
Traf1P39428 Rora-202ENSMUST00000113624 2591 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.57■■□□□ 1.2
Traf1P39428 Mal2-201ENSMUST00000025356 2950 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.57■■□□□ 1.2
Traf1P39428 Spint1-202ENSMUST00000110816 1913 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.57■■□□□ 1.2
Traf1P39428 Hpca-204ENSMUST00000116444 1847 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.57■■□□□ 1.2
Traf1P39428 Rhov-201ENSMUST00000037360 1703 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.57■■□□□ 1.2
Traf1P39428 Shox2-201ENSMUST00000029422 3079 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.56■■□□□ 1.2
Traf1P39428 Pick1-204ENSMUST00000163571 2054 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.56■■□□□ 1.2
Traf1P39428 Shisa4-201ENSMUST00000041240 1763 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.56■■□□□ 1.2
Traf1P39428 Kctd17-206ENSMUST00000162517 901 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC22.56■■□□□ 1.2
Traf1P39428 Kctd17-209ENSMUST00000166142 826 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.56■■□□□ 1.2
Traf1P39428 Gm36210-201ENSMUST00000210663 1279 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.56■■□□□ 1.2
Traf1P39428 Gm10033-202ENSMUST00000211874 928 ntBASIC22.56■■□□□ 1.2
Traf1P39428 Mfn1-201ENSMUST00000091257 4562 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.56■■□□□ 1.2
Traf1P39428 Pou3f3-201ENSMUST00000054883 7409 ntAPPRIS P1 BASIC22.56■■□□□ 1.2
Traf1P39428 Ankrd33b-203ENSMUST00000110410 2070 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.56■■□□□ 1.2
Traf1P39428 Zranb1-202ENSMUST00000106157 5008 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC22.56■■□□□ 1.2
Traf1P39428 Fam193a-202ENSMUST00000180376 5536 ntAPPRIS P5 TSL 5 BASIC22.55■■□□□ 1.2
Traf1P39428 Ercc6l2-208ENSMUST00000144763 1820 ntTSL 1 (best) BASIC22.55■■□□□ 1.2
Traf1P39428 Gm4553-201ENSMUST00000168049 714 ntAPPRIS ALT2 BASIC22.55■■□□□ 1.2
Traf1P39428 Mettl26-205ENSMUST00000169308 1026 ntTSL 2 BASIC22.55■■□□□ 1.2
Traf1P39428 Dap-205ENSMUST00000186547 535 ntTSL 3 BASIC22.55■■□□□ 1.2
Traf1P39428 Gm9988-201ENSMUST00000069786 435 ntBASIC22.55■■□□□ 1.2
Traf1P39428 Tinagl1-202ENSMUST00000105998 1976 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC22.55■■□□□ 1.2
Traf1P39428 Arhgap23-202ENSMUST00000107601 5450 ntTSL 5 BASIC22.55■■□□□ 1.2
Traf1P39428 Hpca-201ENSMUST00000030572 1525 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.55■■□□□ 1.2
Traf1P39428 Gnb5-206ENSMUST00000215875 2105 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.55■■□□□ 1.2
Traf1P39428 Nfix-201ENSMUST00000076715 1403 ntTSL 1 (best) BASIC22.55■■□□□ 1.2
Traf1P39428 Zfp105-201ENSMUST00000051667 2010 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.55■■□□□ 1.2
Traf1P39428 Dda1-202ENSMUST00000124745 1933 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.55■■□□□ 1.2
Traf1P39428 Hsd17b2-201ENSMUST00000034304 1320 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.55■■□□□ 1.2
Traf1P39428 Gm12524-201ENSMUST00000143109 1583 ntTSL 1 (best) BASIC22.55■■□□□ 1.2
Traf1P39428 Acsl3-203ENSMUST00000134566 2492 ntTSL 1 (best) BASIC22.54■■□□□ 1.2
Traf1P39428 Dirc2-201ENSMUST00000023554 5395 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.54■■□□□ 1.2
Traf1P39428 Htr7-201ENSMUST00000099505 1606 ntTSL 5 BASIC22.54■■□□□ 1.2
Traf1P39428 Slc9a7-201ENSMUST00000072451 2512 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC22.54■■□□□ 1.2
Traf1P39428 Fam49b-202ENSMUST00000164532 1770 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.54■■□□□ 1.2
Traf1P39428 AV356131-201ENSMUST00000206201 750 ntBASIC22.54■■□□□ 1.2
Traf1P39428 Cck-203ENSMUST00000215228 783 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.54■■□□□ 1.2
Traf1P39428 Impa2-201ENSMUST00000025403 1661 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.54■■□□□ 1.2
Traf1P39428 Papd7-202ENSMUST00000198607 4750 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.54■■□□□ 1.2
Traf1P39428 Prkab1-201ENSMUST00000031486 2089 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.54■■□□□ 1.2
Traf1P39428 Sept4-206ENSMUST00000122067 1303 ntTSL 1 (best) BASIC22.54■■□□□ 1.2
Traf1P39428 Dus1l-203ENSMUST00000106135 1863 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC22.54■■□□□ 1.2
Traf1P39428 Dlg3-202ENSMUST00000087984 4956 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.53■■□□□ 1.2
Traf1P39428 Lrrc38-201ENSMUST00000052458 2324 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.53■■□□□ 1.2
Traf1P39428 Lmtk3-202ENSMUST00000120005 4997 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC22.53■■□□□ 1.2
Traf1P39428 Zcrb1-208ENSMUST00000162160 850 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC22.53■■□□□ 1.2
Traf1P39428 Hist2h3c2-201ENSMUST00000167403 1020 ntAPPRIS P1 BASIC22.53■■□□□ 1.2
Traf1P39428 Stum-202ENSMUST00000179826 601 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC22.53■■□□□ 1.2
Traf1P39428 4930467K11Rik-201ENSMUST00000180831 723 ntTSL 1 (best) BASIC22.53■■□□□ 1.2
Traf1P39428 Gm26571-205ENSMUST00000223215 591 ntTSL 3 BASIC22.53■■□□□ 1.2
Traf1P39428 Gm9970-201ENSMUST00000068997 558 ntAPPRIS P1 BASIC22.53■■□□□ 1.2
Traf1P39428 Hist1h2ag-201ENSMUST00000091741 485 ntAPPRIS P1 BASIC22.53■■□□□ 1.2
Traf1P39428 B4galt6-201ENSMUST00000070080 5808 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.53■■□□□ 1.2
Traf1P39428 Inhbb-201ENSMUST00000038765 4255 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.53■■□□□ 1.2
Traf1P39428 Ppp6r2-202ENSMUST00000226221 2559 ntBASIC22.53■■□□□ 1.2
Traf1P39428 Gm26682-201ENSMUST00000180850 1729 ntTSL 1 (best) BASIC22.53■■□□□ 1.2
Traf1P39428 Ubl3-202ENSMUST00000164904 2001 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.53■■□□□ 1.2
Traf1P39428 Man1a-203ENSMUST00000105470 2847 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.53■■□□□ 1.2
Traf1P39428 Zfp467-202ENSMUST00000114556 2287 ntTSL 1 (best) BASIC22.52■■□□□ 1.2
Traf1P39428 Noc2l-201ENSMUST00000179543 2785 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC22.52■■□□□ 1.2
Traf1P39428 Cltb-202ENSMUST00000091609 2186 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.52■■□□□ 1.2
Traf1P39428 Spock1-204ENSMUST00000186271 2005 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.52■■□□□ 1.2
Traf1P39428 M5C1000I18Rik-202ENSMUST00000186205 1414 ntTSL 1 (best) BASIC22.52■■□□□ 1.2
Traf1P39428 Snhg6-203ENSMUST00000182580 473 ntTSL 1 (best) BASIC22.52■■□□□ 1.2
Traf1P39428 Syap1-201ENSMUST00000033723 2087 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.52■■□□□ 1.2
Traf1P39428 Mcmbp-202ENSMUST00000119081 2347 ntTSL 1 (best) BASIC22.52■■□□□ 1.2
Traf1P39428 Bcl10-201ENSMUST00000029842 1949 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.51■■□□□ 1.19
Traf1P39428 Med25-201ENSMUST00000003049 2619 ntTSL 1 (best) BASIC22.51■■□□□ 1.19
Traf1P39428 AV026068-208ENSMUST00000189098 286 ntTSL 5 BASIC22.51■■□□□ 1.19
Traf1P39428 Zfp125-203ENSMUST00000208744 928 ntTSL 5 BASIC22.51■■□□□ 1.19
Traf1P39428 Gm11175-202ENSMUST00000211380 408 ntTSL 3 BASIC22.51■■□□□ 1.19
Traf1P39428 Mpz-201ENSMUST00000070758 2002 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.51■■□□□ 1.19
Traf1P39428 Zbtb7a-204ENSMUST00000121840 1676 ntTSL 1 (best) BASIC22.51■■□□□ 1.19
Traf1P39428 Kansl1-204ENSMUST00000106972 5427 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC22.51■■□□□ 1.19
Traf1P39428 Rnf111-204ENSMUST00000213647 4961 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.51■■□□□ 1.19
Traf1P39428 Runx2-207ENSMUST00000160673 1791 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.5■■□□□ 1.19
Traf1P39428 Bfsp1-201ENSMUST00000028907 2372 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.5■■□□□ 1.19
Retrieved 100 of 76,532 protein–RNA pairs in 33.8 ms