Protein–RNA interactions for Protein: P53564

Cux1, Homeobox protein cut-like 1, mousemouse

Predictions only

Length 1,515 aa.

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Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (Experimental data)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
Cux1P53564 Cxcr2-201ENSMUST00000027372 2220 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC15.21■□□□□ 0.02
Cux1P53564 AC135083.1-201ENSMUST00000227773 1331 ntBASIC15.21■□□□□ 0.02
Cux1P53564 Ebf2-203ENSMUST00000176161 5204 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.21■□□□□ 0.02
Cux1P53564 Il18bp-202ENSMUST00000209368 2596 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.21■□□□□ 0.02
Cux1P53564 Specc1-214ENSMUST00000202389 3363 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC15.2■□□□□ 0.02
Cux1P53564 Nol4l-202ENSMUST00000109784 5610 ntTSL 1 (best) BASIC15.2■□□□□ 0.02
Cux1P53564 Slc25a14-204ENSMUST00000134257 1805 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC15.2■□□□□ 0.02
Cux1P53564 Prkce-202ENSMUST00000097275 6254 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.2■□□□□ 0.02
Cux1P53564 Armc9-202ENSMUST00000113309 3555 ntTSL 1 (best) BASIC15.2■□□□□ 0.02
Cux1P53564 Gm364-201ENSMUST00000114725 2156 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC15.2■□□□□ 0.02
Cux1P53564 4933439C10Rik-203ENSMUST00000132226 3184 ntTSL 1 (best) BASIC15.2■□□□□ 0.02
Cux1P53564 Fosb-202ENSMUST00000207334 3664 ntTSL 5 BASIC15.2■□□□□ 0.02
Cux1P53564 Maml2-202ENSMUST00000159294 6404 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC15.2■□□□□ 0.02
Cux1P53564 Tube1-201ENSMUST00000019991 2929 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.2■□□□□ 0.02
Cux1P53564 St6galnac6-201ENSMUST00000072111 2277 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC15.2■□□□□ 0.02
Cux1P53564 Cdc7-204ENSMUST00000118261 3129 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC15.2■□□□□ 0.02
Cux1P53564 Ctif-201ENSMUST00000165559 6173 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC15.2■□□□□ 0.02
Cux1P53564 Dtx3l-202ENSMUST00000114885 2648 ntTSL 1 (best) BASIC15.2■□□□□ 0.02
Cux1P53564 Slc31a2-202ENSMUST00000107467 868 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC15.2■□□□□ 0.02
Cux1P53564 Adam19-201ENSMUST00000011400 6383 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.2■□□□□ 0.02
Cux1P53564 Rpl9-ps3-201ENSMUST00000119147 576 ntBASIC15.2■□□□□ 0.02
Cux1P53564 Gm12862-201ENSMUST00000150754 472 ntTSL 5 BASIC15.2■□□□□ 0.02
Cux1P53564 Gm8254-201ENSMUST00000182326 972 ntBASIC15.2■□□□□ 0.02
Cux1P53564 Gm43957-201ENSMUST00000203606 362 ntBASIC15.2■□□□□ 0.02
Cux1P53564 Gm2796-201ENSMUST00000204007 496 ntBASIC15.2■□□□□ 0.02
Cux1P53564 AC159106.2-201ENSMUST00000223732 486 ntBASIC15.2■□□□□ 0.02
Cux1P53564 AC115784.1-201ENSMUST00000227687 1010 ntBASIC15.2■□□□□ 0.02
Cux1P53564 Tmem14a-201ENSMUST00000027064 1261 ntTSL 1 (best) BASIC15.2■□□□□ 0.02
Cux1P53564 Olfr1535-201ENSMUST00000068163 981 ntAPPRIS P1 BASIC15.2■□□□□ 0.02
Cux1P53564 Wnt5a-202ENSMUST00000112272 3650 ntTSL 1 (best) BASIC15.2■□□□□ 0.02
Cux1P53564 Gm44749-201ENSMUST00000206285 1628 ntBASIC15.2■□□□□ 0.02
Cux1P53564 Gm35618-201ENSMUST00000223164 1606 ntTSL 1 (best) BASIC15.2■□□□□ 0.02
Cux1P53564 Srsf5-203ENSMUST00000110352 1491 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC15.2■□□□□ 0.02
Cux1P53564 Srsf5-204ENSMUST00000110354 1489 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC15.2■□□□□ 0.02
Cux1P53564 Uimc1-204ENSMUST00000127195 2936 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC15.2■□□□□ 0.02
Cux1P53564 Mkln1os-201ENSMUST00000139185 1864 ntTSL 1 (best) BASIC15.2■□□□□ 0.02
Cux1P53564 Ankrd31-203ENSMUST00000208758 5859 ntTSL 5 BASIC15.2■□□□□ 0.02
Cux1P53564 Cdnf-201ENSMUST00000036350 3013 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.2■□□□□ 0.02
Cux1P53564 Krba1-203ENSMUST00000114571 6695 ntTSL 1 (best) BASIC15.19■□□□□ 0.02
Cux1P53564 Msantd2-204ENSMUST00000211060 2165 ntTSL 3 BASIC15.19■□□□□ 0.02
Cux1P53564 1600014C10Rik-204ENSMUST00000178207 3341 ntTSL 1 (best) BASIC15.19■□□□□ 0.02
Cux1P53564 Gm38095-201ENSMUST00000192896 1402 ntBASIC15.19■□□□□ 0.02
Cux1P53564 Tex11-202ENSMUST00000113716 2591 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.19■□□□□ 0.02
Cux1P53564 Chil1-208ENSMUST00000156873 1645 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC15.19■□□□□ 0.02
Cux1P53564 Gypa-201ENSMUST00000063359 1848 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.19■□□□□ 0.02
Cux1P53564 Ddr1-212ENSMUST00000166980 3627 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC15.19■□□□□ 0.02
Cux1P53564 Gm14407-201ENSMUST00000121260 447 ntBASIC15.19■□□□□ 0.02
Cux1P53564 Gm9458-201ENSMUST00000135273 727 ntBASIC15.19■□□□□ 0.02
Cux1P53564 Gm15942-201ENSMUST00000136305 810 ntTSL 5 BASIC15.19■□□□□ 0.02
Cux1P53564 Gm37955-201ENSMUST00000195098 212 ntBASIC15.19■□□□□ 0.02
Cux1P53564 Cxcr1-201ENSMUST00000053389 1125 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.19■□□□□ 0.02
Cux1P53564 Olfr1212-201ENSMUST00000055895 936 ntAPPRIS P1 BASIC15.19■□□□□ 0.02
Cux1P53564 Tmem212-201ENSMUST00000058077 716 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.19■□□□□ 0.02
Cux1P53564 Pdxdc1-201ENSMUST00000023361 4228 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.19■□□□□ 0.02
Cux1P53564 Olfml1-201ENSMUST00000120990 1685 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.19■□□□□ 0.02
Cux1P53564 Trim43b-201ENSMUST00000167113 2262 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC15.19■□□□□ 0.02
Cux1P53564 Tle3-217ENSMUST00000162973 4114 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC15.19■□□□□ 0.02
Cux1P53564 Sstr2-202ENSMUST00000106630 1537 ntTSL 1 (best) BASIC15.19■□□□□ 0.02
Cux1P53564 Allc-201ENSMUST00000020965 1500 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.19■□□□□ 0.02
Cux1P53564 Tox-201ENSMUST00000039987 3961 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.19■□□□□ 0.02
Cux1P53564 Trappc9-204ENSMUST00000170633 4688 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.19■□□□□ 0.02
Cux1P53564 Ampd2-203ENSMUST00000102638 3650 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC15.19■□□□□ 0.02
Cux1P53564 Rab11fip3-201ENSMUST00000118828 3271 ntTSL 1 (best) BASIC15.19■□□□□ 0.02
Cux1P53564 Gm26670-201ENSMUST00000180429 3287 ntBASIC15.19■□□□□ 0.02
Cux1P53564 Kirrel3-205ENSMUST00000187182 3532 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.19■□□□□ 0.02
Cux1P53564 Dcstamp-203ENSMUST00000227368 1825 ntBASIC15.19■□□□□ 0.02
Cux1P53564 Abcc10-204ENSMUST00000167360 4866 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.19■□□□□ 0.02
Cux1P53564 Gm4810-201ENSMUST00000177721 1607 ntBASIC15.19■□□□□ 0.02
Cux1P53564 Gm15947-201ENSMUST00000161395 2742 ntTSL 1 (best) BASIC15.19■□□□□ 0.02
Cux1P53564 Irs4-201ENSMUST00000067841 6294 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.19■□□□□ 0.02
Cux1P53564 Slfn1-201ENSMUST00000037994 1864 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.19■□□□□ 0.02
Cux1P53564 Gm44826-201ENSMUST00000207648 2332 ntBASIC15.19■□□□□ 0.02
Cux1P53564 Zfp280b-201ENSMUST00000061617 5097 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.18■□□□□ 0.02
Cux1P53564 Ctc1-211ENSMUST00000161455 3989 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC15.18■□□□□ 0.02
Cux1P53564 Myo15b-208ENSMUST00000222123 5154 ntTSL 5 BASIC15.18■□□□□ 0.02
Cux1P53564 Tex48-202ENSMUST00000102862 672 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.18■□□□□ 0.02
Cux1P53564 Gm5389-201ENSMUST00000120893 1176 ntBASIC15.18■□□□□ 0.02
Cux1P53564 4933406K04Rik-201ENSMUST00000124068 1136 ntTSL 1 (best) BASIC15.18■□□□□ 0.02
Cux1P53564 Gm26619-201ENSMUST00000180396 1073 ntTSL 1 (best) BASIC15.18■□□□□ 0.02
Cux1P53564 2010110E17Rik-201ENSMUST00000184161 879 ntBASIC15.18■□□□□ 0.02
Cux1P53564 Slc35a4-205ENSMUST00000185899 312 ntTSL 1 (best) BASIC15.18■□□□□ 0.02
Cux1P53564 Gm29018-201ENSMUST00000188707 925 ntTSL 3 BASIC15.18■□□□□ 0.02
Cux1P53564 Gm7684-201ENSMUST00000211891 829 ntBASIC15.18■□□□□ 0.02
Cux1P53564 Gm18030-201ENSMUST00000222163 731 ntBASIC15.18■□□□□ 0.02
Cux1P53564 AC121997.1-201ENSMUST00000226423 793 ntBASIC15.18■□□□□ 0.02
Cux1P53564 Copg1-201ENSMUST00000049966 921 ntTSL 1 (best) BASIC15.18■□□□□ 0.02
Cux1P53564 Gsta1-201ENSMUST00000098537 875 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.18■□□□□ 0.02
Cux1P53564 Rbbp5-202ENSMUST00000187505 1977 ntTSL 5 BASIC15.18■□□□□ 0.02
Cux1P53564 Araf-202ENSMUST00000120356 1520 ntTSL 1 (best) BASIC15.18■□□□□ 0.02
Cux1P53564 Slc27a6-201ENSMUST00000025500 2485 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.18■□□□□ 0.02
Cux1P53564 Mfap3l-202ENSMUST00000160719 6335 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.18■□□□□ 0.02
Cux1P53564 Oas1c-201ENSMUST00000117193 2291 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.18■□□□□ 0.02
Cux1P53564 Pold1-201ENSMUST00000049343 3454 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.18■□□□□ 0.02
Cux1P53564 Tor1aip1-202ENSMUST00000097527 4234 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.18■□□□□ 0.02
Cux1P53564 Olfr55-202ENSMUST00000214888 4675 ntTSL 5 BASIC15.18■□□□□ 0.02
Cux1P53564 Sh3kbp1-204ENSMUST00000112451 3914 ntTSL 1 (best) BASIC15.18■□□□□ 0.02
Cux1P53564 Gm36955-201ENSMUST00000194316 1661 ntBASIC15.18■□□□□ 0.02
Cux1P53564 Vcpip1-201ENSMUST00000057438 9749 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.18■□□□□ 0.02
Cux1P53564 Dmbx1-203ENSMUST00000124071 4017 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC15.18■□□□□ 0.02
Cux1P53564 Gbp5-201ENSMUST00000090127 3055 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.18■□□□□ 0.02
Retrieved 100 of 76,532 protein–RNA pairs in 82 ms