Protein–RNA interactions for Protein: Q3UHD6

Snx27, Sorting nexin-27, mousemouse

Predictions only

Length 539 aa.

Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (Experimental data)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
Snx27Q3UHD6 Gm29394-202ENSMUST00000176935 1326 ntAPPRIS P5 TSL 2 BASIC21.33■■□□□ 1.01
Snx27Q3UHD6 Kctd17-206ENSMUST00000162517 901 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC21.33■■□□□ 1.01
Snx27Q3UHD6 Kctd17-209ENSMUST00000166142 826 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.33■■□□□ 1.01
Snx27Q3UHD6 AV356131-201ENSMUST00000206201 750 ntBASIC21.33■■□□□ 1.01
Snx27Q3UHD6 B230217C12Rik-201ENSMUST00000054783 1189 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC21.33■■□□□ 1.01
Snx27Q3UHD6 Zfp69-201ENSMUST00000106280 2362 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC21.33■■□□□ 1
Snx27Q3UHD6 AA386476-201ENSMUST00000098781 1665 ntBASIC21.32■■□□□ 1
Snx27Q3UHD6 Cck-203ENSMUST00000215228 783 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.32■■□□□ 1
Snx27Q3UHD6 Dtnbp1-208ENSMUST00000222805 1231 ntTSL 1 (best) BASIC21.32■■□□□ 1
Snx27Q3UHD6 Cant1-205ENSMUST00000106289 1600 ntTSL 1 (best) BASIC21.32■■□□□ 1
Snx27Q3UHD6 Htr7-201ENSMUST00000099505 1606 ntTSL 5 BASIC21.32■■□□□ 1
Snx27Q3UHD6 Cacnb1-203ENSMUST00000103144 2236 ntTSL 5 BASIC21.32■■□□□ 1
Snx27Q3UHD6 Map3k15-201ENSMUST00000033665 4348 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC21.31■■□□□ 1
Snx27Q3UHD6 Reep4-203ENSMUST00000226563 1444 ntBASIC21.31■■□□□ 1
Snx27Q3UHD6 Foxf2-201ENSMUST00000042054 2363 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.31■■□□□ 1
Snx27Q3UHD6 Otud5-203ENSMUST00000115666 2471 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.31■■□□□ 1
Snx27Q3UHD6 1810059C17Rik-201ENSMUST00000125173 487 ntTSL 1 (best) BASIC21.31■■□□□ 1
Snx27Q3UHD6 Hist2h3c2-201ENSMUST00000167403 1020 ntAPPRIS P1 BASIC21.31■■□□□ 1
Snx27Q3UHD6 P4hb-203ENSMUST00000168360 770 ntTSL 3 BASIC21.31■■□□□ 1
Snx27Q3UHD6 AC133650.2-201ENSMUST00000217036 607 ntTSL 3 BASIC21.31■■□□□ 1
Snx27Q3UHD6 Ptrh1-201ENSMUST00000066352 952 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.31■■□□□ 1
Snx27Q3UHD6 Trak1-208ENSMUST00000210636 2197 ntTSL 1 (best) BASIC21.31■■□□□ 1
Snx27Q3UHD6 Kcnip2-202ENSMUST00000079431 2302 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC21.3■■□□□ 1
Snx27Q3UHD6 Pdpk1-205ENSMUST00000115411 1724 ntTSL 1 (best) BASIC21.3■■□□□ 1
Snx27Q3UHD6 Ccdc149-202ENSMUST00000198008 2470 ntTSL 5 BASIC21.3■■□□□ 1
Snx27Q3UHD6 Prmt1-210ENSMUST00000208829 621 ntTSL 5 BASIC21.3■■□□□ 1
Snx27Q3UHD6 Gm36210-201ENSMUST00000210663 1279 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC21.3■■□□□ 1
Snx27Q3UHD6 Lypla2-202ENSMUST00000105852 1588 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.3■■□□□ 1
Snx27Q3UHD6 Rnf32-204ENSMUST00000160246 1565 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.3■■□□□ 1
Snx27Q3UHD6 Taf4-204ENSMUST00000227325 4380 ntAPPRIS ALT2 BASIC21.3■■□□□ 1
Snx27Q3UHD6 Homer1-207ENSMUST00000109494 2468 ntTSL 1 (best) BASIC21.3■■□□□ 1
Snx27Q3UHD6 Cirbp-202ENSMUST00000105365 1321 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.29■■□□□ 1
Snx27Q3UHD6 1700123O20Rik-201ENSMUST00000038539 1843 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.29■■□□□ 1
Snx27Q3UHD6 Fam207a-201ENSMUST00000045454 2394 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.29■■□□□ 1
Snx27Q3UHD6 Gm4969-202ENSMUST00000141380 1892 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC21.29■■□□□ 1
Snx27Q3UHD6 Gm45015-201ENSMUST00000207943 1364 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC21.29■■□□□ 1
Snx27Q3UHD6 1700017B05Rik-204ENSMUST00000215298 1023 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.29■■□□□ 1
Snx27Q3UHD6 AC154266.1-201ENSMUST00000223190 503 ntBASIC21.29■■□□□ 1
Snx27Q3UHD6 Faim-201ENSMUST00000035038 1019 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC21.29■■□□□ 1
Snx27Q3UHD6 Hsd17b2-201ENSMUST00000034304 1320 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.29■■□□□ 1
Snx27Q3UHD6 Inpp5a-201ENSMUST00000026550 2774 ntTSL 1 (best) BASIC21.28■■□□□ 1
Snx27Q3UHD6 Gtpbp2-217ENSMUST00000172170 2587 ntTSL 5 BASIC21.28■■□□□ 1
Snx27Q3UHD6 Gm13234-201ENSMUST00000120010 747 ntBASIC21.28■■□□□ 1
Snx27Q3UHD6 Gm26571-205ENSMUST00000223215 591 ntTSL 3 BASIC21.28■■□□□ 1
Snx27Q3UHD6 Rasl10a-201ENSMUST00000037218 1110 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.28■■□□□ 1
Snx27Q3UHD6 H2-Ab1-201ENSMUST00000040828 1211 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.28■■□□□ 1
Snx27Q3UHD6 Sox17-208ENSMUST00000195555 1977 ntTSL 5 BASIC21.28■■□□□ 1
Snx27Q3UHD6 A930001C03Rik-204ENSMUST00000154407 1402 ntTSL 1 (best) BASIC21.28■■□□□ 1
Snx27Q3UHD6 Acot5-202ENSMUST00000072505 1401 ntTSL 1 (best) BASIC21.28■■□□□ 1
Snx27Q3UHD6 Pdp1-204ENSMUST00000108299 2588 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC21.28■■□□□ 1
Snx27Q3UHD6 Raph1-202ENSMUST00000090293 2409 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC21.27■■□□□ 1
Snx27Q3UHD6 Cntfr-203ENSMUST00000102961 1995 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.27■■□□□ 1
Snx27Q3UHD6 Noc2l-202ENSMUST00000179886 2813 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.27■■□□□ 1
Snx27Q3UHD6 Gm43909-201ENSMUST00000203443 1876 ntBASIC21.27■■□□□ 1
Snx27Q3UHD6 Gm8773-201ENSMUST00000101627 1268 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.27■■□□□ 1
Snx27Q3UHD6 Gadd45b-201ENSMUST00000015456 1284 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.27■■□□□ 1
Snx27Q3UHD6 Gm4553-201ENSMUST00000168049 714 ntAPPRIS ALT2 BASIC21.27■■□□□ 1
Snx27Q3UHD6 Dlx6-203ENSMUST00000171311 1071 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.27■■□□□ 1
Snx27Q3UHD6 4930467K11Rik-201ENSMUST00000180831 723 ntTSL 1 (best) BASIC21.27■■□□□ 1
Snx27Q3UHD6 Rab6b-202ENSMUST00000189134 716 ntTSL 3 BASIC21.27■■□□□ 1
Snx27Q3UHD6 Zfp125-203ENSMUST00000208744 928 ntTSL 5 BASIC21.27■■□□□ 1
Snx27Q3UHD6 CT030146.1-201ENSMUST00000220919 217 ntBASIC21.27■■□□□ 1
Snx27Q3UHD6 Slc9a3r2-201ENSMUST00000002572 2118 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.27■■□□□ 1
Snx27Q3UHD6 E130116L18Rik-201ENSMUST00000066954 306 ntAPPRIS P1 BASIC21.27■■□□□ 1
Snx27Q3UHD6 Acvrl1-206ENSMUST00000121718 1906 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.27■■□□□ 1
Snx27Q3UHD6 1810026B05Rik-203ENSMUST00000184587 5738 ntTSL 1 (best) BASIC21.27■□□□□ 0.99
Snx27Q3UHD6 Cdkl3-210ENSMUST00000121591 2387 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.26■□□□□ 0.99
Snx27Q3UHD6 Gga1-201ENSMUST00000041587 3034 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.26■□□□□ 0.99
Snx27Q3UHD6 Dusp22-203ENSMUST00000110310 2319 ntTSL 2 BASIC21.26■□□□□ 0.99
Snx27Q3UHD6 Ksr1-202ENSMUST00000108264 2748 ntTSL 5 BASIC21.26■□□□□ 0.99
Snx27Q3UHD6 Gm37179-201ENSMUST00000194862 823 ntBASIC21.26■□□□□ 0.99
Snx27Q3UHD6 Ccdc84-211ENSMUST00000217270 681 ntTSL 1 (best) BASIC21.26■□□□□ 0.99
Snx27Q3UHD6 1700081N11Rik-202ENSMUST00000221447 569 ntTSL 3 BASIC21.26■□□□□ 0.99
Snx27Q3UHD6 Chrac1-201ENSMUST00000089765 871 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC21.26■□□□□ 0.99
Snx27Q3UHD6 Etv4-202ENSMUST00000107176 2377 ntTSL 1 (best) BASIC21.26■□□□□ 0.99
Snx27Q3UHD6 Etv4-201ENSMUST00000017868 2395 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC21.26■□□□□ 0.99
Snx27Q3UHD6 Ccnd3-201ENSMUST00000037333 1999 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.26■□□□□ 0.99
Snx27Q3UHD6 Gramd1a-202ENSMUST00000085636 2543 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC21.26■□□□□ 0.99
Snx27Q3UHD6 Rufy1-201ENSMUST00000020643 2688 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.26■□□□□ 0.99
Snx27Q3UHD6 Baiap2-205ENSMUST00000106233 2442 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC21.26■□□□□ 0.99
Snx27Q3UHD6 Stat5b-201ENSMUST00000004143 5062 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.26■□□□□ 0.99
Snx27Q3UHD6 Zfp598-201ENSMUST00000047179 3286 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.26■□□□□ 0.99
Snx27Q3UHD6 Etv4-212ENSMUST00000164750 2336 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC21.26■□□□□ 0.99
Snx27Q3UHD6 Frat1-201ENSMUST00000087155 2614 ntAPPRIS P1 BASIC21.25■□□□□ 0.99
Snx27Q3UHD6 Msx1-201ENSMUST00000063116 1935 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.25■□□□□ 0.99
Snx27Q3UHD6 Bfsp1-201ENSMUST00000028907 2372 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC21.25■□□□□ 0.99
Snx27Q3UHD6 Rcl1-201ENSMUST00000064393 1803 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.25■□□□□ 0.99
Snx27Q3UHD6 Adamtsl5-202ENSMUST00000105352 989 ntTSL 1 (best) BASIC21.25■□□□□ 0.99
Snx27Q3UHD6 Dpyd-204ENSMUST00000149101 531 ntTSL 3 BASIC21.25■□□□□ 0.99
Snx27Q3UHD6 Snhg6-203ENSMUST00000182580 473 ntTSL 1 (best) BASIC21.25■□□□□ 0.99
Snx27Q3UHD6 AV026068-208ENSMUST00000189098 286 ntTSL 5 BASIC21.25■□□□□ 0.99
Snx27Q3UHD6 Kcnn2-203ENSMUST00000169783 1625 ntTSL 1 (best) BASIC21.25■□□□□ 0.99
Snx27Q3UHD6 Vegfa-207ENSMUST00000142351 1973 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.25■□□□□ 0.99
Snx27Q3UHD6 Htra3-201ENSMUST00000087629 2750 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.25■□□□□ 0.99
Snx27Q3UHD6 2410004B18Rik-201ENSMUST00000039571 1547 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.24■□□□□ 0.99
Snx27Q3UHD6 Krt5-201ENSMUST00000023709 2190 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.24■□□□□ 0.99
Snx27Q3UHD6 Zfp692-202ENSMUST00000153510 1887 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC21.24■□□□□ 0.99
Snx27Q3UHD6 Dbf4-207ENSMUST00000171808 2402 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC21.24■□□□□ 0.99
Snx27Q3UHD6 Krt1-201ENSMUST00000023790 2445 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.24■□□□□ 0.99
Snx27Q3UHD6 Gm29257-201ENSMUST00000186115 639 ntBASIC21.24■□□□□ 0.99
Retrieved 100 of 76,532 protein–RNA pairs in 41.5 ms