Protein–RNA interactions for Protein: P39428

Traf1, TNF receptor-associated factor 1, mousemouse

Predictions only

Length 409 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (Experimental data)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
Traf1P39428 Ankrd9-205ENSMUST00000142012 1226 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC22.69■■□□□ 1.22
Traf1P39428 Hgfac-206ENSMUST00000202573 434 ntTSL 5 BASIC22.69■■□□□ 1.22
Traf1P39428 Hccs-202ENSMUST00000112115 2473 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.69■■□□□ 1.22
Traf1P39428 Slc39a7-203ENSMUST00000169397 2107 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.69■■□□□ 1.22
Traf1P39428 Cacna2d2-205ENSMUST00000168532 5807 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.69■■□□□ 1.22
Traf1P39428 Suz12-206ENSMUST00000163272 4303 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC22.68■■□□□ 1.22
Traf1P39428 Setd4-202ENSMUST00000113951 1826 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.68■■□□□ 1.22
Traf1P39428 Kif27-203ENSMUST00000225388 5121 ntAPPRIS P1 BASIC22.68■■□□□ 1.22
Traf1P39428 Mrpl40-201ENSMUST00000023391 1185 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.68■■□□□ 1.22
Traf1P39428 Tmem147-201ENSMUST00000006478 870 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.68■■□□□ 1.22
Traf1P39428 Gab2-202ENSMUST00000206791 2065 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.68■■□□□ 1.22
Traf1P39428 Maf-202ENSMUST00000109104 6360 ntAPPRIS P2 BASIC22.67■■□□□ 1.22
Traf1P39428 Sebox-202ENSMUST00000125670 1300 ntTSL 1 (best) BASIC22.67■■□□□ 1.22
Traf1P39428 Ammecr1-201ENSMUST00000041317 5437 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.67■■□□□ 1.22
Traf1P39428 Gm42778-201ENSMUST00000199644 553 ntBASIC22.67■■□□□ 1.22
Traf1P39428 AC164629.5-201ENSMUST00000220387 632 ntBASIC22.67■■□□□ 1.22
Traf1P39428 Socs2-213ENSMUST00000170690 2195 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC22.67■■□□□ 1.22
Traf1P39428 Gm9817-201ENSMUST00000054395 2531 ntAPPRIS P1 BASIC22.67■■□□□ 1.22
Traf1P39428 Cdkl3-210ENSMUST00000121591 2387 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.67■■□□□ 1.22
Traf1P39428 Ndufaf1-202ENSMUST00000110801 1478 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.66■■□□□ 1.22
Traf1P39428 Cdan1-201ENSMUST00000110700 5996 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC22.66■■□□□ 1.22
Traf1P39428 Cntln-204ENSMUST00000169371 5365 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC22.66■■□□□ 1.22
Traf1P39428 Gm42569-201ENSMUST00000200539 472 ntBASIC22.66■■□□□ 1.22
Traf1P39428 Gm18671-201ENSMUST00000214826 683 ntBASIC22.66■■□□□ 1.22
Traf1P39428 Igfbp6-201ENSMUST00000023807 1112 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.66■■□□□ 1.22
Traf1P39428 Ets1-202ENSMUST00000050797 1976 ntTSL 1 (best) BASIC22.66■■□□□ 1.22
Traf1P39428 Dmrta2-201ENSMUST00000061187 2922 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.66■■□□□ 1.22
Traf1P39428 Tex264-202ENSMUST00000163441 1896 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.66■■□□□ 1.22
Traf1P39428 Magi3-202ENSMUST00000121198 5912 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC22.65■■□□□ 1.22
Traf1P39428 Doc2a-201ENSMUST00000064110 2538 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.65■■□□□ 1.22
Traf1P39428 Tead4-202ENSMUST00000112157 1909 ntTSL 1 (best) BASIC22.65■■□□□ 1.22
Traf1P39428 Cox18-202ENSMUST00000118816 1307 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.65■■□□□ 1.22
Traf1P39428 Ube2d2a-202ENSMUST00000170693 2483 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.65■■□□□ 1.22
Traf1P39428 Vax2os-202ENSMUST00000150233 595 ntTSL 3 BASIC22.65■■□□□ 1.22
Traf1P39428 Gm27801-201ENSMUST00000184174 223 ntBASIC22.65■■□□□ 1.22
Traf1P39428 Gm36033-202ENSMUST00000214827 745 ntTSL 2 BASIC22.65■■□□□ 1.22
Traf1P39428 Lgi2-202ENSMUST00000199942 6273 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.65■■□□□ 1.22
Traf1P39428 Ntf5-201ENSMUST00000058879 1963 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.65■■□□□ 1.22
Traf1P39428 Crtc2-201ENSMUST00000029545 2747 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.65■■□□□ 1.22
Traf1P39428 Ubxn2a-203ENSMUST00000142867 2146 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.64■■□□□ 1.22
Traf1P39428 Selenoo-201ENSMUST00000082439 2383 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.64■■□□□ 1.22
Traf1P39428 Cacnb1-202ENSMUST00000092736 1880 ntTSL 1 (best) BASIC22.64■■□□□ 1.22
Traf1P39428 Gm26995-201ENSMUST00000182216 1306 ntTSL 1 (best) BASIC22.64■■□□□ 1.22
Traf1P39428 Lsm14a-201ENSMUST00000085585 2944 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.64■■□□□ 1.21
Traf1P39428 0610010K14Rik-202ENSMUST00000021181 779 ntTSL 1 (best) BASIC22.64■■□□□ 1.21
Traf1P39428 Emc9-201ENSMUST00000022828 855 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.64■■□□□ 1.21
Traf1P39428 Sdf2l1-201ENSMUST00000023453 1108 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.64■■□□□ 1.21
Traf1P39428 Ltb-201ENSMUST00000025262 1160 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC22.64■■□□□ 1.21
Traf1P39428 Trpc1-201ENSMUST00000053785 2912 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.64■■□□□ 1.21
Traf1P39428 Hdhd2-206ENSMUST00000145634 1585 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.63■■□□□ 1.21
Traf1P39428 Akt1-201ENSMUST00000001780 2690 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.63■■□□□ 1.21
Traf1P39428 Gm10849-201ENSMUST00000100397 618 ntBASIC22.63■■□□□ 1.21
Traf1P39428 Gm12660-201ENSMUST00000123764 664 ntTSL 3 BASIC22.63■■□□□ 1.21
Traf1P39428 Gm27405-201ENSMUST00000184201 112 ntBASIC22.63■■□□□ 1.21
Traf1P39428 Gm7291-201ENSMUST00000199147 382 ntBASIC22.63■■□□□ 1.21
Traf1P39428 Gm6916-201ENSMUST00000205277 828 ntTSL 3 BASIC22.63■■□□□ 1.21
Traf1P39428 Hras-201ENSMUST00000026572 2828 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.63■■□□□ 1.21
Traf1P39428 Sft2d3-201ENSMUST00000054984 2810 ntAPPRIS P1 BASIC22.63■■□□□ 1.21
Traf1P39428 0610038B21Rik-202ENSMUST00000184762 1524 ntBASIC22.62■■□□□ 1.21
Traf1P39428 Fdxacb1-203ENSMUST00000176335 1817 ntTSL 1 (best) BASIC22.62■■□□□ 1.21
Traf1P39428 Ung-201ENSMUST00000031587 1985 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.62■■□□□ 1.21
Traf1P39428 Pkd2-201ENSMUST00000086831 5219 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.62■■□□□ 1.21
Traf1P39428 B230217C12Rik-201ENSMUST00000054783 1189 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.62■■□□□ 1.21
Traf1P39428 Macrod2-207ENSMUST00000110067 4730 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC22.62■■□□□ 1.21
Traf1P39428 Arnt2-201ENSMUST00000085077 6151 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC22.62■■□□□ 1.21
Traf1P39428 Fezf2-203ENSMUST00000224714 2429 ntAPPRIS P1 BASIC22.61■■□□□ 1.21
Traf1P39428 Ddah2-201ENSMUST00000007255 1342 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.61■■□□□ 1.21
Traf1P39428 Mprip-204ENSMUST00000116371 8766 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.61■■□□□ 1.21
Traf1P39428 Vapa-201ENSMUST00000024897 1640 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.61■■□□□ 1.21
Traf1P39428 Cadps-202ENSMUST00000112657 5455 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC22.61■■□□□ 1.21
Traf1P39428 Sh3bp1-204ENSMUST00000109698 1923 ntTSL 1 (best) BASIC22.61■■□□□ 1.21
Traf1P39428 Cdkn1c-201ENSMUST00000037287 1901 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.61■■□□□ 1.21
Traf1P39428 Slc35f3-201ENSMUST00000108759 2309 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.61■■□□□ 1.21
Traf1P39428 Gm14281-201ENSMUST00000121700 1294 ntBASIC22.61■■□□□ 1.21
Traf1P39428 Ubtf-213ENSMUST00000178839 4580 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.61■■□□□ 1.21
Traf1P39428 Crnde-206ENSMUST00000179421 773 ntTSL 3 BASIC22.61■■□□□ 1.21
Traf1P39428 AC133650.2-201ENSMUST00000217036 607 ntTSL 3 BASIC22.61■■□□□ 1.21
Traf1P39428 Rpl13-201ENSMUST00000000756 780 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.61■■□□□ 1.21
Traf1P39428 Gm10153-201ENSMUST00000084415 522 ntTSL 5 BASIC22.61■■□□□ 1.21
Traf1P39428 Nxph4-201ENSMUST00000095266 1675 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.61■■□□□ 1.21
Traf1P39428 Cpsf4-202ENSMUST00000160422 1756 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC22.61■■□□□ 1.21
Traf1P39428 Cbln2-201ENSMUST00000068423 2475 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.6■■□□□ 1.21
Traf1P39428 Spsb3-204ENSMUST00000119829 1955 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC22.6■■□□□ 1.21
Traf1P39428 K230010J24Rik-204ENSMUST00000187868 1810 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.6■■□□□ 1.21
Traf1P39428 Rab28-203ENSMUST00000201422 1697 ntTSL 5 BASIC22.6■■□□□ 1.21
Traf1P39428 Kcnk15-202ENSMUST00000109396 1921 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.6■■□□□ 1.21
Traf1P39428 Spns2-201ENSMUST00000045303 3241 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.6■■□□□ 1.21
Traf1P39428 Gdf15-202ENSMUST00000110103 1380 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.6■■□□□ 1.21
Traf1P39428 Pus1-203ENSMUST00000086643 1868 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC22.6■■□□□ 1.21
Traf1P39428 Zfp821-201ENSMUST00000034163 2127 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.6■■□□□ 1.21
Traf1P39428 Hpse-202ENSMUST00000112908 1958 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.59■■□□□ 1.21
Traf1P39428 Crlf3-203ENSMUST00000103233 2230 ntTSL 1 (best) BASIC22.59■■□□□ 1.21
Traf1P39428 Gm34220-201ENSMUST00000223001 2709 ntBASIC22.59■■□□□ 1.21
Traf1P39428 Thap11-201ENSMUST00000040445 1819 ntAPPRIS P1 BASIC22.59■■□□□ 1.21
Traf1P39428 Olig1-201ENSMUST00000056882 2162 ntAPPRIS P1 BASIC22.59■■□□□ 1.21
Traf1P39428 Hopxos-201ENSMUST00000148568 1661 ntTSL 1 (best) BASIC22.59■■□□□ 1.21
Traf1P39428 Grsf1-201ENSMUST00000078945 2538 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.59■■□□□ 1.21
Traf1P39428 Cotl1-202ENSMUST00000168698 1520 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.59■■□□□ 1.21
Traf1P39428 P4hb-203ENSMUST00000168360 770 ntTSL 3 BASIC22.59■■□□□ 1.21
Traf1P39428 Gm26571-201ENSMUST00000181399 666 ntBASIC22.59■■□□□ 1.21
Retrieved 100 of 76,532 protein–RNA pairs in 18.6 ms