Protein–RNA interactions for Protein: P18828

Sdc1, Syndecan-1, mousemouse

Predictions only

Length 311 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (Experimental data)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
Sdc1P18828 Ddx39b-203ENSMUST00000173731 2848 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.14■□□□□ 0.17
Sdc1P18828 Klc3-201ENSMUST00000047170 1901 ntTSL 1 (best) BASIC16.13■□□□□ 0.17
Sdc1P18828 Slc16a10-202ENSMUST00000213488 2325 ntTSL 1 (best) BASIC16.13■□□□□ 0.17
Sdc1P18828 Marcks-201ENSMUST00000092584 4048 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.13■□□□□ 0.17
Sdc1P18828 Gm6802-201ENSMUST00000167843 1983 ntBASIC16.13■□□□□ 0.17
Sdc1P18828 Man1c1-201ENSMUST00000038628 4285 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.13■□□□□ 0.17
Sdc1P18828 Gas1-201ENSMUST00000065086 2961 ntAPPRIS ALT2 BASIC16.13■□□□□ 0.17
Sdc1P18828 Itga9-201ENSMUST00000044165 7020 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.13■□□□□ 0.17
Sdc1P18828 Eomes-202ENSMUST00000111763 2869 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.13■□□□□ 0.17
Sdc1P18828 Pxk-201ENSMUST00000036682 2812 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.13■□□□□ 0.17
Sdc1P18828 Mast4-205ENSMUST00000166726 5968 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC16.13■□□□□ 0.17
Sdc1P18828 Syncrip-205ENSMUST00000173801 2944 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC16.12■□□□□ 0.17
Sdc1P18828 Lrrc58-201ENSMUST00000078717 8604 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.12■□□□□ 0.17
Sdc1P18828 Sfrp5-201ENSMUST00000018966 1900 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.12■□□□□ 0.17
Sdc1P18828 Otx2-204ENSMUST00000122009 1737 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.12■□□□□ 0.17
Sdc1P18828 Hdgfl3-201ENSMUST00000026094 2865 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC16.12■□□□□ 0.17
Sdc1P18828 Zfp644-205ENSMUST00000112698 5689 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC16.12■□□□□ 0.17
Sdc1P18828 Ccdc3-201ENSMUST00000027988 2670 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.12■□□□□ 0.17
Sdc1P18828 Alkal2-201ENSMUST00000067087 1509 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.12■□□□□ 0.17
Sdc1P18828 Krt24-201ENSMUST00000017255 1847 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.12■□□□□ 0.17
Sdc1P18828 Nsun2-202ENSMUST00000109699 2834 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC16.12■□□□□ 0.17
Sdc1P18828 Unc119-203ENSMUST00000108295 1371 ntTSL 3 BASIC16.12■□□□□ 0.17
Sdc1P18828 Shisa5-202ENSMUST00000112059 1910 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.11■□□□□ 0.17
Sdc1P18828 Nsmce4a-202ENSMUST00000160289 1435 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.11■□□□□ 0.17
Sdc1P18828 Crocc-211ENSMUST00000168157 6244 ntTSL 1 (best) BASIC16.11■□□□□ 0.17
Sdc1P18828 Kcnn2-208ENSMUST00000211323 2046 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC16.11■□□□□ 0.17
Sdc1P18828 Tmem11-203ENSMUST00000168218 1511 ntTSL 2 BASIC16.11■□□□□ 0.17
Sdc1P18828 Itsn2-215ENSMUST00000220311 6080 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.11■□□□□ 0.17
Sdc1P18828 Sike1-202ENSMUST00000119450 774 ntTSL 3 BASIC16.11■□□□□ 0.17
Sdc1P18828 Gm13889-202ENSMUST00000148314 1240 ntAPPRIS P1 BASIC16.11■□□□□ 0.17
Sdc1P18828 Gm27253-201ENSMUST00000183670 367 ntTSL 1 (best) BASIC16.11■□□□□ 0.17
Sdc1P18828 Slc35a2-211ENSMUST00000208640 486 ntTSL 5 BASIC16.11■□□□□ 0.17
Sdc1P18828 Zfp653-201ENSMUST00000043922 2108 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC16.11■□□□□ 0.17
Sdc1P18828 Anapc11-202ENSMUST00000093140 962 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.11■□□□□ 0.17
Sdc1P18828 Gm45606-201ENSMUST00000209836 2795 ntBASIC16.11■□□□□ 0.17
Sdc1P18828 Pmpca-202ENSMUST00000114093 1638 ntTSL 1 (best) BASIC16.11■□□□□ 0.17
Sdc1P18828 Socs6-203ENSMUST00000125362 2814 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.11■□□□□ 0.17
Sdc1P18828 Kcnn4-201ENSMUST00000171904 1990 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.11■□□□□ 0.17
Sdc1P18828 Rhov-201ENSMUST00000037360 1703 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.11■□□□□ 0.17
Sdc1P18828 Stim2-204ENSMUST00000201469 4892 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC16.11■□□□□ 0.17
Sdc1P18828 Spata2l-202ENSMUST00000166768 2707 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.1■□□□□ 0.17
Sdc1P18828 Zbtb5-204ENSMUST00000180217 4708 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC16.1■□□□□ 0.17
Sdc1P18828 March8-204ENSMUST00000123405 2102 ntTSL 5 BASIC16.1■□□□□ 0.17
Sdc1P18828 Meis3-205ENSMUST00000176506 1839 ntTSL 1 (best) BASIC16.1■□□□□ 0.17
Sdc1P18828 Wasf3-201ENSMUST00000016143 5196 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.1■□□□□ 0.17
Sdc1P18828 U2af2-201ENSMUST00000005041 2183 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC16.1■□□□□ 0.17
Sdc1P18828 Mettl24-201ENSMUST00000058747 1529 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.1■□□□□ 0.17
Sdc1P18828 Sept9-201ENSMUST00000019038 3784 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.1■□□□□ 0.17
Sdc1P18828 Sox10-201ENSMUST00000040019 2713 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.1■□□□□ 0.17
Sdc1P18828 Baiap2-202ENSMUST00000075180 3518 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.1■□□□□ 0.17
Sdc1P18828 Lifr-202ENSMUST00000164529 2844 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.1■□□□□ 0.17
Sdc1P18828 Psme3-201ENSMUST00000019470 2664 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.1■□□□□ 0.17
Sdc1P18828 Pcf11-201ENSMUST00000119954 5995 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.1■□□□□ 0.17
Sdc1P18828 Mxi1-201ENSMUST00000003870 5156 ntTSL 1 (best) BASIC16.1■□□□□ 0.17
Sdc1P18828 Gm11532-201ENSMUST00000128111 5272 ntTSL 1 (best) BASIC16.1■□□□□ 0.17
Sdc1P18828 BC034090-204ENSMUST00000186156 4873 ntAPPRIS P5 TSL 5 BASIC16.1■□□□□ 0.17
Sdc1P18828 Acvrl1-206ENSMUST00000121718 1906 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.09■□□□□ 0.17
Sdc1P18828 Dlgap2-203ENSMUST00000133298 4503 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.09■□□□□ 0.17
Sdc1P18828 Gm26798-201ENSMUST00000181384 2837 ntTSL 5 BASIC16.09■□□□□ 0.17
Sdc1P18828 Wtap-205ENSMUST00000160781 2442 ntTSL 1 (best) BASIC16.09■□□□□ 0.17
Sdc1P18828 Syt3-203ENSMUST00000120262 2096 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC16.09■□□□□ 0.17
Sdc1P18828 Gm5953-201ENSMUST00000220644 2616 ntBASIC16.09■□□□□ 0.17
Sdc1P18828 Fam129b-201ENSMUST00000028135 3714 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.09■□□□□ 0.17
Sdc1P18828 Lrrc36-204ENSMUST00000213547 2396 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC16.09■□□□□ 0.17
Sdc1P18828 Khsrp-201ENSMUST00000007814 3990 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.09■□□□□ 0.17
Sdc1P18828 Dlgap2-209ENSMUST00000152652 3842 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC16.09■□□□□ 0.17
Sdc1P18828 Chd3os-201ENSMUST00000129321 2081 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.09■□□□□ 0.17
Sdc1P18828 Ssc4d-204ENSMUST00000111153 2745 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC16.09■□□□□ 0.17
Sdc1P18828 Nxph4-201ENSMUST00000095266 1675 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.08■□□□□ 0.17
Sdc1P18828 Ndufs3-201ENSMUST00000005647 1046 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.08■□□□□ 0.16
Sdc1P18828 Nudt11-201ENSMUST00000103007 3036 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.08■□□□□ 0.16
Sdc1P18828 Igsf8-202ENSMUST00000085912 2182 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC16.08■□□□□ 0.16
Sdc1P18828 Rcc1-202ENSMUST00000084250 2285 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.08■□□□□ 0.16
Sdc1P18828 Grk2-202ENSMUST00000088737 3376 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.08■□□□□ 0.16
Sdc1P18828 Wdsub1-202ENSMUST00000102751 1526 ntTSL 1 (best) BASIC16.08■□□□□ 0.16
Sdc1P18828 Khk-204ENSMUST00000201621 1583 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.08■□□□□ 0.16
Sdc1P18828 Foxj1-201ENSMUST00000036215 2623 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.08■□□□□ 0.16
Sdc1P18828 Pomgnt1-203ENSMUST00000106498 2719 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.08■□□□□ 0.16
Sdc1P18828 Herpud2-201ENSMUST00000008573 2781 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.08■□□□□ 0.16
Sdc1P18828 Sugct-201ENSMUST00000068545 1701 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.08■□□□□ 0.16
Sdc1P18828 Shisa5-201ENSMUST00000026737 1834 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC16.08■□□□□ 0.16
Sdc1P18828 Itgb5-202ENSMUST00000115028 3090 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.08■□□□□ 0.16
Sdc1P18828 Kansl1l-201ENSMUST00000068168 4459 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.08■□□□□ 0.16
Sdc1P18828 Eif2ak4-207ENSMUST00000110877 2134 ntTSL 1 (best) BASIC16.07■□□□□ 0.16
Sdc1P18828 Nol9-202ENSMUST00000103197 2271 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC16.07■□□□□ 0.16
Sdc1P18828 Gm44832-201ENSMUST00000208849 2303 ntBASIC16.07■□□□□ 0.16
Sdc1P18828 Atad2b-201ENSMUST00000045664 8035 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC16.07■□□□□ 0.16
Sdc1P18828 Id3-201ENSMUST00000008016 1278 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.07■□□□□ 0.16
Sdc1P18828 Btg3-201ENSMUST00000023570 1414 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.07■□□□□ 0.16
Sdc1P18828 Arpc2-201ENSMUST00000006467 1404 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.07■□□□□ 0.16
Sdc1P18828 Cebpg-202ENSMUST00000130491 4709 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.07■□□□□ 0.16
Sdc1P18828 Anks1b-217ENSMUST00000182550 1868 ntTSL 5 BASIC16.07■□□□□ 0.16
Sdc1P18828 Slc25a4-201ENSMUST00000034049 1925 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.07■□□□□ 0.16
Sdc1P18828 Ildr2-204ENSMUST00000192732 2263 ntTSL 1 (best) BASIC16.07■□□□□ 0.16
Sdc1P18828 Plekha1-211ENSMUST00000151119 2397 ntTSL 1 (best) BASIC16.07■□□□□ 0.16
Sdc1P18828 Larp1b-202ENSMUST00000048490 2354 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC16.07■□□□□ 0.16
Sdc1P18828 Mrm1-201ENSMUST00000018549 2477 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.07■□□□□ 0.16
Sdc1P18828 Fgf11-201ENSMUST00000011285 2534 ntTSL 1 (best) BASIC16.07■□□□□ 0.16
Sdc1P18828 Farp1-201ENSMUST00000026635 4885 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC16.07■□□□□ 0.16
Sdc1P18828 Rusc2-202ENSMUST00000098106 5325 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.07■□□□□ 0.16
Retrieved 100 of 76,532 protein–RNA pairs in 34.8 ms