Protein–RNA interactions for Protein: O88609

Lmx1b, LIM homeobox transcription factor 1-beta, mousemouse

Predictions only

Length 395 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (Experimental data)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
Lmx1bO88609 Gm34220-201ENSMUST00000223001 2709 ntBASIC17.78■□□□□ 0.44
Lmx1bO88609 Tusc3-203ENSMUST00000209440 1535 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.78■□□□□ 0.44
Lmx1bO88609 Crh-201ENSMUST00000061294 1320 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.78■□□□□ 0.44
Lmx1bO88609 Prcd-201ENSMUST00000106381 724 ntTSL 3 BASIC17.78■□□□□ 0.44
Lmx1bO88609 1700023F06Rik-202ENSMUST00000107026 1127 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC17.78■□□□□ 0.44
Lmx1bO88609 4930444P10Rik-203ENSMUST00000151004 1001 ntAPPRIS P2 TSL 3 BASIC17.78■□□□□ 0.44
Lmx1bO88609 Ninj1-201ENSMUST00000049022 1187 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.78■□□□□ 0.44
Lmx1bO88609 Fabp3-201ENSMUST00000070532 823 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.78■□□□□ 0.44
Lmx1bO88609 Tspan17-202ENSMUST00000099503 822 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC17.78■□□□□ 0.44
Lmx1bO88609 Cpne2-202ENSMUST00000109537 2121 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC17.78■□□□□ 0.44
Lmx1bO88609 Zdhhc5-201ENSMUST00000035840 4706 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.78■□□□□ 0.44
Lmx1bO88609 Cnnm1-201ENSMUST00000165311 5037 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC17.78■□□□□ 0.44
Lmx1bO88609 Triobp-202ENSMUST00000109688 2553 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC17.78■□□□□ 0.44
Lmx1bO88609 Slc9a7-201ENSMUST00000072451 2512 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC17.77■□□□□ 0.44
Lmx1bO88609 Cenpb-201ENSMUST00000089510 4886 ntAPPRIS P1 BASIC17.77■□□□□ 0.44
Lmx1bO88609 Trim33-202ENSMUST00000106860 5025 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC17.77■□□□□ 0.44
Lmx1bO88609 Gjc2-202ENSMUST00000108793 2187 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.77■□□□□ 0.44
Lmx1bO88609 Zbtb7a-203ENSMUST00000119606 1841 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.77■□□□□ 0.44
Lmx1bO88609 Tmem222-201ENSMUST00000105907 1484 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.77■□□□□ 0.44
Lmx1bO88609 Ldb1-202ENSMUST00000056931 2295 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC17.77■□□□□ 0.44
Lmx1bO88609 Ugdh-201ENSMUST00000031103 2550 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.77■□□□□ 0.44
Lmx1bO88609 Gm11650-201ENSMUST00000141271 1145 ntTSL 1 (best) BASIC17.77■□□□□ 0.44
Lmx1bO88609 Sirpa-209ENSMUST00000160276 876 ntTSL 1 (best) BASIC17.77■□□□□ 0.44
Lmx1bO88609 Ntsr2-202ENSMUST00000220892 846 ntTSL 3 BASIC17.77■□□□□ 0.44
Lmx1bO88609 Cisd1-201ENSMUST00000045887 1084 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.77■□□□□ 0.44
Lmx1bO88609 Tmem51-201ENSMUST00000036572 1875 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.77■□□□□ 0.43
Lmx1bO88609 Med25-201ENSMUST00000003049 2619 ntTSL 1 (best) BASIC17.77■□□□□ 0.43
Lmx1bO88609 Serbp1-207ENSMUST00000203436 1667 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC17.77■□□□□ 0.43
Lmx1bO88609 Nipsnap2-201ENSMUST00000086046 2112 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.77■□□□□ 0.43
Lmx1bO88609 Galnt11-201ENSMUST00000045737 2552 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.77■□□□□ 0.43
Lmx1bO88609 Psme4-201ENSMUST00000041231 6491 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.77■□□□□ 0.43
Lmx1bO88609 Fam149b-204ENSMUST00000090503 2053 ntTSL 1 (best) BASIC17.76■□□□□ 0.43
Lmx1bO88609 Bicdl2-201ENSMUST00000062967 1913 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.76■□□□□ 0.43
Lmx1bO88609 Rce1-201ENSMUST00000025823 1402 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.76■□□□□ 0.43
Lmx1bO88609 Mrgbp-206ENSMUST00000169630 1192 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.76■□□□□ 0.43
Lmx1bO88609 Sumo3-209ENSMUST00000174113 512 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC17.76■□□□□ 0.43
Lmx1bO88609 Plac9b-203ENSMUST00000184142 1040 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.76■□□□□ 0.43
Lmx1bO88609 Morf4l1-211ENSMUST00000191189 1223 ntTSL 5 BASIC17.76■□□□□ 0.43
Lmx1bO88609 Lmo1-202ENSMUST00000207178 912 ntAPPRIS ALT1 TSL 2 BASIC17.76■□□□□ 0.43
Lmx1bO88609 Cmc4-201ENSMUST00000033543 992 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.76■□□□□ 0.43
Lmx1bO88609 Maf-202ENSMUST00000109104 6360 ntAPPRIS P2 BASIC17.76■□□□□ 0.43
Lmx1bO88609 Dda1-202ENSMUST00000124745 1933 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.76■□□□□ 0.43
Lmx1bO88609 Rfx8-202ENSMUST00000151913 2008 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.76■□□□□ 0.43
Lmx1bO88609 Gpr137-204ENSMUST00000099782 1742 ntTSL 1 (best) BASIC17.75■□□□□ 0.43
Lmx1bO88609 Dhps-201ENSMUST00000078665 1333 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.75■□□□□ 0.43
Lmx1bO88609 Jak2-202ENSMUST00000065796 5030 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC17.75■□□□□ 0.43
Lmx1bO88609 Prrt1-201ENSMUST00000015620 1940 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC17.75■□□□□ 0.43
Lmx1bO88609 Cnpy3-202ENSMUST00000121671 561 ntTSL 2 BASIC17.75■□□□□ 0.43
Lmx1bO88609 Gm15908-201ENSMUST00000154345 1091 ntTSL 1 (best) BASIC17.75■□□□□ 0.43
Lmx1bO88609 Gm6899-201ENSMUST00000089614 622 ntAPPRIS P1 BASIC17.75■□□□□ 0.43
Lmx1bO88609 Gm26660-201ENSMUST00000181582 2543 ntTSL 1 (best) BASIC17.75■□□□□ 0.43
Lmx1bO88609 Ndel1-201ENSMUST00000018880 2382 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.75■□□□□ 0.43
Lmx1bO88609 Adrb1-201ENSMUST00000038949 2491 ntAPPRIS P1 BASIC17.75■□□□□ 0.43
Lmx1bO88609 Rora-202ENSMUST00000113624 2591 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.75■□□□□ 0.43
Lmx1bO88609 AC152827.1-201ENSMUST00000221143 2189 ntBASIC17.74■□□□□ 0.43
Lmx1bO88609 Cblc-201ENSMUST00000043822 1662 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.74■□□□□ 0.43
Lmx1bO88609 Nat14-204ENSMUST00000207687 1415 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.74■□□□□ 0.43
Lmx1bO88609 Mgat1-213ENSMUST00000167400 3151 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC17.74■□□□□ 0.43
Lmx1bO88609 Art5-201ENSMUST00000094128 1518 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC17.74■□□□□ 0.43
Lmx1bO88609 Paip1-201ENSMUST00000026520 2551 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC17.74■□□□□ 0.43
Lmx1bO88609 Hoxb6-202ENSMUST00000173432 1964 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC17.74■□□□□ 0.43
Lmx1bO88609 Gm15270-201ENSMUST00000125158 870 ntTSL 3 BASIC17.74■□□□□ 0.43
Lmx1bO88609 Pptc7-201ENSMUST00000053426 4644 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC17.74■□□□□ 0.43
Lmx1bO88609 Zfp105-201ENSMUST00000051667 2010 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.74■□□□□ 0.43
Lmx1bO88609 AA543186-201ENSMUST00000180841 1696 ntTSL 1 (best) BASIC17.74■□□□□ 0.43
Lmx1bO88609 Zfp777-202ENSMUST00000114583 3111 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC17.74■□□□□ 0.43
Lmx1bO88609 Aktip-202ENSMUST00000120213 2200 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.74■□□□□ 0.43
Lmx1bO88609 Ift57-201ENSMUST00000046777 2601 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.73■□□□□ 0.43
Lmx1bO88609 Cotl1-202ENSMUST00000168698 1520 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.73■□□□□ 0.43
Lmx1bO88609 1700012B09Rik-204ENSMUST00000191047 654 ntAPPRIS ALT2 TSL 3 BASIC17.73■□□□□ 0.43
Lmx1bO88609 Ssbp3-201ENSMUST00000030367 3195 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC17.73■□□□□ 0.43
Lmx1bO88609 Mms22l-205ENSMUST00000138567 1350 ntTSL 2 BASIC17.73■□□□□ 0.43
Lmx1bO88609 Rnaseh2b-201ENSMUST00000022499 1494 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.73■□□□□ 0.43
Lmx1bO88609 Aplf-201ENSMUST00000032130 1889 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.73■□□□□ 0.43
Lmx1bO88609 Vgf-202ENSMUST00000186451 2277 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC17.73■□□□□ 0.43
Lmx1bO88609 P2ry2-202ENSMUST00000178340 2137 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.72■□□□□ 0.43
Lmx1bO88609 Arhgdia-202ENSMUST00000106197 1867 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.72■□□□□ 0.43
Lmx1bO88609 Gm12063-201ENSMUST00000148087 715 ntTSL 2 BASIC17.72■□□□□ 0.43
Lmx1bO88609 Rnf39-202ENSMUST00000173072 631 ntTSL 2 BASIC17.72■□□□□ 0.43
Lmx1bO88609 AC114678.1-201ENSMUST00000219640 622 ntTSL 3 BASIC17.72■□□□□ 0.43
Lmx1bO88609 AC122828.1-201ENSMUST00000220785 489 ntTSL 3 BASIC17.72■□□□□ 0.43
Lmx1bO88609 Nabp2-201ENSMUST00000026439 1130 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.72■□□□□ 0.43
Lmx1bO88609 Akr7a5-201ENSMUST00000073787 1288 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.72■□□□□ 0.43
Lmx1bO88609 Vamp5-201ENSMUST00000074231 553 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.72■□□□□ 0.43
Lmx1bO88609 Gm10493-201ENSMUST00000097270 612 ntBASIC17.72■□□□□ 0.43
Lmx1bO88609 Uap1-202ENSMUST00000111350 2311 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC17.72■□□□□ 0.43
Lmx1bO88609 Kcnip1-201ENSMUST00000065970 1749 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.72■□□□□ 0.43
Lmx1bO88609 Lgi2-202ENSMUST00000199942 6273 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC17.71■□□□□ 0.43
Lmx1bO88609 Tm9sf3-201ENSMUST00000025989 6144 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.71■□□□□ 0.43
Lmx1bO88609 Nsfl1c-202ENSMUST00000089140 1486 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC17.71■□□□□ 0.43
Lmx1bO88609 Tmem164-206ENSMUST00000112896 5224 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.71■□□□□ 0.43
Lmx1bO88609 Atp2b2-208ENSMUST00000205052 5658 ntTSL 1 (best) BASIC17.71■□□□□ 0.43
Lmx1bO88609 Man1a-203ENSMUST00000105470 2847 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC17.71■□□□□ 0.43
Lmx1bO88609 Ccdc112-201ENSMUST00000072835 2801 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC17.71■□□□□ 0.43
Lmx1bO88609 Tmem171-201ENSMUST00000064347 1161 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.71■□□□□ 0.43
Lmx1bO88609 Krt5-201ENSMUST00000023709 2190 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.71■□□□□ 0.43
Lmx1bO88609 En2-201ENSMUST00000036177 3539 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.71■□□□□ 0.43
Lmx1bO88609 Tfap2e-201ENSMUST00000048194 2085 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.71■□□□□ 0.43
Lmx1bO88609 Asphd1-203ENSMUST00000106340 1647 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC17.7■□□□□ 0.42
Lmx1bO88609 Zbtb7a-202ENSMUST00000117956 1863 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.7■□□□□ 0.42
Retrieved 100 of 76,532 protein–RNA pairs in 24.9 ms