Protein–RNA interactions for Protein: P53564

Cux1, Homeobox protein cut-like 1, mousemouse

Predictions only

Length 1,515 aa.

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Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (Experimental data)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
Cux1P53564 Pla2g2a-201ENSMUST00000077582 784 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC15.48■□□□□ 0.07
Cux1P53564 Bmp2-201ENSMUST00000028836 3555 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.48■□□□□ 0.07
Cux1P53564 Brwd1-201ENSMUST00000023631 8209 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.47■□□□□ 0.07
Cux1P53564 Myo9b-202ENSMUST00000168839 7102 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC15.47■□□□□ 0.07
Cux1P53564 Prkd2-202ENSMUST00000168093 3251 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.47■□□□□ 0.07
Cux1P53564 Ibsp-201ENSMUST00000031246 2068 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.47■□□□□ 0.07
Cux1P53564 Slc44a1-204ENSMUST00000107647 2176 ntTSL 2 BASIC15.47■□□□□ 0.07
Cux1P53564 Hmbox1-209ENSMUST00000176832 1586 ntTSL 5 BASIC15.47■□□□□ 0.07
Cux1P53564 Nr5a2-202ENSMUST00000168126 3446 ntTSL 5 BASIC15.47■□□□□ 0.07
Cux1P53564 Grin1-206ENSMUST00000114314 3882 ntTSL 5 BASIC15.47■□□□□ 0.07
Cux1P53564 Sema4c-202ENSMUST00000191642 3892 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC15.47■□□□□ 0.07
Cux1P53564 Fam149a-201ENSMUST00000093526 5469 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.47■□□□□ 0.07
Cux1P53564 Gm44992-210ENSMUST00000210126 1330 ntTSL 5 BASIC15.47■□□□□ 0.07
Cux1P53564 Rasgef1a-202ENSMUST00000203482 2227 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC15.47■□□□□ 0.07
Cux1P53564 Ppp1r18-201ENSMUST00000113814 3131 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC15.47■□□□□ 0.07
Cux1P53564 Pm20d1-201ENSMUST00000048660 2305 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.47■□□□□ 0.07
Cux1P53564 Gngt2-206ENSMUST00000107712 498 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC15.47■□□□□ 0.07
Cux1P53564 Eif5a-204ENSMUST00000108607 852 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC15.47■□□□□ 0.07
Cux1P53564 Gm6341-201ENSMUST00000119683 411 ntBASIC15.47■□□□□ 0.07
Cux1P53564 Romo1-204ENSMUST00000119950 379 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC15.47■□□□□ 0.07
Cux1P53564 4930430E12Rik-201ENSMUST00000139214 901 ntTSL 5 BASIC15.47■□□□□ 0.07
Cux1P53564 Snhg17-208ENSMUST00000154242 346 ntTSL 3 BASIC15.47■□□□□ 0.07
Cux1P53564 Gm15841-201ENSMUST00000160540 517 ntTSL 3 BASIC15.47■□□□□ 0.07
Cux1P53564 Gm22347-201ENSMUST00000180276 132 ntBASIC15.47■□□□□ 0.07
Cux1P53564 Pea15b-202ENSMUST00000183185 555 ntBASIC15.47■□□□□ 0.07
Cux1P53564 Gm3198-201ENSMUST00000208725 1026 ntBASIC15.47■□□□□ 0.07
Cux1P53564 Thyn1-202ENSMUST00000213683 1107 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC15.47■□□□□ 0.07
Cux1P53564 Olfr1513-201ENSMUST00000089739 942 ntAPPRIS P1 BASIC15.47■□□□□ 0.07
Cux1P53564 Gripap1-203ENSMUST00000115675 3015 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.47■□□□□ 0.07
Cux1P53564 Srrt-201ENSMUST00000040873 3024 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC15.47■□□□□ 0.07
Cux1P53564 Cyp2b10-202ENSMUST00000072438 1916 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC15.47■□□□□ 0.07
Cux1P53564 Tmigd1-201ENSMUST00000072633 1366 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.47■□□□□ 0.07
Cux1P53564 Kdm2b-203ENSMUST00000086200 4999 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC15.47■□□□□ 0.07
Cux1P53564 Arhgef17-201ENSMUST00000107032 10190 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC15.47■□□□□ 0.07
Cux1P53564 Ephb3-201ENSMUST00000006112 4185 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.47■□□□□ 0.07
Cux1P53564 Sept9-202ENSMUST00000093907 3616 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.46■□□□□ 0.07
Cux1P53564 Sfmbt2-203ENSMUST00000114862 1763 ntTSL 1 (best) BASIC15.46■□□□□ 0.07
Cux1P53564 Prom2-201ENSMUST00000028855 4796 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC15.46■□□□□ 0.07
Cux1P53564 Kirrel2-201ENSMUST00000045817 3352 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.46■□□□□ 0.07
Cux1P53564 Olfr452-202ENSMUST00000214465 1967 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC15.46■□□□□ 0.07
Cux1P53564 Igsf6-201ENSMUST00000047194 2175 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.46■□□□□ 0.07
Cux1P53564 Ldb3-201ENSMUST00000022327 5119 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC15.46■□□□□ 0.07
Cux1P53564 Pip5k1b-202ENSMUST00000112673 2387 ntTSL 1 (best) BASIC15.46■□□□□ 0.07
Cux1P53564 Gm8603-201ENSMUST00000115649 1515 ntBASIC15.46■□□□□ 0.07
Cux1P53564 Sorbs2-228ENSMUST00000153798 2667 ntTSL 1 (best) BASIC15.46■□□□□ 0.07
Cux1P53564 Cops7b-202ENSMUST00000121534 5383 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC15.46■□□□□ 0.07
Cux1P53564 Sertad4-201ENSMUST00000016406 3090 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC15.46■□□□□ 0.07
Cux1P53564 Sp4-201ENSMUST00000026367 5694 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.46■□□□□ 0.07
Cux1P53564 Bach2-202ENSMUST00000108180 8882 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC15.46■□□□□ 0.07
Cux1P53564 Tmem30c-203ENSMUST00000120112 3478 ntTSL 1 (best) BASIC15.46■□□□□ 0.07
Cux1P53564 Cox17-202ENSMUST00000120495 3690 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.46■□□□□ 0.07
Cux1P53564 Nadsyn1-201ENSMUST00000033415 2641 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.46■□□□□ 0.07
Cux1P53564 Atg2b-201ENSMUST00000041055 7546 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.46■□□□□ 0.07
Cux1P53564 Gm15570-201ENSMUST00000122093 625 ntBASIC15.46■□□□□ 0.07
Cux1P53564 Gm16304-201ENSMUST00000129972 775 ntBASIC15.46■□□□□ 0.07
Cux1P53564 Gm35665-201ENSMUST00000206742 1140 ntTSL 1 (best) BASIC15.46■□□□□ 0.07
Cux1P53564 AC118476.4-201ENSMUST00000215385 790 ntTSL 5 BASIC15.46■□□□□ 0.07
Cux1P53564 Gm16252-202ENSMUST00000215604 1232 ntTSL 5 BASIC15.46■□□□□ 0.07
Cux1P53564 9330159N22Rik-201ENSMUST00000221530 1031 ntBASIC15.46■□□□□ 0.07
Cux1P53564 Olfr1415-201ENSMUST00000071521 936 ntAPPRIS P1 BASIC15.46■□□□□ 0.07
Cux1P53564 Gm24146-201ENSMUST00000082760 321 ntBASIC15.46■□□□□ 0.07
Cux1P53564 2310034C09Rik-201ENSMUST00000089111 946 ntAPPRIS P1 BASIC15.46■□□□□ 0.07
Cux1P53564 Ido1-201ENSMUST00000033956 1560 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.46■□□□□ 0.07
Cux1P53564 Gm11100-201ENSMUST00000112652 1951 ntTSL 5 BASIC15.46■□□□□ 0.07
Cux1P53564 Nsg2-202ENSMUST00000093219 1974 ntTSL 1 (best) BASIC15.46■□□□□ 0.07
Cux1P53564 Klhl22-202ENSMUST00000120488 2596 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.46■□□□□ 0.07
Cux1P53564 Rbm10-204ENSMUST00000115374 3564 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC15.46■□□□□ 0.07
Cux1P53564 Shtn1-201ENSMUST00000047511 4081 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC15.46■□□□□ 0.07
Cux1P53564 Celf2-211ENSMUST00000142941 2338 ntTSL 5 BASIC15.46■□□□□ 0.06
Cux1P53564 Celf2-213ENSMUST00000150624 2332 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC15.46■□□□□ 0.06
Cux1P53564 AC159195.3-201ENSMUST00000225162 2211 ntBASIC15.46■□□□□ 0.06
Cux1P53564 Extl3-201ENSMUST00000022550 5977 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC15.46■□□□□ 0.06
Cux1P53564 Mapt-204ENSMUST00000106992 5253 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.46■□□□□ 0.06
Cux1P53564 Rsph14-203ENSMUST00000159994 1728 ntTSL 5 BASIC15.46■□□□□ 0.06
Cux1P53564 Pfn4-201ENSMUST00000020967 1306 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.45■□□□□ 0.06
Cux1P53564 Pitpnm2-205ENSMUST00000161273 6792 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC15.45■□□□□ 0.06
Cux1P53564 Galr1-201ENSMUST00000065224 2871 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.45■□□□□ 0.06
Cux1P53564 Calhm2-201ENSMUST00000035822 2458 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.45■□□□□ 0.06
Cux1P53564 Zfp61-201ENSMUST00000077780 2480 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.45■□□□□ 0.06
Cux1P53564 Mbnl1-203ENSMUST00000191747 4046 ntTSL 1 (best) BASIC15.45■□□□□ 0.06
Cux1P53564 Nfya-201ENSMUST00000046719 3645 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC15.45■□□□□ 0.06
Cux1P53564 Gm33351-202ENSMUST00000215428 1677 ntTSL 5 BASIC15.45■□□□□ 0.06
Cux1P53564 Kcne2-201ENSMUST00000047383 1690 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.45■□□□□ 0.06
Cux1P53564 Map2k7-204ENSMUST00000110995 1558 ntTSL 1 (best) BASIC15.45■□□□□ 0.06
Cux1P53564 Gm44570-201ENSMUST00000207526 3698 ntTSL 1 (best) BASIC15.45■□□□□ 0.06
Cux1P53564 Prkd1-201ENSMUST00000002765 3653 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.45■□□□□ 0.06
Cux1P53564 Sav1-201ENSMUST00000021467 2524 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.45■□□□□ 0.06
Cux1P53564 Grpel2-201ENSMUST00000062991 4030 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.45■□□□□ 0.06
Cux1P53564 Gm14326-203ENSMUST00000108932 888 ntTSL 1 (best) BASIC15.45■□□□□ 0.06
Cux1P53564 Magea7-ps-201ENSMUST00000117727 960 ntBASIC15.45■□□□□ 0.06
Cux1P53564 Fank1-202ENSMUST00000121560 475 ntTSL 5 BASIC15.45■□□□□ 0.06
Cux1P53564 Gm25661-201ENSMUST00000157704 296 ntBASIC15.45■□□□□ 0.06
Cux1P53564 Gm5710-201ENSMUST00000183020 995 ntBASIC15.45■□□□□ 0.06
Cux1P53564 Gm8449-201ENSMUST00000185532 988 ntBASIC15.45■□□□□ 0.06
Cux1P53564 1700083H02Rik-201ENSMUST00000190526 637 ntTSL 1 (best) BASIC15.45■□□□□ 0.06
Cux1P53564 Gm29718-201ENSMUST00000193396 477 ntBASIC15.45■□□□□ 0.06
Cux1P53564 Rasgrp4-212ENSMUST00000204194 2993 ntTSL 5 BASIC15.45■□□□□ 0.06
Cux1P53564 Gm29725-201ENSMUST00000206614 407 ntBASIC15.45■□□□□ 0.06
Cux1P53564 Gm46391-201ENSMUST00000220704 203 ntBASIC15.45■□□□□ 0.06
Cux1P53564 Rnase11-201ENSMUST00000076106 713 ntAPPRIS P1 BASIC15.45■□□□□ 0.06
Retrieved 100 of 76,532 protein–RNA pairs in 63.9 ms