Protein–RNA interactions for Protein: Q9D5Y1

Ccdc39, Coiled-coil domain-containing protein 39, mousemouse

Predictions only

Length 937 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (Experimental data)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
Ccdc39Q9D5Y1 Etv4-201ENSMUST00000017868 2395 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC23.39■■□□□ 1.33
Ccdc39Q9D5Y1 Anapc1-202ENSMUST00000110332 1214 ntTSL 1 (best) BASIC23.39■■□□□ 1.33
Ccdc39Q9D5Y1 Wdfy1-202ENSMUST00000113510 704 ntTSL 1 (best) BASIC23.39■■□□□ 1.33
Ccdc39Q9D5Y1 Wdfy1-203ENSMUST00000113511 704 ntTSL 5 BASIC23.39■■□□□ 1.33
Ccdc39Q9D5Y1 Gm37564-201ENSMUST00000195000 330 ntTSL 5 BASIC23.39■■□□□ 1.33
Ccdc39Q9D5Y1 Wdfy1-201ENSMUST00000048820 717 ntTSL 1 (best) BASIC23.39■■□□□ 1.33
Ccdc39Q9D5Y1 Rrad-201ENSMUST00000034351 1577 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.39■■□□□ 1.33
Ccdc39Q9D5Y1 Pdp1-204ENSMUST00000108299 2588 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC23.39■■□□□ 1.33
Ccdc39Q9D5Y1 Nipsnap2-201ENSMUST00000086046 2112 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.38■■□□□ 1.33
Ccdc39Q9D5Y1 Dusp26-205ENSMUST00000170204 1627 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC23.38■■□□□ 1.33
Ccdc39Q9D5Y1 Lsr-203ENSMUST00000108116 2071 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.38■■□□□ 1.33
Ccdc39Q9D5Y1 Ninj1-201ENSMUST00000049022 1187 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.38■■□□□ 1.33
Ccdc39Q9D5Y1 Krtap5-3-202ENSMUST00000187512 1652 ntAPPRIS P2 BASIC23.38■■□□□ 1.33
Ccdc39Q9D5Y1 Ung-201ENSMUST00000031587 1985 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.38■■□□□ 1.33
Ccdc39Q9D5Y1 Ankrd9-203ENSMUST00000135131 1563 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC23.37■■□□□ 1.33
Ccdc39Q9D5Y1 Hdhd2-206ENSMUST00000145634 1585 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC23.37■■□□□ 1.33
Ccdc39Q9D5Y1 Gm8495-201ENSMUST00000188740 694 ntBASIC23.37■■□□□ 1.33
Ccdc39Q9D5Y1 Cisd1-201ENSMUST00000045887 1084 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.37■■□□□ 1.33
Ccdc39Q9D5Y1 Ercc6l2-208ENSMUST00000144763 1820 ntTSL 1 (best) BASIC23.37■■□□□ 1.33
Ccdc39Q9D5Y1 Zbtb7a-204ENSMUST00000121840 1676 ntTSL 1 (best) BASIC23.37■■□□□ 1.33
Ccdc39Q9D5Y1 Rapgef1-201ENSMUST00000091146 6212 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.37■■□□□ 1.33
Ccdc39Q9D5Y1 Sh3bp1-204ENSMUST00000109698 1923 ntTSL 1 (best) BASIC23.37■■□□□ 1.33
Ccdc39Q9D5Y1 Cbln2-201ENSMUST00000068423 2475 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.37■■□□□ 1.33
Ccdc39Q9D5Y1 Ajap1-201ENSMUST00000105646 3048 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC23.36■■□□□ 1.33
Ccdc39Q9D5Y1 Ssx2ip-203ENSMUST00000106151 3232 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.36■■□□□ 1.33
Ccdc39Q9D5Y1 Bsg-205ENSMUST00000179781 1261 ntTSL 1 (best) BASIC23.36■■□□□ 1.33
Ccdc39Q9D5Y1 Krtap5-3-201ENSMUST00000084414 1074 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC23.36■■□□□ 1.33
Ccdc39Q9D5Y1 Tex264-202ENSMUST00000163441 1896 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.36■■□□□ 1.33
Ccdc39Q9D5Y1 Kcnip1-201ENSMUST00000065970 1749 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.36■■□□□ 1.33
Ccdc39Q9D5Y1 Ubl3-201ENSMUST00000079324 2537 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.35■■□□□ 1.33
Ccdc39Q9D5Y1 3110053B16Rik-202ENSMUST00000140360 2004 ntTSL 1 (best) BASIC23.35■■□□□ 1.33
Ccdc39Q9D5Y1 Art5-201ENSMUST00000094128 1518 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC23.35■■□□□ 1.33
Ccdc39Q9D5Y1 Gm11421-201ENSMUST00000122124 294 ntBASIC23.35■■□□□ 1.33
Ccdc39Q9D5Y1 Gm11650-201ENSMUST00000141271 1145 ntTSL 1 (best) BASIC23.35■■□□□ 1.33
Ccdc39Q9D5Y1 Plac9b-203ENSMUST00000184142 1040 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.35■■□□□ 1.33
Ccdc39Q9D5Y1 Gm6899-201ENSMUST00000089614 622 ntAPPRIS P1 BASIC23.35■■□□□ 1.33
Ccdc39Q9D5Y1 Trp73os-201ENSMUST00000143429 2192 ntTSL 1 (best) BASIC23.35■■□□□ 1.33
Ccdc39Q9D5Y1 Cpsf4-202ENSMUST00000160422 1756 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC23.35■■□□□ 1.33
Ccdc39Q9D5Y1 Fam49b-202ENSMUST00000164532 1770 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.35■■□□□ 1.33
Ccdc39Q9D5Y1 Prkab1-201ENSMUST00000031486 2089 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.34■■□□□ 1.33
Ccdc39Q9D5Y1 Gm9934-201ENSMUST00000098303 2077 ntTSL 1 (best) BASIC23.34■■□□□ 1.33
Ccdc39Q9D5Y1 Dynll2-201ENSMUST00000020775 2476 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.34■■□□□ 1.33
Ccdc39Q9D5Y1 Cnpy3-202ENSMUST00000121671 561 ntTSL 2 BASIC23.34■■□□□ 1.33
Ccdc39Q9D5Y1 Cmc4-201ENSMUST00000033543 992 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.34■■□□□ 1.33
Ccdc39Q9D5Y1 Tspan17-202ENSMUST00000099503 822 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC23.34■■□□□ 1.33
Ccdc39Q9D5Y1 Ets1-202ENSMUST00000050797 1976 ntTSL 1 (best) BASIC23.34■■□□□ 1.33
Ccdc39Q9D5Y1 Fam149b-204ENSMUST00000090503 2053 ntTSL 1 (best) BASIC23.34■■□□□ 1.33
Ccdc39Q9D5Y1 Cdkl3-202ENSMUST00000063321 2008 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.33■■□□□ 1.33
Ccdc39Q9D5Y1 Efcc1-201ENSMUST00000032132 2729 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC23.33■■□□□ 1.33
Ccdc39Q9D5Y1 Csnk1a1-207ENSMUST00000166990 1860 ntTSL 5 BASIC23.33■■□□□ 1.33
Ccdc39Q9D5Y1 Stac3-201ENSMUST00000035839 1790 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.33■■□□□ 1.33
Ccdc39Q9D5Y1 Lgr4-202ENSMUST00000111037 4988 ntTSL 5 BASIC23.33■■□□□ 1.33
Ccdc39Q9D5Y1 Kctd9-201ENSMUST00000078053 3157 ntTSL 1 (best) BASIC23.33■■□□□ 1.32
Ccdc39Q9D5Y1 Fdxacb1-203ENSMUST00000176335 1817 ntTSL 1 (best) BASIC23.33■■□□□ 1.32
Ccdc39Q9D5Y1 Nup153-201ENSMUST00000021803 6109 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.32■■□□□ 1.32
Ccdc39Q9D5Y1 Gm37035-201ENSMUST00000194809 2148 ntBASIC23.32■■□□□ 1.32
Ccdc39Q9D5Y1 1700030C10Rik-201ENSMUST00000110971 1471 ntBASIC23.32■■□□□ 1.32
Ccdc39Q9D5Y1 Morf4l1-211ENSMUST00000191189 1223 ntTSL 5 BASIC23.32■■□□□ 1.32
Ccdc39Q9D5Y1 Gins3-202ENSMUST00000212434 654 ntTSL 2 BASIC23.32■■□□□ 1.32
Ccdc39Q9D5Y1 Gm5874-201ENSMUST00000096101 508 ntBASIC23.32■■□□□ 1.32
Ccdc39Q9D5Y1 Dus1l-203ENSMUST00000106135 1863 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC23.32■■□□□ 1.32
Ccdc39Q9D5Y1 Dusp14-202ENSMUST00000100705 1447 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.32■■□□□ 1.32
Ccdc39Q9D5Y1 Pomgnt1-203ENSMUST00000106498 2719 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.32■■□□□ 1.32
Ccdc39Q9D5Y1 Raph1-202ENSMUST00000090293 2409 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC23.31■■□□□ 1.32
Ccdc39Q9D5Y1 Rasa1-201ENSMUST00000109552 4563 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.31■■□□□ 1.32
Ccdc39Q9D5Y1 Gm7102-201ENSMUST00000180168 1624 ntAPPRIS P1 BASIC23.31■■□□□ 1.32
Ccdc39Q9D5Y1 Pus1-203ENSMUST00000086643 1868 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC23.31■■□□□ 1.32
Ccdc39Q9D5Y1 E130218I03Rik-201ENSMUST00000122952 943 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.31■■□□□ 1.32
Ccdc39Q9D5Y1 Sumo3-209ENSMUST00000174113 512 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC23.31■■□□□ 1.32
Ccdc39Q9D5Y1 AC114678.1-201ENSMUST00000219640 622 ntTSL 3 BASIC23.31■■□□□ 1.32
Ccdc39Q9D5Y1 Mtfmt-201ENSMUST00000074792 2042 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.31■■□□□ 1.32
Ccdc39Q9D5Y1 Spint1-202ENSMUST00000110816 1913 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC23.31■■□□□ 1.32
Ccdc39Q9D5Y1 Bcl10-201ENSMUST00000029842 1949 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.31■■□□□ 1.32
Ccdc39Q9D5Y1 Baiap2-201ENSMUST00000026436 2394 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC23.3■■□□□ 1.32
Ccdc39Q9D5Y1 Slc12a2-201ENSMUST00000115366 6520 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.3■■□□□ 1.32
Ccdc39Q9D5Y1 Chadl-201ENSMUST00000072910 2548 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC23.3■■□□□ 1.32
Ccdc39Q9D5Y1 Homer1-206ENSMUST00000109493 2580 ntTSL 5 BASIC23.3■■□□□ 1.32
Ccdc39Q9D5Y1 Gm15270-201ENSMUST00000125158 870 ntTSL 3 BASIC23.3■■□□□ 1.32
Ccdc39Q9D5Y1 Gm27027-201ENSMUST00000183110 547 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC23.3■■□□□ 1.32
Ccdc39Q9D5Y1 Akr7a5-201ENSMUST00000073787 1288 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.3■■□□□ 1.32
Ccdc39Q9D5Y1 Snx21-206ENSMUST00000174070 1446 ntTSL 5 BASIC23.3■■□□□ 1.32
Ccdc39Q9D5Y1 Hsf1-207ENSMUST00000228371 2102 ntBASIC23.3■■□□□ 1.32
Ccdc39Q9D5Y1 Smox-202ENSMUST00000110179 1320 ntTSL 1 (best) BASIC23.3■■□□□ 1.32
Ccdc39Q9D5Y1 Ankrd33b-203ENSMUST00000110410 2070 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC23.29■■□□□ 1.32
Ccdc39Q9D5Y1 Gm12063-201ENSMUST00000148087 715 ntTSL 2 BASIC23.29■■□□□ 1.32
Ccdc39Q9D5Y1 Jsrp1-203ENSMUST00000181039 1108 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC23.29■■□□□ 1.32
Ccdc39Q9D5Y1 Nabp2-201ENSMUST00000026439 1130 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.29■■□□□ 1.32
Ccdc39Q9D5Y1 Moap1-201ENSMUST00000173760 1312 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC23.29■■□□□ 1.32
Ccdc39Q9D5Y1 Lacc1-201ENSMUST00000062789 2444 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.29■■□□□ 1.32
Ccdc39Q9D5Y1 Cotl1-202ENSMUST00000168698 1520 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.28■■□□□ 1.32
Ccdc39Q9D5Y1 Syap1-201ENSMUST00000033723 2087 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.28■■□□□ 1.32
Ccdc39Q9D5Y1 Wbp1-201ENSMUST00000032111 1419 ntTSL 1 (best) BASIC23.28■■□□□ 1.32
Ccdc39Q9D5Y1 Gpr3-201ENSMUST00000052090 1116 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.28■■□□□ 1.32
Ccdc39Q9D5Y1 Vamp5-201ENSMUST00000074231 553 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.28■■□□□ 1.32
Ccdc39Q9D5Y1 Trak1-208ENSMUST00000210636 2197 ntTSL 1 (best) BASIC23.28■■□□□ 1.32
Ccdc39Q9D5Y1 Ccnd3-201ENSMUST00000037333 1999 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.27■■□□□ 1.32
Ccdc39Q9D5Y1 Hnrnpab-203ENSMUST00000109103 1437 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.27■■□□□ 1.32
Ccdc39Q9D5Y1 Clip1-205ENSMUST00000111566 6133 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC23.27■■□□□ 1.32
Ccdc39Q9D5Y1 Maf1-205ENSMUST00000160853 1651 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC23.27■■□□□ 1.32
Ccdc39Q9D5Y1 Gm9817-201ENSMUST00000054395 2531 ntAPPRIS P1 BASIC23.27■■□□□ 1.32
Retrieved 100 of 76,532 protein–RNA pairs in 27.4 ms