Protein–RNA interactions for Protein: Q3U319

Rnf40, E3 ubiquitin-protein ligase BRE1B, mousemouse

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Length 1,001 aa.

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Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (Experimental data)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
Rnf40Q3U319 Plpp1-201ENSMUST00000016144 1598 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC20.4■□□□□ 0.86
Rnf40Q3U319 Krtap28-13-201ENSMUST00000188005 992 ntAPPRIS P1 BASIC20.4■□□□□ 0.86
Rnf40Q3U319 Lrrc36-204ENSMUST00000213547 2396 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC20.4■□□□□ 0.86
Rnf40Q3U319 Pard6a-201ENSMUST00000093195 1265 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC20.4■□□□□ 0.86
Rnf40Q3U319 Gas1-201ENSMUST00000065086 2961 ntAPPRIS ALT2 BASIC20.4■□□□□ 0.86
Rnf40Q3U319 Soga1-201ENSMUST00000069098 7864 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.4■□□□□ 0.86
Rnf40Q3U319 Gm43182-201ENSMUST00000199476 2528 ntBASIC20.4■□□□□ 0.86
Rnf40Q3U319 Mzt1-201ENSMUST00000042662 2240 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.39■□□□□ 0.86
Rnf40Q3U319 Kcnb1-201ENSMUST00000059826 4015 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.39■□□□□ 0.85
Rnf40Q3U319 Gm16192-201ENSMUST00000148357 937 ntTSL 1 (best) BASIC20.39■□□□□ 0.85
Rnf40Q3U319 Xkr4-201ENSMUST00000070533 3634 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.39■□□□□ 0.85
Rnf40Q3U319 Hsdl1-201ENSMUST00000036049 3141 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.39■□□□□ 0.85
Rnf40Q3U319 Hpse-202ENSMUST00000112908 1958 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC20.39■□□□□ 0.85
Rnf40Q3U319 Map4k4-201ENSMUST00000163854 5782 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC20.39■□□□□ 0.85
Rnf40Q3U319 Pomgnt1-203ENSMUST00000106498 2719 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.39■□□□□ 0.85
Rnf40Q3U319 Nol4l-201ENSMUST00000035346 6399 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.38■□□□□ 0.85
Rnf40Q3U319 Itgb5-201ENSMUST00000069345 3056 ntTSL 1 (best) BASIC20.38■□□□□ 0.85
Rnf40Q3U319 Syncrip-205ENSMUST00000173801 2944 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC20.38■□□□□ 0.85
Rnf40Q3U319 Chd3os-201ENSMUST00000129321 2081 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.38■□□□□ 0.85
Rnf40Q3U319 Dlg1-205ENSMUST00000115201 3248 ntTSL 5 BASIC20.38■□□□□ 0.85
Rnf40Q3U319 Gm15918-201ENSMUST00000137259 689 ntTSL 3 BASIC20.38■□□□□ 0.85
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Rnf40Q3U319 Sigmar1-201ENSMUST00000059354 1640 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.38■□□□□ 0.85
Rnf40Q3U319 2310035C23Rik-202ENSMUST00000086721 5414 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC20.37■□□□□ 0.85
Rnf40Q3U319 Socs6-203ENSMUST00000125362 2814 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.37■□□□□ 0.85
Rnf40Q3U319 Nol9-202ENSMUST00000103197 2271 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC20.37■□□□□ 0.85
Rnf40Q3U319 Arid1b-201ENSMUST00000092723 7150 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC20.37■□□□□ 0.85
Rnf40Q3U319 Gsc2-201ENSMUST00000012279 1172 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.37■□□□□ 0.85
Rnf40Q3U319 Grk6-206ENSMUST00000224995 2971 ntBASIC20.37■□□□□ 0.85
Rnf40Q3U319 Tulp1-201ENSMUST00000041819 2017 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.37■□□□□ 0.85
Rnf40Q3U319 Ank1-207ENSMUST00000118733 8201 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC20.37■□□□□ 0.85
Rnf40Q3U319 Akt1s1-204ENSMUST00000107885 1812 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC20.37■□□□□ 0.85
Rnf40Q3U319 Rbm15b-201ENSMUST00000055843 6511 ntAPPRIS P1 BASIC20.36■□□□□ 0.85
Rnf40Q3U319 Dnpep-204ENSMUST00000185797 2510 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC20.36■□□□□ 0.85
Rnf40Q3U319 Nsun2-202ENSMUST00000109699 2834 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC20.36■□□□□ 0.85
Rnf40Q3U319 Cacul1-202ENSMUST00000111460 5561 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC20.36■□□□□ 0.85
Rnf40Q3U319 Ezh2-204ENSMUST00000114618 2775 ntTSL 1 (best) BASIC20.36■□□□□ 0.85
Rnf40Q3U319 Ptar1-201ENSMUST00000099560 2064 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC20.36■□□□□ 0.85
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Rnf40Q3U319 Csf2ra-201ENSMUST00000076046 1849 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.36■□□□□ 0.85
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Rnf40Q3U319 Lhfp-201ENSMUST00000059562 2108 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.35■□□□□ 0.85
Rnf40Q3U319 Zfp623-201ENSMUST00000037260 2463 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.34■□□□□ 0.85
Rnf40Q3U319 Plin5-202ENSMUST00000113072 1986 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.34■□□□□ 0.85
Rnf40Q3U319 B4galt4-205ENSMUST00000114712 2168 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.34■□□□□ 0.85
Rnf40Q3U319 Spata2l-201ENSMUST00000098327 2380 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.34■□□□□ 0.85
Rnf40Q3U319 Art5-204ENSMUST00000106937 1713 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.34■□□□□ 0.85
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Rnf40Q3U319 Krt24-201ENSMUST00000017255 1847 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.34■□□□□ 0.85
Rnf40Q3U319 Ddx41-201ENSMUST00000021956 2205 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.34■□□□□ 0.85
Rnf40Q3U319 B3galnt2-207ENSMUST00000221974 2439 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.34■□□□□ 0.85
Rnf40Q3U319 Lifr-202ENSMUST00000164529 2844 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC20.34■□□□□ 0.85
Rnf40Q3U319 Gm26798-201ENSMUST00000181384 2837 ntTSL 5 BASIC20.34■□□□□ 0.85
Rnf40Q3U319 Gm6627-201ENSMUST00000218299 2386 ntBASIC20.34■□□□□ 0.85
Rnf40Q3U319 Nelfe-202ENSMUST00000165953 1381 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.34■□□□□ 0.85
Rnf40Q3U319 Sox10-201ENSMUST00000040019 2713 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.33■□□□□ 0.85
Rnf40Q3U319 Rcc1-202ENSMUST00000084250 2285 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.33■□□□□ 0.85
Rnf40Q3U319 Nudt11-201ENSMUST00000103007 3036 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.33■□□□□ 0.85
Rnf40Q3U319 Tmprss5-205ENSMUST00000170246 1491 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC20.33■□□□□ 0.85
Rnf40Q3U319 Plekha1-211ENSMUST00000151119 2397 ntTSL 1 (best) BASIC20.33■□□□□ 0.85
Rnf40Q3U319 Gm11599-201ENSMUST00000118720 878 ntBASIC20.33■□□□□ 0.85
Rnf40Q3U319 Gm11614-201ENSMUST00000137598 736 ntTSL 5 BASIC20.33■□□□□ 0.85
Rnf40Q3U319 Lsm4-205ENSMUST00000210987 636 ntTSL 5 BASIC20.33■□□□□ 0.85
Rnf40Q3U319 AC151971.4-201ENSMUST00000214717 704 ntBASIC20.33■□□□□ 0.85
Rnf40Q3U319 Dus3l-201ENSMUST00000007747 2303 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.33■□□□□ 0.84
Rnf40Q3U319 Slc25a4-201ENSMUST00000034049 1925 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.33■□□□□ 0.84
Rnf40Q3U319 Tmem164-204ENSMUST00000112889 1742 ntTSL 1 (best) BASIC20.33■□□□□ 0.84
Rnf40Q3U319 Taf4b-201ENSMUST00000169862 5149 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC20.33■□□□□ 0.84
Rnf40Q3U319 Zfp692-202ENSMUST00000153510 1887 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC20.33■□□□□ 0.84
Rnf40Q3U319 Meis3-205ENSMUST00000176506 1839 ntTSL 1 (best) BASIC20.32■□□□□ 0.84
Rnf40Q3U319 Lrrfip2-205ENSMUST00000196981 1839 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC20.32■□□□□ 0.84
Rnf40Q3U319 Gm5602-201ENSMUST00000146366 1763 ntTSL 1 (best) BASIC20.32■□□□□ 0.84
Rnf40Q3U319 Larp1b-202ENSMUST00000048490 2354 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC20.32■□□□□ 0.84
Rnf40Q3U319 Itsn2-201ENSMUST00000062580 5987 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC20.32■□□□□ 0.84
Rnf40Q3U319 Wdsub1-202ENSMUST00000102751 1526 ntTSL 1 (best) BASIC20.32■□□□□ 0.84
Rnf40Q3U319 2310022A10Rik-205ENSMUST00000187960 1989 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC20.32■□□□□ 0.84
Rnf40Q3U319 Pqlc3-201ENSMUST00000054536 1928 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.31■□□□□ 0.84
Retrieved 100 of 76,532 protein–RNA pairs in 18.8 ms