Protein–RNA interactions for Protein: P53564

Cux1, Homeobox protein cut-like 1, mousemouse

Predictions only

Length 1,515 aa.

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Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (Experimental data)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
Cux1P53564 Scaf1-206ENSMUST00000211735 4209 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.62■□□□□ 0.09
Cux1P53564 Tie1-201ENSMUST00000047421 4091 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.61■□□□□ 0.09
Cux1P53564 Srek1-201ENSMUST00000074616 3934 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC15.61■□□□□ 0.09
Cux1P53564 Oxct1-201ENSMUST00000110690 3527 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.61■□□□□ 0.09
Cux1P53564 Plcd4-206ENSMUST00000113750 2692 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.61■□□□□ 0.09
Cux1P53564 E2f7-201ENSMUST00000073781 5473 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.61■□□□□ 0.09
Cux1P53564 Ric3-201ENSMUST00000055993 5281 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC15.61■□□□□ 0.09
Cux1P53564 Gm38348-201ENSMUST00000191718 2273 ntBASIC15.61■□□□□ 0.09
Cux1P53564 Ccdc62-201ENSMUST00000094320 3924 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC15.61■□□□□ 0.09
Cux1P53564 Brd9-206ENSMUST00000222399 2430 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.61■□□□□ 0.09
Cux1P53564 Mx2-201ENSMUST00000024112 2417 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.61■□□□□ 0.09
Cux1P53564 Fthl17b-201ENSMUST00000105006 842 ntAPPRIS P1 BASIC15.61■□□□□ 0.09
Cux1P53564 Gm12726-201ENSMUST00000121621 601 ntBASIC15.61■□□□□ 0.09
Cux1P53564 Gm22762-201ENSMUST00000157395 137 ntBASIC15.61■□□□□ 0.09
Cux1P53564 Gm23899-201ENSMUST00000158112 90 ntBASIC15.61■□□□□ 0.09
Cux1P53564 Gm17084-201ENSMUST00000163843 511 ntBASIC15.61■□□□□ 0.09
Cux1P53564 Gm42821-201ENSMUST00000199771 489 ntBASIC15.61■□□□□ 0.09
Cux1P53564 4933400L20Rik-202ENSMUST00000211119 870 ntTSL 1 (best) BASIC15.61■□□□□ 0.09
Cux1P53564 Ccdc153-206ENSMUST00000216632 800 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC15.61■□□□□ 0.09
Cux1P53564 Fabp5-201ENSMUST00000029046 987 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.61■□□□□ 0.09
Cux1P53564 Ly6g5b-201ENSMUST00000062657 1046 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC15.61■□□□□ 0.09
Cux1P53564 Gm10134-201ENSMUST00000074761 381 ntAPPRIS P1 BASIC15.61■□□□□ 0.09
Cux1P53564 Zfp536-203ENSMUST00000176114 4341 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.61■□□□□ 0.09
Cux1P53564 Atl2-201ENSMUST00000068282 3618 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.61■□□□□ 0.09
Cux1P53564 Ncor2-205ENSMUST00000111398 8808 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC15.61■□□□□ 0.09
Cux1P53564 Mov10l1-203ENSMUST00000146993 4133 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC15.61■□□□□ 0.09
Cux1P53564 Ptgr1-201ENSMUST00000030069 2296 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.61■□□□□ 0.09
Cux1P53564 Prpf40b-208ENSMUST00000136980 3047 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC15.61■□□□□ 0.09
Cux1P53564 Ank3-205ENSMUST00000092433 5072 ntTSL 1 (best) BASIC15.61■□□□□ 0.09
Cux1P53564 Gm10754-202ENSMUST00000220233 1633 ntTSL 1 (best) BASIC15.61■□□□□ 0.09
Cux1P53564 Polm-201ENSMUST00000020767 2924 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.61■□□□□ 0.09
Cux1P53564 Lgals8-206ENSMUST00000135166 2416 ntTSL 1 (best) BASIC15.61■□□□□ 0.09
Cux1P53564 Zmynd8-203ENSMUST00000099084 5232 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC15.6■□□□□ 0.09
Cux1P53564 Sptbn5-204ENSMUST00000156159 3625 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC15.6■□□□□ 0.09
Cux1P53564 Susd5-201ENSMUST00000135338 4083 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.6■□□□□ 0.09
Cux1P53564 Ccl19-201ENSMUST00000102957 745 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC15.6■□□□□ 0.09
Cux1P53564 Mfap5-202ENSMUST00000118626 748 ntAPPRIS ALT2 TSL 3 BASIC15.6■□□□□ 0.09
Cux1P53564 Glns-ps1-201ENSMUST00000120291 1118 ntBASIC15.6■□□□□ 0.09
Cux1P53564 Cfap77-202ENSMUST00000157048 1042 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC15.6■□□□□ 0.09
Cux1P53564 4930519F09Rik-201ENSMUST00000159347 618 ntTSL 1 (best) BASIC15.6■□□□□ 0.09
Cux1P53564 E130114P18Rik-209ENSMUST00000186369 306 ntTSL 5 BASIC15.6■□□□□ 0.09
Cux1P53564 Gm28167-201ENSMUST00000187644 550 ntTSL 1 (best) BASIC15.6■□□□□ 0.09
Cux1P53564 Gm28180-201ENSMUST00000189608 722 ntBASIC15.6■□□□□ 0.09
Cux1P53564 AC118704.1-201ENSMUST00000225022 695 ntBASIC15.6■□□□□ 0.09
Cux1P53564 Cryaa-206ENSMUST00000228716 1117 ntAPPRIS P1 BASIC15.6■□□□□ 0.09
Cux1P53564 Pvalb-201ENSMUST00000005860 977 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.6■□□□□ 0.09
Cux1P53564 Olfr403-201ENSMUST00000076675 942 ntAPPRIS P1 BASIC15.6■□□□□ 0.09
Cux1P53564 Olfr43-201ENSMUST00000078936 1092 ntAPPRIS P1 BASIC15.6■□□□□ 0.09
Cux1P53564 Zfp423-201ENSMUST00000052250 4510 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.6■□□□□ 0.09
Cux1P53564 Gm11685-201ENSMUST00000141559 1332 ntTSL 1 (best) BASIC15.6■□□□□ 0.09
Cux1P53564 Ccdc189-201ENSMUST00000072155 2536 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.6■□□□□ 0.09
Cux1P53564 Gm17026-201ENSMUST00000166674 1379 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.6■□□□□ 0.09
Cux1P53564 Gm17124-201ENSMUST00000168320 1379 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC15.6■□□□□ 0.09
Cux1P53564 Prr13-205ENSMUST00000171245 1353 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.6■□□□□ 0.09
Cux1P53564 H2-Ob-201ENSMUST00000095342 2671 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.6■□□□□ 0.09
Cux1P53564 Eef2k-203ENSMUST00000106488 2537 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.6■□□□□ 0.09
Cux1P53564 Aoc2-201ENSMUST00000041095 2543 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.6■□□□□ 0.09
Cux1P53564 Gm10408-201ENSMUST00000096168 1512 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC15.59■□□□□ 0.09
Cux1P53564 Plscr4-201ENSMUST00000034941 3204 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.59■□□□□ 0.09
Cux1P53564 Hk3-201ENSMUST00000052949 3219 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.59■□□□□ 0.09
Cux1P53564 Ppp1r10-202ENSMUST00000087211 4255 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC15.59■□□□□ 0.09
Cux1P53564 Gphb5-201ENSMUST00000051079 1612 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.59■□□□□ 0.09
Cux1P53564 Gm16058-201ENSMUST00000124392 427 ntTSL 2 BASIC15.59■□□□□ 0.09
Cux1P53564 Lyrm7os-201ENSMUST00000154044 928 ntTSL 1 (best) BASIC15.59■□□□□ 0.09
Cux1P53564 Gm3466-201ENSMUST00000181797 1192 ntBASIC15.59■□□□□ 0.09
Cux1P53564 Mir6366-201ENSMUST00000184472 82 ntBASIC15.59■□□□□ 0.09
Cux1P53564 Ucma-205ENSMUST00000195688 554 ntTSL 1 (best) BASIC15.59■□□□□ 0.09
Cux1P53564 Gm17806-201ENSMUST00000195844 383 ntBASIC15.59■□□□□ 0.09
Cux1P53564 Gm45060-201ENSMUST00000203293 593 ntTSL 1 (best) BASIC15.59■□□□□ 0.09
Cux1P53564 Flt3l-210ENSMUST00000211246 852 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.59■□□□□ 0.09
Cux1P53564 Gm18029-201ENSMUST00000219973 844 ntBASIC15.59■□□□□ 0.09
Cux1P53564 Gm5788-201ENSMUST00000220499 435 ntAPPRIS P1 BASIC15.59■□□□□ 0.09
Cux1P53564 AC122357.1-202ENSMUST00000221436 633 ntTSL 2 BASIC15.59■□□□□ 0.09
Cux1P53564 AC159244.2-201ENSMUST00000222051 220 ntTSL 3 BASIC15.59■□□□□ 0.09
Cux1P53564 Eps15l1-201ENSMUST00000163643 3129 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.59■□□□□ 0.09
Cux1P53564 Lin54-209ENSMUST00000152387 2760 ntTSL 5 BASIC15.59■□□□□ 0.09
Cux1P53564 Hipk2-204ENSMUST00000160360 3907 ntTSL 1 (best) BASIC15.59■□□□□ 0.09
Cux1P53564 Haus6-201ENSMUST00000070607 6158 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.59■□□□□ 0.09
Cux1P53564 AC110091.3-201ENSMUST00000213406 1304 ntTSL 5 BASIC15.59■□□□□ 0.09
Cux1P53564 Ppef2-202ENSMUST00000201130 2878 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.59■□□□□ 0.09
Cux1P53564 Calr3-202ENSMUST00000109974 1371 ntTSL 1 (best) BASIC15.59■□□□□ 0.09
Cux1P53564 Sept11-207ENSMUST00000202217 1380 ntTSL 5 BASIC15.59■□□□□ 0.09
Cux1P53564 Gm16387-201ENSMUST00000180990 2632 ntBASIC15.59■□□□□ 0.09
Cux1P53564 AC159819.3-201ENSMUST00000216940 1837 ntBASIC15.59■□□□□ 0.09
Cux1P53564 Pcdh15-221ENSMUST00000146682 1891 ntTSL 1 (best) BASIC15.59■□□□□ 0.09
Cux1P53564 Klhl29-202ENSMUST00000218384 2716 ntTSL 1 (best) BASIC15.59■□□□□ 0.09
Cux1P53564 Nf2-202ENSMUST00000056290 2394 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC15.59■□□□□ 0.09
Cux1P53564 AC110091.2-201ENSMUST00000215107 1512 ntTSL 5 BASIC15.59■□□□□ 0.09
Cux1P53564 Mobp-202ENSMUST00000093773 3286 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.59■□□□□ 0.09
Cux1P53564 Tmem87a-201ENSMUST00000090042 2874 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.59■□□□□ 0.09
Cux1P53564 Zfp354b-201ENSMUST00000109124 2455 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.59■□□□□ 0.09
Cux1P53564 Cacna1g-207ENSMUST00000107789 8383 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC15.59■□□□□ 0.09
Cux1P53564 Ablim2-204ENSMUST00000114204 2953 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC15.59■□□□□ 0.09
Cux1P53564 Rufy3-202ENSMUST00000196686 2077 ntTSL 1 (best) BASIC15.59■□□□□ 0.09
Cux1P53564 Sorcs1-202ENSMUST00000111756 3617 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC15.59■□□□□ 0.09
Cux1P53564 Sorcs1-207ENSMUST00000211008 3617 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC15.59■□□□□ 0.09
Cux1P53564 Slx4ip-206ENSMUST00000180277 2723 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC15.58■□□□□ 0.09
Cux1P53564 Gm38140-201ENSMUST00000193617 2755 ntBASIC15.58■□□□□ 0.09
Cux1P53564 Srsf7-201ENSMUST00000063417 2279 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.58■□□□□ 0.09
Cux1P53564 Trpv3-201ENSMUST00000049676 5835 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.58■□□□□ 0.09
Retrieved 100 of 76,532 protein–RNA pairs in 65.9 ms