Protein–RNA interactions for Protein: Q4QRL3

Ccdc88b, Coiled-coil domain-containing protein 88B, mousemouse

Predictions only

Length 1,481 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (Experimental data)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
Ccdc88bQ4QRL3 Cck-203ENSMUST00000215228 783 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC32.82■■■□□ 2.84
Ccdc88bQ4QRL3 Wrnip1-201ENSMUST00000021832 2633 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC32.82■■■□□ 2.84
Ccdc88bQ4QRL3 Hpca-201ENSMUST00000030572 1525 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC32.82■■■□□ 2.84
Ccdc88bQ4QRL3 Sohlh1-201ENSMUST00000076989 1289 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC32.81■■■□□ 2.84
Ccdc88bQ4QRL3 Fdxacb1-203ENSMUST00000176335 1817 ntTSL 1 (best) BASIC32.81■■■□□ 2.84
Ccdc88bQ4QRL3 Mtfmt-201ENSMUST00000074792 2042 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC32.81■■■□□ 2.84
Ccdc88bQ4QRL3 Nipsnap2-205ENSMUST00000186265 1600 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC32.81■■■□□ 2.84
Ccdc88bQ4QRL3 Dbf4-201ENSMUST00000002368 2401 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC32.8■■■□□ 2.84
Ccdc88bQ4QRL3 Cmtm7-204ENSMUST00000216760 665 ntTSL 1 (best) BASIC32.8■■■□□ 2.84
Ccdc88bQ4QRL3 CT030146.1-201ENSMUST00000220919 217 ntBASIC32.8■■■□□ 2.84
Ccdc88bQ4QRL3 Oxld1-201ENSMUST00000044007 813 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC32.8■■■□□ 2.84
Ccdc88bQ4QRL3 Ihh-201ENSMUST00000164097 2468 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC32.8■■■□□ 2.84
Ccdc88bQ4QRL3 Pomgnt1-203ENSMUST00000106498 2719 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC32.8■■■□□ 2.84
Ccdc88bQ4QRL3 Cnrip1-201ENSMUST00000058159 1654 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC32.8■■■□□ 2.84
Ccdc88bQ4QRL3 Mfap4-201ENSMUST00000040522 939 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC32.8■■■□□ 2.84
Ccdc88bQ4QRL3 Hopxos-201ENSMUST00000148568 1661 ntTSL 1 (best) BASIC32.79■■■□□ 2.84
Ccdc88bQ4QRL3 Hoxd1-201ENSMUST00000047793 1862 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC32.79■■■□□ 2.84
Ccdc88bQ4QRL3 Zdhhc4-201ENSMUST00000001900 1364 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC32.79■■■□□ 2.84
Ccdc88bQ4QRL3 Kctd17-206ENSMUST00000162517 901 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC32.79■■■□□ 2.84
Ccdc88bQ4QRL3 Kctd17-209ENSMUST00000166142 826 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC32.79■■■□□ 2.84
Ccdc88bQ4QRL3 Prmt1-210ENSMUST00000208829 621 ntTSL 5 BASIC32.79■■■□□ 2.84
Ccdc88bQ4QRL3 Tinagl1-202ENSMUST00000105998 1976 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC32.78■■■□□ 2.84
Ccdc88bQ4QRL3 Nrxn1-213ENSMUST00000172466 2477 ntTSL 5 BASIC32.78■■■□□ 2.84
Ccdc88bQ4QRL3 Gm29394-202ENSMUST00000176935 1326 ntAPPRIS P5 TSL 2 BASIC32.78■■■□□ 2.84
Ccdc88bQ4QRL3 Rab28-203ENSMUST00000201422 1697 ntTSL 5 BASIC32.78■■■□□ 2.84
Ccdc88bQ4QRL3 Ubl3-202ENSMUST00000164904 2001 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC32.78■■■□□ 2.84
Ccdc88bQ4QRL3 Pgam5-201ENSMUST00000059229 2044 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC32.78■■■□□ 2.84
Ccdc88bQ4QRL3 Espn-205ENSMUST00000084114 1645 ntTSL 1 (best) BASIC32.78■■■□□ 2.84
Ccdc88bQ4QRL3 Gm4553-201ENSMUST00000168049 714 ntAPPRIS ALT2 BASIC32.78■■■□□ 2.84
Ccdc88bQ4QRL3 Gm26507-201ENSMUST00000181838 1410 ntTSL 1 (best) BASIC32.78■■■□□ 2.84
Ccdc88bQ4QRL3 Nipsnap2-201ENSMUST00000086046 2112 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC32.77■■■□□ 2.84
Ccdc88bQ4QRL3 Cant1-205ENSMUST00000106289 1600 ntTSL 1 (best) BASIC32.77■■■□□ 2.84
Ccdc88bQ4QRL3 Gm26682-201ENSMUST00000180850 1729 ntTSL 1 (best) BASIC32.77■■■□□ 2.84
Ccdc88bQ4QRL3 M5C1000I18Rik-202ENSMUST00000186205 1414 ntTSL 1 (best) BASIC32.77■■■□□ 2.84
Ccdc88bQ4QRL3 Cdkl3-202ENSMUST00000063321 2008 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC32.77■■■□□ 2.84
Ccdc88bQ4QRL3 Spats2-201ENSMUST00000063517 3065 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC32.77■■■□□ 2.84
Ccdc88bQ4QRL3 Zfp467-201ENSMUST00000101443 599 ntTSL 1 (best) BASIC32.77■■■□□ 2.84
Ccdc88bQ4QRL3 Dkk4-201ENSMUST00000033936 1315 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC32.76■■■□□ 2.84
Ccdc88bQ4QRL3 Tead2-201ENSMUST00000033060 2140 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC32.76■■■□□ 2.84
Ccdc88bQ4QRL3 Matr3-209ENSMUST00000188275 1951 ntTSL 5 BASIC32.76■■■□□ 2.84
Ccdc88bQ4QRL3 1700123O20Rik-201ENSMUST00000038539 1843 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC32.76■■■□□ 2.84
Ccdc88bQ4QRL3 Polr2j-202ENSMUST00000111127 900 ntTSL 2 BASIC32.76■■■□□ 2.84
Ccdc88bQ4QRL3 1700081N11Rik-202ENSMUST00000221447 569 ntTSL 3 BASIC32.76■■■□□ 2.84
Ccdc88bQ4QRL3 Pusl1-201ENSMUST00000097737 1243 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC32.76■■■□□ 2.84
Ccdc88bQ4QRL3 Cacnb3-202ENSMUST00000109150 2670 ntTSL 5 BASIC32.76■■■□□ 2.83
Ccdc88bQ4QRL3 Gtpbp6-201ENSMUST00000077220 1617 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC32.76■■■□□ 2.83
Ccdc88bQ4QRL3 Gm10571-201ENSMUST00000097869 1638 ntBASIC32.76■■■□□ 2.83
Ccdc88bQ4QRL3 Prdm13-202ENSMUST00000095141 3173 ntAPPRIS P2 TSL 2 BASIC32.76■■■□□ 2.83
Ccdc88bQ4QRL3 Zbtb7a-202ENSMUST00000117956 1863 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC32.76■■■□□ 2.83
Ccdc88bQ4QRL3 Fam49b-202ENSMUST00000164532 1770 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC32.75■■■□□ 2.83
Ccdc88bQ4QRL3 Smkr-ps-202ENSMUST00000141679 901 ntTSL 1 (best) BASIC32.75■■■□□ 2.83
Ccdc88bQ4QRL3 Zcrb1-208ENSMUST00000162160 850 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC32.75■■■□□ 2.83
Ccdc88bQ4QRL3 Dtymk-201ENSMUST00000027503 1003 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC32.75■■■□□ 2.83
Ccdc88bQ4QRL3 H2-Ab1-201ENSMUST00000040828 1211 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC32.75■■■□□ 2.83
Ccdc88bQ4QRL3 Rnf32-204ENSMUST00000160246 1565 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC32.75■■■□□ 2.83
Ccdc88bQ4QRL3 Shisa4-201ENSMUST00000041240 1763 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC32.75■■■□□ 2.83
Ccdc88bQ4QRL3 Notum-202ENSMUST00000106177 2212 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC32.75■■■□□ 2.83
Ccdc88bQ4QRL3 BC037034-201ENSMUST00000048421 2490 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC32.74■■■□□ 2.83
Ccdc88bQ4QRL3 Fezf2-203ENSMUST00000224714 2429 ntAPPRIS P1 BASIC32.74■■■□□ 2.83
Ccdc88bQ4QRL3 Mettl26-205ENSMUST00000169308 1026 ntTSL 2 BASIC32.74■■■□□ 2.83
Ccdc88bQ4QRL3 Gm9970-201ENSMUST00000068997 558 ntAPPRIS P1 BASIC32.74■■■□□ 2.83
Ccdc88bQ4QRL3 Trp73os-201ENSMUST00000143429 2192 ntTSL 1 (best) BASIC32.73■■■□□ 2.83
Ccdc88bQ4QRL3 Snhg20-203ENSMUST00000182811 2153 ntBASIC32.73■■■□□ 2.83
Ccdc88bQ4QRL3 Zfp467-202ENSMUST00000114556 2287 ntTSL 1 (best) BASIC32.73■■■□□ 2.83
Ccdc88bQ4QRL3 Spry1-201ENSMUST00000038569 2481 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC32.73■■■□□ 2.83
Ccdc88bQ4QRL3 Cacnb1-202ENSMUST00000092736 1880 ntTSL 1 (best) BASIC32.73■■■□□ 2.83
Ccdc88bQ4QRL3 Nfe2l3-203ENSMUST00000160133 1125 ntTSL 1 (best) BASIC32.73■■■□□ 2.83
Ccdc88bQ4QRL3 Tmem234-215ENSMUST00000173758 453 ntTSL 2 BASIC32.73■■■□□ 2.83
Ccdc88bQ4QRL3 0610010K14Rik-202ENSMUST00000021181 779 ntTSL 1 (best) BASIC32.73■■■□□ 2.83
Ccdc88bQ4QRL3 Erh-205ENSMUST00000218740 981 ntTSL 2 BASIC32.73■■■□□ 2.83
Ccdc88bQ4QRL3 A930001C03Rik-204ENSMUST00000154407 1402 ntTSL 1 (best) BASIC32.72■■■□□ 2.83
Ccdc88bQ4QRL3 Sept4-206ENSMUST00000122067 1303 ntTSL 1 (best) BASIC32.72■■■□□ 2.83
Ccdc88bQ4QRL3 Drd4-201ENSMUST00000026569 2799 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC32.72■■■□□ 2.83
Ccdc88bQ4QRL3 Impa2-201ENSMUST00000025403 1661 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC32.72■■■□□ 2.83
Ccdc88bQ4QRL3 Nxph4-201ENSMUST00000095266 1675 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC32.72■■■□□ 2.83
Ccdc88bQ4QRL3 Pcgf6-201ENSMUST00000026032 2098 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC32.72■■■□□ 2.83
Ccdc88bQ4QRL3 Gm13234-201ENSMUST00000120010 747 ntBASIC32.72■■■□□ 2.83
Ccdc88bQ4QRL3 Specc1-215ENSMUST00000202744 674 ntTSL 3 BASIC32.72■■■□□ 2.83
Ccdc88bQ4QRL3 Igfbp6-201ENSMUST00000023807 1112 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC32.72■■■□□ 2.83
Ccdc88bQ4QRL3 Sds-201ENSMUST00000066540 1207 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC32.72■■■□□ 2.83
Ccdc88bQ4QRL3 Spry1-203ENSMUST00000108109 2451 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC32.72■■■□□ 2.83
Ccdc88bQ4QRL3 Dus1l-203ENSMUST00000106135 1863 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC32.71■■■□□ 2.83
Ccdc88bQ4QRL3 Adgrb2-207ENSMUST00000120204 5170 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC32.71■■■□□ 2.83
Ccdc88bQ4QRL3 Speg-206ENSMUST00000122266 917 ntTSL 1 (best) BASIC32.71■■■□□ 2.83
Ccdc88bQ4QRL3 Cacna2d1-207ENSMUST00000196750 1272 ntTSL 1 (best) BASIC32.71■■■□□ 2.83
Ccdc88bQ4QRL3 Ptrh1-201ENSMUST00000066352 952 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC32.71■■■□□ 2.83
Ccdc88bQ4QRL3 Vkorc1l1-202ENSMUST00000073945 650 ntTSL 2 BASIC32.71■■■□□ 2.83
Ccdc88bQ4QRL3 Gm11762-201ENSMUST00000135630 1705 ntTSL 1 (best) BASIC32.71■■■□□ 2.83
Ccdc88bQ4QRL3 Ccdc84-201ENSMUST00000053286 1725 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC32.71■■■□□ 2.83
Ccdc88bQ4QRL3 Lsm2-201ENSMUST00000007266 873 ntTSL 1 (best) BASIC32.7■■■□□ 2.83
Ccdc88bQ4QRL3 1810059C17Rik-201ENSMUST00000125173 487 ntTSL 1 (best) BASIC32.69■■■□□ 2.82
Ccdc88bQ4QRL3 Mpig6b-202ENSMUST00000174190 729 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC32.69■■■□□ 2.82
Ccdc88bQ4QRL3 Gm9988-201ENSMUST00000069786 435 ntBASIC32.69■■■□□ 2.82
Ccdc88bQ4QRL3 Slc1a5-201ENSMUST00000108496 2764 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC32.69■■■□□ 2.82
Ccdc88bQ4QRL3 Mrpl12-201ENSMUST00000043627 1316 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC32.69■■■□□ 2.82
Ccdc88bQ4QRL3 Rab7-205ENSMUST00000113600 2159 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC32.69■■■□□ 2.82
Ccdc88bQ4QRL3 Ubac1-201ENSMUST00000036509 1852 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC32.69■■■□□ 2.82
Ccdc88bQ4QRL3 Gm10125-201ENSMUST00000074702 2286 ntTSL 1 (best) BASIC32.69■■■□□ 2.82
Ccdc88bQ4QRL3 2510002D24Rik-202ENSMUST00000123146 361 ntTSL 1 (best) BASIC32.68■■■□□ 2.82
Ccdc88bQ4QRL3 Ercc6l2-208ENSMUST00000144763 1820 ntTSL 1 (best) BASIC32.68■■■□□ 2.82
Retrieved 100 of 76,532 protein–RNA pairs in 17.8 ms