Protein–RNA interactions for Protein: Q3UWA4

Trim40, Tripartite motif-containing protein 40, mousemouse

Predictions only

Length 246 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (Experimental data)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
Trim40Q3UWA4 Ubr5-201ENSMUST00000110336 9242 ntTSL 5 BASIC18.54■□□□□ 0.56
Trim40Q3UWA4 Pard3-219ENSMUST00000162309 5659 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC18.54■□□□□ 0.56
Trim40Q3UWA4 Lrrfip2-205ENSMUST00000196981 1839 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC18.53■□□□□ 0.56
Trim40Q3UWA4 Sp5-201ENSMUST00000100043 2100 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.53■□□□□ 0.56
Trim40Q3UWA4 Wnk2-204ENSMUST00000110096 6534 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC18.53■□□□□ 0.56
Trim40Q3UWA4 Gm11847-201ENSMUST00000125165 1119 ntBASIC18.53■□□□□ 0.56
Trim40Q3UWA4 Gm15751-201ENSMUST00000134552 1862 ntTSL 1 (best) BASIC18.53■□□□□ 0.56
Trim40Q3UWA4 Papola-211ENSMUST00000166735 1033 ntTSL 1 (best) BASIC18.53■□□□□ 0.56
Trim40Q3UWA4 Hnrnpa3-201ENSMUST00000090792 1140 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC18.53■□□□□ 0.56
Trim40Q3UWA4 Prr7-201ENSMUST00000046533 1359 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.53■□□□□ 0.56
Trim40Q3UWA4 Cebpa-201ENSMUST00000042985 2626 ntAPPRIS P1 BASIC18.53■□□□□ 0.56
Trim40Q3UWA4 Gm5784-201ENSMUST00000179344 2478 ntBASIC18.52■□□□□ 0.56
Trim40Q3UWA4 Tmem121b-201ENSMUST00000178687 4869 ntAPPRIS P1 BASIC18.52■□□□□ 0.56
Trim40Q3UWA4 Mcu-202ENSMUST00000020312 2872 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC18.52■□□□□ 0.56
Trim40Q3UWA4 Lacc1-201ENSMUST00000062789 2444 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.52■□□□□ 0.56
Trim40Q3UWA4 Rhov-201ENSMUST00000037360 1703 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.52■□□□□ 0.56
Trim40Q3UWA4 Pknox1-203ENSMUST00000175806 2272 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.52■□□□□ 0.56
Trim40Q3UWA4 Brsk2-201ENSMUST00000018971 4049 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC18.52■□□□□ 0.56
Trim40Q3UWA4 Rims1-209ENSMUST00000218140 1434 ntTSL 5 BASIC18.52■□□□□ 0.56
Trim40Q3UWA4 Setd3-201ENSMUST00000071095 2755 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.52■□□□□ 0.56
Trim40Q3UWA4 Fam168b-204ENSMUST00000170092 941 ntTSL 5 BASIC18.52■□□□□ 0.56
Trim40Q3UWA4 Tmem160-201ENSMUST00000019302 815 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.52■□□□□ 0.56
Trim40Q3UWA4 Mrpl3-205ENSMUST00000149243 2309 ntTSL 1 (best) BASIC18.52■□□□□ 0.56
Trim40Q3UWA4 Cwh43-202ENSMUST00000065543 2316 ntTSL 1 (best) BASIC18.52■□□□□ 0.56
Trim40Q3UWA4 Exoc5-206ENSMUST00000161504 2582 ntTSL 5 BASIC18.52■□□□□ 0.56
Trim40Q3UWA4 Dlg3-204ENSMUST00000113736 4940 ntTSL 1 (best) BASIC18.52■□□□□ 0.55
Trim40Q3UWA4 9530068E07Rik-202ENSMUST00000109057 2472 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC18.51■□□□□ 0.55
Trim40Q3UWA4 Gm12524-201ENSMUST00000143109 1583 ntTSL 1 (best) BASIC18.51■□□□□ 0.55
Trim40Q3UWA4 Gabbr1-209ENSMUST00000174456 1595 ntTSL 1 (best) BASIC18.51■□□□□ 0.55
Trim40Q3UWA4 Tmem120a-201ENSMUST00000043378 1559 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.51■□□□□ 0.55
Trim40Q3UWA4 Akt1s1-204ENSMUST00000107885 1812 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC18.51■□□□□ 0.55
Trim40Q3UWA4 Shisa5-202ENSMUST00000112059 1910 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC18.51■□□□□ 0.55
Trim40Q3UWA4 Atxn2-201ENSMUST00000051950 4472 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.51■□□□□ 0.55
Trim40Q3UWA4 Sucla2-201ENSMUST00000022706 1545 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.51■□□□□ 0.55
Trim40Q3UWA4 Dynll1-202ENSMUST00000112090 729 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC18.51■□□□□ 0.55
Trim40Q3UWA4 Ybx2-205ENSMUST00000149194 1235 ntTSL 5 BASIC18.51■□□□□ 0.55
Trim40Q3UWA4 Zfp706-201ENSMUST00000078976 4417 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.51■□□□□ 0.55
Trim40Q3UWA4 Cers2-201ENSMUST00000015858 2216 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.51■□□□□ 0.55
Trim40Q3UWA4 Tex30-208ENSMUST00000147571 1360 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.51■□□□□ 0.55
Trim40Q3UWA4 Soga1-201ENSMUST00000069098 7864 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.51■□□□□ 0.55
Trim40Q3UWA4 Porcn-203ENSMUST00000089402 1839 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC18.51■□□□□ 0.55
Trim40Q3UWA4 Bmpr1b-202ENSMUST00000098568 1910 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.51■□□□□ 0.55
Trim40Q3UWA4 Plekhm2-202ENSMUST00000084203 4136 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC18.51■□□□□ 0.55
Trim40Q3UWA4 Pnldc1-201ENSMUST00000163394 1689 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.5■□□□□ 0.55
Trim40Q3UWA4 Epc2-201ENSMUST00000092123 4697 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.5■□□□□ 0.55
Trim40Q3UWA4 Fam92a-208ENSMUST00000177837 1325 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC18.5■□□□□ 0.55
Trim40Q3UWA4 Zfand2b-201ENSMUST00000027394 1316 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.5■□□□□ 0.55
Trim40Q3UWA4 Tk2-205ENSMUST00000212275 1507 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC18.5■□□□□ 0.55
Trim40Q3UWA4 Mycl-202ENSMUST00000106252 3293 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.5■□□□□ 0.55
Trim40Q3UWA4 Pcnp-202ENSMUST00000114444 2295 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.5■□□□□ 0.55
Trim40Q3UWA4 Sft2d1-210ENSMUST00000154553 1049 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.5■□□□□ 0.55
Trim40Q3UWA4 1700065D16Rik-202ENSMUST00000188975 506 ntTSL 3 BASIC18.5■□□□□ 0.55
Trim40Q3UWA4 Gm44957-202ENSMUST00000205137 448 ntTSL 3 BASIC18.5■□□□□ 0.55
Trim40Q3UWA4 Bmp6-201ENSMUST00000171970 3593 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.5■□□□□ 0.55
Trim40Q3UWA4 Uqcrfs1-201ENSMUST00000042834 1363 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.5■□□□□ 0.55
Trim40Q3UWA4 Chtop-202ENSMUST00000049937 2012 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.5■□□□□ 0.55
Trim40Q3UWA4 Tmprss5-205ENSMUST00000170246 1491 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC18.5■□□□□ 0.55
Trim40Q3UWA4 Abhd11-201ENSMUST00000046999 1493 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.5■□□□□ 0.55
Trim40Q3UWA4 Cacul1-202ENSMUST00000111460 5561 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC18.5■□□□□ 0.55
Trim40Q3UWA4 Traf3-203ENSMUST00000117269 6972 ntTSL 1 (best) BASIC18.5■□□□□ 0.55
Trim40Q3UWA4 Nfe2-201ENSMUST00000075192 1697 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.5■□□□□ 0.55
Trim40Q3UWA4 Spsb4-201ENSMUST00000055433 2720 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.5■□□□□ 0.55
Trim40Q3UWA4 Barx2-201ENSMUST00000116615 1968 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.5■□□□□ 0.55
Trim40Q3UWA4 Sema6d-203ENSMUST00000077847 6444 ntTSL 5 BASIC18.49■□□□□ 0.55
Trim40Q3UWA4 Gm28536-201ENSMUST00000190971 1317 ntBASIC18.49■□□□□ 0.55
Trim40Q3UWA4 Pithd1-201ENSMUST00000105851 1700 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.49■□□□□ 0.55
Trim40Q3UWA4 Art5-204ENSMUST00000106937 1713 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.49■□□□□ 0.55
Trim40Q3UWA4 Fmnl2-201ENSMUST00000049483 5461 ntTSL 5 BASIC18.49■□□□□ 0.55
Trim40Q3UWA4 Uckl1os-201ENSMUST00000122831 2018 ntTSL 1 (best) BASIC18.49■□□□□ 0.55
Trim40Q3UWA4 Taf4b-201ENSMUST00000169862 5149 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC18.49■□□□□ 0.55
Trim40Q3UWA4 Golga5-202ENSMUST00000179218 2827 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.49■□□□□ 0.55
Trim40Q3UWA4 Acad9-205ENSMUST00000196648 552 ntTSL 3 BASIC18.49■□□□□ 0.55
Trim40Q3UWA4 Dscam-201ENSMUST00000056102 7498 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.49■□□□□ 0.55
Trim40Q3UWA4 Shkbp1-201ENSMUST00000003857 2358 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.49■□□□□ 0.55
Trim40Q3UWA4 Pex11b-202ENSMUST00000118557 2424 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.49■□□□□ 0.55
Trim40Q3UWA4 Msx1-201ENSMUST00000063116 1935 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.49■□□□□ 0.55
Trim40Q3UWA4 Flot2-203ENSMUST00000100784 2699 ntTSL 1 (best) BASIC18.48■□□□□ 0.55
Trim40Q3UWA4 Adamtsl5-201ENSMUST00000095446 1957 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC18.48■□□□□ 0.55
Trim40Q3UWA4 Kcns3-201ENSMUST00000055673 2933 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.48■□□□□ 0.55
Trim40Q3UWA4 Zfp385b-204ENSMUST00000111831 2734 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC18.48■□□□□ 0.55
Trim40Q3UWA4 Twist2-202ENSMUST00000186075 2525 ntAPPRIS P1 BASIC18.48■□□□□ 0.55
Trim40Q3UWA4 Jtb-201ENSMUST00000029546 1101 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.48■□□□□ 0.55
Trim40Q3UWA4 Lin7b-201ENSMUST00000003971 735 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.48■□□□□ 0.55
Trim40Q3UWA4 Cacng4-201ENSMUST00000021066 3500 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.48■□□□□ 0.55
Trim40Q3UWA4 Dnajb11-201ENSMUST00000004574 1927 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.48■□□□□ 0.55
Trim40Q3UWA4 Naa30-205ENSMUST00000153488 4446 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC18.48■□□□□ 0.55
Trim40Q3UWA4 Zmym3-207ENSMUST00000120201 1859 ntTSL 1 (best) BASIC18.48■□□□□ 0.55
Trim40Q3UWA4 Plppr3-201ENSMUST00000092325 2766 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC18.47■□□□□ 0.55
Trim40Q3UWA4 Arid1a-202ENSMUST00000105897 8175 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC18.47■□□□□ 0.55
Trim40Q3UWA4 Dnaja4-202ENSMUST00000120452 1827 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.47■□□□□ 0.55
Trim40Q3UWA4 Prss16-201ENSMUST00000006341 2155 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.47■□□□□ 0.55
Trim40Q3UWA4 Fam189a1-201ENSMUST00000119118 4801 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC18.47■□□□□ 0.55
Trim40Q3UWA4 Agpat3-201ENSMUST00000001240 5980 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.47■□□□□ 0.55
Trim40Q3UWA4 Meis3-201ENSMUST00000002495 1731 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.47■□□□□ 0.55
Trim40Q3UWA4 Btf3l4-203ENSMUST00000102741 1033 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.47■□□□□ 0.55
Trim40Q3UWA4 Gm5067-201ENSMUST00000170449 1009 ntBASIC18.47■□□□□ 0.55
Trim40Q3UWA4 Tmem147-203ENSMUST00000207296 875 ntTSL 3 BASIC18.47■□□□□ 0.55
Trim40Q3UWA4 Hpse-202ENSMUST00000112908 1958 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC18.47■□□□□ 0.55
Trim40Q3UWA4 Thoc3-201ENSMUST00000026990 2335 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.47■□□□□ 0.55
Trim40Q3UWA4 Dhx15-201ENSMUST00000031061 3010 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.47■□□□□ 0.55
Retrieved 100 of 76,532 protein–RNA pairs in 45.7 ms