Protein–RNA interactions for Protein: P35123

Usp4, Ubiquitin carboxyl-terminal hydrolase 4, mousemouse

Predictions only

Length 962 aa.

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Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (Experimental data)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
Usp4P35123 Gm12381-201ENSMUST00000126314 2186 ntTSL 1 (best) BASIC11.05□□□□□ -0.64
Usp4P35123 E130307A14Rik-203ENSMUST00000136862 608 ntTSL 3 BASIC11.05□□□□□ -0.64
Usp4P35123 Vmn2r-ps54-203ENSMUST00000150856 1142 ntTSL 1 (best) BASIC11.05□□□□□ -0.64
Usp4P35123 Rnf181-212ENSMUST00000154098 969 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC11.05□□□□□ -0.64
Usp4P35123 Gm16226-204ENSMUST00000162639 423 ntTSL 3 BASIC11.05□□□□□ -0.64
Usp4P35123 Gm5244-201ENSMUST00000164001 339 ntBASIC11.05□□□□□ -0.64
Usp4P35123 Dusp3-207ENSMUST00000176261 496 ntTSL 3 BASIC11.05□□□□□ -0.64
Usp4P35123 4632411P08Rik-201ENSMUST00000181005 3237 ntTSL 1 (best) BASIC11.05□□□□□ -0.64
Usp4P35123 Omt2b-203ENSMUST00000187667 727 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC11.05□□□□□ -0.64
Usp4P35123 Gm43695-201ENSMUST00000196545 196 ntTSL 1 (best) BASIC11.05□□□□□ -0.64
Usp4P35123 Ccdc28b-201ENSMUST00000030586 879 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC11.05□□□□□ -0.64
Usp4P35123 Olfr414-201ENSMUST00000053178 955 ntAPPRIS P1 BASIC11.05□□□□□ -0.64
Usp4P35123 Slc35f6-201ENSMUST00000062962 3088 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC11.05□□□□□ -0.64
Usp4P35123 Gm4744-201ENSMUST00000073642 792 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC11.05□□□□□ -0.64
Usp4P35123 Zfp869-201ENSMUST00000080987 1590 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC11.05□□□□□ -0.64
Usp4P35123 Gm25201-201ENSMUST00000083093 170 ntBASIC11.05□□□□□ -0.64
Usp4P35123 Bicd1-203ENSMUST00000111513 4049 ntTSL 1 (best) BASIC11.05□□□□□ -0.64
Usp4P35123 Mtfr1-204ENSMUST00000130645 2953 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC11.05□□□□□ -0.64
Usp4P35123 Zfp958-202ENSMUST00000202692 2364 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC11.05□□□□□ -0.64
Usp4P35123 Cyp4a12b-201ENSMUST00000094887 2395 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC11.05□□□□□ -0.64
Usp4P35123 Acta2-201ENSMUST00000039631 1781 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC11.05□□□□□ -0.64
Usp4P35123 Cenpn-203ENSMUST00000212263 1616 ntTSL 1 (best) BASIC11.05□□□□□ -0.64
Usp4P35123 Pde2a-202ENSMUST00000166652 3977 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC11.05□□□□□ -0.64
Usp4P35123 Gm43334-201ENSMUST00000197740 1318 ntBASIC11.05□□□□□ -0.64
Usp4P35123 Gm26797-202ENSMUST00000213132 2562 ntTSL 5 BASIC11.05□□□□□ -0.64
Usp4P35123 Robo1-201ENSMUST00000023600 7563 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC11.05□□□□□ -0.64
Usp4P35123 Wdr78-201ENSMUST00000036451 3671 ntTSL 5 BASIC11.05□□□□□ -0.64
Usp4P35123 Ywhag-201ENSMUST00000055808 3520 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC11.05□□□□□ -0.64
Usp4P35123 Tmem126b-201ENSMUST00000032843 2259 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC11.05□□□□□ -0.64
Usp4P35123 Osgep-202ENSMUST00000159292 3388 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC11.05□□□□□ -0.64
Usp4P35123 Fam171a1-202ENSMUST00000072955 3364 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC11.05□□□□□ -0.64
Usp4P35123 Akap12-202ENSMUST00000215696 5931 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC11.05□□□□□ -0.64
Usp4P35123 Cyp2e1-201ENSMUST00000026552 1833 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC11.05□□□□□ -0.64
Usp4P35123 Syt11-203ENSMUST00000107505 5020 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC11.04□□□□□ -0.64
Usp4P35123 Duoxa1-203ENSMUST00000110538 2467 ntTSL 5 BASIC11.04□□□□□ -0.64
Usp4P35123 Ido2-201ENSMUST00000121992 2452 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC11.04□□□□□ -0.64
Usp4P35123 Loxl3-202ENSMUST00000101257 3252 ntTSL 1 (best) BASIC11.04□□□□□ -0.64
Usp4P35123 Gm10750-201ENSMUST00000099266 1506 ntAPPRIS P1 BASIC11.04□□□□□ -0.64
Usp4P35123 Sap18-204ENSMUST00000128764 5125 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC11.04□□□□□ -0.64
Usp4P35123 Pcdhga1-201ENSMUST00000194190 4692 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC11.04□□□□□ -0.64
Usp4P35123 Gm38312-201ENSMUST00000195426 1746 ntBASIC11.04□□□□□ -0.64
Usp4P35123 Gm10804-201ENSMUST00000099693 2244 ntTSL 2 BASIC11.04□□□□□ -0.64
Usp4P35123 5730419F03Rik-201ENSMUST00000190504 2092 ntTSL 1 (best) BASIC11.04□□□□□ -0.64
Usp4P35123 Ipo7-201ENSMUST00000084731 4763 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC11.04□□□□□ -0.64
Usp4P35123 Thsd4-201ENSMUST00000034829 4816 ntTSL 1 (best) BASIC11.04□□□□□ -0.64
Usp4P35123 Gm2000-201ENSMUST00000102782 445 ntAPPRIS P1 BASIC11.04□□□□□ -0.64
Usp4P35123 Gm11801-201ENSMUST00000117807 746 ntBASIC11.04□□□□□ -0.64
Usp4P35123 Gm15285-201ENSMUST00000119271 473 ntBASIC11.04□□□□□ -0.64
Usp4P35123 Gm13117-201ENSMUST00000120894 691 ntBASIC11.04□□□□□ -0.64
Usp4P35123 Gm14275-201ENSMUST00000152112 430 ntTSL 1 (best) BASIC11.04□□□□□ -0.64
Usp4P35123 Gm3233-201ENSMUST00000168997 693 ntAPPRIS P1 BASIC11.04□□□□□ -0.64
Usp4P35123 Rbp2-202ENSMUST00000187905 611 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC11.04□□□□□ -0.64
Usp4P35123 1700008A23Rik-201ENSMUST00000191694 691 ntBASIC11.04□□□□□ -0.64
Usp4P35123 Gm35584-201ENSMUST00000191767 641 ntTSL 5 BASIC11.04□□□□□ -0.64
Usp4P35123 5730585A16Rik-201ENSMUST00000193457 1027 ntBASIC11.04□□□□□ -0.64
Usp4P35123 Gm42816-201ENSMUST00000198433 325 ntBASIC11.04□□□□□ -0.64
Usp4P35123 AC167364.1-201ENSMUST00000221495 784 ntTSL 5 BASIC11.04□□□□□ -0.64
Usp4P35123 AC129308.3-201ENSMUST00000225652 524 ntBASIC11.04□□□□□ -0.64
Usp4P35123 Higd2a-201ENSMUST00000026986 648 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC11.04□□□□□ -0.64
Usp4P35123 Gbgt1-201ENSMUST00000028172 1084 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC11.04□□□□□ -0.64
Usp4P35123 E330021D16Rik-201ENSMUST00000058713 1116 ntAPPRIS P1 BASIC11.04□□□□□ -0.64
Usp4P35123 Olfr1047-201ENSMUST00000099901 960 ntAPPRIS P1 BASIC11.04□□□□□ -0.64
Usp4P35123 Habp2-202ENSMUST00000095948 2815 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC11.04□□□□□ -0.64
Usp4P35123 Gm42587-201ENSMUST00000198462 1981 ntBASIC11.04□□□□□ -0.64
Usp4P35123 D3Ertd751e-201ENSMUST00000026867 1989 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC11.04□□□□□ -0.64
Usp4P35123 Prkd3-204ENSMUST00000119284 4743 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC11.04□□□□□ -0.64
Usp4P35123 Dctn1-202ENSMUST00000113907 4205 ntTSL 5 BASIC11.04□□□□□ -0.64
Usp4P35123 Shank2-201ENSMUST00000097929 4418 ntTSL 5 BASIC11.04□□□□□ -0.64
Usp4P35123 Zbtb43-203ENSMUST00000113156 1828 ntTSL 1 (best) BASIC11.04□□□□□ -0.64
Usp4P35123 5730460C07Rik-201ENSMUST00000081193 1834 ntTSL 2 BASIC11.04□□□□□ -0.64
Usp4P35123 Socs6-202ENSMUST00000123826 2921 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC11.04□□□□□ -0.64
Usp4P35123 Gm4454-201ENSMUST00000190585 2578 ntBASIC11.04□□□□□ -0.64
Usp4P35123 Kat7-204ENSMUST00000107733 3470 ntTSL 1 (best) BASIC11.04□□□□□ -0.64
Usp4P35123 Gpr149-201ENSMUST00000058535 4222 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC11.04□□□□□ -0.64
Usp4P35123 Upb1-201ENSMUST00000039925 3042 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC11.03□□□□□ -0.64
Usp4P35123 Zfp112-201ENSMUST00000005413 3044 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC11.03□□□□□ -0.64
Usp4P35123 Eng-205ENSMUST00000167841 3403 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC11.03□□□□□ -0.64
Usp4P35123 5330439K02Rik-201ENSMUST00000180953 2312 ntTSL 1 (best) BASIC11.03□□□□□ -0.64
Usp4P35123 Rere-202ENSMUST00000105682 7728 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC11.03□□□□□ -0.64
Usp4P35123 Slc7a14-202ENSMUST00000108245 3080 ntTSL 1 (best) BASIC11.03□□□□□ -0.64
Usp4P35123 Cfb-201ENSMUST00000025229 2737 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC11.03□□□□□ -0.64
Usp4P35123 Gm7061-201ENSMUST00000118127 1416 ntBASIC11.03□□□□□ -0.64
Usp4P35123 AC154352.1-201ENSMUST00000221477 2365 ntBASIC11.03□□□□□ -0.64
Usp4P35123 Pde4d-209ENSMUST00000122041 2554 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC11.03□□□□□ -0.64
Usp4P35123 Gm5122-202ENSMUST00000216854 1637 ntTSL 1 (best) BASIC11.03□□□□□ -0.64
Usp4P35123 Atg13-202ENSMUST00000076803 3551 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC11.03□□□□□ -0.64
Usp4P35123 Myo15-203ENSMUST00000094135 11715 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC11.03□□□□□ -0.64
Usp4P35123 Kcnv1-201ENSMUST00000022967 4389 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC11.03□□□□□ -0.64
Usp4P35123 Gfap-202ENSMUST00000077902 2600 ntTSL 1 (best) BASIC11.03□□□□□ -0.64
Usp4P35123 Ptbp3-202ENSMUST00000102883 3409 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC11.03□□□□□ -0.64
Usp4P35123 Ighv8-11-201ENSMUST00000103536 358 ntAPPRIS P1 BASIC11.03□□□□□ -0.64
Usp4P35123 Rpl15-204ENSMUST00000112598 802 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC11.03□□□□□ -0.64
Usp4P35123 Rfc4-202ENSMUST00000115337 416 ntTSL 5 BASIC11.03□□□□□ -0.64
Usp4P35123 Gm12030-201ENSMUST00000121917 223 ntBASIC11.03□□□□□ -0.64
Usp4P35123 n-R5s84-201ENSMUST00000122591 109 ntBASIC11.03□□□□□ -0.64
Usp4P35123 Bach2it1-201ENSMUST00000133451 481 ntTSL 1 (best) BASIC11.03□□□□□ -0.64
Usp4P35123 Gng2-203ENSMUST00000159073 960 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC11.03□□□□□ -0.64
Usp4P35123 Olfr755-ps1-201ENSMUST00000173568 910 ntBASIC11.03□□□□□ -0.64
Usp4P35123 Clec7a-202ENSMUST00000184581 707 ntAPPRIS P2 TSL 3 BASIC11.03□□□□□ -0.64
Usp4P35123 Gm35025-203ENSMUST00000193519 634 ntTSL 3 BASIC11.03□□□□□ -0.64
Retrieved 100 of 76,532 protein–RNA pairs in 34 ms