Protein–RNA interactions for Protein: Q99NB9

Sf3b1, Splicing factor 3B subunit 1, mousemouse

Known RBP Predictions only

Length 1,304 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (Experimental data)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
Sf3b1Q99NB9 Tshz1-201ENSMUST00000060303 5656 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.17■□□□□ 0.98
Sf3b1Q99NB9 Bfsp1-202ENSMUST00000099296 2160 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.17■□□□□ 0.98
Sf3b1Q99NB9 1700023F06Rik-202ENSMUST00000107026 1127 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.17■□□□□ 0.98
Sf3b1Q99NB9 Gamt-201ENSMUST00000020359 979 ntTSL 1 (best) BASIC21.17■□□□□ 0.98
Sf3b1Q99NB9 Gm45168-202ENSMUST00000206461 1069 ntTSL 5 BASIC21.17■□□□□ 0.98
Sf3b1Q99NB9 Tmem171-201ENSMUST00000064347 1161 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.17■□□□□ 0.98
Sf3b1Q99NB9 Mms22l-205ENSMUST00000138567 1350 ntTSL 2 BASIC21.16■□□□□ 0.98
Sf3b1Q99NB9 Fah-201ENSMUST00000032865 1585 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.16■□□□□ 0.98
Sf3b1Q99NB9 Sumo3-209ENSMUST00000174113 512 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC21.16■□□□□ 0.98
Sf3b1Q99NB9 AC114678.1-201ENSMUST00000219640 622 ntTSL 3 BASIC21.16■□□□□ 0.98
Sf3b1Q99NB9 Gm6899-201ENSMUST00000089614 622 ntAPPRIS P1 BASIC21.16■□□□□ 0.98
Sf3b1Q99NB9 Gfi1-202ENSMUST00000065478 2639 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.16■□□□□ 0.98
Sf3b1Q99NB9 Dbf4-207ENSMUST00000171808 2402 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC21.16■□□□□ 0.98
Sf3b1Q99NB9 AC122428.2-201ENSMUST00000216321 1832 ntBASIC21.16■□□□□ 0.98
Sf3b1Q99NB9 Cisd1-201ENSMUST00000045887 1084 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.15■□□□□ 0.98
Sf3b1Q99NB9 Ferd3l-201ENSMUST00000061035 886 ntAPPRIS P1 BASIC21.15■□□□□ 0.98
Sf3b1Q99NB9 Ttc39c-201ENSMUST00000025294 2571 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC21.15■□□□□ 0.98
Sf3b1Q99NB9 4430402I18Rik-201ENSMUST00000025872 2152 ntTSL 1 (best) BASIC21.15■□□□□ 0.98
Sf3b1Q99NB9 Slc35f5-201ENSMUST00000027580 2733 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.15■□□□□ 0.98
Sf3b1Q99NB9 Trim3-203ENSMUST00000106791 2466 ntTSL 1 (best) BASIC21.15■□□□□ 0.98
Sf3b1Q99NB9 Bicdl2-201ENSMUST00000062967 1913 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.15■□□□□ 0.98
Sf3b1Q99NB9 Faap24-201ENSMUST00000032704 1857 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.14■□□□□ 0.97
Sf3b1Q99NB9 1700012B09Rik-204ENSMUST00000191047 654 ntAPPRIS ALT2 TSL 3 BASIC21.14■□□□□ 0.97
Sf3b1Q99NB9 Cox14-201ENSMUST00000023761 723 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.14■□□□□ 0.97
Sf3b1Q99NB9 Notumos-201ENSMUST00000151998 2659 ntBASIC21.14■□□□□ 0.97
Sf3b1Q99NB9 Fbxw2-201ENSMUST00000028220 2030 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.14■□□□□ 0.97
Sf3b1Q99NB9 Rnf8-201ENSMUST00000024817 2077 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.14■□□□□ 0.97
Sf3b1Q99NB9 Nab1-201ENSMUST00000069792 3874 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC21.14■□□□□ 0.97
Sf3b1Q99NB9 2700081O15Rik-202ENSMUST00000159348 4989 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC21.14■□□□□ 0.97
Sf3b1Q99NB9 Hoxd1-201ENSMUST00000047793 1862 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.14■□□□□ 0.97
Sf3b1Q99NB9 Art5-201ENSMUST00000094128 1518 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC21.13■□□□□ 0.97
Sf3b1Q99NB9 Dedd-203ENSMUST00000111299 2322 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.13■□□□□ 0.97
Sf3b1Q99NB9 E530011L22Rik-202ENSMUST00000216791 2007 ntTSL 1 (best) BASIC21.13■□□□□ 0.97
Sf3b1Q99NB9 Gm11421-201ENSMUST00000122124 294 ntBASIC21.13■□□□□ 0.97
Sf3b1Q99NB9 Gm13067-201ENSMUST00000134236 404 ntTSL 5 BASIC21.13■□□□□ 0.97
Sf3b1Q99NB9 AC164629.5-201ENSMUST00000220387 632 ntBASIC21.13■□□□□ 0.97
Sf3b1Q99NB9 Mcub-201ENSMUST00000029624 1318 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.13■□□□□ 0.97
Sf3b1Q99NB9 Crh-201ENSMUST00000061294 1320 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.13■□□□□ 0.97
Sf3b1Q99NB9 Ntn5-202ENSMUST00000182750 1758 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.13■□□□□ 0.97
Sf3b1Q99NB9 Has1-201ENSMUST00000003762 2090 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.13■□□□□ 0.97
Sf3b1Q99NB9 Prdm13-202ENSMUST00000095141 3173 ntAPPRIS P2 TSL 2 BASIC21.13■□□□□ 0.97
Sf3b1Q99NB9 Dnajb11-205ENSMUST00000178320 1628 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC21.13■□□□□ 0.97
Sf3b1Q99NB9 Cnrip1-201ENSMUST00000058159 1654 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.12■□□□□ 0.97
Sf3b1Q99NB9 Arl5a-201ENSMUST00000036541 5239 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.12■□□□□ 0.97
Sf3b1Q99NB9 Lrrc1-205ENSMUST00000183873 3121 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.12■□□□□ 0.97
Sf3b1Q99NB9 Wnt16-203ENSMUST00000148639 1168 ntTSL 1 (best) BASIC21.12■□□□□ 0.97
Sf3b1Q99NB9 Morf4l1-211ENSMUST00000191189 1223 ntTSL 5 BASIC21.12■□□□□ 0.97
Sf3b1Q99NB9 AC099934.2-201ENSMUST00000196389 70 ntBASIC21.12■□□□□ 0.97
Sf3b1Q99NB9 AC156953.1-201ENSMUST00000196953 70 ntBASIC21.12■□□□□ 0.97
Sf3b1Q99NB9 AC157822.2-201ENSMUST00000200291 70 ntBASIC21.12■□□□□ 0.97
Sf3b1Q99NB9 Fam58b-201ENSMUST00000059468 1224 ntAPPRIS P1 BASIC21.12■□□□□ 0.97
Sf3b1Q99NB9 Bcl11b-202ENSMUST00000109887 2522 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.12■□□□□ 0.97
Sf3b1Q99NB9 Mapkapk2-201ENSMUST00000016672 2854 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.12■□□□□ 0.97
Sf3b1Q99NB9 Adgrb1-201ENSMUST00000042035 6228 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.11■□□□□ 0.97
Sf3b1Q99NB9 Rfc5-202ENSMUST00000111953 772 ntTSL 1 (best) BASIC21.11■□□□□ 0.97
Sf3b1Q99NB9 Jsrp1-203ENSMUST00000181039 1108 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC21.11■□□□□ 0.97
Sf3b1Q99NB9 Myadml2-201ENSMUST00000026134 931 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.11■□□□□ 0.97
Sf3b1Q99NB9 Nabp2-201ENSMUST00000026439 1130 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.11■□□□□ 0.97
Sf3b1Q99NB9 Dhps-201ENSMUST00000078665 1333 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.11■□□□□ 0.97
Sf3b1Q99NB9 Rnaseh2b-201ENSMUST00000022499 1494 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.11■□□□□ 0.97
Sf3b1Q99NB9 Tmem178-201ENSMUST00000025092 1696 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.11■□□□□ 0.97
Sf3b1Q99NB9 Wnt11-205ENSMUST00000167303 1792 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.11■□□□□ 0.97
Sf3b1Q99NB9 Hhex-201ENSMUST00000025944 1802 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.11■□□□□ 0.97
Sf3b1Q99NB9 Gnb2-201ENSMUST00000031726 1860 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.11■□□□□ 0.97
Sf3b1Q99NB9 Notum-203ENSMUST00000106178 2012 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.11■□□□□ 0.97
Sf3b1Q99NB9 Atn1-201ENSMUST00000088357 4433 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.11■□□□□ 0.97
Sf3b1Q99NB9 BC005561-201ENSMUST00000096452 5409 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC21.1■□□□□ 0.97
Sf3b1Q99NB9 Gm20421-201ENSMUST00000153344 672 ntTSL 3 BASIC21.1■□□□□ 0.97
Sf3b1Q99NB9 Gm10129-202ENSMUST00000193100 1316 ntBASIC21.1■□□□□ 0.97
Sf3b1Q99NB9 Gm5297-201ENSMUST00000198555 1171 ntBASIC21.1■□□□□ 0.97
Sf3b1Q99NB9 AC122828.1-201ENSMUST00000220785 489 ntTSL 3 BASIC21.1■□□□□ 0.97
Sf3b1Q99NB9 Spint1-201ENSMUST00000028783 2273 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.1■□□□□ 0.97
Sf3b1Q99NB9 Cmc4-201ENSMUST00000033543 992 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.1■□□□□ 0.97
Sf3b1Q99NB9 Arv1-201ENSMUST00000034463 1165 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.1■□□□□ 0.97
Sf3b1Q99NB9 Ankrd9-201ENSMUST00000043459 1706 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC21.1■□□□□ 0.97
Sf3b1Q99NB9 Brsk1-201ENSMUST00000048248 2996 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.1■□□□□ 0.97
Sf3b1Q99NB9 Stbd1-201ENSMUST00000050952 1985 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.1■□□□□ 0.97
Sf3b1Q99NB9 Frat1-201ENSMUST00000087155 2614 ntAPPRIS P1 BASIC21.1■□□□□ 0.97
Sf3b1Q99NB9 Six5-201ENSMUST00000049454 3007 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.1■□□□□ 0.97
Sf3b1Q99NB9 Thoc6-201ENSMUST00000047436 1504 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.09■□□□□ 0.97
Sf3b1Q99NB9 Wbp1-201ENSMUST00000032111 1419 ntTSL 1 (best) BASIC21.09■□□□□ 0.97
Sf3b1Q99NB9 Hp1bp3-205ENSMUST00000105827 5155 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC21.09■□□□□ 0.97
Sf3b1Q99NB9 Tmbim6-202ENSMUST00000159209 944 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC21.09■□□□□ 0.97
Sf3b1Q99NB9 Ltb-201ENSMUST00000025262 1160 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC21.09■□□□□ 0.97
Sf3b1Q99NB9 Rasgrf2-206ENSMUST00000216219 2115 ntTSL 5 BASIC21.09■□□□□ 0.97
Sf3b1Q99NB9 Dlg3-201ENSMUST00000000901 4885 ntTSL 1 (best) BASIC21.09■□□□□ 0.97
Sf3b1Q99NB9 Mapk11-201ENSMUST00000088823 2440 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.09■□□□□ 0.97
Sf3b1Q99NB9 B3galnt1-201ENSMUST00000061826 2028 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.08■□□□□ 0.97
Sf3b1Q99NB9 Bsg-205ENSMUST00000179781 1261 ntTSL 1 (best) BASIC21.08■□□□□ 0.97
Sf3b1Q99NB9 Yjefn3-203ENSMUST00000180068 629 ntTSL 5 BASIC21.08■□□□□ 0.97
Sf3b1Q99NB9 Alx3-201ENSMUST00000014747 1874 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.08■□□□□ 0.97
Sf3b1Q99NB9 Cblc-201ENSMUST00000043822 1662 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.08■□□□□ 0.97
Sf3b1Q99NB9 Atg3-201ENSMUST00000023343 2057 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.08■□□□□ 0.96
Sf3b1Q99NB9 Tmbim4-201ENSMUST00000020446 904 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.07■□□□□ 0.96
Sf3b1Q99NB9 Wdsub1-202ENSMUST00000102751 1526 ntTSL 1 (best) BASIC21.07■□□□□ 0.96
Sf3b1Q99NB9 Gpr137-204ENSMUST00000099782 1742 ntTSL 1 (best) BASIC21.07■□□□□ 0.96
Sf3b1Q99NB9 Cdkn2a-201ENSMUST00000060501 852 ntTSL 1 (best) BASIC21.06■□□□□ 0.96
Sf3b1Q99NB9 Gm12524-201ENSMUST00000143109 1583 ntTSL 1 (best) BASIC21.06■□□□□ 0.96
Sf3b1Q99NB9 Klhdc10-202ENSMUST00000068259 5901 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.06■□□□□ 0.96
Sf3b1Q99NB9 Asphd1-203ENSMUST00000106340 1647 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.06■□□□□ 0.96
Retrieved 100 of 76,532 protein–RNA pairs in 26.8 ms