Protein–RNA interactions for Protein: Q8BY87

Usp47, Ubiquitin carboxyl-terminal hydrolase 47, mousemouse

Predictions only

Length 1,376 aa.

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Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (Experimental data)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
Usp47Q8BY87 Sumo2-205ENSMUST00000121185 911 ntTSL 3 BASIC28.43■■■□□ 2.14
Usp47Q8BY87 Arl6ip4-201ENSMUST00000031351 1192 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC28.43■■■□□ 2.14
Usp47Q8BY87 Tmem114-201ENSMUST00000023400 1406 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.42■■■□□ 2.14
Usp47Q8BY87 Hacd1-203ENSMUST00000114753 993 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.42■■■□□ 2.14
Usp47Q8BY87 Selenos-205ENSMUST00000206575 1157 ntAPPRIS ALT1 TSL 2 BASIC28.42■■■□□ 2.14
Usp47Q8BY87 Mrpl2-201ENSMUST00000002844 1031 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC28.42■■■□□ 2.14
Usp47Q8BY87 Neurl4-201ENSMUST00000061837 5188 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC28.42■■■□□ 2.14
Usp47Q8BY87 Gm6277-202ENSMUST00000224036 2779 ntBASIC28.42■■■□□ 2.14
Usp47Q8BY87 Gm12063-201ENSMUST00000148087 715 ntTSL 2 BASIC28.41■■■□□ 2.14
Usp47Q8BY87 Med31-201ENSMUST00000021157 1161 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.41■■■□□ 2.14
Usp47Q8BY87 Cdkl3-210ENSMUST00000121591 2387 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC28.41■■■□□ 2.14
Usp47Q8BY87 Slc9a3r2-201ENSMUST00000002572 2118 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.41■■■□□ 2.14
Usp47Q8BY87 Lacc1-201ENSMUST00000062789 2444 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.4■■■□□ 2.14
Usp47Q8BY87 Reep6-207ENSMUST00000186864 2015 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC28.4■■■□□ 2.14
Usp47Q8BY87 Pelo-201ENSMUST00000109226 1600 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.4■■■□□ 2.14
Usp47Q8BY87 Gm43006-201ENSMUST00000197702 1602 ntBASIC28.4■■■□□ 2.14
Usp47Q8BY87 Knstrn-202ENSMUST00000110842 925 ntAPPRIS ALT2 TSL 3 BASIC28.4■■■□□ 2.14
Usp47Q8BY87 Crh-201ENSMUST00000061294 1320 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.4■■■□□ 2.14
Usp47Q8BY87 Zswim6-201ENSMUST00000105097 5456 ntTSL 5 BASIC28.4■■■□□ 2.14
Usp47Q8BY87 Sh3rf1-201ENSMUST00000034060 5479 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.4■■■□□ 2.14
Usp47Q8BY87 Zfp821-201ENSMUST00000034163 2127 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.4■■■□□ 2.14
Usp47Q8BY87 Trak1-208ENSMUST00000210636 2197 ntTSL 1 (best) BASIC28.4■■■□□ 2.14
Usp47Q8BY87 Gm13063-201ENSMUST00000132247 669 ntTSL 3 BASIC28.39■■■□□ 2.14
Usp47Q8BY87 Spint1-202ENSMUST00000110816 1913 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC28.39■■■□□ 2.14
Usp47Q8BY87 Stac3-201ENSMUST00000035839 1790 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.39■■■□□ 2.13
Usp47Q8BY87 Fam207a-201ENSMUST00000045454 2394 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.38■■■□□ 2.13
Usp47Q8BY87 Ppp4r1l-ps-204ENSMUST00000140992 367 ntTSL 3 BASIC28.38■■■□□ 2.13
Usp47Q8BY87 Plac9b-203ENSMUST00000184142 1040 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.38■■■□□ 2.13
Usp47Q8BY87 Gm26682-201ENSMUST00000180850 1729 ntTSL 1 (best) BASIC28.38■■■□□ 2.13
Usp47Q8BY87 Uckl1os-201ENSMUST00000122831 2018 ntTSL 1 (best) BASIC28.38■■■□□ 2.13
Usp47Q8BY87 Syap1-201ENSMUST00000033723 2087 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.38■■■□□ 2.13
Usp47Q8BY87 Exoc3l2-201ENSMUST00000011407 2200 ntTSL 5 BASIC28.38■■■□□ 2.13
Usp47Q8BY87 1700030C10Rik-201ENSMUST00000110971 1471 ntBASIC28.37■■■□□ 2.13
Usp47Q8BY87 Noa1-201ENSMUST00000047860 2288 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.37■■■□□ 2.13
Usp47Q8BY87 Gm38160-201ENSMUST00000193090 2499 ntBASIC28.37■■■□□ 2.13
Usp47Q8BY87 Krt1-201ENSMUST00000023790 2445 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.37■■■□□ 2.13
Usp47Q8BY87 Ccnd3-201ENSMUST00000037333 1999 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.37■■■□□ 2.13
Usp47Q8BY87 Art5-201ENSMUST00000094128 1518 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC28.37■■■□□ 2.13
Usp47Q8BY87 Rnaseh1-201ENSMUST00000020959 1455 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.37■■■□□ 2.13
Usp47Q8BY87 Baiap2-201ENSMUST00000026436 2394 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC28.36■■■□□ 2.13
Usp47Q8BY87 Zfp467-202ENSMUST00000114556 2287 ntTSL 1 (best) BASIC28.36■■■□□ 2.13
Usp47Q8BY87 Ccnjl-201ENSMUST00000050574 2672 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.36■■■□□ 2.13
Usp47Q8BY87 Arhgap23-201ENSMUST00000093940 2409 ntTSL 1 (best) BASIC28.36■■■□□ 2.13
Usp47Q8BY87 Arhgap8-207ENSMUST00000172307 1544 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC28.36■■■□□ 2.13
Usp47Q8BY87 Moap1-201ENSMUST00000173760 1312 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC28.36■■■□□ 2.13
Usp47Q8BY87 Aebp2-203ENSMUST00000095350 2575 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC28.36■■■□□ 2.13
Usp47Q8BY87 Rbp4-201ENSMUST00000025951 1243 ntTSL 1 (best) BASIC28.36■■■□□ 2.13
Usp47Q8BY87 Bfsp1-201ENSMUST00000028907 2372 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC28.35■■■□□ 2.13
Usp47Q8BY87 Rnf26-206ENSMUST00000216511 2257 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC28.35■■■□□ 2.13
Usp47Q8BY87 Rufy1-201ENSMUST00000020643 2688 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.35■■■□□ 2.13
Usp47Q8BY87 Apoe-205ENSMUST00000173739 1221 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.35■■■□□ 2.13
Usp47Q8BY87 Apoe-209ENSMUST00000174355 1104 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC28.35■■■□□ 2.13
Usp47Q8BY87 Apoe-201ENSMUST00000003066 1128 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC28.35■■■□□ 2.13
Usp47Q8BY87 Cmc4-201ENSMUST00000033543 992 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.35■■■□□ 2.13
Usp47Q8BY87 Fam58b-201ENSMUST00000059468 1224 ntAPPRIS P1 BASIC28.35■■■□□ 2.13
Usp47Q8BY87 Maf1-205ENSMUST00000160853 1651 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC28.35■■■□□ 2.13
Usp47Q8BY87 Hoxc11-201ENSMUST00000001701 2021 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.35■■■□□ 2.13
Usp47Q8BY87 Vmn1r17-205ENSMUST00000228342 2230 ntAPPRIS P2 BASIC28.34■■■□□ 2.13
Usp47Q8BY87 Zfp598-201ENSMUST00000047179 3286 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.34■■■□□ 2.13
Usp47Q8BY87 Wbp1-201ENSMUST00000032111 1419 ntTSL 1 (best) BASIC28.34■■■□□ 2.13
Usp47Q8BY87 Efcc1-201ENSMUST00000032132 2729 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC28.34■■■□□ 2.13
Usp47Q8BY87 Rab28-203ENSMUST00000201422 1697 ntTSL 5 BASIC28.34■■■□□ 2.13
Usp47Q8BY87 Rasl10b-201ENSMUST00000021022 996 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.34■■■□□ 2.13
Usp47Q8BY87 Gm43060-201ENSMUST00000200621 289 ntBASIC28.33■■■□□ 2.13
Usp47Q8BY87 Serbp1-216ENSMUST00000205106 1288 ntTSL 5 BASIC28.33■■■□□ 2.13
Usp47Q8BY87 Kcnip1-201ENSMUST00000065970 1749 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.33■■■□□ 2.13
Usp47Q8BY87 Gtpbp2-217ENSMUST00000172170 2587 ntTSL 5 BASIC28.32■■■□□ 2.12
Usp47Q8BY87 Hpdl-201ENSMUST00000055436 1804 ntAPPRIS P1 BASIC28.32■■■□□ 2.12
Usp47Q8BY87 Epb41l4b-203ENSMUST00000095076 6746 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC28.32■■■□□ 2.12
Usp47Q8BY87 Fbxl21-202ENSMUST00000121095 798 ntTSL 1 (best) BASIC28.32■■■□□ 2.12
Usp47Q8BY87 Gnb5-206ENSMUST00000215875 2105 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.32■■■□□ 2.12
Usp47Q8BY87 Cisd1-201ENSMUST00000045887 1084 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.32■■■□□ 2.12
Usp47Q8BY87 Irak1-202ENSMUST00000068286 2537 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC28.32■■■□□ 2.12
Usp47Q8BY87 Ubl3-201ENSMUST00000079324 2537 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.32■■■□□ 2.12
Usp47Q8BY87 Hoxb6-202ENSMUST00000173432 1964 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC28.31■■■□□ 2.12
Usp47Q8BY87 Rap1a-201ENSMUST00000090678 2407 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.31■■■□□ 2.12
Usp47Q8BY87 Gm11421-201ENSMUST00000122124 294 ntBASIC28.31■■■□□ 2.12
Usp47Q8BY87 AB124611-203ENSMUST00000173769 1188 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC28.31■■■□□ 2.12
Usp47Q8BY87 AC114678.1-201ENSMUST00000219640 622 ntTSL 3 BASIC28.31■■■□□ 2.12
Usp47Q8BY87 Ldb1-202ENSMUST00000056931 2295 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC28.31■■■□□ 2.12
Usp47Q8BY87 Ksr1-202ENSMUST00000108264 2748 ntTSL 5 BASIC28.31■■■□□ 2.12
Usp47Q8BY87 Hpca-204ENSMUST00000116444 1847 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC28.3■■■□□ 2.12
Usp47Q8BY87 Mcam-201ENSMUST00000034650 2989 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC28.3■■■□□ 2.12
Usp47Q8BY87 Pole4-204ENSMUST00000160281 648 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC28.3■■■□□ 2.12
Usp47Q8BY87 Gramd1a-202ENSMUST00000085636 2543 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC28.3■■■□□ 2.12
Usp47Q8BY87 Ccdc149-202ENSMUST00000198008 2470 ntTSL 5 BASIC28.3■■■□□ 2.12
Usp47Q8BY87 Kcnn2-203ENSMUST00000169783 1625 ntTSL 1 (best) BASIC28.29■■■□□ 2.12
Usp47Q8BY87 Dtnb-216ENSMUST00000173736 2175 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC28.29■■■□□ 2.12
Usp47Q8BY87 Cnpy3-202ENSMUST00000121671 561 ntTSL 2 BASIC28.29■■■□□ 2.12
Usp47Q8BY87 Lhx2-201ENSMUST00000000253 2840 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.29■■■□□ 2.12
Usp47Q8BY87 Best2-201ENSMUST00000059072 1971 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.29■■■□□ 2.12
Usp47Q8BY87 Acvrl1-202ENSMUST00000117984 1852 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC28.29■■■□□ 2.12
Usp47Q8BY87 Letm2-201ENSMUST00000079160 2126 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.29■■■□□ 2.12
Usp47Q8BY87 Foxc1-201ENSMUST00000062292 5844 ntAPPRIS P1 BASIC28.29■■■□□ 2.12
Usp47Q8BY87 Fam149b-204ENSMUST00000090503 2053 ntTSL 1 (best) BASIC28.28■■■□□ 2.12
Usp47Q8BY87 Snx21-206ENSMUST00000174070 1446 ntTSL 5 BASIC28.28■■■□□ 2.12
Usp47Q8BY87 Impa2-201ENSMUST00000025403 1661 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.28■■■□□ 2.12
Usp47Q8BY87 Gm18284-201ENSMUST00000172604 624 ntBASIC28.28■■■□□ 2.12
Usp47Q8BY87 Sfmbt2-204ENSMUST00000114864 1901 ntTSL 1 (best) BASIC28.28■■■□□ 2.12
Usp47Q8BY87 Dusp22-203ENSMUST00000110310 2319 ntTSL 2 BASIC28.27■■■□□ 2.12
Retrieved 100 of 76,532 protein–RNA pairs in 17.1 ms