Protein–RNA interactions for Protein: P39428

Traf1, TNF receptor-associated factor 1, mousemouse

Predictions only

Length 409 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (Experimental data)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
Traf1P39428 Smad6-203ENSMUST00000179458 273 ntBASIC23.04■■□□□ 1.28
Traf1P39428 Pdp1-204ENSMUST00000108299 2588 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC23.04■■□□□ 1.28
Traf1P39428 Irx5-202ENSMUST00000210246 2550 ntTSL 5 BASIC23.04■■□□□ 1.28
Traf1P39428 Puf60-202ENSMUST00000100527 1878 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC23.04■■□□□ 1.28
Traf1P39428 Eml2-202ENSMUST00000117338 2765 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC23.04■■□□□ 1.28
Traf1P39428 Rasgrf2-206ENSMUST00000216219 2115 ntTSL 5 BASIC23.03■■□□□ 1.28
Traf1P39428 Syde2-201ENSMUST00000039517 5495 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC23.03■■□□□ 1.28
Traf1P39428 Glrx5-201ENSMUST00000021522 2925 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.03■■□□□ 1.28
Traf1P39428 Gpatch3-201ENSMUST00000030662 2004 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.03■■□□□ 1.28
Traf1P39428 Six5-201ENSMUST00000049454 3007 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.03■■□□□ 1.28
Traf1P39428 Gm11650-201ENSMUST00000141271 1145 ntTSL 1 (best) BASIC23.03■■□□□ 1.28
Traf1P39428 Gm20621-202ENSMUST00000176618 1234 ntTSL 1 (best) BASIC23.03■■□□□ 1.28
Traf1P39428 4930412F12Rik-201ENSMUST00000211700 1471 ntBASIC23.03■■□□□ 1.28
Traf1P39428 Nab2-201ENSMUST00000026469 2582 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.02■■□□□ 1.28
Traf1P39428 Exosc4-201ENSMUST00000059045 1796 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.02■■□□□ 1.28
Traf1P39428 Hist1h2bp-201ENSMUST00000102982 469 ntAPPRIS P1 BASIC23.02■■□□□ 1.28
Traf1P39428 Gm15270-201ENSMUST00000125158 870 ntTSL 3 BASIC23.02■■□□□ 1.28
Traf1P39428 Hspb1-201ENSMUST00000005077 903 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.02■■□□□ 1.28
Traf1P39428 Ezh2-201ENSMUST00000081721 2787 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC23.02■■□□□ 1.28
Traf1P39428 Spast-202ENSMUST00000224711 2066 ntAPPRIS ALT2 BASIC23.02■■□□□ 1.28
Traf1P39428 Ccdc112-201ENSMUST00000072835 2801 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC23.01■■□□□ 1.27
Traf1P39428 Tekt5-201ENSMUST00000043415 1803 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.01■■□□□ 1.27
Traf1P39428 Rce1-201ENSMUST00000025823 1402 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.01■■□□□ 1.27
Traf1P39428 Ubl3-201ENSMUST00000079324 2537 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.01■■□□□ 1.27
Traf1P39428 Fbxl21-202ENSMUST00000121095 798 ntTSL 1 (best) BASIC23.01■■□□□ 1.27
Traf1P39428 Gm13063-201ENSMUST00000132247 669 ntTSL 3 BASIC23.01■■□□□ 1.27
Traf1P39428 Mrpl2-201ENSMUST00000002844 1031 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC23.01■■□□□ 1.27
Traf1P39428 Thoc6-201ENSMUST00000047436 1504 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.01■■□□□ 1.27
Traf1P39428 Ypel1-201ENSMUST00000035682 3322 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.01■■□□□ 1.27
Traf1P39428 Espn-210ENSMUST00000105656 1593 ntTSL 5 BASIC23.01■■□□□ 1.27
Traf1P39428 Ksr1-201ENSMUST00000018478 5495 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC23.01■■□□□ 1.27
Traf1P39428 Homer1-206ENSMUST00000109493 2580 ntTSL 5 BASIC23■■□□□ 1.27
Traf1P39428 Tmem178-201ENSMUST00000025092 1696 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23■■□□□ 1.27
Traf1P39428 Bicdl2-201ENSMUST00000062967 1913 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23■■□□□ 1.27
Traf1P39428 Dynll2-201ENSMUST00000020775 2476 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23■■□□□ 1.27
Traf1P39428 Efcc1-201ENSMUST00000032132 2729 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC23■■□□□ 1.27
Traf1P39428 Paip2-203ENSMUST00000115735 1521 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC23■■□□□ 1.27
Traf1P39428 Ntsr2-202ENSMUST00000220892 846 ntTSL 3 BASIC23■■□□□ 1.27
Traf1P39428 Fabp3-201ENSMUST00000070532 823 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23■■□□□ 1.27
Traf1P39428 Apoe-206ENSMUST00000174064 1408 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.99■■□□□ 1.27
Traf1P39428 Dapk1-202ENSMUST00000077453 5491 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.99■■□□□ 1.27
Traf1P39428 Trim3-203ENSMUST00000106791 2466 ntTSL 1 (best) BASIC22.99■■□□□ 1.27
Traf1P39428 Fah-201ENSMUST00000032865 1585 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.99■■□□□ 1.27
Traf1P39428 Ctf1-204ENSMUST00000206506 784 ntTSL 2 BASIC22.99■■□□□ 1.27
Traf1P39428 Adcy9-203ENSMUST00000120080 4974 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.99■■□□□ 1.27
Traf1P39428 Magi2-201ENSMUST00000088516 4843 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC22.99■■□□□ 1.27
Traf1P39428 Ntn5-202ENSMUST00000182750 1758 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.99■■□□□ 1.27
Traf1P39428 4430402I18Rik-201ENSMUST00000025872 2152 ntTSL 1 (best) BASIC22.99■■□□□ 1.27
Traf1P39428 Hhex-201ENSMUST00000025944 1802 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.98■■□□□ 1.27
Traf1P39428 Cnnm1-201ENSMUST00000165311 5037 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC22.98■■□□□ 1.27
Traf1P39428 Rnf39-202ENSMUST00000173072 631 ntTSL 2 BASIC22.98■■□□□ 1.27
Traf1P39428 Med31-201ENSMUST00000021157 1161 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.98■■□□□ 1.27
Traf1P39428 Senp6-201ENSMUST00000037484 5111 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.98■■□□□ 1.27
Traf1P39428 Strn3-201ENSMUST00000013130 3046 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.98■■□□□ 1.27
Traf1P39428 Alx3-201ENSMUST00000014747 1874 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.98■■□□□ 1.27
Traf1P39428 Dusp14-202ENSMUST00000100705 1447 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.98■■□□□ 1.27
Traf1P39428 Map3k15-201ENSMUST00000033665 4348 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.97■■□□□ 1.27
Traf1P39428 Faap24-201ENSMUST00000032704 1857 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.97■■□□□ 1.27
Traf1P39428 Sap18b-201ENSMUST00000074053 789 ntAPPRIS P1 BASIC22.97■■□□□ 1.27
Traf1P39428 Gm5874-201ENSMUST00000096101 508 ntBASIC22.97■■□□□ 1.27
Traf1P39428 Deptor-203ENSMUST00000100660 1377 ntTSL 1 (best) BASIC22.97■■□□□ 1.27
Traf1P39428 Rnf8-201ENSMUST00000024817 2077 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.97■■□□□ 1.27
Traf1P39428 Zfp3-201ENSMUST00000060444 2061 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.96■■□□□ 1.27
Traf1P39428 Fam149b-204ENSMUST00000090503 2053 ntTSL 1 (best) BASIC22.96■■□□□ 1.27
Traf1P39428 Bfsp1-202ENSMUST00000099296 2160 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.96■■□□□ 1.27
Traf1P39428 Myadml2-201ENSMUST00000026134 931 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.96■■□□□ 1.27
Traf1P39428 Pdcd7-201ENSMUST00000048184 2419 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC22.96■■□□□ 1.27
Traf1P39428 Wnt11-205ENSMUST00000167303 1792 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.95■■□□□ 1.26
Traf1P39428 Mrgbp-206ENSMUST00000169630 1192 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.95■■□□□ 1.26
Traf1P39428 Fbxw2-201ENSMUST00000028220 2030 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.95■■□□□ 1.26
Traf1P39428 Adrm1-201ENSMUST00000061437 1535 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.95■■□□□ 1.26
Traf1P39428 Syncrip-201ENSMUST00000069221 9450 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.95■■□□□ 1.26
Traf1P39428 Adad2-201ENSMUST00000098361 1926 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.95■■□□□ 1.26
Traf1P39428 Gpr137-204ENSMUST00000099782 1742 ntTSL 1 (best) BASIC22.95■■□□□ 1.26
Traf1P39428 Gm5475-201ENSMUST00000132119 2608 ntAPPRIS P5 TSL 1 (best) BASIC22.95■■□□□ 1.26
Traf1P39428 Spint1-201ENSMUST00000028783 2273 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.94■■□□□ 1.26
Traf1P39428 Gnb2-201ENSMUST00000031726 1860 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.94■■□□□ 1.26
Traf1P39428 Ppp2r5a-201ENSMUST00000067976 3088 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.94■■□□□ 1.26
Traf1P39428 Anapc1-202ENSMUST00000110332 1214 ntTSL 1 (best) BASIC22.94■■□□□ 1.26
Traf1P39428 Hacd1-203ENSMUST00000114753 993 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.94■■□□□ 1.26
Traf1P39428 Gamt-201ENSMUST00000020359 979 ntTSL 1 (best) BASIC22.94■■□□□ 1.26
Traf1P39428 Krtap5-3-201ENSMUST00000084414 1074 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC22.94■■□□□ 1.26
Traf1P39428 Gm6899-201ENSMUST00000089614 622 ntAPPRIS P1 BASIC22.94■■□□□ 1.26
Traf1P39428 Smad4-201ENSMUST00000025393 3384 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.93■■□□□ 1.26
Traf1P39428 Tial1-209ENSMUST00000141126 1344 ntTSL 5 BASIC22.93■■□□□ 1.26
Traf1P39428 1700023F06Rik-202ENSMUST00000107026 1127 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.93■■□□□ 1.26
Traf1P39428 Cnpy3-202ENSMUST00000121671 561 ntTSL 2 BASIC22.93■■□□□ 1.26
Traf1P39428 Gm12063-201ENSMUST00000148087 715 ntTSL 2 BASIC22.93■■□□□ 1.26
Traf1P39428 Sirpa-209ENSMUST00000160276 876 ntTSL 1 (best) BASIC22.93■■□□□ 1.26
Traf1P39428 Vamp5-201ENSMUST00000074231 553 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.93■■□□□ 1.26
Traf1P39428 Gm10493-201ENSMUST00000097270 612 ntBASIC22.93■■□□□ 1.26
Traf1P39428 Raph1-202ENSMUST00000090293 2409 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC22.93■■□□□ 1.26
Traf1P39428 Myo1b-202ENSMUST00000046390 5052 ntTSL 1 (best) BASIC22.93■■□□□ 1.26
Traf1P39428 Gsx2-201ENSMUST00000040477 1665 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.93■■□□□ 1.26
Traf1P39428 Krt79-201ENSMUST00000023799 2097 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.93■■□□□ 1.26
Traf1P39428 AC165080.2-201ENSMUST00000217491 1530 ntBASIC22.92■■□□□ 1.26
Traf1P39428 B3galnt1-201ENSMUST00000061826 2028 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.92■■□□□ 1.26
Traf1P39428 Rnaseh2b-201ENSMUST00000022499 1494 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.92■■□□□ 1.26
Traf1P39428 Kcnc3-201ENSMUST00000107906 5062 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.92■■□□□ 1.26
Traf1P39428 Nckap1-202ENSMUST00000111760 4597 ntTSL 1 (best) BASIC22.92■■□□□ 1.26
Retrieved 100 of 76,532 protein–RNA pairs in 22.7 ms