Protein–RNA interactions for Protein: P11260

Lire1, LINE-1 retrotransposable element ORF1 protein, mousemouse

Predictions only

Length 357 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (Experimental data)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
Lire1P11260 Dgcr6-201ENSMUST00000066027 1050 ntAPPRIS P4 TSL 2 BASIC18.61■□□□□ 0.57
Lire1P11260 Ubp1-201ENSMUST00000009885 3742 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC18.61■□□□□ 0.57
Lire1P11260 Dynll1-201ENSMUST00000009157 2030 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.61■□□□□ 0.57
Lire1P11260 Nsmf-205ENSMUST00000114386 2685 ntTSL 5 BASIC18.6■□□□□ 0.57
Lire1P11260 Letm2-209ENSMUST00000210810 1538 ntTSL 1 (best) BASIC18.6■□□□□ 0.57
Lire1P11260 Paxip1-201ENSMUST00000002291 5850 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.6■□□□□ 0.57
Lire1P11260 Zfand2b-201ENSMUST00000027394 1316 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.6■□□□□ 0.57
Lire1P11260 A430057M04Rik-202ENSMUST00000170150 2176 ntTSL 1 (best) BASIC18.6■□□□□ 0.57
Lire1P11260 Bag5-201ENSMUST00000054636 2139 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.6■□□□□ 0.57
Lire1P11260 Pbx1-201ENSMUST00000064438 1020 ntTSL 1 (best) BASIC18.6■□□□□ 0.57
Lire1P11260 Tinagl1-202ENSMUST00000105998 1976 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC18.6■□□□□ 0.57
Lire1P11260 A830035O19Rik-201ENSMUST00000216147 1898 ntBASIC18.6■□□□□ 0.57
Lire1P11260 Gas2l1-203ENSMUST00000109895 2530 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC18.6■□□□□ 0.57
Lire1P11260 Gm20387-201ENSMUST00000173609 1783 ntTSL 1 (best) BASIC18.6■□□□□ 0.57
Lire1P11260 Rell2-201ENSMUST00000070709 1767 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.6■□□□□ 0.57
Lire1P11260 Mecp2-201ENSMUST00000033770 1739 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC18.6■□□□□ 0.57
Lire1P11260 Rcc1-201ENSMUST00000030726 2278 ntTSL 1 (best) BASIC18.6■□□□□ 0.57
Lire1P11260 Fbxo4-201ENSMUST00000022791 1565 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.59■□□□□ 0.57
Lire1P11260 Slc39a10-201ENSMUST00000027131 5498 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.59■□□□□ 0.57
Lire1P11260 Knstrn-202ENSMUST00000110842 925 ntAPPRIS ALT2 TSL 3 BASIC18.59■□□□□ 0.57
Lire1P11260 Rem2-201ENSMUST00000164697 1194 ntTSL 5 BASIC18.59■□□□□ 0.57
Lire1P11260 Mpnd-204ENSMUST00000149441 1701 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC18.59■□□□□ 0.57
Lire1P11260 AC154231.1-201ENSMUST00000220564 2175 ntBASIC18.59■□□□□ 0.57
Lire1P11260 Rtca-201ENSMUST00000000348 1594 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.59■□□□□ 0.57
Lire1P11260 Jph1-201ENSMUST00000038382 4809 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.58■□□□□ 0.57
Lire1P11260 Bbc3-201ENSMUST00000002152 1814 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.58■□□□□ 0.57
Lire1P11260 Prpsap2-204ENSMUST00000168115 1771 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.58■□□□□ 0.57
Lire1P11260 Tnrc6c-202ENSMUST00000106344 8847 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC18.58■□□□□ 0.57
Lire1P11260 Ints8-202ENSMUST00000108318 3169 ntTSL 5 BASIC18.58■□□□□ 0.57
Lire1P11260 Anapc5-218ENSMUST00000200645 2404 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC18.58■□□□□ 0.57
Lire1P11260 Slc30a9-204ENSMUST00000162372 5711 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC18.58■□□□□ 0.56
Lire1P11260 Snrpa1-206ENSMUST00000153609 1248 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.58■□□□□ 0.56
Lire1P11260 Pth2-202ENSMUST00000210086 481 ntTSL 2 BASIC18.58■□□□□ 0.56
Lire1P11260 Alad-201ENSMUST00000030090 1206 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.58■□□□□ 0.56
Lire1P11260 Mindy2-201ENSMUST00000049031 8081 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC18.58■□□□□ 0.56
Lire1P11260 Rhoa-201ENSMUST00000007959 2197 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.58■□□□□ 0.56
Lire1P11260 Agtpbp1-222ENSMUST00000171606 3037 ntTSL 1 (best) BASIC18.58■□□□□ 0.56
Lire1P11260 Ccdc88a-202ENSMUST00000109477 1716 ntTSL 2 BASIC18.57■□□□□ 0.56
Lire1P11260 Sox10-201ENSMUST00000040019 2713 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.57■□□□□ 0.56
Lire1P11260 Cep97-205ENSMUST00000121703 609 ntTSL 1 (best) BASIC18.57■□□□□ 0.56
Lire1P11260 Golgb1-201ENSMUST00000023534 498 ntBASIC18.57■□□□□ 0.56
Lire1P11260 Golga5-202ENSMUST00000179218 2827 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.57■□□□□ 0.56
Lire1P11260 Txnrd2-212ENSMUST00000177856 1878 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC18.56■□□□□ 0.56
Lire1P11260 Rfng-201ENSMUST00000026156 2118 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.56■□□□□ 0.56
Lire1P11260 Eif5a-202ENSMUST00000070996 1373 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.56■□□□□ 0.56
Lire1P11260 Dact2-201ENSMUST00000053218 2808 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.56■□□□□ 0.56
Lire1P11260 4930444P10Rik-202ENSMUST00000145070 1844 ntAPPRIS P2 TSL 2 BASIC18.56■□□□□ 0.56
Lire1P11260 Eif2b3-203ENSMUST00000106448 1555 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC18.56■□□□□ 0.56
Lire1P11260 Gm26558-201ENSMUST00000180559 861 ntAPPRIS P1 BASIC18.56■□□□□ 0.56
Lire1P11260 Cox5b-204ENSMUST00000193210 865 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.56■□□□□ 0.56
Lire1P11260 Sdsl-202ENSMUST00000052258 1225 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.56■□□□□ 0.56
Lire1P11260 Fam105a-201ENSMUST00000100739 2867 ntTSL 1 (best) BASIC18.56■□□□□ 0.56
Lire1P11260 Arf4-201ENSMUST00000022429 2165 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.56■□□□□ 0.56
Lire1P11260 Btbd19-209ENSMUST00000183310 1620 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC18.56■□□□□ 0.56
Lire1P11260 Raph1-201ENSMUST00000027168 2241 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC18.55■□□□□ 0.56
Lire1P11260 Rab26-201ENSMUST00000035797 1575 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC18.55■□□□□ 0.56
Lire1P11260 Usp36-202ENSMUST00000106296 5655 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC18.55■□□□□ 0.56
Lire1P11260 Rbm34-203ENSMUST00000212618 1509 ntTSL 1 (best) BASIC18.55■□□□□ 0.56
Lire1P11260 Spsb4-201ENSMUST00000055433 2720 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.55■□□□□ 0.56
Lire1P11260 Kcns3-201ENSMUST00000055673 2933 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.55■□□□□ 0.56
Lire1P11260 Ccdc92-201ENSMUST00000036206 2473 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.55■□□□□ 0.56
Lire1P11260 Stard4-203ENSMUST00000119991 941 ntTSL 5 BASIC18.55■□□□□ 0.56
Lire1P11260 4930439D14Rik-201ENSMUST00000186765 359 ntBASIC18.55■□□□□ 0.56
Lire1P11260 Proca1-201ENSMUST00000060539 960 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC18.55■□□□□ 0.56
Lire1P11260 H2-Q2-201ENSMUST00000074806 1262 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.55■□□□□ 0.56
Lire1P11260 Fam96b-201ENSMUST00000093234 639 ntTSL 5 BASIC18.55■□□□□ 0.56
Lire1P11260 Cdkl3-204ENSMUST00000109077 2605 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC18.55■□□□□ 0.56
Lire1P11260 Gapvd1-201ENSMUST00000028224 5695 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC18.55■□□□□ 0.56
Lire1P11260 Pus1-202ENSMUST00000031483 1814 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC18.55■□□□□ 0.56
Lire1P11260 Cdk8-201ENSMUST00000031640 2973 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC18.55■□□□□ 0.56
Lire1P11260 Rcor3-206ENSMUST00000192491 1623 ntTSL 1 (best) BASIC18.55■□□□□ 0.56
Lire1P11260 Nectin3-201ENSMUST00000023334 3062 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC18.55■□□□□ 0.56
Lire1P11260 Zfp668-202ENSMUST00000106261 2410 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.54■□□□□ 0.56
Lire1P11260 Wnt5b-204ENSMUST00000178696 2371 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.54■□□□□ 0.56
Lire1P11260 Mcu-202ENSMUST00000020312 2872 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC18.54■□□□□ 0.56
Lire1P11260 Hs3st4-201ENSMUST00000106437 3189 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC18.54■□□□□ 0.56
Lire1P11260 Stau2-203ENSMUST00000115359 1151 ntTSL 1 (best) BASIC18.54■□□□□ 0.56
Lire1P11260 1700016H13Rik-205ENSMUST00000134926 1104 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.54■□□□□ 0.56
Lire1P11260 Gm27454-201ENSMUST00000185090 204 ntBASIC18.54■□□□□ 0.56
Lire1P11260 2810025M15Rik-201ENSMUST00000061537 1194 ntTSL 1 (best) BASIC18.54■□□□□ 0.56
Lire1P11260 Gm45869-201ENSMUST00000210335 1704 ntTSL 5 BASIC18.54■□□□□ 0.56
Lire1P11260 Ears2-201ENSMUST00000033159 2046 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.54■□□□□ 0.56
Lire1P11260 Mbp-208ENSMUST00000114676 1685 ntTSL 1 (best) BASIC18.54■□□□□ 0.56
Lire1P11260 Klf2-201ENSMUST00000067912 1847 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.53■□□□□ 0.56
Lire1P11260 Srcin1-201ENSMUST00000107590 5493 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC18.53■□□□□ 0.56
Lire1P11260 Map4k4-202ENSMUST00000168431 5632 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC18.53■□□□□ 0.56
Lire1P11260 Rab5a-201ENSMUST00000017975 2357 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.53■□□□□ 0.56
Lire1P11260 Zswim8-208ENSMUST00000224751 5951 ntAPPRIS ALT2 BASIC18.53■□□□□ 0.56
Lire1P11260 Gm10382-201ENSMUST00000100700 1233 ntAPPRIS P1 BASIC18.53■□□□□ 0.56
Lire1P11260 Hyi-205ENSMUST00000194248 936 ntTSL 1 (best) BASIC18.53■□□□□ 0.56
Lire1P11260 A930032L01Rik-201ENSMUST00000195845 957 ntBASIC18.53■□□□□ 0.56
Lire1P11260 Shisa5-201ENSMUST00000026737 1834 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC18.53■□□□□ 0.56
Lire1P11260 Polr3h-201ENSMUST00000023113 2514 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.53■□□□□ 0.56
Lire1P11260 Lrrc38-201ENSMUST00000052458 2324 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.52■□□□□ 0.56
Lire1P11260 Glrb-201ENSMUST00000029654 3029 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.52■□□□□ 0.56
Lire1P11260 Cetn4-205ENSMUST00000140956 2981 ntTSL 1 (best) BASIC18.52■□□□□ 0.56
Lire1P11260 Ankrd13c-202ENSMUST00000164582 1735 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.52■□□□□ 0.56
Lire1P11260 Spry1-202ENSMUST00000108107 2773 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.52■□□□□ 0.56
Lire1P11260 Gm43545-201ENSMUST00000196765 2779 ntBASIC18.52■□□□□ 0.56
Lire1P11260 Dcbld1-201ENSMUST00000069004 3024 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.52■□□□□ 0.56
Retrieved 100 of 76,532 protein–RNA pairs in 30.5 ms