Protein–RNA interactions for Protein: P35123

Usp4, Ubiquitin carboxyl-terminal hydrolase 4, mousemouse

Predictions only

Length 962 aa.

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Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (Experimental data)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
Usp4P35123 Gm11915-201ENSMUST00000153669 358 ntTSL 5 BASIC11.25□□□□□ -0.61
Usp4P35123 Gm24992-201ENSMUST00000157412 130 ntBASIC11.25□□□□□ -0.61
Usp4P35123 Gm24844-201ENSMUST00000158679 127 ntBASIC11.25□□□□□ -0.61
Usp4P35123 Tmem40-206ENSMUST00000170625 843 ntAPPRIS ALT2 TSL 3 BASIC11.25□□□□□ -0.61
Usp4P35123 Platr10-202ENSMUST00000191479 818 ntBASIC11.25□□□□□ -0.61
Usp4P35123 Gm37028-201ENSMUST00000194276 107 ntBASIC11.25□□□□□ -0.61
Usp4P35123 Gm43520-201ENSMUST00000197996 164 ntBASIC11.25□□□□□ -0.61
Usp4P35123 Sdf2-201ENSMUST00000002133 1268 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC11.25□□□□□ -0.61
Usp4P35123 Gm3285-201ENSMUST00000218443 908 ntAPPRIS P1 BASIC11.25□□□□□ -0.61
Usp4P35123 Gm18856-203ENSMUST00000222015 483 ntTSL 2 BASIC11.25□□□□□ -0.61
Usp4P35123 AC165260.2-203ENSMUST00000224237 336 ntBASIC11.25□□□□□ -0.61
Usp4P35123 Tfap2b-204ENSMUST00000187754 3023 ntTSL 1 (best) BASIC11.25□□□□□ -0.61
Usp4P35123 Ints3-201ENSMUST00000029542 4337 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC11.25□□□□□ -0.61
Usp4P35123 Gm21142-201ENSMUST00000179999 2604 ntBASIC11.25□□□□□ -0.61
Usp4P35123 Cdcp2-201ENSMUST00000062495 2611 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC11.25□□□□□ -0.61
Usp4P35123 Mcf2l-217ENSMUST00000145067 5313 ntTSL 1 (best) BASIC11.25□□□□□ -0.61
Usp4P35123 Tgoln1-201ENSMUST00000070524 5013 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC11.25□□□□□ -0.61
Usp4P35123 Trim17-201ENSMUST00000047697 3664 ntTSL 2 BASIC11.25□□□□□ -0.61
Usp4P35123 Tsix-202ENSMUST00000211291 3263 ntTSL 5 BASIC11.25□□□□□ -0.61
Usp4P35123 Loxhd1-202ENSMUST00000096547 6595 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC11.25□□□□□ -0.61
Usp4P35123 Trim9-205ENSMUST00000221041 3767 ntTSL 1 (best) BASIC11.25□□□□□ -0.61
Usp4P35123 Gcc1-201ENSMUST00000064377 2859 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC11.25□□□□□ -0.61
Usp4P35123 Cdc20b-204ENSMUST00000181568 1494 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC11.25□□□□□ -0.61
Usp4P35123 Gpr101-201ENSMUST00000057645 5410 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC11.25□□□□□ -0.61
Usp4P35123 Gm37516-201ENSMUST00000192593 1954 ntBASIC11.25□□□□□ -0.61
Usp4P35123 Pnma2-201ENSMUST00000089236 5518 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC11.25□□□□□ -0.61
Usp4P35123 Arsb-201ENSMUST00000091403 4038 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC11.25□□□□□ -0.61
Usp4P35123 Vwce-201ENSMUST00000055115 3540 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC11.25□□□□□ -0.61
Usp4P35123 Gm26625-201ENSMUST00000181519 2538 ntTSL 5 BASIC11.25□□□□□ -0.61
Usp4P35123 Spata16-201ENSMUST00000047005 2022 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC11.25□□□□□ -0.61
Usp4P35123 D130051D11Rik-201ENSMUST00000189171 6188 ntBASIC11.24□□□□□ -0.61
Usp4P35123 Tfam-201ENSMUST00000092430 4167 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC11.24□□□□□ -0.61
Usp4P35123 Supt20-201ENSMUST00000029315 2112 ntTSL 1 (best) BASIC11.24□□□□□ -0.61
Usp4P35123 Tardbp-209ENSMUST00000165113 6495 ntTSL 5 BASIC11.24□□□□□ -0.61
Usp4P35123 BC052040-201ENSMUST00000110918 2735 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC11.24□□□□□ -0.61
Usp4P35123 Man2c1-211ENSMUST00000160147 3820 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC11.24□□□□□ -0.61
Usp4P35123 Echdc1-201ENSMUST00000020034 3856 ntTSL 1 (best) BASIC11.24□□□□□ -0.61
Usp4P35123 Pax6-204ENSMUST00000111083 2370 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC11.24□□□□□ -0.61
Usp4P35123 Hspa2-201ENSMUST00000080449 2524 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC11.24□□□□□ -0.61
Usp4P35123 Ighv10-3-201ENSMUST00000103495 377 ntAPPRIS P1 BASIC11.24□□□□□ -0.61
Usp4P35123 Hist1h3d-201ENSMUST00000105105 1249 ntAPPRIS P1 BASIC11.24□□□□□ -0.61
Usp4P35123 Gm14398-201ENSMUST00000117287 1073 ntBASIC11.24□□□□□ -0.61
Usp4P35123 Gm11340-201ENSMUST00000119226 412 ntBASIC11.24□□□□□ -0.61
Usp4P35123 Gm11244-201ENSMUST00000121243 237 ntBASIC11.24□□□□□ -0.61
Usp4P35123 2810408I11Rik-201ENSMUST00000122813 435 ntTSL 2 BASIC11.24□□□□□ -0.61
Usp4P35123 4930506C21Rik-203ENSMUST00000130639 909 ntTSL 1 (best) BASIC11.24□□□□□ -0.61
Usp4P35123 Gm15764-201ENSMUST00000150389 672 ntTSL 1 (best) BASIC11.24□□□□□ -0.61
Usp4P35123 Gm27953-201ENSMUST00000185171 143 ntBASIC11.24□□□□□ -0.61
Usp4P35123 Eef1b2-209ENSMUST00000188524 681 ntTSL 3 BASIC11.24□□□□□ -0.61
Usp4P35123 Gm37852-201ENSMUST00000193027 350 ntBASIC11.24□□□□□ -0.61
Usp4P35123 Gm5298-201ENSMUST00000201122 892 ntBASIC11.24□□□□□ -0.61
Usp4P35123 Gm3793-201ENSMUST00000204973 672 ntBASIC11.24□□□□□ -0.61
Usp4P35123 Gm45310-201ENSMUST00000210436 275 ntBASIC11.24□□□□□ -0.61
Usp4P35123 Gm10318-202ENSMUST00000217996 639 ntTSL 5 BASIC11.24□□□□□ -0.61
Usp4P35123 CT025553.1-201ENSMUST00000226292 299 ntBASIC11.24□□□□□ -0.61
Usp4P35123 Olfr225-201ENSMUST00000055276 1260 ntAPPRIS ALT2 BASIC11.24□□□□□ -0.61
Usp4P35123 n-R5s211-201ENSMUST00000093689 119 ntBASIC11.24□□□□□ -0.61
Usp4P35123 Wfdc6a-201ENSMUST00000099096 805 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC11.24□□□□□ -0.61
Usp4P35123 Bach1-201ENSMUST00000026703 5867 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC11.24□□□□□ -0.61
Usp4P35123 Tor4a-201ENSMUST00000081869 3255 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC11.24□□□□□ -0.61
Usp4P35123 Eid3-201ENSMUST00000211623 1305 ntAPPRIS P1 BASIC11.24□□□□□ -0.61
Usp4P35123 Gm38344-201ENSMUST00000195306 1353 ntBASIC11.24□□□□□ -0.61
Usp4P35123 Tfrc-201ENSMUST00000023486 4890 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC11.24□□□□□ -0.61
Usp4P35123 Fyn-207ENSMUST00000146287 2135 ntTSL 1 (best) BASIC11.24□□□□□ -0.61
Usp4P35123 Ptpro-201ENSMUST00000077115 5049 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC11.24□□□□□ -0.61
Usp4P35123 Hist4h4-201ENSMUST00000179285 2863 ntAPPRIS P1 BASIC11.24□□□□□ -0.61
Usp4P35123 Lingo1-206ENSMUST00000210032 3627 ntTSL 5 BASIC11.24□□□□□ -0.61
Usp4P35123 Cxcr2-201ENSMUST00000027372 2220 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC11.24□□□□□ -0.61
Usp4P35123 Zmynd11-206ENSMUST00000110637 3770 ntTSL 5 BASIC11.24□□□□□ -0.61
Usp4P35123 Bfar-201ENSMUST00000023365 3003 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC11.24□□□□□ -0.61
Usp4P35123 Gramd1b-212ENSMUST00000165104 3824 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC11.24□□□□□ -0.61
Usp4P35123 Adgrf3-201ENSMUST00000088117 3099 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC11.24□□□□□ -0.61
Usp4P35123 Nufip2-204ENSMUST00000181023 2318 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC11.24□□□□□ -0.61
Usp4P35123 Adat1-202ENSMUST00000120457 1677 ntTSL 5 BASIC11.24□□□□□ -0.61
Usp4P35123 Zfp608-201ENSMUST00000064763 6112 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC11.23□□□□□ -0.61
Usp4P35123 Hspa14-201ENSMUST00000027961 1795 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC11.23□□□□□ -0.61
Usp4P35123 Gal3st2b-202ENSMUST00000178757 2722 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC11.23□□□□□ -0.61
Usp4P35123 Zc3h12a-201ENSMUST00000036188 2755 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC11.23□□□□□ -0.61
Usp4P35123 AC124561.1-202ENSMUST00000228652 1929 ntBASIC11.23□□□□□ -0.61
Usp4P35123 Zc3hav1-202ENSMUST00000114898 3052 ntTSL 1 (best) BASIC11.23□□□□□ -0.61
Usp4P35123 Zfp111-202ENSMUST00000073833 3079 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC11.23□□□□□ -0.61
Usp4P35123 Kirrel3-201ENSMUST00000045091 4147 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC11.23□□□□□ -0.61
Usp4P35123 Slc16a5-202ENSMUST00000106532 2062 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC11.23□□□□□ -0.61
Usp4P35123 Ddx3x-201ENSMUST00000000804 4692 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC11.23□□□□□ -0.61
Usp4P35123 Rpgr-202ENSMUST00000072393 2380 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC11.23□□□□□ -0.61
Usp4P35123 Gm12829-201ENSMUST00000146346 2434 ntTSL 1 (best) BASIC11.23□□□□□ -0.61
Usp4P35123 Gm12498-201ENSMUST00000138374 2458 ntTSL 1 (best) BASIC11.23□□□□□ -0.61
Usp4P35123 Mfsd2b-201ENSMUST00000045921 2490 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC11.23□□□□□ -0.61
Usp4P35123 Plekhg5-202ENSMUST00000105661 3842 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC11.23□□□□□ -0.61
Usp4P35123 Use1-202ENSMUST00000110053 1064 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC11.23□□□□□ -0.61
Usp4P35123 Prss46-201ENSMUST00000119427 1211 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC11.23□□□□□ -0.61
Usp4P35123 Gm12899-201ENSMUST00000120565 551 ntBASIC11.23□□□□□ -0.61
Usp4P35123 Crls1-204ENSMUST00000124836 1267 ntTSL 1 (best) BASIC11.23□□□□□ -0.61
Usp4P35123 Gm25492-201ENSMUST00000157383 129 ntBASIC11.23□□□□□ -0.61
Usp4P35123 Gm16587-201ENSMUST00000161943 863 ntTSL 1 (best) BASIC11.23□□□□□ -0.61
Usp4P35123 Prr3-206ENSMUST00000173585 770 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC11.23□□□□□ -0.61
Usp4P35123 Prss46-202ENSMUST00000176403 1257 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC11.23□□□□□ -0.61
Usp4P35123 Gm3671-201ENSMUST00000182463 1007 ntBASIC11.23□□□□□ -0.61
Usp4P35123 Gm29418-201ENSMUST00000186162 647 ntTSL 5 BASIC11.23□□□□□ -0.61
Usp4P35123 Pmvk-204ENSMUST00000198440 978 ntTSL 1 (best) BASIC11.23□□□□□ -0.61
Retrieved 100 of 76,532 protein–RNA pairs in 46.3 ms