Protein–RNA interactions for Protein: Q62226

Shh, Sonic hedgehog protein, mousemouse

Predictions only

Length 437 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (Experimental data)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
ShhQ62226 2310015A10Rik-201ENSMUST00000180643 1399 ntTSL 1 (best) BASIC18.59■□□□□ 0.57
ShhQ62226 Glrx5-201ENSMUST00000021522 2925 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.59■□□□□ 0.57
ShhQ62226 Bex4-201ENSMUST00000116527 837 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.59■□□□□ 0.57
ShhQ62226 Slc25a38-201ENSMUST00000035106 1791 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.59■□□□□ 0.57
ShhQ62226 Bdh1-201ENSMUST00000089759 1711 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.59■□□□□ 0.57
ShhQ62226 B3galnt1-201ENSMUST00000061826 2028 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.59■□□□□ 0.57
ShhQ62226 Csf2ra-201ENSMUST00000076046 1849 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.58■□□□□ 0.57
ShhQ62226 Atg3-201ENSMUST00000023343 2057 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.58■□□□□ 0.57
ShhQ62226 Raph1-202ENSMUST00000090293 2409 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC18.58■□□□□ 0.57
ShhQ62226 Romo1-202ENSMUST00000109597 550 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.58■□□□□ 0.56
ShhQ62226 Tmbim6-202ENSMUST00000159209 944 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC18.58■□□□□ 0.56
ShhQ62226 Gm27027-201ENSMUST00000183110 547 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC18.58■□□□□ 0.56
ShhQ62226 Dtd2-202ENSMUST00000085404 1012 ntTSL 1 (best) BASIC18.58■□□□□ 0.56
ShhQ62226 Gm21988-202ENSMUST00000176268 1621 ntAPPRIS P5 TSL 5 BASIC18.58■□□□□ 0.56
ShhQ62226 Kcnk1-201ENSMUST00000046765 2235 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.58■□□□□ 0.56
ShhQ62226 Ccr10-201ENSMUST00000062759 1726 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.57■□□□□ 0.56
ShhQ62226 Fbxw2-201ENSMUST00000028220 2030 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.57■□□□□ 0.56
ShhQ62226 Gm5913-201ENSMUST00000119397 1399 ntBASIC18.57■□□□□ 0.56
ShhQ62226 2310022A10Rik-205ENSMUST00000187960 1989 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC18.57■□□□□ 0.56
ShhQ62226 Avl9-203ENSMUST00000177249 1614 ntTSL 1 (best) BASIC18.57■□□□□ 0.56
ShhQ62226 Taf3-203ENSMUST00000114907 695 ntTSL 1 (best) BASIC18.57■□□□□ 0.56
ShhQ62226 Josd2-211ENSMUST00000134398 563 ntTSL 5 BASIC18.57■□□□□ 0.56
ShhQ62226 Cdkn2a-201ENSMUST00000060501 852 ntTSL 1 (best) BASIC18.57■□□□□ 0.56
ShhQ62226 Homer1-206ENSMUST00000109493 2580 ntTSL 5 BASIC18.57■□□□□ 0.56
ShhQ62226 Magi3-201ENSMUST00000064371 6640 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC18.57■□□□□ 0.56
ShhQ62226 Rnf26-206ENSMUST00000216511 2257 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC18.57■□□□□ 0.56
ShhQ62226 5031439G07Rik-201ENSMUST00000047144 6845 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.57■□□□□ 0.56
ShhQ62226 Spast-202ENSMUST00000224711 2066 ntAPPRIS ALT2 BASIC18.56■□□□□ 0.56
ShhQ62226 Junb-201ENSMUST00000064922 1809 ntAPPRIS P1 BASIC18.56■□□□□ 0.56
ShhQ62226 Smox-202ENSMUST00000110179 1320 ntTSL 1 (best) BASIC18.56■□□□□ 0.56
ShhQ62226 Arl10-201ENSMUST00000026988 1046 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.56■□□□□ 0.56
ShhQ62226 Tmcc1-202ENSMUST00000088896 5838 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC18.56■□□□□ 0.56
ShhQ62226 Pnrc1-201ENSMUST00000049357 1648 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.56■□□□□ 0.56
ShhQ62226 Rasa1-201ENSMUST00000109552 4563 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.56■□□□□ 0.56
ShhQ62226 Irx5-202ENSMUST00000210246 2550 ntTSL 5 BASIC18.55■□□□□ 0.56
ShhQ62226 Amh-201ENSMUST00000036016 1670 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.55■□□□□ 0.56
ShhQ62226 Rell2-204ENSMUST00000163591 1057 ntTSL 5 BASIC18.55■□□□□ 0.56
ShhQ62226 Rtn4-210ENSMUST00000170731 1272 ntTSL 1 (best) BASIC18.55■□□□□ 0.56
ShhQ62226 Prr3-204ENSMUST00000172900 439 ntTSL 2 BASIC18.55■□□□□ 0.56
ShhQ62226 Gm42569-201ENSMUST00000200539 472 ntBASIC18.55■□□□□ 0.56
ShhQ62226 Gm5475-201ENSMUST00000132119 2608 ntAPPRIS P5 TSL 1 (best) BASIC18.55■□□□□ 0.56
ShhQ62226 Fam193b-201ENSMUST00000021957 4341 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.55■□□□□ 0.56
ShhQ62226 Nabp2-202ENSMUST00000164199 1371 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.55■□□□□ 0.56
ShhQ62226 Slbp-201ENSMUST00000057551 1906 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC18.55■□□□□ 0.56
ShhQ62226 Wrnip1-201ENSMUST00000021832 2633 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.54■□□□□ 0.56
ShhQ62226 Prkar1b-201ENSMUST00000026973 2637 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.54■□□□□ 0.56
ShhQ62226 Bsg-201ENSMUST00000067036 1526 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.54■□□□□ 0.56
ShhQ62226 E530011L22Rik-202ENSMUST00000216791 2007 ntTSL 1 (best) BASIC18.54■□□□□ 0.56
ShhQ62226 Kazald1-202ENSMUST00000111948 1625 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.54■□□□□ 0.56
ShhQ62226 Fbxl21-202ENSMUST00000121095 798 ntTSL 1 (best) BASIC18.54■□□□□ 0.56
ShhQ62226 Wnt16-203ENSMUST00000148639 1168 ntTSL 1 (best) BASIC18.54■□□□□ 0.56
ShhQ62226 Hist2h3c2-201ENSMUST00000167403 1020 ntAPPRIS P1 BASIC18.54■□□□□ 0.56
ShhQ62226 Gm27405-201ENSMUST00000184201 112 ntBASIC18.54■□□□□ 0.56
ShhQ62226 Serbp1-212ENSMUST00000204294 717 ntTSL 5 BASIC18.54■□□□□ 0.56
ShhQ62226 Actr3b-201ENSMUST00000088244 1712 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.54■□□□□ 0.56
ShhQ62226 Snhg20-203ENSMUST00000182811 2153 ntBASIC18.54■□□□□ 0.56
ShhQ62226 Snx21-204ENSMUST00000172577 1825 ntTSL 2 BASIC18.53■□□□□ 0.56
ShhQ62226 Ccdc85b-201ENSMUST00000179549 609 ntAPPRIS P1 BASIC18.53■□□□□ 0.56
ShhQ62226 Dleu2-211ENSMUST00000183066 788 ntTSL 3 BASIC18.53■□□□□ 0.56
ShhQ62226 Fam168b-208ENSMUST00000191307 844 ntTSL 2 BASIC18.53■□□□□ 0.56
ShhQ62226 Wdr70-203ENSMUST00000227371 1130 ntBASIC18.53■□□□□ 0.56
ShhQ62226 Gm9870-201ENSMUST00000063874 645 ntBASIC18.53■□□□□ 0.56
ShhQ62226 Mxi1-202ENSMUST00000025998 4996 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.53■□□□□ 0.56
ShhQ62226 Rem1-201ENSMUST00000000369 1663 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.53■□□□□ 0.56
ShhQ62226 Acot3-203ENSMUST00000223080 1545 ntTSL 1 (best) BASIC18.53■□□□□ 0.56
ShhQ62226 Dusp28-201ENSMUST00000060913 1314 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.52■□□□□ 0.56
ShhQ62226 Dedd-204ENSMUST00000111300 2563 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.52■□□□□ 0.56
ShhQ62226 Mvb12b-201ENSMUST00000041555 4998 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.52■□□□□ 0.56
ShhQ62226 Pigp-204ENSMUST00000113914 912 ntTSL 1 (best) BASIC18.52■□□□□ 0.56
ShhQ62226 Ssbp1-205ENSMUST00000121360 1188 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.52■□□□□ 0.56
ShhQ62226 Usf2-211ENSMUST00000172417 648 ntTSL 5 BASIC18.52■□□□□ 0.56
ShhQ62226 Cenpb-201ENSMUST00000089510 4886 ntAPPRIS P1 BASIC18.52■□□□□ 0.56
ShhQ62226 Snx5-201ENSMUST00000028909 2419 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.52■□□□□ 0.55
ShhQ62226 Mapk11-201ENSMUST00000088823 2440 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.52■□□□□ 0.55
ShhQ62226 Fam91a1-201ENSMUST00000037270 5560 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.51■□□□□ 0.55
ShhQ62226 Fbxo24-201ENSMUST00000031732 2161 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.51■□□□□ 0.55
ShhQ62226 Cep78-201ENSMUST00000047704 2548 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.51■□□□□ 0.55
ShhQ62226 Fance-202ENSMUST00000114801 1751 ntTSL 1 (best) BASIC18.51■□□□□ 0.55
ShhQ62226 Mpig6b-202ENSMUST00000174190 729 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.51■□□□□ 0.55
ShhQ62226 Gm36210-201ENSMUST00000210663 1279 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC18.51■□□□□ 0.55
ShhQ62226 Gltpd2-201ENSMUST00000057685 1216 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC18.51■□□□□ 0.55
ShhQ62226 Krtap5-3-201ENSMUST00000084414 1074 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC18.51■□□□□ 0.55
ShhQ62226 Hist1h2ao-201ENSMUST00000091745 480 ntAPPRIS P1 BASIC18.51■□□□□ 0.55
ShhQ62226 Vamp4-204ENSMUST00000135241 1461 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.51■□□□□ 0.55
ShhQ62226 Art1-201ENSMUST00000033300 1425 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.5■□□□□ 0.55
ShhQ62226 Cntfr-203ENSMUST00000102961 1995 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.5■□□□□ 0.55
ShhQ62226 Hira-201ENSMUST00000004222 4218 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.5■□□□□ 0.55
ShhQ62226 1700001C19Rik-201ENSMUST00000061885 1622 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC18.5■□□□□ 0.55
ShhQ62226 Rnf187-202ENSMUST00000217262 711 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC18.5■□□□□ 0.55
ShhQ62226 Cnpy3-201ENSMUST00000059844 1908 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.5■□□□□ 0.55
ShhQ62226 Notum-203ENSMUST00000106178 2012 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.5■□□□□ 0.55
ShhQ62226 Hnrnpa3-204ENSMUST00000111964 1654 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC18.5■□□□□ 0.55
ShhQ62226 Ipmk-201ENSMUST00000079252 5447 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC18.49■□□□□ 0.55
ShhQ62226 Ubtd1-201ENSMUST00000026170 1527 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.49■□□□□ 0.55
ShhQ62226 Gm43653-201ENSMUST00000198136 1608 ntTSL 3 BASIC18.49■□□□□ 0.55
ShhQ62226 Sp5-201ENSMUST00000100043 2100 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.49■□□□□ 0.55
ShhQ62226 Slc9a3r2-201ENSMUST00000002572 2118 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.49■□□□□ 0.55
ShhQ62226 Rpusd3-204ENSMUST00000129047 1045 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC18.49■□□□□ 0.55
ShhQ62226 Gm27011-201ENSMUST00000182352 972 ntBASIC18.49■□□□□ 0.55
ShhQ62226 Gins3-202ENSMUST00000212434 654 ntTSL 2 BASIC18.49■□□□□ 0.55
Retrieved 100 of 76,532 protein–RNA pairs in 17.2 ms