Protein–RNA interactions for Protein: Q4QRL3

Ccdc88b, Coiled-coil domain-containing protein 88B, mousemouse

Predictions only

Length 1,481 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (Experimental data)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
Ccdc88bQ4QRL3 Rhob-201ENSMUST00000067384 2349 ntAPPRIS P1 BASIC33.2■■■□□ 2.9
Ccdc88bQ4QRL3 Acot5-202ENSMUST00000072505 1401 ntTSL 1 (best) BASIC33.2■■■□□ 2.9
Ccdc88bQ4QRL3 Arl10-201ENSMUST00000026988 1046 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC33.19■■■□□ 2.9
Ccdc88bQ4QRL3 Carm1-203ENSMUST00000115395 3152 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC33.19■■■□□ 2.9
Ccdc88bQ4QRL3 Rrad-201ENSMUST00000034351 1577 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC33.19■■■□□ 2.9
Ccdc88bQ4QRL3 Tmbim4-201ENSMUST00000020446 904 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC33.18■■■□□ 2.9
Ccdc88bQ4QRL3 Tmem147-201ENSMUST00000006478 870 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC33.18■■■□□ 2.9
Ccdc88bQ4QRL3 AC161052.2-201ENSMUST00000220969 1375 ntTSL 5 BASIC33.18■■■□□ 2.9
Ccdc88bQ4QRL3 Cep78-201ENSMUST00000047704 2548 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC33.18■■■□□ 2.9
Ccdc88bQ4QRL3 Gm45890-202ENSMUST00000212188 1052 ntTSL 1 (best) BASIC33.18■■■□□ 2.9
Ccdc88bQ4QRL3 Tpst2-202ENSMUST00000071455 1741 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC33.17■■■□□ 2.9
Ccdc88bQ4QRL3 Ndufaf1-202ENSMUST00000110801 1478 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC33.17■■■□□ 2.9
Ccdc88bQ4QRL3 Wdsub1-202ENSMUST00000102751 1526 ntTSL 1 (best) BASIC33.16■■■□□ 2.9
Ccdc88bQ4QRL3 Tial1-209ENSMUST00000141126 1344 ntTSL 5 BASIC33.16■■■□□ 2.9
Ccdc88bQ4QRL3 Cdkn1c-201ENSMUST00000037287 1901 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC33.15■■■□□ 2.9
Ccdc88bQ4QRL3 Fgfrl1-202ENSMUST00000112560 2318 ntTSL 1 (best) BASIC33.14■■■□□ 2.9
Ccdc88bQ4QRL3 Zbtb7a-204ENSMUST00000121840 1676 ntTSL 1 (best) BASIC33.14■■■□□ 2.9
Ccdc88bQ4QRL3 Gm17641-201ENSMUST00000166328 2350 ntBASIC33.14■■■□□ 2.9
Ccdc88bQ4QRL3 Pi4kb-207ENSMUST00000167008 1962 ntTSL 1 (best) BASIC33.14■■■□□ 2.9
Ccdc88bQ4QRL3 Gm27405-201ENSMUST00000184201 112 ntBASIC33.14■■■□□ 2.9
Ccdc88bQ4QRL3 Hgfac-206ENSMUST00000202573 434 ntTSL 5 BASIC33.14■■■□□ 2.9
Ccdc88bQ4QRL3 Gyg-201ENSMUST00000118015 1922 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC33.14■■■□□ 2.9
Ccdc88bQ4QRL3 Ugdh-201ENSMUST00000031103 2550 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC33.14■■■□□ 2.9
Ccdc88bQ4QRL3 Kcnj12-202ENSMUST00000089184 2291 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC33.14■■■□□ 2.9
Ccdc88bQ4QRL3 Stac3-201ENSMUST00000035839 1790 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC33.13■■■□□ 2.89
Ccdc88bQ4QRL3 Ube2q1-201ENSMUST00000038356 3077 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC33.12■■■□□ 2.89
Ccdc88bQ4QRL3 Fam60a-202ENSMUST00000081956 2737 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC33.12■■■□□ 2.89
Ccdc88bQ4QRL3 Pianp-204ENSMUST00000160704 1116 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC33.12■■■□□ 2.89
Ccdc88bQ4QRL3 Gm42569-201ENSMUST00000200539 472 ntBASIC33.12■■■□□ 2.89
Ccdc88bQ4QRL3 Zbtb11os1-201ENSMUST00000186480 1350 ntBASIC33.11■■■□□ 2.89
Ccdc88bQ4QRL3 Nrarp-201ENSMUST00000104999 2582 ntAPPRIS P1 BASIC33.11■■■□□ 2.89
Ccdc88bQ4QRL3 Meg3-207ENSMUST00000143836 1896 ntTSL 1 (best) BASIC33.11■■■□□ 2.89
Ccdc88bQ4QRL3 Galr2-201ENSMUST00000055872 1940 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC33.11■■■□□ 2.89
Ccdc88bQ4QRL3 Kif1bp-201ENSMUST00000065887 2472 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC33.11■■■□□ 2.89
Ccdc88bQ4QRL3 Gpx1-202ENSMUST00000191997 787 ntTSL 2 BASIC33.11■■■□□ 2.89
Ccdc88bQ4QRL3 Gpx1-201ENSMUST00000082429 1072 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC33.11■■■□□ 2.89
Ccdc88bQ4QRL3 Aktip-202ENSMUST00000120213 2200 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC33.1■■■□□ 2.89
Ccdc88bQ4QRL3 Grtp1-207ENSMUST00000211128 1416 ntTSL 1 (best) BASIC33.1■■■□□ 2.89
Ccdc88bQ4QRL3 Gm37179-201ENSMUST00000194862 823 ntBASIC33.1■■■□□ 2.89
Ccdc88bQ4QRL3 Gfra4-201ENSMUST00000028787 909 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC33.1■■■□□ 2.89
Ccdc88bQ4QRL3 Gm10153-201ENSMUST00000084415 522 ntTSL 5 BASIC33.09■■■□□ 2.89
Ccdc88bQ4QRL3 Hist1h2ag-201ENSMUST00000091741 485 ntAPPRIS P1 BASIC33.09■■■□□ 2.89
Ccdc88bQ4QRL3 Dalrd3-201ENSMUST00000019183 1746 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC33.09■■■□□ 2.89
Ccdc88bQ4QRL3 Whrn-204ENSMUST00000095037 2419 ntTSL 1 (best) BASIC33.09■■■□□ 2.89
Ccdc88bQ4QRL3 Fah-201ENSMUST00000032865 1585 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC33.08■■■□□ 2.89
Ccdc88bQ4QRL3 Trim47-201ENSMUST00000021120 2204 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC33.08■■■□□ 2.89
Ccdc88bQ4QRL3 Grap-201ENSMUST00000004959 1662 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC33.08■■■□□ 2.89
Ccdc88bQ4QRL3 Hpca-204ENSMUST00000116444 1847 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC33.08■■■□□ 2.89
Ccdc88bQ4QRL3 Bcl11b-202ENSMUST00000109887 2522 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC33.08■■■□□ 2.89
Ccdc88bQ4QRL3 Hist2h3c2-201ENSMUST00000167403 1020 ntAPPRIS P1 BASIC33.08■■■□□ 2.89
Ccdc88bQ4QRL3 Gm42642-201ENSMUST00000200683 355 ntBASIC33.08■■■□□ 2.89
Ccdc88bQ4QRL3 Hpse-202ENSMUST00000112908 1958 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC33.08■■■□□ 2.89
Ccdc88bQ4QRL3 Gnb5-206ENSMUST00000215875 2105 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC33.08■■■□□ 2.89
Ccdc88bQ4QRL3 Chrac1-201ENSMUST00000089765 871 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC33.07■■■□□ 2.88
Ccdc88bQ4QRL3 Plk5-202ENSMUST00000105351 2100 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC33.07■■■□□ 2.88
Ccdc88bQ4QRL3 Plk5-201ENSMUST00000039836 2112 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC33.07■■■□□ 2.88
Ccdc88bQ4QRL3 Lzts2-202ENSMUST00000178087 2773 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC33.07■■■□□ 2.88
Ccdc88bQ4QRL3 Spaca1-201ENSMUST00000029927 1197 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC33.06■■■□□ 2.88
Ccdc88bQ4QRL3 Cox4i1-201ENSMUST00000034276 745 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC33.06■■■□□ 2.88
Ccdc88bQ4QRL3 Spaca1-202ENSMUST00000084734 1149 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC33.06■■■□□ 2.88
Ccdc88bQ4QRL3 Mapk11-201ENSMUST00000088823 2440 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC33.06■■■□□ 2.88
Ccdc88bQ4QRL3 Bfsp1-202ENSMUST00000099296 2160 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC33.06■■■□□ 2.88
Ccdc88bQ4QRL3 Rhbdd3-201ENSMUST00000036320 1790 ntTSL 1 (best) BASIC33.06■■■□□ 2.88
Ccdc88bQ4QRL3 Ppp1r12c-201ENSMUST00000013886 2983 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC33.06■■■□□ 2.88
Ccdc88bQ4QRL3 Emc6-202ENSMUST00000108480 563 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC33.05■■■□□ 2.88
Ccdc88bQ4QRL3 Gas5-217ENSMUST00000161005 430 ntTSL 5 BASIC33.05■■■□□ 2.88
Ccdc88bQ4QRL3 E030030I06Rik-201ENSMUST00000069372 876 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC33.05■■■□□ 2.88
Ccdc88bQ4QRL3 Rnaset2b-202ENSMUST00000179728 2448 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC33.05■■■□□ 2.88
Ccdc88bQ4QRL3 Mrpl52-204ENSMUST00000199195 463 ntTSL 1 (best) BASIC33.05■■■□□ 2.88
Ccdc88bQ4QRL3 Ints11-201ENSMUST00000030901 2368 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC33.04■■■□□ 2.88
Ccdc88bQ4QRL3 Nars2-202ENSMUST00000107159 1777 ntTSL 5 BASIC33.04■■■□□ 2.88
Ccdc88bQ4QRL3 Ndufaf1-201ENSMUST00000028768 1451 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC33.03■■■□□ 2.88
Ccdc88bQ4QRL3 Ubxn2a-203ENSMUST00000142867 2146 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC33.03■■■□□ 2.88
Ccdc88bQ4QRL3 L3mbtl4-201ENSMUST00000093007 2445 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC33.03■■■□□ 2.88
Ccdc88bQ4QRL3 Spsb3-209ENSMUST00000168265 1953 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC33.03■■■□□ 2.88
Ccdc88bQ4QRL3 Gm9780-201ENSMUST00000184272 350 ntTSL 2 BASIC33.03■■■□□ 2.88
Ccdc88bQ4QRL3 Cpsf4-202ENSMUST00000160422 1756 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC33.03■■■□□ 2.88
Ccdc88bQ4QRL3 Prdm13-201ENSMUST00000076206 2993 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC33.02■■■□□ 2.88
Ccdc88bQ4QRL3 Cirbp-202ENSMUST00000105365 1321 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC33.02■■■□□ 2.88
Ccdc88bQ4QRL3 Moap1-201ENSMUST00000173760 1312 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC33.02■■■□□ 2.88
Ccdc88bQ4QRL3 H2-Ke6-201ENSMUST00000045467 965 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC33.02■■■□□ 2.88
Ccdc88bQ4QRL3 Gpr160-204ENSMUST00000108261 2213 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC33.02■■■□□ 2.88
Ccdc88bQ4QRL3 Hnrnpab-203ENSMUST00000109103 1437 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC33.02■■■□□ 2.88
Ccdc88bQ4QRL3 Klc3-204ENSMUST00000108459 1849 ntTSL 1 (best) BASIC33.02■■■□□ 2.88
Ccdc88bQ4QRL3 Gm12504-201ENSMUST00000120860 2231 ntBASIC33.01■■■□□ 2.88
Ccdc88bQ4QRL3 Zfp639-202ENSMUST00000191783 1988 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC33.01■■■□□ 2.88
Ccdc88bQ4QRL3 Adamtsl5-202ENSMUST00000105352 989 ntTSL 1 (best) BASIC33.01■■■□□ 2.88
Ccdc88bQ4QRL3 Hmgn2-204ENSMUST00000105893 973 ntTSL 3 BASIC33.01■■■□□ 2.88
Ccdc88bQ4QRL3 Gfra4-205ENSMUST00000110239 810 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC33.01■■■□□ 2.88
Ccdc88bQ4QRL3 Dpyd-204ENSMUST00000149101 531 ntTSL 3 BASIC33.01■■■□□ 2.88
Ccdc88bQ4QRL3 Rsrc1-202ENSMUST00000065047 2736 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC33.01■■■□□ 2.88
Ccdc88bQ4QRL3 Gdf15-202ENSMUST00000110103 1380 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC33.01■■■□□ 2.87
Ccdc88bQ4QRL3 5730488B01Rik-201ENSMUST00000192889 2311 ntBASIC33.01■■■□□ 2.87
Ccdc88bQ4QRL3 Tead4-202ENSMUST00000112157 1909 ntTSL 1 (best) BASIC33.01■■■□□ 2.87
Ccdc88bQ4QRL3 D030056L22Rik-201ENSMUST00000055792 1631 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC33■■■□□ 2.87
Ccdc88bQ4QRL3 Slc35b2-201ENSMUST00000041353 2326 ntTSL 1 (best) BASIC33■■■□□ 2.87
Ccdc88bQ4QRL3 Ubl4a-206ENSMUST00000155676 2442 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC33■■■□□ 2.87
Ccdc88bQ4QRL3 Ccdc85b-201ENSMUST00000179549 609 ntAPPRIS P1 BASIC32.99■■■□□ 2.87
Ccdc88bQ4QRL3 Nfix-201ENSMUST00000076715 1403 ntTSL 1 (best) BASIC32.99■■■□□ 2.87
Ccdc88bQ4QRL3 Gab2-202ENSMUST00000206791 2065 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC32.99■■■□□ 2.87
Retrieved 100 of 76,532 protein–RNA pairs in 21.3 ms