Protein–RNA interactions for Protein: Q3UDK1

Trafd1, TRAF-type zinc finger domain-containing protein 1, mousemouse

Predictions only

Length 580 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (Experimental data)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
Trafd1Q3UDK1 Hoxc11-201ENSMUST00000001701 2021 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.96■□□□□ 0.79
Trafd1Q3UDK1 Rbm38-201ENSMUST00000029014 1768 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.95■□□□□ 0.78
Trafd1Q3UDK1 Ipp-202ENSMUST00000106479 2118 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.95■□□□□ 0.78
Trafd1Q3UDK1 Syce3-201ENSMUST00000109314 448 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.95■□□□□ 0.78
Trafd1Q3UDK1 Smox-206ENSMUST00000110183 1159 ntTSL 1 (best) BASIC19.95■□□□□ 0.78
Trafd1Q3UDK1 Kcnip2-201ENSMUST00000026247 1203 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC19.95■□□□□ 0.78
Trafd1Q3UDK1 Ipp-201ENSMUST00000030461 2115 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC19.95■□□□□ 0.78
Trafd1Q3UDK1 E4f1-201ENSMUST00000056032 2574 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC19.95■□□□□ 0.78
Trafd1Q3UDK1 Aatf-201ENSMUST00000018841 1822 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.95■□□□□ 0.78
Trafd1Q3UDK1 2210011C24Rik-204ENSMUST00000190457 1351 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.95■□□□□ 0.78
Trafd1Q3UDK1 Gpr137c-207ENSMUST00000227086 4997 ntAPPRIS ALT2 BASIC19.94■□□□□ 0.78
Trafd1Q3UDK1 Man2c1os-201ENSMUST00000125333 1910 ntTSL 1 (best) BASIC19.94■□□□□ 0.78
Trafd1Q3UDK1 Clasp2-211ENSMUST00000216817 2234 ntTSL 1 (best) BASIC19.94■□□□□ 0.78
Trafd1Q3UDK1 Tlx2-201ENSMUST00000089641 1236 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.94■□□□□ 0.78
Trafd1Q3UDK1 Dlg3-202ENSMUST00000087984 4956 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.94■□□□□ 0.78
Trafd1Q3UDK1 Mgat1-213ENSMUST00000167400 3151 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC19.94■□□□□ 0.78
Trafd1Q3UDK1 Gm26837-201ENSMUST00000180821 2110 ntTSL 5 BASIC19.94■□□□□ 0.78
Trafd1Q3UDK1 Kif27-203ENSMUST00000225388 5121 ntAPPRIS P1 BASIC19.93■□□□□ 0.78
Trafd1Q3UDK1 Pds5a-209ENSMUST00000201948 8934 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC19.93■□□□□ 0.78
Trafd1Q3UDK1 Mtfmt-201ENSMUST00000074792 2042 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.93■□□□□ 0.78
Trafd1Q3UDK1 Fgfrl1-202ENSMUST00000112560 2318 ntTSL 1 (best) BASIC19.93■□□□□ 0.78
Trafd1Q3UDK1 Ddost-201ENSMUST00000030538 2120 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.93■□□□□ 0.78
Trafd1Q3UDK1 Txnrd2-201ENSMUST00000115604 1235 ntTSL 1 (best) BASIC19.93■□□□□ 0.78
Trafd1Q3UDK1 Bex1-201ENSMUST00000058125 866 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.93■□□□□ 0.78
Trafd1Q3UDK1 Maz-203ENSMUST00000205568 2650 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC19.93■□□□□ 0.78
Trafd1Q3UDK1 Zfp213-201ENSMUST00000095606 2672 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.93■□□□□ 0.78
Trafd1Q3UDK1 Rab28-203ENSMUST00000201422 1697 ntTSL 5 BASIC19.93■□□□□ 0.78
Trafd1Q3UDK1 Gpatch3-201ENSMUST00000030662 2004 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.93■□□□□ 0.78
Trafd1Q3UDK1 Rhov-201ENSMUST00000037360 1703 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.93■□□□□ 0.78
Trafd1Q3UDK1 Brsk2-205ENSMUST00000172652 2501 ntTSL 5 BASIC19.93■□□□□ 0.78
Trafd1Q3UDK1 Gp1bb-202ENSMUST00000167388 1847 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC19.92■□□□□ 0.78
Trafd1Q3UDK1 Krt76-201ENSMUST00000100179 2312 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.92■□□□□ 0.78
Trafd1Q3UDK1 Ttc36-201ENSMUST00000044694 888 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.92■□□□□ 0.78
Trafd1Q3UDK1 Cers1-203ENSMUST00000165819 2728 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC19.92■□□□□ 0.78
Trafd1Q3UDK1 Foxd1-201ENSMUST00000105098 5064 ntAPPRIS P1 BASIC19.92■□□□□ 0.78
Trafd1Q3UDK1 Gm43909-201ENSMUST00000203443 1876 ntBASIC19.92■□□□□ 0.78
Trafd1Q3UDK1 Mrps16-201ENSMUST00000061444 2572 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.91■□□□□ 0.78
Trafd1Q3UDK1 Noa1-201ENSMUST00000047860 2288 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.91■□□□□ 0.78
Trafd1Q3UDK1 Ube2e3-202ENSMUST00000121433 1235 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC19.91■□□□□ 0.78
Trafd1Q3UDK1 Arpp19-206ENSMUST00000168301 599 ntTSL 5 BASIC19.91■□□□□ 0.78
Trafd1Q3UDK1 Eif2b4-202ENSMUST00000114603 1966 ntTSL 1 (best) BASIC19.91■□□□□ 0.78
Trafd1Q3UDK1 Timm8a1-201ENSMUST00000054213 1421 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.91■□□□□ 0.78
Trafd1Q3UDK1 Stx18-202ENSMUST00000042146 1473 ntTSL 1 (best) BASIC19.91■□□□□ 0.78
Trafd1Q3UDK1 Kndc1-202ENSMUST00000121839 2210 ntTSL 2 BASIC19.91■□□□□ 0.78
Trafd1Q3UDK1 Dedd2-201ENSMUST00000058702 1828 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.9■□□□□ 0.78
Trafd1Q3UDK1 Stau2-201ENSMUST00000027052 2763 ntTSL 1 (best) BASIC19.9■□□□□ 0.78
Trafd1Q3UDK1 Rab3il1-201ENSMUST00000113161 2225 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC19.9■□□□□ 0.78
Trafd1Q3UDK1 Mreg-201ENSMUST00000048860 2284 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.9■□□□□ 0.78
Trafd1Q3UDK1 Smox-205ENSMUST00000110182 985 ntTSL 1 (best) BASIC19.9■□□□□ 0.78
Trafd1Q3UDK1 Zfp346-202ENSMUST00000159147 1146 ntTSL 5 BASIC19.9■□□□□ 0.78
Trafd1Q3UDK1 Smad2-205ENSMUST00000168423 2857 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC19.9■□□□□ 0.78
Trafd1Q3UDK1 Zmym3-202ENSMUST00000117637 1593 ntTSL 1 (best) BASIC19.9■□□□□ 0.78
Trafd1Q3UDK1 Ppp1r16a-201ENSMUST00000037551 2692 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.89■□□□□ 0.78
Trafd1Q3UDK1 Kdm1a-203ENSMUST00000116273 3008 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC19.89■□□□□ 0.78
Trafd1Q3UDK1 Rapgefl1-202ENSMUST00000107479 4855 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC19.89■□□□□ 0.77
Trafd1Q3UDK1 Hpse-202ENSMUST00000112908 1958 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC19.89■□□□□ 0.77
Trafd1Q3UDK1 Arfrp1-203ENSMUST00000127988 2447 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.89■□□□□ 0.77
Trafd1Q3UDK1 Cpsf4-202ENSMUST00000160422 1756 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC19.89■□□□□ 0.77
Trafd1Q3UDK1 Wnt11-205ENSMUST00000167303 1792 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.89■□□□□ 0.77
Trafd1Q3UDK1 Trmt61a-202ENSMUST00000168338 2131 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC19.89■□□□□ 0.77
Trafd1Q3UDK1 Slc35b2-201ENSMUST00000041353 2326 ntTSL 1 (best) BASIC19.89■□□□□ 0.77
Trafd1Q3UDK1 Exosc4-201ENSMUST00000059045 1796 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.89■□□□□ 0.77
Trafd1Q3UDK1 Cdc42ep5-201ENSMUST00000076831 1025 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.89■□□□□ 0.77
Trafd1Q3UDK1 Kcnip3-202ENSMUST00000088538 1296 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.89■□□□□ 0.77
Trafd1Q3UDK1 Hs2st1-201ENSMUST00000043325 6177 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.88■□□□□ 0.77
Trafd1Q3UDK1 Vamp4-204ENSMUST00000135241 1461 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.88■□□□□ 0.77
Trafd1Q3UDK1 Pgp-201ENSMUST00000053024 1027 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.88■□□□□ 0.77
Trafd1Q3UDK1 Rnpep-201ENSMUST00000074357 2171 ntTSL 1 (best) BASIC19.88■□□□□ 0.77
Trafd1Q3UDK1 Slc16a10-201ENSMUST00000092566 5397 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.88■□□□□ 0.77
Trafd1Q3UDK1 Clip1-205ENSMUST00000111566 6133 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC19.87■□□□□ 0.77
Trafd1Q3UDK1 Pde6d-203ENSMUST00000146220 879 ntTSL 2 BASIC19.87■□□□□ 0.77
Trafd1Q3UDK1 Pbx1-201ENSMUST00000064438 1020 ntTSL 1 (best) BASIC19.87■□□□□ 0.77
Trafd1Q3UDK1 Ak2-202ENSMUST00000102604 1781 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC19.87■□□□□ 0.77
Trafd1Q3UDK1 Uckl1os-201ENSMUST00000122831 2018 ntTSL 1 (best) BASIC19.86■□□□□ 0.77
Trafd1Q3UDK1 Tesmin-204ENSMUST00000151341 2013 ntTSL 1 (best) BASIC19.86■□□□□ 0.77
Trafd1Q3UDK1 Cbfb-202ENSMUST00000109392 2891 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC19.86■□□□□ 0.77
Trafd1Q3UDK1 Pacsin2-201ENSMUST00000056177 2795 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.86■□□□□ 0.77
Trafd1Q3UDK1 Pgk1-201ENSMUST00000081593 1825 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.86■□□□□ 0.77
Trafd1Q3UDK1 Slc36a4-202ENSMUST00000115588 1745 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC19.86■□□□□ 0.77
Trafd1Q3UDK1 Gm27151-202ENSMUST00000185015 1145 ntTSL 5 BASIC19.86■□□□□ 0.77
Trafd1Q3UDK1 Bloc1s4-201ENSMUST00000071949 1273 ntAPPRIS P1 BASIC19.86■□□□□ 0.77
Trafd1Q3UDK1 Pou2f2-210ENSMUST00000176408 1697 ntTSL 5 BASIC19.86■□□□□ 0.77
Trafd1Q3UDK1 Cbfb-201ENSMUST00000052209 2883 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC19.86■□□□□ 0.77
Trafd1Q3UDK1 Matr3-209ENSMUST00000188275 1951 ntTSL 5 BASIC19.86■□□□□ 0.77
Trafd1Q3UDK1 Prmt8-201ENSMUST00000032500 2724 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.86■□□□□ 0.77
Trafd1Q3UDK1 Znhit6-201ENSMUST00000098534 2339 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC19.86■□□□□ 0.77
Trafd1Q3UDK1 Hmg20b-203ENSMUST00000105324 1540 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.86■□□□□ 0.77
Trafd1Q3UDK1 Whrn-204ENSMUST00000095037 2419 ntTSL 1 (best) BASIC19.85■□□□□ 0.77
Trafd1Q3UDK1 Aadat-201ENSMUST00000079472 1972 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC19.85■□□□□ 0.77
Trafd1Q3UDK1 Kcnn4-202ENSMUST00000205428 1945 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.85■□□□□ 0.77
Trafd1Q3UDK1 Gadd45a-207ENSMUST00000204369 716 ntTSL 5 BASIC19.85■□□□□ 0.77
Trafd1Q3UDK1 Gnb2-201ENSMUST00000031726 1860 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.85■□□□□ 0.77
Trafd1Q3UDK1 Prmt1-202ENSMUST00000107843 1508 ntTSL 1 (best) BASIC19.85■□□□□ 0.77
Trafd1Q3UDK1 Adssl1-202ENSMUST00000180015 1819 ntTSL 1 (best) BASIC19.85■□□□□ 0.77
Trafd1Q3UDK1 Rbm38-204ENSMUST00000173393 2071 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC19.85■□□□□ 0.77
Trafd1Q3UDK1 Gm43545-201ENSMUST00000196765 2779 ntBASIC19.84■□□□□ 0.77
Trafd1Q3UDK1 Gyg-201ENSMUST00000118015 1922 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC19.84■□□□□ 0.77
Trafd1Q3UDK1 Htr6-201ENSMUST00000068036 1362 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.84■□□□□ 0.77
Trafd1Q3UDK1 Zfp777-202ENSMUST00000114583 3111 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC19.84■□□□□ 0.77
Trafd1Q3UDK1 Gm40881-201ENSMUST00000223397 166 ntBASIC19.84■□□□□ 0.77
Retrieved 100 of 76,532 protein–RNA pairs in 30.3 ms