Protein–RNA interactions for Protein: Q9CQ56

Use1, Vesicle transport protein USE1, mousemouse

Predictions only

Length 270 aa.

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Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (Experimental data)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
Use1Q9CQ56 Lig3-212ENSMUST00000173727 3636 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC10.18□□□□□ -0.78
Use1Q9CQ56 G3bp1-201ENSMUST00000018727 6703 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC10.18□□□□□ -0.78
Use1Q9CQ56 Rnf121-203ENSMUST00000106953 2545 ntTSL 1 (best) BASIC10.17□□□□□ -0.78
Use1Q9CQ56 Gm13694-201ENSMUST00000178533 2493 ntAPPRIS P1 BASIC10.17□□□□□ -0.78
Use1Q9CQ56 Gm13693-201ENSMUST00000178960 2493 ntAPPRIS P1 BASIC10.17□□□□□ -0.78
Use1Q9CQ56 Gm13698-202ENSMUST00000179192 2493 ntAPPRIS P1 BASIC10.17□□□□□ -0.78
Use1Q9CQ56 Gm13696-202ENSMUST00000180347 2493 ntAPPRIS P1 BASIC10.17□□□□□ -0.78
Use1Q9CQ56 Gm13691-201ENSMUST00000099947 2493 ntAPPRIS P1 BASIC10.17□□□□□ -0.78
Use1Q9CQ56 Gm13697-201ENSMUST00000099948 2493 ntAPPRIS P1 BASIC10.17□□□□□ -0.78
Use1Q9CQ56 Gm13695-201ENSMUST00000099951 2493 ntAPPRIS P1 BASIC10.17□□□□□ -0.78
Use1Q9CQ56 Apobec3-205ENSMUST00000175752 1977 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC10.17□□□□□ -0.78
Use1Q9CQ56 AC140462.2-201ENSMUST00000225718 2433 ntBASIC10.17□□□□□ -0.78
Use1Q9CQ56 Hrc-201ENSMUST00000085351 2411 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC10.17□□□□□ -0.78
Use1Q9CQ56 Ptprm-201ENSMUST00000037974 5186 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC10.17□□□□□ -0.78
Use1Q9CQ56 Hottip-201ENSMUST00000141300 2346 ntTSL 2 BASIC10.17□□□□□ -0.78
Use1Q9CQ56 Ffar2-201ENSMUST00000053156 2301 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC10.17□□□□□ -0.78
Use1Q9CQ56 Slc7a3-203ENSMUST00000113710 2750 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC10.17□□□□□ -0.78
Use1Q9CQ56 Pstpip2-201ENSMUST00000114741 1395 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC10.17□□□□□ -0.78
Use1Q9CQ56 Scml4-201ENSMUST00000063063 4885 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC10.17□□□□□ -0.78
Use1Q9CQ56 Rnf133-201ENSMUST00000063548 1308 ntTSL 1 (best) BASIC10.17□□□□□ -0.78
Use1Q9CQ56 Trpm1-201ENSMUST00000085222 5711 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC10.17□□□□□ -0.78
Use1Q9CQ56 Gm20758-201ENSMUST00000220339 2171 ntTSL 1 (best) BASIC10.17□□□□□ -0.78
Use1Q9CQ56 9530026P05Rik-204ENSMUST00000204449 1740 ntTSL 1 (best) BASIC10.17□□□□□ -0.78
Use1Q9CQ56 Urb1-203ENSMUST00000140920 7344 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC10.17□□□□□ -0.78
Use1Q9CQ56 Myl4-202ENSMUST00000106956 900 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC10.17□□□□□ -0.78
Use1Q9CQ56 Xlr4c-204ENSMUST00000114531 1104 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC10.17□□□□□ -0.78
Use1Q9CQ56 Gm15573-201ENSMUST00000119487 540 ntBASIC10.17□□□□□ -0.78
Use1Q9CQ56 Gm12136-201ENSMUST00000120460 1209 ntBASIC10.17□□□□□ -0.78
Use1Q9CQ56 Gm13709-201ENSMUST00000138573 614 ntTSL 1 (best) BASIC10.17□□□□□ -0.78
Use1Q9CQ56 AI854703-202ENSMUST00000154570 3806 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC10.17□□□□□ -0.78
Use1Q9CQ56 Hmgn3-201ENSMUST00000161796 862 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC10.17□□□□□ -0.78
Use1Q9CQ56 Gm16587-201ENSMUST00000161943 863 ntTSL 1 (best) BASIC10.17□□□□□ -0.78
Use1Q9CQ56 Wdr53-204ENSMUST00000178573 1153 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC10.17□□□□□ -0.78
Use1Q9CQ56 Creb1-209ENSMUST00000190348 1260 ntTSL 1 (best) BASIC10.17□□□□□ -0.78
Use1Q9CQ56 Gm5865-201ENSMUST00000198713 637 ntBASIC10.17□□□□□ -0.78
Use1Q9CQ56 Gm31941-201ENSMUST00000209689 350 ntBASIC10.17□□□□□ -0.78
Use1Q9CQ56 Olfr1090-202ENSMUST00000215991 2103 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC10.17□□□□□ -0.78
Use1Q9CQ56 AC167364.1-201ENSMUST00000221495 784 ntTSL 5 BASIC10.17□□□□□ -0.78
Use1Q9CQ56 AC159103.1-201ENSMUST00000228325 429 ntBASIC10.17□□□□□ -0.78
Use1Q9CQ56 Odf3-201ENSMUST00000026555 1128 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC10.17□□□□□ -0.78
Use1Q9CQ56 Mitd1-201ENSMUST00000027257 1231 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC10.17□□□□□ -0.78
Use1Q9CQ56 1700001J03Rik-201ENSMUST00000073721 787 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC10.17□□□□□ -0.78
Use1Q9CQ56 Wfdc6a-201ENSMUST00000099096 805 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC10.17□□□□□ -0.78
Use1Q9CQ56 Gm42571-201ENSMUST00000201197 2464 ntBASIC10.17□□□□□ -0.78
Use1Q9CQ56 Cnga4-201ENSMUST00000033187 2484 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC10.17□□□□□ -0.78
Use1Q9CQ56 Rasgrp4-213ENSMUST00000204845 3182 ntTSL 5 BASIC10.17□□□□□ -0.78
Use1Q9CQ56 Ttc39a-202ENSMUST00000106618 1970 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC10.17□□□□□ -0.78
Use1Q9CQ56 Gm45699-201ENSMUST00000212838 1576 ntTSL 2 BASIC10.17□□□□□ -0.78
Use1Q9CQ56 Tmem33-201ENSMUST00000037918 6247 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC10.17□□□□□ -0.78
Use1Q9CQ56 Rnf6-206ENSMUST00000161859 3452 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC10.17□□□□□ -0.78
Use1Q9CQ56 Ldb3-205ENSMUST00000090040 4981 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC10.17□□□□□ -0.78
Use1Q9CQ56 Gdi1-201ENSMUST00000015435 2666 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC10.17□□□□□ -0.78
Use1Q9CQ56 Gpsm1-201ENSMUST00000066889 3432 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC10.17□□□□□ -0.78
Use1Q9CQ56 Npy1r-201ENSMUST00000039303 3001 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC10.17□□□□□ -0.78
Use1Q9CQ56 Cfap53-201ENSMUST00000114895 1888 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC10.17□□□□□ -0.78
Use1Q9CQ56 5033428I22Rik-204ENSMUST00000210633 6652 ntTSL 5 BASIC10.17□□□□□ -0.78
Use1Q9CQ56 Babam2-204ENSMUST00000114515 1497 ntTSL 5 BASIC10.17□□□□□ -0.78
Use1Q9CQ56 Gm44103-201ENSMUST00000204364 3662 ntBASIC10.17□□□□□ -0.78
Use1Q9CQ56 4833418N02Rik-201ENSMUST00000137539 1820 ntTSL 1 (best) BASIC10.17□□□□□ -0.78
Use1Q9CQ56 Gfi1b-204ENSMUST00000164290 1822 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC10.17□□□□□ -0.78
Use1Q9CQ56 Adamts4-203ENSMUST00000219033 4386 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC10.17□□□□□ -0.78
Use1Q9CQ56 Unc45a-202ENSMUST00000107368 3635 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC10.16□□□□□ -0.78
Use1Q9CQ56 Abcg2-202ENSMUST00000114294 2178 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC10.16□□□□□ -0.78
Use1Q9CQ56 Psmc2-201ENSMUST00000030769 1785 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC10.16□□□□□ -0.78
Use1Q9CQ56 Ttll9-201ENSMUST00000099197 1797 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC10.16□□□□□ -0.78
Use1Q9CQ56 Adcy7-201ENSMUST00000098521 5937 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC10.16□□□□□ -0.78
Use1Q9CQ56 AC164161.2-201ENSMUST00000217446 1730 ntTSL 5 BASIC10.16□□□□□ -0.78
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Use1Q9CQ56 Cfap43-202ENSMUST00000095998 3764 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC10.16□□□□□ -0.78
Use1Q9CQ56 Zfp141-203ENSMUST00000174407 4069 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC10.16□□□□□ -0.78
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Use1Q9CQ56 Foxh1-201ENSMUST00000037824 1306 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC10.16□□□□□ -0.78
Use1Q9CQ56 Arhgap33os-201ENSMUST00000124276 2648 ntTSL 2 BASIC10.16□□□□□ -0.78
Use1Q9CQ56 Gm4900-201ENSMUST00000222046 1628 ntBASIC10.16□□□□□ -0.78
Use1Q9CQ56 Arhgap4-202ENSMUST00000114404 2895 ntTSL 1 (best) BASIC10.16□□□□□ -0.78
Use1Q9CQ56 Cstad-201ENSMUST00000102853 819 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC10.16□□□□□ -0.78
Use1Q9CQ56 Serf2-202ENSMUST00000110615 876 ntTSL 2 BASIC10.16□□□□□ -0.78
Use1Q9CQ56 Wsb2-ps-201ENSMUST00000117937 1217 ntBASIC10.16□□□□□ -0.78
Use1Q9CQ56 Lamr1-ps1-201ENSMUST00000119759 874 ntBASIC10.16□□□□□ -0.78
Use1Q9CQ56 Rpsa-ps12-201ENSMUST00000120596 892 ntBASIC10.16□□□□□ -0.78
Use1Q9CQ56 Platr20-202ENSMUST00000143209 937 ntTSL 1 (best) BASIC10.16□□□□□ -0.78
Use1Q9CQ56 Gm15952-202ENSMUST00000144542 556 ntTSL 3 BASIC10.16□□□□□ -0.78
Use1Q9CQ56 AA387200-201ENSMUST00000147463 1177 ntTSL 3 BASIC10.16□□□□□ -0.78
Use1Q9CQ56 Gm11728-201ENSMUST00000150628 660 ntTSL 1 (best) BASIC10.16□□□□□ -0.78
Use1Q9CQ56 Tbc1d22bos-201ENSMUST00000159875 826 ntTSL 3 BASIC10.16□□□□□ -0.78
Use1Q9CQ56 Mir6420-201ENSMUST00000185032 102 ntBASIC10.16□□□□□ -0.78
Use1Q9CQ56 Ly6e-203ENSMUST00000185861 838 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC10.16□□□□□ -0.78
Use1Q9CQ56 Gm29199-201ENSMUST00000187766 775 ntBASIC10.16□□□□□ -0.78
Use1Q9CQ56 Gm7271-202ENSMUST00000191515 836 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC10.16□□□□□ -0.78
Use1Q9CQ56 A930036K24Rik-201ENSMUST00000194146 1200 ntBASIC10.16□□□□□ -0.78
Use1Q9CQ56 4933408A14Rik-201ENSMUST00000199037 729 ntTSL 1 (best) BASIC10.16□□□□□ -0.78
Use1Q9CQ56 4930557B06Rik-201ENSMUST00000200193 381 ntBASIC10.16□□□□□ -0.78
Use1Q9CQ56 AC129975.1-201ENSMUST00000224816 592 ntBASIC10.16□□□□□ -0.78
Use1Q9CQ56 AC122035.1-201ENSMUST00000227576 1016 ntBASIC10.16□□□□□ -0.78
Use1Q9CQ56 Gm6781-201ENSMUST00000038304 1242 ntBASIC10.16□□□□□ -0.78
Use1Q9CQ56 Olfr225-201ENSMUST00000055276 1260 ntAPPRIS ALT2 BASIC10.16□□□□□ -0.78
Use1Q9CQ56 Il1f10-201ENSMUST00000058056 538 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC10.16□□□□□ -0.78
Use1Q9CQ56 Slc16a7-202ENSMUST00000105257 2238 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC10.16□□□□□ -0.78
Use1Q9CQ56 Vmn1r16-203ENSMUST00000228356 3492 ntAPPRIS ALT2 BASIC10.16□□□□□ -0.78
Retrieved 100 of 76,532 protein–RNA pairs in 82.5 ms