Protein–RNA interactions for Protein: Q6IRU2

Tpm4, Tropomyosin alpha-4 chain, mousemouse

Predictions only

Length 248 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (Experimental data)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
Tpm4Q6IRU2 Fgfrl1-201ENSMUST00000013633 2329 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.4■■□□□ 1.18
Tpm4Q6IRU2 Ncoa5-202ENSMUST00000121377 2930 ntTSL 1 (best) BASIC22.4■■□□□ 1.18
Tpm4Q6IRU2 Lsm12-201ENSMUST00000021297 2256 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.4■■□□□ 1.18
Tpm4Q6IRU2 Dtnb-216ENSMUST00000173736 2175 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC22.4■■□□□ 1.18
Tpm4Q6IRU2 Csnk1a1-201ENSMUST00000115246 1484 ntTSL 5 BASIC22.4■■□□□ 1.18
Tpm4Q6IRU2 Cacnb1-205ENSMUST00000107562 1745 ntTSL 1 (best) BASIC22.4■■□□□ 1.18
Tpm4Q6IRU2 2410002F23Rik-201ENSMUST00000055858 1982 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC22.39■■□□□ 1.18
Tpm4Q6IRU2 Gjc2-202ENSMUST00000108793 2187 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.39■■□□□ 1.18
Tpm4Q6IRU2 Mtm1-204ENSMUST00000101501 770 ntTSL 1 (best) BASIC22.39■■□□□ 1.17
Tpm4Q6IRU2 Neurl1b-202ENSMUST00000182897 1231 ntTSL 5 BASIC22.39■■□□□ 1.17
Tpm4Q6IRU2 H2-Q2-201ENSMUST00000074806 1262 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.39■■□□□ 1.17
Tpm4Q6IRU2 Calml3-201ENSMUST00000077698 1421 ntAPPRIS P1 BASIC22.39■■□□□ 1.17
Tpm4Q6IRU2 Tmem263-201ENSMUST00000095383 3616 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.38■■□□□ 1.17
Tpm4Q6IRU2 Igfbp7-201ENSMUST00000046746 1116 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.38■■□□□ 1.17
Tpm4Q6IRU2 Glp1r-201ENSMUST00000114574 1480 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.38■■□□□ 1.17
Tpm4Q6IRU2 Prkab1-201ENSMUST00000031486 2089 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.38■■□□□ 1.17
Tpm4Q6IRU2 Rspo1-201ENSMUST00000030687 1834 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.38■■□□□ 1.17
Tpm4Q6IRU2 Porcn-203ENSMUST00000089402 1839 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC22.38■■□□□ 1.17
Tpm4Q6IRU2 Rfx8-202ENSMUST00000151913 2008 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.38■■□□□ 1.17
Tpm4Q6IRU2 Prr7-201ENSMUST00000046533 1359 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.38■■□□□ 1.17
Tpm4Q6IRU2 Gapvd1-201ENSMUST00000028224 5695 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC22.37■■□□□ 1.17
Tpm4Q6IRU2 Tead1-204ENSMUST00000106638 3047 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC22.37■■□□□ 1.17
Tpm4Q6IRU2 Gm16599-201ENSMUST00000148082 1182 ntTSL 1 (best) BASIC22.37■■□□□ 1.17
Tpm4Q6IRU2 Efna3-203ENSMUST00000200436 742 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC22.37■■□□□ 1.17
Tpm4Q6IRU2 Siglecf-206ENSMUST00000206299 2149 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.37■■□□□ 1.17
Tpm4Q6IRU2 Timmdc1-201ENSMUST00000002925 1573 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.37■■□□□ 1.17
Tpm4Q6IRU2 Siah2-201ENSMUST00000070368 2511 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.36■■□□□ 1.17
Tpm4Q6IRU2 Hhex-201ENSMUST00000025944 1802 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.36■■□□□ 1.17
Tpm4Q6IRU2 Kl-201ENSMUST00000078856 5118 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.36■■□□□ 1.17
Tpm4Q6IRU2 Rp9-203ENSMUST00000215715 1499 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.36■■□□□ 1.17
Tpm4Q6IRU2 Ssbp4-201ENSMUST00000049908 1475 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.36■■□□□ 1.17
Tpm4Q6IRU2 Nudt6-204ENSMUST00000108118 935 ntTSL 5 BASIC22.36■■□□□ 1.17
Tpm4Q6IRU2 Nudt6-201ENSMUST00000052645 1155 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.36■■□□□ 1.17
Tpm4Q6IRU2 Nudt6-202ENSMUST00000099130 1070 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.36■■□□□ 1.17
Tpm4Q6IRU2 Tmem120a-201ENSMUST00000043378 1559 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.36■■□□□ 1.17
Tpm4Q6IRU2 Ubl3-202ENSMUST00000164904 2001 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.36■■□□□ 1.17
Tpm4Q6IRU2 Syap1-201ENSMUST00000033723 2087 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.35■■□□□ 1.17
Tpm4Q6IRU2 Pnrc1-201ENSMUST00000049357 1648 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.35■■□□□ 1.17
Tpm4Q6IRU2 1700034P13Rik-201ENSMUST00000181358 1343 ntTSL 1 (best) BASIC22.35■■□□□ 1.17
Tpm4Q6IRU2 Cxadr-201ENSMUST00000023572 5734 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.35■■□□□ 1.17
Tpm4Q6IRU2 Gng12-203ENSMUST00000114224 680 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC22.35■■□□□ 1.17
Tpm4Q6IRU2 Gng12-206ENSMUST00000114227 1125 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.35■■□□□ 1.17
Tpm4Q6IRU2 Coprs-201ENSMUST00000033839 793 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.35■■□□□ 1.17
Tpm4Q6IRU2 Tril-201ENSMUST00000127748 5363 ntAPPRIS P1 BASIC22.35■■□□□ 1.17
Tpm4Q6IRU2 Pick1-204ENSMUST00000163571 2054 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.35■■□□□ 1.17
Tpm4Q6IRU2 Tmie-201ENSMUST00000050958 2802 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.35■■□□□ 1.17
Tpm4Q6IRU2 Sdhaf1-201ENSMUST00000098586 2490 ntAPPRIS P1 BASIC22.34■■□□□ 1.17
Tpm4Q6IRU2 Hck-202ENSMUST00000109799 2092 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.34■■□□□ 1.17
Tpm4Q6IRU2 Hck-203ENSMUST00000189688 2090 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.34■■□□□ 1.17
Tpm4Q6IRU2 Hck-201ENSMUST00000003370 2092 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.34■■□□□ 1.17
Tpm4Q6IRU2 Paip1-201ENSMUST00000026520 2551 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.34■■□□□ 1.17
Tpm4Q6IRU2 Lrch3-201ENSMUST00000023491 5536 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.34■■□□□ 1.17
Tpm4Q6IRU2 Gm2415-202ENSMUST00000134688 401 ntTSL 2 BASIC22.34■■□□□ 1.17
Tpm4Q6IRU2 Rtl10-201ENSMUST00000146673 865 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.34■■□□□ 1.17
Tpm4Q6IRU2 Bloc1s2-201ENSMUST00000079033 878 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.34■■□□□ 1.17
Tpm4Q6IRU2 Cdkl3-210ENSMUST00000121591 2387 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.34■■□□□ 1.17
Tpm4Q6IRU2 Sorcs2-201ENSMUST00000037370 5707 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.34■■□□□ 1.17
Tpm4Q6IRU2 Pithd1-201ENSMUST00000105851 1700 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.34■■□□□ 1.17
Tpm4Q6IRU2 Ankrd33b-203ENSMUST00000110410 2070 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.34■■□□□ 1.17
Tpm4Q6IRU2 Junb-201ENSMUST00000064922 1809 ntAPPRIS P1 BASIC22.34■■□□□ 1.17
Tpm4Q6IRU2 Tmem164-201ENSMUST00000087333 5149 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.33■■□□□ 1.17
Tpm4Q6IRU2 Tmem260-209ENSMUST00000226422 6333 ntAPPRIS ALT2 BASIC22.33■■□□□ 1.17
Tpm4Q6IRU2 Gm12905-201ENSMUST00000153814 658 ntTSL 2 BASIC22.33■■□□□ 1.17
Tpm4Q6IRU2 Gm5921-201ENSMUST00000075898 882 ntBASIC22.33■■□□□ 1.17
Tpm4Q6IRU2 Noc2l-201ENSMUST00000179543 2785 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC22.33■■□□□ 1.17
Tpm4Q6IRU2 Gm10620-201ENSMUST00000098379 1332 ntBASIC22.32■■□□□ 1.16
Tpm4Q6IRU2 Pkm-201ENSMUST00000034834 2432 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.32■■□□□ 1.16
Tpm4Q6IRU2 Rexo5-201ENSMUST00000033218 1966 ntTSL 1 (best) BASIC22.32■■□□□ 1.16
Tpm4Q6IRU2 Aadat-201ENSMUST00000079472 1972 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC22.32■■□□□ 1.16
Tpm4Q6IRU2 Gm13448-201ENSMUST00000143469 1847 ntTSL 1 (best) BASIC22.32■■□□□ 1.16
Tpm4Q6IRU2 Gm43566-201ENSMUST00000196851 808 ntBASIC22.32■■□□□ 1.16
Tpm4Q6IRU2 Trp53rka-201ENSMUST00000039007 1880 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.32■■□□□ 1.16
Tpm4Q6IRU2 Spast-202ENSMUST00000224711 2066 ntAPPRIS ALT2 BASIC22.32■■□□□ 1.16
Tpm4Q6IRU2 AI846148-201ENSMUST00000025924 3183 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.32■■□□□ 1.16
Tpm4Q6IRU2 Mcmbp-202ENSMUST00000119081 2347 ntTSL 1 (best) BASIC22.31■■□□□ 1.16
Tpm4Q6IRU2 Dcbld1-201ENSMUST00000069004 3024 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.31■■□□□ 1.16
Tpm4Q6IRU2 Clec3b-201ENSMUST00000026890 992 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.31■■□□□ 1.16
Tpm4Q6IRU2 Cdh4-201ENSMUST00000000314 6388 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.31■■□□□ 1.16
Tpm4Q6IRU2 4930524J08Rik-201ENSMUST00000046721 603 ntAPPRIS P1 BASIC22.31■■□□□ 1.16
Tpm4Q6IRU2 Cbfb-204ENSMUST00000109395 2709 ntTSL 1 (best) BASIC22.31■■□□□ 1.16
Tpm4Q6IRU2 Lrrfip2-205ENSMUST00000196981 1839 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC22.31■■□□□ 1.16
Tpm4Q6IRU2 Rasl11b-201ENSMUST00000051937 1812 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.31■■□□□ 1.16
Tpm4Q6IRU2 Cbfb-201ENSMUST00000052209 2883 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.31■■□□□ 1.16
Tpm4Q6IRU2 Asap2-203ENSMUST00000090834 5097 ntTSL 5 BASIC22.31■■□□□ 1.16
Tpm4Q6IRU2 Nrxn2-204ENSMUST00000113461 5505 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC22.31■■□□□ 1.16
Tpm4Q6IRU2 Rps6ka2-201ENSMUST00000024575 5404 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.31■■□□□ 1.16
Tpm4Q6IRU2 Rims1-209ENSMUST00000218140 1434 ntTSL 5 BASIC22.31■■□□□ 1.16
Tpm4Q6IRU2 Parp12-201ENSMUST00000038398 3231 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.31■■□□□ 1.16
Tpm4Q6IRU2 Ccdc34-201ENSMUST00000028580 2070 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.3■■□□□ 1.16
Tpm4Q6IRU2 Arrb1-210ENSMUST00000179755 7135 ntTSL 5 BASIC22.3■■□□□ 1.16
Tpm4Q6IRU2 Arrb1-202ENSMUST00000098266 7132 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.3■■□□□ 1.16
Tpm4Q6IRU2 Srcin1-201ENSMUST00000107590 5493 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC22.3■■□□□ 1.16
Tpm4Q6IRU2 Cog1-202ENSMUST00000063776 1476 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.3■■□□□ 1.16
Tpm4Q6IRU2 Prrt1-201ENSMUST00000015620 1940 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.3■■□□□ 1.16
Tpm4Q6IRU2 Gm10399-202ENSMUST00000202768 748 ntBASIC22.3■■□□□ 1.16
Tpm4Q6IRU2 Pth2-201ENSMUST00000042754 503 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.3■■□□□ 1.16
Tpm4Q6IRU2 Caskin1-201ENSMUST00000024958 6172 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.3■■□□□ 1.16
Tpm4Q6IRU2 Fbxl6-201ENSMUST00000023219 1712 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.3■■□□□ 1.16
Tpm4Q6IRU2 Mrgbp-201ENSMUST00000029085 1510 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.3■■□□□ 1.16
Tpm4Q6IRU2 Tmem51-201ENSMUST00000036572 1875 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.3■■□□□ 1.16
Retrieved 100 of 76,532 protein–RNA pairs in 20.8 ms