Protein–RNA interactions for Protein: Q4QRL3

Ccdc88b, Coiled-coil domain-containing protein 88B, mousemouse

Predictions only

Length 1,481 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (Experimental data)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
Ccdc88bQ4QRL3 Bsg-205ENSMUST00000179781 1261 ntTSL 1 (best) BASIC33.36■■■□□ 2.93
Ccdc88bQ4QRL3 Pbx2-201ENSMUST00000038149 3068 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC33.36■■■□□ 2.93
Ccdc88bQ4QRL3 Gsx1-201ENSMUST00000065382 1773 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC33.36■■■□□ 2.93
Ccdc88bQ4QRL3 Pitx2-202ENSMUST00000042587 2271 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC33.35■■■□□ 2.93
Ccdc88bQ4QRL3 Rnf19b-206ENSMUST00000168461 2532 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC33.35■■■□□ 2.93
Ccdc88bQ4QRL3 Lsm12-201ENSMUST00000021297 2256 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC33.35■■■□□ 2.93
Ccdc88bQ4QRL3 Rfc5-202ENSMUST00000111953 772 ntTSL 1 (best) BASIC33.35■■■□□ 2.93
Ccdc88bQ4QRL3 8430422M14Rik-201ENSMUST00000199608 822 ntBASIC33.35■■■□□ 2.93
Ccdc88bQ4QRL3 Shisa5-202ENSMUST00000112059 1910 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC33.34■■■□□ 2.93
Ccdc88bQ4QRL3 Ache-209ENSMUST00000196208 1911 ntTSL 5 BASIC33.34■■■□□ 2.93
Ccdc88bQ4QRL3 Gm11650-201ENSMUST00000141271 1145 ntTSL 1 (best) BASIC33.33■■■□□ 2.93
Ccdc88bQ4QRL3 Anapc13-204ENSMUST00000190279 589 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC33.33■■■□□ 2.93
Ccdc88bQ4QRL3 Nabp2-201ENSMUST00000026439 1130 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC33.33■■■□□ 2.93
Ccdc88bQ4QRL3 Slc17a7-201ENSMUST00000085374 2915 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC33.33■■■□□ 2.93
Ccdc88bQ4QRL3 Uap1-202ENSMUST00000111350 2311 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC33.32■■■□□ 2.93
Ccdc88bQ4QRL3 Gm36033-202ENSMUST00000214827 745 ntTSL 2 BASIC33.32■■■□□ 2.92
Ccdc88bQ4QRL3 Emc9-201ENSMUST00000022828 855 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC33.32■■■□□ 2.92
Ccdc88bQ4QRL3 Stmn4-201ENSMUST00000074523 1303 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC33.32■■■□□ 2.92
Ccdc88bQ4QRL3 Stbd1-201ENSMUST00000050952 1985 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC33.32■■■□□ 2.92
Ccdc88bQ4QRL3 Retreg2-208ENSMUST00000190240 2438 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC33.31■■■□□ 2.92
Ccdc88bQ4QRL3 Plin1-206ENSMUST00000205915 2817 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC33.31■■■□□ 2.92
Ccdc88bQ4QRL3 Cdx1-201ENSMUST00000025521 1750 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC33.31■■■□□ 2.92
Ccdc88bQ4QRL3 Msl1-203ENSMUST00000107485 2091 ntTSL 1 (best) BASIC33.31■■■□□ 2.92
Ccdc88bQ4QRL3 AC099934.2-201ENSMUST00000196389 70 ntBASIC33.31■■■□□ 2.92
Ccdc88bQ4QRL3 AC156953.1-201ENSMUST00000196953 70 ntBASIC33.31■■■□□ 2.92
Ccdc88bQ4QRL3 AC157822.2-201ENSMUST00000200291 70 ntBASIC33.31■■■□□ 2.92
Ccdc88bQ4QRL3 Cox14-201ENSMUST00000023761 723 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC33.31■■■□□ 2.92
Ccdc88bQ4QRL3 Fbxw2-202ENSMUST00000091020 1838 ntTSL 1 (best) BASIC33.31■■■□□ 2.92
Ccdc88bQ4QRL3 Rce1-201ENSMUST00000025823 1402 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC33.3■■■□□ 2.92
Ccdc88bQ4QRL3 Snap91-203ENSMUST00000074501 2577 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC33.3■■■□□ 2.92
Ccdc88bQ4QRL3 Akt1-201ENSMUST00000001780 2690 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC33.3■■■□□ 2.92
Ccdc88bQ4QRL3 Vapa-201ENSMUST00000024897 1640 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC33.29■■■□□ 2.92
Ccdc88bQ4QRL3 Gpr137-204ENSMUST00000099782 1742 ntTSL 1 (best) BASIC33.29■■■□□ 2.92
Ccdc88bQ4QRL3 Has1-201ENSMUST00000003762 2090 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC33.29■■■□□ 2.92
Ccdc88bQ4QRL3 Gm8773-201ENSMUST00000101627 1268 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC33.29■■■□□ 2.92
Ccdc88bQ4QRL3 Yjefn3-203ENSMUST00000180068 629 ntTSL 5 BASIC33.29■■■□□ 2.92
Ccdc88bQ4QRL3 Mcub-201ENSMUST00000029624 1318 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC33.29■■■□□ 2.92
Ccdc88bQ4QRL3 AA543186-201ENSMUST00000180841 1696 ntTSL 1 (best) BASIC33.29■■■□□ 2.92
Ccdc88bQ4QRL3 Sh3gl1-201ENSMUST00000003268 2072 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC33.29■■■□□ 2.92
Ccdc88bQ4QRL3 Dmtn-209ENSMUST00000228295 2572 ntBASIC33.29■■■□□ 2.92
Ccdc88bQ4QRL3 Fbxl3-204ENSMUST00000132004 2534 ntTSL 1 (best) BASIC33.28■■■□□ 2.92
Ccdc88bQ4QRL3 Gm13067-201ENSMUST00000134236 404 ntTSL 5 BASIC33.28■■■□□ 2.92
Ccdc88bQ4QRL3 Rnf39-202ENSMUST00000173072 631 ntTSL 2 BASIC33.28■■■□□ 2.92
Ccdc88bQ4QRL3 Sdhaf1-201ENSMUST00000098586 2490 ntAPPRIS P1 BASIC33.27■■■□□ 2.92
Ccdc88bQ4QRL3 Rnaseh2b-201ENSMUST00000022499 1494 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC33.27■■■□□ 2.92
Ccdc88bQ4QRL3 Kcnd3os-201ENSMUST00000130683 1091 ntTSL 1 (best) BASIC33.27■■■□□ 2.92
Ccdc88bQ4QRL3 Chrac1-202ENSMUST00000134353 538 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC33.27■■■□□ 2.92
Ccdc88bQ4QRL3 Gm6916-201ENSMUST00000205277 828 ntTSL 3 BASIC33.27■■■□□ 2.92
Ccdc88bQ4QRL3 Gm26571-205ENSMUST00000223215 591 ntTSL 3 BASIC33.27■■■□□ 2.92
Ccdc88bQ4QRL3 Arv1-201ENSMUST00000034463 1165 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC33.27■■■□□ 2.92
Ccdc88bQ4QRL3 Arhgdia-202ENSMUST00000106197 1867 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC33.27■■■□□ 2.92
Ccdc88bQ4QRL3 Mbnl3-203ENSMUST00000114876 2243 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC33.27■■■□□ 2.92
Ccdc88bQ4QRL3 Mir6236-201ENSMUST00000184437 123 ntBASIC33.26■■■□□ 2.92
Ccdc88bQ4QRL3 Gamt-201ENSMUST00000020359 979 ntTSL 1 (best) BASIC33.26■■■□□ 2.92
Ccdc88bQ4QRL3 Ninj1-201ENSMUST00000049022 1187 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC33.26■■■□□ 2.92
Ccdc88bQ4QRL3 Tmem222-201ENSMUST00000105907 1484 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC33.26■■■□□ 2.91
Ccdc88bQ4QRL3 Ankrd9-205ENSMUST00000142012 1226 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC33.25■■■□□ 2.91
Ccdc88bQ4QRL3 Cdkn2a-201ENSMUST00000060501 852 ntTSL 1 (best) BASIC33.25■■■□□ 2.91
Ccdc88bQ4QRL3 Nkpd1-203ENSMUST00000214205 2309 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC33.25■■■□□ 2.91
Ccdc88bQ4QRL3 Aplf-201ENSMUST00000032130 1889 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC33.25■■■□□ 2.91
Ccdc88bQ4QRL3 Lrrc1-205ENSMUST00000183873 3121 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC33.25■■■□□ 2.91
Ccdc88bQ4QRL3 1700030C10Rik-201ENSMUST00000110971 1471 ntBASIC33.25■■■□□ 2.91
Ccdc88bQ4QRL3 Sult4a1-201ENSMUST00000082365 2383 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC33.25■■■□□ 2.91
Ccdc88bQ4QRL3 Klhl22-201ENSMUST00000117192 2754 ntTSL 5 BASIC33.25■■■□□ 2.91
Ccdc88bQ4QRL3 Gm10033-202ENSMUST00000211874 928 ntBASIC33.25■■■□□ 2.91
Ccdc88bQ4QRL3 Sdf2l1-201ENSMUST00000023453 1108 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC33.25■■■□□ 2.91
Ccdc88bQ4QRL3 Zfp428-201ENSMUST00000071361 1182 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC33.25■■■□□ 2.91
Ccdc88bQ4QRL3 Bspry-201ENSMUST00000030088 1757 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC33.24■■■□□ 2.91
Ccdc88bQ4QRL3 Htra2-203ENSMUST00000113963 1629 ntTSL 5 BASIC33.24■■■□□ 2.91
Ccdc88bQ4QRL3 Atg3-201ENSMUST00000023343 2057 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC33.24■■■□□ 2.91
Ccdc88bQ4QRL3 Rbm38-201ENSMUST00000029014 1768 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC33.24■■■□□ 2.91
Ccdc88bQ4QRL3 2310061I04Rik-203ENSMUST00000148482 1193 ntTSL 1 (best) BASIC33.24■■■□□ 2.91
Ccdc88bQ4QRL3 Wnt16-203ENSMUST00000148639 1168 ntTSL 1 (best) BASIC33.24■■■□□ 2.91
Ccdc88bQ4QRL3 Nsfl1c-202ENSMUST00000089140 1486 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC33.24■■■□□ 2.91
Ccdc88bQ4QRL3 Cnp-201ENSMUST00000103120 2357 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC33.24■■■□□ 2.91
Ccdc88bQ4QRL3 Mfsd4b2-201ENSMUST00000045526 2285 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC33.23■■■□□ 2.91
Ccdc88bQ4QRL3 Serbp1-207ENSMUST00000203436 1667 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC33.23■■■□□ 2.91
Ccdc88bQ4QRL3 Gm15270-201ENSMUST00000125158 870 ntTSL 3 BASIC33.23■■■□□ 2.91
Ccdc88bQ4QRL3 Jsrp1-203ENSMUST00000181039 1108 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC33.23■■■□□ 2.91
Ccdc88bQ4QRL3 Dap-205ENSMUST00000186547 535 ntTSL 3 BASIC33.23■■■□□ 2.91
Ccdc88bQ4QRL3 Gm7291-201ENSMUST00000199147 382 ntBASIC33.23■■■□□ 2.91
Ccdc88bQ4QRL3 Ankrd37-201ENSMUST00000053558 927 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC33.23■■■□□ 2.91
Ccdc88bQ4QRL3 Rpl13-201ENSMUST00000000756 780 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC33.23■■■□□ 2.91
Ccdc88bQ4QRL3 Slc10a3-201ENSMUST00000037967 2023 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC33.23■■■□□ 2.91
Ccdc88bQ4QRL3 Tmem178-201ENSMUST00000025092 1696 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC33.22■■■□□ 2.91
Ccdc88bQ4QRL3 Anapc1-202ENSMUST00000110332 1214 ntTSL 1 (best) BASIC33.22■■■□□ 2.91
Ccdc88bQ4QRL3 Gm45168-202ENSMUST00000206461 1069 ntTSL 5 BASIC33.22■■■□□ 2.91
Ccdc88bQ4QRL3 Gm6899-201ENSMUST00000089614 622 ntAPPRIS P1 BASIC33.22■■■□□ 2.91
Ccdc88bQ4QRL3 Ankrd9-203ENSMUST00000135131 1563 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC33.22■■■□□ 2.91
Ccdc88bQ4QRL3 Setd4-202ENSMUST00000113951 1826 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC33.21■■■□□ 2.91
Ccdc88bQ4QRL3 Snx21-206ENSMUST00000174070 1446 ntTSL 5 BASIC33.21■■■□□ 2.91
Ccdc88bQ4QRL3 Crnde-206ENSMUST00000179421 773 ntTSL 3 BASIC33.21■■■□□ 2.91
Ccdc88bQ4QRL3 Kcnip1-201ENSMUST00000065970 1749 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC33.21■■■□□ 2.91
Ccdc88bQ4QRL3 Rhov-201ENSMUST00000037360 1703 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC33.2■■■□□ 2.91
Ccdc88bQ4QRL3 Acss2-203ENSMUST00000103142 2145 ntTSL 5 BASIC33.2■■■□□ 2.91
Ccdc88bQ4QRL3 Trim9-208ENSMUST00000221370 2393 ntTSL 1 (best) BASIC33.2■■■□□ 2.91
Ccdc88bQ4QRL3 Gm11421-201ENSMUST00000122124 294 ntBASIC33.2■■■□□ 2.91
Ccdc88bQ4QRL3 Grifin-201ENSMUST00000042993 613 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC33.2■■■□□ 2.91
Ccdc88bQ4QRL3 Ferd3l-201ENSMUST00000061035 886 ntAPPRIS P1 BASIC33.2■■■□□ 2.91
Ccdc88bQ4QRL3 Asphd1-203ENSMUST00000106340 1647 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC33.2■■■□□ 2.91
Retrieved 100 of 76,532 protein–RNA pairs in 17 ms