Protein–RNA interactions for Protein: P35123

Usp4, Ubiquitin carboxyl-terminal hydrolase 4, mousemouse

Predictions only

Length 962 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (Experimental data)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
Usp4P35123 Bdh1-201ENSMUST00000089759 1711 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.04■□□□□ 0.96
Usp4P35123 Tatdn2-201ENSMUST00000089018 3096 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC21.04■□□□□ 0.96
Usp4P35123 Zfp668-202ENSMUST00000106261 2410 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.04■□□□□ 0.96
Usp4P35123 Tmcc1-202ENSMUST00000088896 5838 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC21.04■□□□□ 0.96
Usp4P35123 Tlx2-201ENSMUST00000089641 1236 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.04■□□□□ 0.96
Usp4P35123 Fastk-202ENSMUST00000115041 1399 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC21.04■□□□□ 0.96
Usp4P35123 March8-204ENSMUST00000123405 2102 ntTSL 5 BASIC21.04■□□□□ 0.96
Usp4P35123 Gtpbp2-217ENSMUST00000172170 2587 ntTSL 5 BASIC21.03■□□□□ 0.96
Usp4P35123 Hrh3-201ENSMUST00000056480 2706 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC21.03■□□□□ 0.96
Usp4P35123 Atp8a1-203ENSMUST00000113651 808 ntTSL 5 BASIC21.03■□□□□ 0.96
Usp4P35123 Rasl11b-201ENSMUST00000051937 1812 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.03■□□□□ 0.96
Usp4P35123 Utp11-201ENSMUST00000030738 1603 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.03■□□□□ 0.96
Usp4P35123 Nkx2-5-201ENSMUST00000015723 1525 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.03■□□□□ 0.96
Usp4P35123 Spata6-213ENSMUST00000153746 1444 ntTSL 1 (best) BASIC21.03■□□□□ 0.96
Usp4P35123 Rbm7-201ENSMUST00000170000 1773 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.02■□□□□ 0.96
Usp4P35123 Atoh8-201ENSMUST00000042646 2355 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.02■□□□□ 0.96
Usp4P35123 Ache-209ENSMUST00000196208 1911 ntTSL 5 BASIC21.02■□□□□ 0.96
Usp4P35123 Sac3d1-201ENSMUST00000113533 1374 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.02■□□□□ 0.96
Usp4P35123 Cacnb1-205ENSMUST00000107562 1745 ntTSL 1 (best) BASIC21.02■□□□□ 0.96
Usp4P35123 Cdc42ep5-201ENSMUST00000076831 1025 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.02■□□□□ 0.96
Usp4P35123 Ssbp3-201ENSMUST00000030367 3195 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC21.02■□□□□ 0.96
Usp4P35123 Rab1a-203ENSMUST00000109602 2626 ntTSL 5 BASIC21.02■□□□□ 0.96
Usp4P35123 Fyn-204ENSMUST00000126486 2495 ntTSL 1 (best) BASIC21.01■□□□□ 0.95
Usp4P35123 Hp1bp3-205ENSMUST00000105827 5155 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC21.01■□□□□ 0.95
Usp4P35123 Cacna2d2-205ENSMUST00000168532 5807 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.01■□□□□ 0.95
Usp4P35123 Pth2-201ENSMUST00000042754 503 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.01■□□□□ 0.95
Usp4P35123 4833418N17Rik-201ENSMUST00000064826 615 ntBASIC21.01■□□□□ 0.95
Usp4P35123 Aars-201ENSMUST00000034441 5750 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.01■□□□□ 0.95
Usp4P35123 Klhl15-205ENSMUST00000113916 2363 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.01■□□□□ 0.95
Usp4P35123 Spry1-202ENSMUST00000108107 2773 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.01■□□□□ 0.95
Usp4P35123 Ythdf1-201ENSMUST00000037299 3184 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.01■□□□□ 0.95
Usp4P35123 Rasef-203ENSMUST00000222414 2127 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC21.01■□□□□ 0.95
Usp4P35123 Gatad1-201ENSMUST00000007559 2545 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC21.01■□□□□ 0.95
Usp4P35123 Gjc2-201ENSMUST00000108790 2169 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21■□□□□ 0.95
Usp4P35123 Junb-201ENSMUST00000064922 1809 ntAPPRIS P1 BASIC21■□□□□ 0.95
Usp4P35123 Pde6d-203ENSMUST00000146220 879 ntTSL 2 BASIC21■□□□□ 0.95
Usp4P35123 Dleu2-201ENSMUST00000180377 1165 ntTSL 1 (best) BASIC21■□□□□ 0.95
Usp4P35123 Prpf19-201ENSMUST00000025642 2134 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21■□□□□ 0.95
Usp4P35123 Mvb12b-201ENSMUST00000041555 4998 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21■□□□□ 0.95
Usp4P35123 Pdzd3-201ENSMUST00000034618 2193 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21■□□□□ 0.95
Usp4P35123 Nt5m-201ENSMUST00000102695 1306 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21■□□□□ 0.95
Usp4P35123 Gm5602-201ENSMUST00000146366 1763 ntTSL 1 (best) BASIC21■□□□□ 0.95
Usp4P35123 Rnf8-201ENSMUST00000024817 2077 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21■□□□□ 0.95
Usp4P35123 Cdk11b-202ENSMUST00000105598 2673 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21■□□□□ 0.95
Usp4P35123 5730507C01Rik-201ENSMUST00000063216 2431 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC20.99■□□□□ 0.95
Usp4P35123 Wdr41-202ENSMUST00000159647 2289 ntTSL 5 BASIC20.99■□□□□ 0.95
Usp4P35123 Wdr41-206ENSMUST00000167155 2289 ntTSL 1 (best) BASIC20.99■□□□□ 0.95
Usp4P35123 Papd7-202ENSMUST00000198607 4750 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC20.99■□□□□ 0.95
Usp4P35123 Stau2-201ENSMUST00000027052 2763 ntTSL 1 (best) BASIC20.99■□□□□ 0.95
Usp4P35123 Etf1-202ENSMUST00000180351 108 ntBASIC20.99■□□□□ 0.95
Usp4P35123 Stk35-201ENSMUST00000165413 2882 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.99■□□□□ 0.95
Usp4P35123 Abhd11-201ENSMUST00000046999 1493 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.99■□□□□ 0.95
Usp4P35123 Grin2c-202ENSMUST00000106554 4895 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC20.99■□□□□ 0.95
Usp4P35123 Dcbld2-201ENSMUST00000046663 6561 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.99■□□□□ 0.95
Usp4P35123 Mgat5b-201ENSMUST00000103027 4258 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC20.98■□□□□ 0.95
Usp4P35123 B130046B21Rik-201ENSMUST00000181510 2216 ntTSL 1 (best) BASIC20.98■□□□□ 0.95
Usp4P35123 Gtf2e2-202ENSMUST00000170705 1634 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.98■□□□□ 0.95
Usp4P35123 Bspry-202ENSMUST00000107449 2167 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC20.98■□□□□ 0.95
Usp4P35123 Rtl10-201ENSMUST00000146673 865 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.98■□□□□ 0.95
Usp4P35123 Aplp1-201ENSMUST00000006828 2343 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.98■□□□□ 0.95
Usp4P35123 Cep78-201ENSMUST00000047704 2548 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.98■□□□□ 0.95
Usp4P35123 Yy1-201ENSMUST00000021692 6178 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.97■□□□□ 0.95
Usp4P35123 Arfrp1-203ENSMUST00000127988 2447 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.97■□□□□ 0.95
Usp4P35123 Nfkbil1-201ENSMUST00000048994 1447 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.97■□□□□ 0.95
Usp4P35123 Nup153-201ENSMUST00000021803 6109 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.97■□□□□ 0.95
Usp4P35123 Scand1-201ENSMUST00000079125 759 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.97■□□□□ 0.95
Usp4P35123 Acbd6-203ENSMUST00000097529 1255 ntTSL 1 (best) BASIC20.97■□□□□ 0.95
Usp4P35123 Tmem263-201ENSMUST00000095383 3616 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.97■□□□□ 0.95
Usp4P35123 Pou3f1-201ENSMUST00000053491 3849 ntAPPRIS P1 BASIC20.96■□□□□ 0.95
Usp4P35123 Hmg20b-203ENSMUST00000105324 1540 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.96■□□□□ 0.95
Usp4P35123 D130020L05Rik-203ENSMUST00000221044 803 ntTSL 2 BASIC20.96■□□□□ 0.95
Usp4P35123 Atp2b2-208ENSMUST00000205052 5658 ntTSL 1 (best) BASIC20.96■□□□□ 0.95
Usp4P35123 Eif3j2-201ENSMUST00000057110 2379 ntAPPRIS P1 BASIC20.96■□□□□ 0.95
Usp4P35123 Tbc1d25-204ENSMUST00000172020 2441 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC20.96■□□□□ 0.95
Usp4P35123 Senp6-201ENSMUST00000037484 5111 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC20.96■□□□□ 0.95
Usp4P35123 Fam193a-202ENSMUST00000180376 5536 ntAPPRIS P5 TSL 5 BASIC20.96■□□□□ 0.95
Usp4P35123 Iqsec1-210ENSMUST00000212100 3500 ntTSL 5 BASIC20.95■□□□□ 0.94
Usp4P35123 Map2k2-207ENSMUST00000143517 2405 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC20.95■□□□□ 0.94
Usp4P35123 Cblc-202ENSMUST00000108449 1514 ntTSL 1 (best) BASIC20.95■□□□□ 0.94
Usp4P35123 Txnrd2-201ENSMUST00000115604 1235 ntTSL 1 (best) BASIC20.95■□□□□ 0.94
Usp4P35123 Sec61a2-201ENSMUST00000026926 756 ntTSL 5 BASIC20.95■□□□□ 0.94
Usp4P35123 Med16-204ENSMUST00000165684 2950 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC20.95■□□□□ 0.94
Usp4P35123 C1qtnf5-204ENSMUST00000114821 1365 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC20.95■□□□□ 0.94
Usp4P35123 Fndc4-201ENSMUST00000041266 1375 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.95■□□□□ 0.94
Usp4P35123 Picalm-215ENSMUST00000209068 3511 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC20.95■□□□□ 0.94
Usp4P35123 Dact2-201ENSMUST00000053218 2808 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.95■□□□□ 0.94
Usp4P35123 Camk2b-201ENSMUST00000002817 1872 ntTSL 5 BASIC20.94■□□□□ 0.94
Usp4P35123 Hoxd3-201ENSMUST00000047830 2292 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC20.94■□□□□ 0.94
Usp4P35123 Kcnn4-202ENSMUST00000205428 1945 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.94■□□□□ 0.94
Usp4P35123 Lmbr1l-201ENSMUST00000023736 2300 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.94■□□□□ 0.94
Usp4P35123 Rtca-201ENSMUST00000000348 1594 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.94■□□□□ 0.94
Usp4P35123 Pthlh-201ENSMUST00000052296 1603 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.94■□□□□ 0.94
Usp4P35123 Bub3-205ENSMUST00000208571 747 ntTSL 5 BASIC20.94■□□□□ 0.94
Usp4P35123 AI115009-201ENSMUST00000181093 1853 ntTSL 1 (best) BASIC20.94■□□□□ 0.94
Usp4P35123 Mast4-202ENSMUST00000164111 2350 ntTSL 2 BASIC20.94■□□□□ 0.94
Usp4P35123 1700008J07Rik-201ENSMUST00000185351 2432 ntBASIC20.94■□□□□ 0.94
Usp4P35123 Zmiz2-201ENSMUST00000012612 4199 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC20.93■□□□□ 0.94
Usp4P35123 Tbc1d25-201ENSMUST00000039892 2648 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC20.93■□□□□ 0.94
Usp4P35123 Hpca-209ENSMUST00000164649 1626 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC20.93■□□□□ 0.94
Usp4P35123 Ntn5-202ENSMUST00000182750 1758 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.93■□□□□ 0.94
Retrieved 100 of 76,532 protein–RNA pairs in 23.8 ms