Protein–RNA interactions for Protein: P08121

Col3a1, Collagen alpha-1(III) chain, mousemouse

Predictions only

Length 1,464 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (Experimental data)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
Col3a1P08121 Gm13042-201ENSMUST00000119244 1955 ntBASIC24.42■■□□□ 1.5
Col3a1P08121 AC114678.1-201ENSMUST00000219640 622 ntTSL 3 BASIC24.42■■□□□ 1.5
Col3a1P08121 Gm5874-201ENSMUST00000096101 508 ntBASIC24.42■■□□□ 1.5
Col3a1P08121 Rhob-201ENSMUST00000067384 2349 ntAPPRIS P1 BASIC24.42■■□□□ 1.5
Col3a1P08121 Tmem234-201ENSMUST00000102591 1437 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.42■■□□□ 1.5
Col3a1P08121 Adad2-201ENSMUST00000098361 1926 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.41■■□□□ 1.5
Col3a1P08121 Cnpy3-202ENSMUST00000121671 561 ntTSL 2 BASIC24.41■■□□□ 1.5
Col3a1P08121 Sumo3-209ENSMUST00000174113 512 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC24.41■■□□□ 1.5
Col3a1P08121 AC164629.5-201ENSMUST00000220387 632 ntBASIC24.41■■□□□ 1.5
Col3a1P08121 Mrpl40-201ENSMUST00000023391 1185 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.41■■□□□ 1.5
Col3a1P08121 Ninj1-201ENSMUST00000049022 1187 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.41■■□□□ 1.5
Col3a1P08121 Zbtb7a-203ENSMUST00000119606 1841 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.41■■□□□ 1.5
Col3a1P08121 Rce1-201ENSMUST00000025823 1402 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.41■■□□□ 1.5
Col3a1P08121 Rnf8-201ENSMUST00000024817 2077 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.41■■□□□ 1.5
Col3a1P08121 Gm11650-201ENSMUST00000141271 1145 ntTSL 1 (best) BASIC24.4■■□□□ 1.5
Col3a1P08121 Bsg-205ENSMUST00000179781 1261 ntTSL 1 (best) BASIC24.4■■□□□ 1.5
Col3a1P08121 Tmem222-201ENSMUST00000105907 1484 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.4■■□□□ 1.5
Col3a1P08121 Mrgbp-206ENSMUST00000169630 1192 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.39■■□□□ 1.5
Col3a1P08121 Fah-201ENSMUST00000032865 1585 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.39■■□□□ 1.5
Col3a1P08121 Kif1bp-201ENSMUST00000065887 2472 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.39■■□□□ 1.5
Col3a1P08121 Krtap5-3-201ENSMUST00000084414 1074 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC24.39■■□□□ 1.5
Col3a1P08121 Gm10493-201ENSMUST00000097270 612 ntBASIC24.39■■□□□ 1.5
Col3a1P08121 Plk5-202ENSMUST00000105351 2100 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.39■■□□□ 1.5
Col3a1P08121 Gnb2-201ENSMUST00000031726 1860 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.39■■□□□ 1.49
Col3a1P08121 Gpr137-204ENSMUST00000099782 1742 ntTSL 1 (best) BASIC24.39■■□□□ 1.49
Col3a1P08121 Gm10849-201ENSMUST00000100397 618 ntBASIC24.38■■□□□ 1.49
Col3a1P08121 Cmc4-201ENSMUST00000033543 992 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.38■■□□□ 1.49
Col3a1P08121 Cpeb3-205ENSMUST00000126781 2095 ntTSL 1 (best) BASIC24.38■■□□□ 1.49
Col3a1P08121 Hoxc13-201ENSMUST00000001700 2461 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.38■■□□□ 1.49
Col3a1P08121 Dedd-203ENSMUST00000111299 2322 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.38■■□□□ 1.49
Col3a1P08121 Tmem178-201ENSMUST00000025092 1696 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.38■■□□□ 1.49
Col3a1P08121 BC037034-201ENSMUST00000048421 2490 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.38■■□□□ 1.49
Col3a1P08121 Gm10129-202ENSMUST00000193100 1316 ntBASIC24.37■■□□□ 1.49
Col3a1P08121 Barhl1-203ENSMUST00000113849 2102 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.37■■□□□ 1.49
Col3a1P08121 Ankrd9-201ENSMUST00000043459 1706 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC24.37■■□□□ 1.49
Col3a1P08121 Gm20421-201ENSMUST00000153344 672 ntTSL 3 BASIC24.37■■□□□ 1.49
Col3a1P08121 Gm29257-201ENSMUST00000186115 639 ntBASIC24.37■■□□□ 1.49
Col3a1P08121 B3galnt1-201ENSMUST00000061826 2028 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.37■■□□□ 1.49
Col3a1P08121 Ppp1r12c-201ENSMUST00000013886 2983 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.36■■□□□ 1.49
Col3a1P08121 Rnf39-202ENSMUST00000173072 631 ntTSL 2 BASIC24.36■■□□□ 1.49
Col3a1P08121 Cisd1-201ENSMUST00000045887 1084 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.36■■□□□ 1.49
Col3a1P08121 Gpr3-201ENSMUST00000052090 1116 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.36■■□□□ 1.49
Col3a1P08121 Crh-201ENSMUST00000061294 1320 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.35■■□□□ 1.49
Col3a1P08121 Dhps-201ENSMUST00000078665 1333 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.35■■□□□ 1.49
Col3a1P08121 Rnaseh2b-201ENSMUST00000022499 1494 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.35■■□□□ 1.49
Col3a1P08121 Gm15270-201ENSMUST00000125158 870 ntTSL 3 BASIC24.35■■□□□ 1.49
Col3a1P08121 Gamt-201ENSMUST00000020359 979 ntTSL 1 (best) BASIC24.35■■□□□ 1.49
Col3a1P08121 Lsm12-201ENSMUST00000021297 2256 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.35■■□□□ 1.49
Col3a1P08121 Spint1-201ENSMUST00000028783 2273 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.35■■□□□ 1.49
Col3a1P08121 Spsb3-209ENSMUST00000168265 1953 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.35■■□□□ 1.49
Col3a1P08121 Cacnb3-202ENSMUST00000109150 2670 ntTSL 5 BASIC24.35■■□□□ 1.49
Col3a1P08121 Cblc-201ENSMUST00000043822 1662 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.35■■□□□ 1.49
Col3a1P08121 1700012B09Rik-204ENSMUST00000191047 654 ntAPPRIS ALT2 TSL 3 BASIC24.34■■□□□ 1.49
Col3a1P08121 Gm12504-201ENSMUST00000120860 2231 ntBASIC24.34■■□□□ 1.49
Col3a1P08121 Arhgdia-202ENSMUST00000106197 1867 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.34■■□□□ 1.49
Col3a1P08121 AA543186-201ENSMUST00000180841 1696 ntTSL 1 (best) BASIC24.34■■□□□ 1.49
Col3a1P08121 Tial1-209ENSMUST00000141126 1344 ntTSL 5 BASIC24.34■■□□□ 1.49
Col3a1P08121 Tcerg1l-201ENSMUST00000160436 2565 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC24.34■■□□□ 1.49
Col3a1P08121 Ptpn4-203ENSMUST00000163435 2365 ntTSL 1 (best) BASIC24.33■■□□□ 1.49
Col3a1P08121 Rbm38-201ENSMUST00000029014 1768 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.33■■□□□ 1.49
Col3a1P08121 Tspan17-202ENSMUST00000099503 822 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC24.33■■□□□ 1.49
Col3a1P08121 Shisa5-202ENSMUST00000112059 1910 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.33■■□□□ 1.49
Col3a1P08121 Slc1a5-201ENSMUST00000108496 2764 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.33■■□□□ 1.49
Col3a1P08121 Bspry-201ENSMUST00000030088 1757 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC24.33■■□□□ 1.48
Col3a1P08121 Ache-209ENSMUST00000196208 1911 ntTSL 5 BASIC24.33■■□□□ 1.48
Col3a1P08121 Jsrp1-203ENSMUST00000181039 1108 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC24.32■■□□□ 1.48
Col3a1P08121 Htra2-203ENSMUST00000113963 1629 ntTSL 5 BASIC24.32■■□□□ 1.48
Col3a1P08121 Galr2-201ENSMUST00000055872 1940 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.32■■□□□ 1.48
Col3a1P08121 Prdm13-201ENSMUST00000076206 2993 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC24.32■■□□□ 1.48
Col3a1P08121 Cnnm3-201ENSMUST00000001166 5193 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC24.32■■□□□ 1.48
Col3a1P08121 Serbp1-207ENSMUST00000203436 1667 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.32■■□□□ 1.48
Col3a1P08121 Atxn7l2-201ENSMUST00000102633 3044 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC24.32■■□□□ 1.48
Col3a1P08121 Plac9b-203ENSMUST00000184142 1040 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.32■■□□□ 1.48
Col3a1P08121 AC122828.1-201ENSMUST00000220785 489 ntTSL 3 BASIC24.32■■□□□ 1.48
Col3a1P08121 Hey1-201ENSMUST00000042412 2423 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.31■■□□□ 1.48
Col3a1P08121 Stbd1-201ENSMUST00000050952 1985 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.31■■□□□ 1.48
Col3a1P08121 Rfc5-202ENSMUST00000111953 772 ntTSL 1 (best) BASIC24.31■■□□□ 1.48
Col3a1P08121 4930444P10Rik-203ENSMUST00000151004 1001 ntAPPRIS P2 TSL 3 BASIC24.31■■□□□ 1.48
Col3a1P08121 Tmbim6-202ENSMUST00000159209 944 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC24.31■■□□□ 1.48
Col3a1P08121 Gm45168-202ENSMUST00000206461 1069 ntTSL 5 BASIC24.31■■□□□ 1.48
Col3a1P08121 Kcnk1-201ENSMUST00000046765 2235 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.31■■□□□ 1.48
Col3a1P08121 Bpifb4-202ENSMUST00000109757 2420 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC24.3■■□□□ 1.48
Col3a1P08121 Phf14-203ENSMUST00000115511 3336 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC24.3■■□□□ 1.48
Col3a1P08121 Nsfl1c-202ENSMUST00000089140 1486 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC24.3■■□□□ 1.48
Col3a1P08121 Gm11421-201ENSMUST00000122124 294 ntBASIC24.3■■□□□ 1.48
Col3a1P08121 Gm26571-201ENSMUST00000181399 666 ntBASIC24.3■■□□□ 1.48
Col3a1P08121 Morf4l1-211ENSMUST00000191189 1223 ntTSL 5 BASIC24.3■■□□□ 1.48
Col3a1P08121 Ltb-201ENSMUST00000025262 1160 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC24.3■■□□□ 1.48
Col3a1P08121 Nabp2-201ENSMUST00000026439 1130 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.3■■□□□ 1.48
Col3a1P08121 Carm1-203ENSMUST00000115395 3152 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.3■■□□□ 1.48
Col3a1P08121 Ptpn12-201ENSMUST00000030556 3280 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.29■■□□□ 1.48
Col3a1P08121 Zfp428-201ENSMUST00000071361 1182 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC24.29■■□□□ 1.48
Col3a1P08121 Gm6899-201ENSMUST00000089614 622 ntAPPRIS P1 BASIC24.29■■□□□ 1.48
Col3a1P08121 A230052G05Rik-201ENSMUST00000050921 2302 ntBASIC24.29■■□□□ 1.48
Col3a1P08121 Plk5-201ENSMUST00000039836 2112 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC24.29■■□□□ 1.48
Col3a1P08121 Sdhaf1-201ENSMUST00000098586 2490 ntAPPRIS P1 BASIC24.29■■□□□ 1.48
Col3a1P08121 Snx21-206ENSMUST00000174070 1446 ntTSL 5 BASIC24.29■■□□□ 1.48
Col3a1P08121 Atpaf1-203ENSMUST00000176047 2330 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.28■■□□□ 1.48
Col3a1P08121 Sh3gl1-201ENSMUST00000003268 2072 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.28■■□□□ 1.48
Col3a1P08121 AC099934.2-201ENSMUST00000196389 70 ntBASIC24.28■■□□□ 1.48
Retrieved 100 of 76,532 protein–RNA pairs in 18.7 ms