Protein–RNA interactions for Protein: Q9CQ56

Use1, Vesicle transport protein USE1, mousemouse

Predictions only

Length 270 aa.

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Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (Experimental data)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
Use1Q9CQ56 Atxn1l-201ENSMUST00000093162 7526 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC10.55□□□□□ -0.72
Use1Q9CQ56 Rnf183-203ENSMUST00000107455 1432 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC10.55□□□□□ -0.72
Use1Q9CQ56 Gm5171-201ENSMUST00000214944 1415 ntBASIC10.55□□□□□ -0.72
Use1Q9CQ56 Popdc2-202ENSMUST00000114739 1992 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC10.55□□□□□ -0.72
Use1Q9CQ56 Olfr95-201ENSMUST00000060728 5129 ntAPPRIS P1 BASIC10.55□□□□□ -0.72
Use1Q9CQ56 4833411C07Rik-202ENSMUST00000207914 1568 ntTSL 1 (best) BASIC10.55□□□□□ -0.72
Use1Q9CQ56 Usp2-203ENSMUST00000114830 2122 ntTSL 1 (best) BASIC10.55□□□□□ -0.72
Use1Q9CQ56 Dusp11-201ENSMUST00000032071 6435 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC10.55□□□□□ -0.72
Use1Q9CQ56 1110051M20Rik-202ENSMUST00000094835 1498 ntTSL 1 (best) BASIC10.55□□□□□ -0.72
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Use1Q9CQ56 Nfx1-201ENSMUST00000030133 4349 ntTSL 1 (best) BASIC10.54□□□□□ -0.72
Use1Q9CQ56 Trp73-205ENSMUST00000133533 4752 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC10.54□□□□□ -0.72
Use1Q9CQ56 Bbs2-201ENSMUST00000034206 3064 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC10.54□□□□□ -0.72
Use1Q9CQ56 Acsm2-202ENSMUST00000098084 2099 ntTSL 1 (best) BASIC10.54□□□□□ -0.72
Use1Q9CQ56 Olfr742-203ENSMUST00000217437 2244 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC10.54□□□□□ -0.72
Use1Q9CQ56 Hist1h2be-201ENSMUST00000051091 2506 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC10.54□□□□□ -0.72
Use1Q9CQ56 Tor1aip2-201ENSMUST00000060404 5135 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC10.54□□□□□ -0.72
Use1Q9CQ56 Trim6-206ENSMUST00000214578 1506 ntTSL 5 BASIC10.54□□□□□ -0.72
Use1Q9CQ56 Nav2-204ENSMUST00000183659 7765 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC10.54□□□□□ -0.72
Use1Q9CQ56 Pkn3-201ENSMUST00000045246 3113 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC10.54□□□□□ -0.72
Use1Q9CQ56 Nr2f2-202ENSMUST00000089565 1664 ntTSL 1 (best) BASIC10.54□□□□□ -0.72
Use1Q9CQ56 Hsh2d-201ENSMUST00000072097 1824 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC10.54□□□□□ -0.72
Use1Q9CQ56 Phc1-204ENSMUST00000159252 3744 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC10.54□□□□□ -0.72
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Use1Q9CQ56 Rsrc2-202ENSMUST00000057795 2270 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC10.54□□□□□ -0.72
Use1Q9CQ56 Gm15674-201ENSMUST00000143266 2438 ntTSL 1 (best) BASIC10.54□□□□□ -0.72
Use1Q9CQ56 1110051M20Rik-201ENSMUST00000064652 2896 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC10.54□□□□□ -0.72
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Use1Q9CQ56 Atp11c-202ENSMUST00000101527 6044 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC10.54□□□□□ -0.72
Use1Q9CQ56 Tram2-201ENSMUST00000037998 6492 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC10.54□□□□□ -0.72
Use1Q9CQ56 Rplp2-202ENSMUST00000106003 449 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC10.54□□□□□ -0.72
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Use1Q9CQ56 Gm15829-201ENSMUST00000145415 869 ntTSL 1 (best) BASIC10.54□□□□□ -0.72
Use1Q9CQ56 4931406G06Rik-201ENSMUST00000147848 1252 ntTSL 1 (best) BASIC10.54□□□□□ -0.72
Use1Q9CQ56 Gm13523-201ENSMUST00000151820 488 ntTSL 1 (best) BASIC10.54□□□□□ -0.72
Use1Q9CQ56 Gm12589-201ENSMUST00000153767 638 ntTSL 1 (best) BASIC10.54□□□□□ -0.72
Use1Q9CQ56 Spata3-211ENSMUST00000159876 760 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC10.54□□□□□ -0.72
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Use1Q9CQ56 Tex35-201ENSMUST00000027884 909 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC10.54□□□□□ -0.72
Use1Q9CQ56 Apoc4-201ENSMUST00000003071 538 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC10.54□□□□□ -0.72
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Use1Q9CQ56 Cryge-201ENSMUST00000087359 631 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC10.54□□□□□ -0.72
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Use1Q9CQ56 Arsb-201ENSMUST00000091403 4038 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC10.54□□□□□ -0.72
Use1Q9CQ56 Dzip1l-203ENSMUST00000112885 4350 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC10.54□□□□□ -0.72
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Use1Q9CQ56 Sptbn5-204ENSMUST00000156159 3625 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC10.53□□□□□ -0.72
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Use1Q9CQ56 Atp11c-201ENSMUST00000033480 5939 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC10.53□□□□□ -0.72
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Use1Q9CQ56 Syncrip-208ENSMUST00000174282 3404 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC10.53□□□□□ -0.72
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Use1Q9CQ56 Stk17b-201ENSMUST00000027263 3293 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC10.53□□□□□ -0.72
Use1Q9CQ56 Gm43597-202ENSMUST00000201992 4620 ntTSL 1 (best) BASIC10.53□□□□□ -0.72
Use1Q9CQ56 Col15a1-203ENSMUST00000107730 1755 ntTSL 1 (best) BASIC10.53□□□□□ -0.72
Use1Q9CQ56 Zfp85os-202ENSMUST00000143812 1784 ntTSL 1 (best) BASIC10.53□□□□□ -0.72
Use1Q9CQ56 Chrnb2-203ENSMUST00000200558 3482 ntTSL 1 (best) BASIC10.53□□□□□ -0.72
Use1Q9CQ56 Rpl15-203ENSMUST00000100799 802 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC10.53□□□□□ -0.72
Use1Q9CQ56 Tnnt3-206ENSMUST00000105944 753 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC10.53□□□□□ -0.72
Use1Q9CQ56 Tnnt3-210ENSMUST00000105948 753 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC10.53□□□□□ -0.72
Use1Q9CQ56 Tnnt3-212ENSMUST00000105950 1037 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC10.53□□□□□ -0.72
Use1Q9CQ56 Ifitm10-203ENSMUST00000105988 824 ntAPPRIS P4 TSL 2 BASIC10.53□□□□□ -0.72
Use1Q9CQ56 Olfr1258-202ENSMUST00000111516 936 ntAPPRIS P1 BASIC10.53□□□□□ -0.72
Use1Q9CQ56 Gm12266-201ENSMUST00000120311 962 ntBASIC10.53□□□□□ -0.72
Use1Q9CQ56 U2af1l4-218ENSMUST00000166960 747 ntTSL 3 BASIC10.53□□□□□ -0.72
Use1Q9CQ56 Tnnt3-224ENSMUST00000169299 1013 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC10.53□□□□□ -0.72
Use1Q9CQ56 Spdye4c-203ENSMUST00000178601 1020 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC10.53□□□□□ -0.72
Use1Q9CQ56 Ccl19-ps3-201ENSMUST00000179634 324 ntBASIC10.53□□□□□ -0.72
Use1Q9CQ56 Tnnt3-226ENSMUST00000180152 1067 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC10.53□□□□□ -0.72
Retrieved 100 of 76,532 protein–RNA pairs in 73.3 ms