Protein–RNA interactions for Protein: Q62226

Shh, Sonic hedgehog protein, mousemouse

Predictions only

Length 437 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (Experimental data)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
ShhQ62226 Snap91-203ENSMUST00000074501 2577 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC18.78■□□□□ 0.6
ShhQ62226 Uap1-203ENSMUST00000111351 2287 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC18.78■□□□□ 0.6
ShhQ62226 Sarnp-201ENSMUST00000105230 918 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.78■□□□□ 0.6
ShhQ62226 Polr3gl-204ENSMUST00000145001 607 ntTSL 3 BASIC18.78■□□□□ 0.6
ShhQ62226 Gm17324-201ENSMUST00000165499 922 ntAPPRIS P1 BASIC18.78■□□□□ 0.6
ShhQ62226 Mrgbp-206ENSMUST00000169630 1192 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.78■□□□□ 0.6
ShhQ62226 C1qc-201ENSMUST00000046332 1203 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.78■□□□□ 0.6
ShhQ62226 Cops7a-201ENSMUST00000032220 1817 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.78■□□□□ 0.6
ShhQ62226 Inpp5a-201ENSMUST00000026550 2774 ntTSL 1 (best) BASIC18.78■□□□□ 0.6
ShhQ62226 Tk2-205ENSMUST00000212275 1507 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC18.78■□□□□ 0.6
ShhQ62226 Best2-202ENSMUST00000209322 1944 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.78■□□□□ 0.6
ShhQ62226 Slc35a2-201ENSMUST00000096514 1757 ntTSL 5 BASIC18.78■□□□□ 0.6
ShhQ62226 Twist2-201ENSMUST00000007949 1329 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.77■□□□□ 0.6
ShhQ62226 Aars-201ENSMUST00000034441 5750 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.77■□□□□ 0.6
ShhQ62226 Naa20-202ENSMUST00000110000 1142 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.77■□□□□ 0.6
ShhQ62226 Gng2-202ENSMUST00000159028 458 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC18.77■□□□□ 0.6
ShhQ62226 Gm4553-202ENSMUST00000210925 1044 ntAPPRIS P5 BASIC18.77■□□□□ 0.6
ShhQ62226 Gm36033-202ENSMUST00000214827 745 ntTSL 2 BASIC18.77■□□□□ 0.6
ShhQ62226 AC112142.1-201ENSMUST00000228796 918 ntBASIC18.77■□□□□ 0.6
ShhQ62226 Lzts2-202ENSMUST00000178087 2773 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.77■□□□□ 0.6
ShhQ62226 Ccnjl-201ENSMUST00000050574 2672 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.77■□□□□ 0.59
ShhQ62226 Gm10620-201ENSMUST00000098379 1332 ntBASIC18.76■□□□□ 0.59
ShhQ62226 1700026D11Rik-201ENSMUST00000126910 2033 ntTSL 1 (best) BASIC18.76■□□□□ 0.59
ShhQ62226 Nfkbil1-201ENSMUST00000048994 1447 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.76■□□□□ 0.59
ShhQ62226 Zfp523-201ENSMUST00000002318 2710 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.76■□□□□ 0.59
ShhQ62226 Gpr160-204ENSMUST00000108261 2213 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.76■□□□□ 0.59
ShhQ62226 Kcnk15-201ENSMUST00000044798 1199 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC18.76■□□□□ 0.59
ShhQ62226 Spata33-201ENSMUST00000060133 491 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC18.76■□□□□ 0.59
ShhQ62226 Gm3448-202ENSMUST00000097400 747 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC18.76■□□□□ 0.59
ShhQ62226 Slc22a17-208ENSMUST00000228119 2348 ntAPPRIS P1 BASIC18.75■□□□□ 0.59
ShhQ62226 Cadps-202ENSMUST00000112657 5455 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC18.75■□□□□ 0.59
ShhQ62226 Hoxa9-202ENSMUST00000114425 851 ntTSL 2 BASIC18.75■□□□□ 0.59
ShhQ62226 Med31-201ENSMUST00000021157 1161 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.75■□□□□ 0.59
ShhQ62226 Sirt1-203ENSMUST00000120239 4430 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC18.75■□□□□ 0.59
ShhQ62226 Cavin3-201ENSMUST00000047040 1662 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.75■□□□□ 0.59
ShhQ62226 Txnl4a-204ENSMUST00000145963 1756 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.75■□□□□ 0.59
ShhQ62226 Wipi1-202ENSMUST00000103060 2050 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.75■□□□□ 0.59
ShhQ62226 Zdhhc5-201ENSMUST00000035840 4706 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.75■□□□□ 0.59
ShhQ62226 Nrl-203ENSMUST00000178694 1928 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.74■□□□□ 0.59
ShhQ62226 Gm3448-203ENSMUST00000179539 787 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC18.74■□□□□ 0.59
ShhQ62226 Ccdc74a-201ENSMUST00000056962 1273 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC18.74■□□□□ 0.59
ShhQ62226 Gm3448-201ENSMUST00000097399 787 ntAPPRIS P5 TSL 1 (best) BASIC18.74■□□□□ 0.59
ShhQ62226 Pithd1-201ENSMUST00000105851 1700 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.74■□□□□ 0.59
ShhQ62226 Gtf2e2-202ENSMUST00000170705 1634 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.74■□□□□ 0.59
ShhQ62226 B430319F04Rik-201ENSMUST00000209731 2669 ntBASIC18.74■□□□□ 0.59
ShhQ62226 Rbfox3-206ENSMUST00000120061 2150 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC18.74■□□□□ 0.59
ShhQ62226 Spsb3-209ENSMUST00000168265 1953 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC18.73■□□□□ 0.59
ShhQ62226 Wrap73-201ENSMUST00000030895 1598 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.73■□□□□ 0.59
ShhQ62226 Akt1-201ENSMUST00000001780 2690 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.73■□□□□ 0.59
ShhQ62226 Ppp3ca-202ENSMUST00000070198 4758 ntTSL 1 (best) BASIC18.73■□□□□ 0.59
ShhQ62226 4930444P10Rik-203ENSMUST00000151004 1001 ntAPPRIS P2 TSL 3 BASIC18.73■□□□□ 0.59
ShhQ62226 Zfp346-202ENSMUST00000159147 1146 ntTSL 5 BASIC18.73■□□□□ 0.59
ShhQ62226 1700012B09Rik-201ENSMUST00000060330 688 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC18.73■□□□□ 0.59
ShhQ62226 Htra2-201ENSMUST00000089645 1725 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC18.73■□□□□ 0.59
ShhQ62226 Frat1-201ENSMUST00000087155 2614 ntAPPRIS P1 BASIC18.73■□□□□ 0.59
ShhQ62226 Osbpl2-201ENSMUST00000040668 2805 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.73■□□□□ 0.59
ShhQ62226 Bcl11b-202ENSMUST00000109887 2522 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC18.72■□□□□ 0.59
ShhQ62226 Krt8-201ENSMUST00000023952 1805 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.72■□□□□ 0.59
ShhQ62226 Ier3ip1-201ENSMUST00000026487 1395 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.72■□□□□ 0.59
ShhQ62226 Tmem164-206ENSMUST00000112896 5224 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.72■□□□□ 0.59
ShhQ62226 Cacng7-201ENSMUST00000092891 2212 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.72■□□□□ 0.59
ShhQ62226 Spry1-203ENSMUST00000108109 2451 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.72■□□□□ 0.59
ShhQ62226 Spry1-201ENSMUST00000038569 2481 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.72■□□□□ 0.59
ShhQ62226 Gm43017-201ENSMUST00000198296 752 ntBASIC18.72■□□□□ 0.59
ShhQ62226 Cox14-201ENSMUST00000023761 723 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.72■□□□□ 0.59
ShhQ62226 Plk5-201ENSMUST00000039836 2112 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC18.72■□□□□ 0.59
ShhQ62226 Sucla2-201ENSMUST00000022706 1545 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.72■□□□□ 0.59
ShhQ62226 Neo1-202ENSMUST00000214547 5414 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC18.72■□□□□ 0.59
ShhQ62226 Polr2m-201ENSMUST00000034720 2200 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.72■□□□□ 0.59
ShhQ62226 Mprip-204ENSMUST00000116371 8766 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC18.71■□□□□ 0.59
ShhQ62226 Sirpa-209ENSMUST00000160276 876 ntTSL 1 (best) BASIC18.71■□□□□ 0.59
ShhQ62226 Siglec15-201ENSMUST00000170760 1156 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.71■□□□□ 0.59
ShhQ62226 Anapc13-204ENSMUST00000190279 589 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.71■□□□□ 0.59
ShhQ62226 Glp1r-201ENSMUST00000114574 1480 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.71■□□□□ 0.59
ShhQ62226 Tada1-201ENSMUST00000027846 2215 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.7■□□□□ 0.58
ShhQ62226 Puf60-202ENSMUST00000100527 1878 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC18.7■□□□□ 0.58
ShhQ62226 Bola1-202ENSMUST00000107099 995 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC18.7■□□□□ 0.58
ShhQ62226 H2-Q7-204ENSMUST00000116598 1134 ntTSL 5 BASIC18.7■□□□□ 0.58
ShhQ62226 Bola1-201ENSMUST00000016087 729 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.7■□□□□ 0.58
ShhQ62226 Bola1-203ENSMUST00000177442 692 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC18.7■□□□□ 0.58
ShhQ62226 Mir7075-201ENSMUST00000184187 82 ntBASIC18.7■□□□□ 0.58
ShhQ62226 Gm43137-201ENSMUST00000198052 594 ntBASIC18.7■□□□□ 0.58
ShhQ62226 Zfp618-201ENSMUST00000030043 1582 ntTSL 1 (best) BASIC18.7■□□□□ 0.58
ShhQ62226 Cdx1-201ENSMUST00000025521 1750 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.7■□□□□ 0.58
ShhQ62226 Ankrd9-204ENSMUST00000140788 1451 ntAPPRIS P2 TSL 3 BASIC18.7■□□□□ 0.58
ShhQ62226 Ubtf-201ENSMUST00000006754 3213 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC18.7■□□□□ 0.58
ShhQ62226 Morf4l1-202ENSMUST00000169860 1824 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.7■□□□□ 0.58
ShhQ62226 Nup153-201ENSMUST00000021803 6109 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.7■□□□□ 0.58
ShhQ62226 Uchl5-206ENSMUST00000189936 1696 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC18.69■□□□□ 0.58
ShhQ62226 Kctd8-202ENSMUST00000087231 1860 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC18.69■□□□□ 0.58
ShhQ62226 9130213A22Rik-201ENSMUST00000180487 1581 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.69■□□□□ 0.58
ShhQ62226 Hoxa2-201ENSMUST00000014848 1775 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.69■□□□□ 0.58
ShhQ62226 Kiss1-203ENSMUST00000193888 624 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC18.69■□□□□ 0.58
ShhQ62226 Gm7291-201ENSMUST00000199147 382 ntBASIC18.69■□□□□ 0.58
ShhQ62226 Krtap5-5-201ENSMUST00000097942 1177 ntAPPRIS P1 BASIC18.69■□□□□ 0.58
ShhQ62226 Kcnip2-202ENSMUST00000079431 2302 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC18.69■□□□□ 0.58
ShhQ62226 Efcc1-201ENSMUST00000032132 2729 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC18.69■□□□□ 0.58
ShhQ62226 Cbx3-201ENSMUST00000031862 1889 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.69■□□□□ 0.58
ShhQ62226 Hipk1-201ENSMUST00000029438 4185 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.68■□□□□ 0.58
ShhQ62226 Arhgap23-202ENSMUST00000107601 5450 ntTSL 5 BASIC18.68■□□□□ 0.58
Retrieved 100 of 76,532 protein–RNA pairs in 24.9 ms