Protein–RNA interactions for Protein: Q5I043

Usp28, Ubiquitin carboxyl-terminal hydrolase 28, mousemouse

Predictions only

Length 1,051 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (Experimental data)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
Usp28Q5I043 Baiap2-203ENSMUST00000103021 3398 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.07■■□□□ 1.28
Usp28Q5I043 Rem2-202ENSMUST00000164766 1884 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.07■■□□□ 1.28
Usp28Q5I043 Agfg1-202ENSMUST00000113444 3142 ntTSL 1 (best) BASIC23.06■■□□□ 1.28
Usp28Q5I043 Mrps16-201ENSMUST00000061444 2572 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.06■■□□□ 1.28
Usp28Q5I043 Fam105a-201ENSMUST00000100739 2867 ntTSL 1 (best) BASIC23.06■■□□□ 1.28
Usp28Q5I043 Rhov-201ENSMUST00000037360 1703 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.06■■□□□ 1.28
Usp28Q5I043 Pbx1-202ENSMUST00000072863 1709 ntTSL 1 (best) BASIC23.06■■□□□ 1.28
Usp28Q5I043 Gja3-201ENSMUST00000061614 2766 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.06■■□□□ 1.28
Usp28Q5I043 Gm2464-202ENSMUST00000194841 877 ntTSL 1 (best) BASIC23.06■■□□□ 1.28
Usp28Q5I043 Aplp1-201ENSMUST00000006828 2343 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.06■■□□□ 1.28
Usp28Q5I043 Donson-203ENSMUST00000117159 2215 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.06■■□□□ 1.28
Usp28Q5I043 Exosc4-201ENSMUST00000059045 1796 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.06■■□□□ 1.28
Usp28Q5I043 Hoxc11-201ENSMUST00000001701 2021 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.06■■□□□ 1.28
Usp28Q5I043 Rem1-201ENSMUST00000000369 1663 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.06■■□□□ 1.28
Usp28Q5I043 Nckap1-202ENSMUST00000111760 4597 ntTSL 1 (best) BASIC23.06■■□□□ 1.28
Usp28Q5I043 Stx2-202ENSMUST00000100680 2769 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.06■■□□□ 1.28
Usp28Q5I043 Whrn-204ENSMUST00000095037 2419 ntTSL 1 (best) BASIC23.06■■□□□ 1.28
Usp28Q5I043 Tmprss5-205ENSMUST00000170246 1491 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.05■■□□□ 1.28
Usp28Q5I043 1700030C10Rik-203ENSMUST00000189625 1735 ntTSL 1 (best) BASIC23.05■■□□□ 1.28
Usp28Q5I043 Chkb-201ENSMUST00000023289 1707 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.05■■□□□ 1.28
Usp28Q5I043 Hrh3-205ENSMUST00000165762 1368 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC23.05■■□□□ 1.28
Usp28Q5I043 Cradd-205ENSMUST00000220279 1613 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.05■■□□□ 1.28
Usp28Q5I043 Gpatch3-201ENSMUST00000030662 2004 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.05■■□□□ 1.28
Usp28Q5I043 Txnrd2-201ENSMUST00000115604 1235 ntTSL 1 (best) BASIC23.05■■□□□ 1.28
Usp28Q5I043 Vegfa-211ENSMUST00000167860 975 ntTSL 1 (best) BASIC23.05■■□□□ 1.28
Usp28Q5I043 Vegfa-213ENSMUST00000217017 1179 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC23.05■■□□□ 1.28
Usp28Q5I043 Tlx2-201ENSMUST00000089641 1236 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.05■■□□□ 1.28
Usp28Q5I043 Cnot6-203ENSMUST00000145353 5736 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC23.04■■□□□ 1.28
Usp28Q5I043 Ppp1r16a-201ENSMUST00000037551 2692 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.04■■□□□ 1.28
Usp28Q5I043 Phlpp1-201ENSMUST00000061047 6226 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.04■■□□□ 1.28
Usp28Q5I043 Gadd45a-207ENSMUST00000204369 716 ntTSL 5 BASIC23.04■■□□□ 1.28
Usp28Q5I043 Srcap-202ENSMUST00000098025 1257 ntTSL 5 BASIC23.04■■□□□ 1.28
Usp28Q5I043 Prmt8-201ENSMUST00000032500 2724 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.04■■□□□ 1.28
Usp28Q5I043 Dus1l-203ENSMUST00000106135 1863 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC23.04■■□□□ 1.28
Usp28Q5I043 Ssbp3-201ENSMUST00000030367 3195 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC23.04■■□□□ 1.28
Usp28Q5I043 Cbfb-202ENSMUST00000109392 2891 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC23.03■■□□□ 1.28
Usp28Q5I043 Uqcrc1-201ENSMUST00000026743 1653 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.03■■□□□ 1.28
Usp28Q5I043 Myo1b-202ENSMUST00000046390 5052 ntTSL 1 (best) BASIC23.03■■□□□ 1.28
Usp28Q5I043 Eif5a-213ENSMUST00000164359 1281 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC23.03■■□□□ 1.28
Usp28Q5I043 AC102554.1-201ENSMUST00000216236 537 ntTSL 5 BASIC23.03■■□□□ 1.28
Usp28Q5I043 Gm9767-201ENSMUST00000041011 1193 ntAPPRIS P1 BASIC23.03■■□□□ 1.28
Usp28Q5I043 C1galt1-201ENSMUST00000040159 6092 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.03■■□□□ 1.28
Usp28Q5I043 Zranb1-202ENSMUST00000106157 5008 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC23.03■■□□□ 1.28
Usp28Q5I043 Kirrel3-202ENSMUST00000115148 2851 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC23.03■■□□□ 1.28
Usp28Q5I043 Mroh6-201ENSMUST00000184858 2216 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC23.02■■□□□ 1.28
Usp28Q5I043 Rnf111-204ENSMUST00000213647 4961 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.02■■□□□ 1.28
Usp28Q5I043 Mark2-207ENSMUST00000165286 2975 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC23.02■■□□□ 1.28
Usp28Q5I043 4930426I24Rik-202ENSMUST00000217797 1232 ntBASIC23.02■■□□□ 1.28
Usp28Q5I043 Rasef-203ENSMUST00000222414 2127 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC23.02■■□□□ 1.28
Usp28Q5I043 Stn1-201ENSMUST00000049369 1992 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.01■■□□□ 1.27
Usp28Q5I043 Ankrd33b-202ENSMUST00000076942 1641 ntTSL 1 (best) BASIC23.01■■□□□ 1.27
Usp28Q5I043 Stk3-202ENSMUST00000067033 2471 ntTSL 1 (best) BASIC23.01■■□□□ 1.27
Usp28Q5I043 Brsk2-205ENSMUST00000172652 2501 ntTSL 5 BASIC23.01■■□□□ 1.27
Usp28Q5I043 Vamp4-204ENSMUST00000135241 1461 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.01■■□□□ 1.27
Usp28Q5I043 Zfp346-202ENSMUST00000159147 1146 ntTSL 5 BASIC23.01■■□□□ 1.27
Usp28Q5I043 Kcnip2-208ENSMUST00000161886 693 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC23.01■■□□□ 1.27
Usp28Q5I043 Gm35161-201ENSMUST00000221765 941 ntTSL 5 BASIC23.01■■□□□ 1.27
Usp28Q5I043 Klhl15-205ENSMUST00000113916 2363 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.01■■□□□ 1.27
Usp28Q5I043 Hmg20b-203ENSMUST00000105324 1540 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.01■■□□□ 1.27
Usp28Q5I043 Rfk-201ENSMUST00000025617 2482 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.01■■□□□ 1.27
Usp28Q5I043 Man1a-201ENSMUST00000003843 5137 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23■■□□□ 1.27
Usp28Q5I043 Otud1-201ENSMUST00000052168 2832 ntAPPRIS P1 BASIC23■■□□□ 1.27
Usp28Q5I043 Ung-202ENSMUST00000102584 2136 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC23■■□□□ 1.27
Usp28Q5I043 Stx18-202ENSMUST00000042146 1473 ntTSL 1 (best) BASIC23■■□□□ 1.27
Usp28Q5I043 Tsc22d1-203ENSMUST00000101618 1043 ntTSL 1 (best) BASIC23■■□□□ 1.27
Usp28Q5I043 Zfp629-208ENSMUST00000151107 583 ntTSL 3 BASIC23■■□□□ 1.27
Usp28Q5I043 Gpx7-202ENSMUST00000184609 331 ntTSL 3 BASIC23■■□□□ 1.27
Usp28Q5I043 Ppp1r35-201ENSMUST00000031739 956 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23■■□□□ 1.27
Usp28Q5I043 Mpv17l2-201ENSMUST00000038626 980 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23■■□□□ 1.27
Usp28Q5I043 Aatf-201ENSMUST00000018841 1822 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23■■□□□ 1.27
Usp28Q5I043 Iqck-206ENSMUST00000208658 2891 ntBASIC23■■□□□ 1.27
Usp28Q5I043 Lrp3-202ENSMUST00000122409 4147 ntTSL 1 (best) BASIC22.99■■□□□ 1.27
Usp28Q5I043 Hpdl-201ENSMUST00000055436 1804 ntAPPRIS P1 BASIC22.99■■□□□ 1.27
Usp28Q5I043 Dtnb-216ENSMUST00000173736 2175 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC22.99■■□□□ 1.27
Usp28Q5I043 Ptpmt1-203ENSMUST00000125001 3183 ntTSL 1 (best) BASIC22.99■■□□□ 1.27
Usp28Q5I043 Zfp213-201ENSMUST00000095606 2672 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.99■■□□□ 1.27
Usp28Q5I043 Htr6-201ENSMUST00000068036 1362 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.99■■□□□ 1.27
Usp28Q5I043 Schip1-205ENSMUST00000182532 2059 ntTSL 1 (best) BASIC22.99■■□□□ 1.27
Usp28Q5I043 Arhgap23-201ENSMUST00000093940 2409 ntTSL 1 (best) BASIC22.99■■□□□ 1.27
Usp28Q5I043 En2-201ENSMUST00000036177 3539 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.99■■□□□ 1.27
Usp28Q5I043 6330403K07Rik-201ENSMUST00000156068 1494 ntTSL 1 (best) BASIC22.98■■□□□ 1.27
Usp28Q5I043 Noa1-201ENSMUST00000047860 2288 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.98■■□□□ 1.27
Usp28Q5I043 Matr3-209ENSMUST00000188275 1951 ntTSL 5 BASIC22.98■■□□□ 1.27
Usp28Q5I043 Nsmf-213ENSMUST00000140737 862 ntTSL 5 BASIC22.98■■□□□ 1.27
Usp28Q5I043 Rem2-201ENSMUST00000164697 1194 ntTSL 5 BASIC22.98■■□□□ 1.27
Usp28Q5I043 Cnbp-208ENSMUST00000204653 2175 ntTSL 1 (best) BASIC22.98■■□□□ 1.27
Usp28Q5I043 Cnbp-201ENSMUST00000032138 2178 ntTSL 1 (best) BASIC22.98■■□□□ 1.27
Usp28Q5I043 Cbfb-201ENSMUST00000052209 2883 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.98■■□□□ 1.27
Usp28Q5I043 1810026B05Rik-203ENSMUST00000184587 5738 ntTSL 1 (best) BASIC22.97■■□□□ 1.27
Usp28Q5I043 Vmn1r17-205ENSMUST00000228342 2230 ntAPPRIS P2 BASIC22.97■■□□□ 1.27
Usp28Q5I043 Rbm38-201ENSMUST00000029014 1768 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.97■■□□□ 1.27
Usp28Q5I043 Syt5-201ENSMUST00000065957 1750 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.97■■□□□ 1.27
Usp28Q5I043 Ltb-203ENSMUST00000173600 905 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC22.97■■□□□ 1.27
Usp28Q5I043 Hpse-202ENSMUST00000112908 1958 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.97■■□□□ 1.27
Usp28Q5I043 Dvl3-203ENSMUST00000171572 2493 ntTSL 1 (best) BASIC22.97■■□□□ 1.27
Usp28Q5I043 Rbm7-201ENSMUST00000170000 1773 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.96■■□□□ 1.27
Usp28Q5I043 Gm16933-201ENSMUST00000141741 2169 ntTSL 1 (best) BASIC22.96■■□□□ 1.27
Usp28Q5I043 Clasp2-211ENSMUST00000216817 2234 ntTSL 1 (best) BASIC22.96■■□□□ 1.27
Usp28Q5I043 Tmem127-202ENSMUST00000174288 842 ntTSL 2 BASIC22.96■■□□□ 1.27
Usp28Q5I043 Bex1-201ENSMUST00000058125 866 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.96■■□□□ 1.27
Retrieved 100 of 76,532 protein–RNA pairs in 11.3 ms