Protein–RNA interactions for Protein: P39061

Col18a1, Collagen alpha-1(XVIII) chain, mousemouse

Predictions only

Length 1,774 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (Experimental data)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
Col18a1P39061 Gng5-201ENSMUST00000090031 593 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.83■■■□□ 2.05
Col18a1P39061 Pus1-202ENSMUST00000031483 1814 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC27.83■■■□□ 2.05
Col18a1P39061 Zfp287-205ENSMUST00000150336 1605 ntTSL 1 (best) BASIC27.83■■■□□ 2.05
Col18a1P39061 Fbxw4-201ENSMUST00000046869 2068 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.83■■■□□ 2.05
Col18a1P39061 Uqcrfs1-201ENSMUST00000042834 1363 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.82■■■□□ 2.04
Col18a1P39061 Peg12-201ENSMUST00000094339 2640 ntAPPRIS P1 BASIC27.82■■■□□ 2.04
Col18a1P39061 Amn-201ENSMUST00000021707 1701 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.82■■■□□ 2.04
Col18a1P39061 Ern1-203ENSMUST00000106800 654 ntTSL 3 BASIC27.82■■■□□ 2.04
Col18a1P39061 Eda-204ENSMUST00000113777 1056 ntTSL 5 BASIC27.82■■■□□ 2.04
Col18a1P39061 Eda-201ENSMUST00000071453 1152 ntTSL 1 (best) BASIC27.82■■■□□ 2.04
Col18a1P39061 Zcrb1-208ENSMUST00000162160 850 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC27.81■■■□□ 2.04
Col18a1P39061 Gm27801-201ENSMUST00000184174 223 ntBASIC27.81■■■□□ 2.04
Col18a1P39061 Gm7514-201ENSMUST00000209475 934 ntBASIC27.81■■■□□ 2.04
Col18a1P39061 Gm572-201ENSMUST00000105698 1385 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC27.81■■■□□ 2.04
Col18a1P39061 Ndrg2-202ENSMUST00000111632 2103 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC27.81■■■□□ 2.04
Col18a1P39061 Chst14-201ENSMUST00000099546 2090 ntAPPRIS P1 BASIC27.81■■■□□ 2.04
Col18a1P39061 Nnat-205ENSMUST00000153739 1146 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC27.81■■■□□ 2.04
Col18a1P39061 Nnat-206ENSMUST00000172487 404 ntTSL 5 BASIC27.81■■■□□ 2.04
Col18a1P39061 Nnat-210ENSMUST00000173839 1135 ntTSL 1 (best) BASIC27.81■■■□□ 2.04
Col18a1P39061 0610010K14Rik-202ENSMUST00000021181 779 ntTSL 1 (best) BASIC27.81■■■□□ 2.04
Col18a1P39061 AC175538.2-202ENSMUST00000224997 1057 ntAPPRIS P1 BASIC27.81■■■□□ 2.04
Col18a1P39061 Slc9a7-202ENSMUST00000115393 2152 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC27.8■■■□□ 2.04
Col18a1P39061 Cnpy3-201ENSMUST00000059844 1908 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.8■■■□□ 2.04
Col18a1P39061 Pkp2-203ENSMUST00000162150 1959 ntTSL 1 (best) BASIC27.8■■■□□ 2.04
Col18a1P39061 Phf23-202ENSMUST00000101526 1706 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC27.8■■■□□ 2.04
Col18a1P39061 Sqstm1-205ENSMUST00000143379 1266 ntTSL 5 BASIC27.8■■■□□ 2.04
Col18a1P39061 M5C1000I18Rik-202ENSMUST00000186205 1414 ntTSL 1 (best) BASIC27.8■■■□□ 2.04
Col18a1P39061 Tead1-203ENSMUST00000084705 2543 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC27.79■■■□□ 2.04
Col18a1P39061 Arl6ip4-202ENSMUST00000122394 982 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC27.79■■■□□ 2.04
Col18a1P39061 Fam98c-203ENSMUST00000134176 1189 ntTSL 2 BASIC27.79■■■□□ 2.04
Col18a1P39061 Snhg20-202ENSMUST00000149822 593 ntTSL 1 (best) BASIC27.79■■■□□ 2.04
Col18a1P39061 Gm10830-201ENSMUST00000186379 636 ntTSL 5 BASIC27.79■■■□□ 2.04
Col18a1P39061 Nrl-203ENSMUST00000178694 1928 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.79■■■□□ 2.04
Col18a1P39061 Arf4-201ENSMUST00000022429 2165 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.79■■■□□ 2.04
Col18a1P39061 Tmem222-201ENSMUST00000105907 1484 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.79■■■□□ 2.04
Col18a1P39061 Tgfbr3l-201ENSMUST00000110993 1075 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC27.78■■■□□ 2.04
Col18a1P39061 Dsg2-203ENSMUST00000121837 953 ntTSL 1 (best) BASIC27.78■■■□□ 2.04
Col18a1P39061 Gm11691-201ENSMUST00000130963 658 ntTSL 2 BASIC27.78■■■□□ 2.04
Col18a1P39061 Mettl26-205ENSMUST00000169308 1026 ntTSL 2 BASIC27.78■■■□□ 2.04
Col18a1P39061 Ptrh1-201ENSMUST00000066352 952 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.78■■■□□ 2.04
Col18a1P39061 Tssk2-201ENSMUST00000055374 1387 ntAPPRIS P1 BASIC27.78■■■□□ 2.04
Col18a1P39061 Lemd2-201ENSMUST00000055117 2595 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.78■■■□□ 2.04
Col18a1P39061 Stum-202ENSMUST00000179826 601 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC27.78■■■□□ 2.04
Col18a1P39061 Ramp1-203ENSMUST00000188475 711 ntTSL 3 BASIC27.78■■■□□ 2.04
Col18a1P39061 Tmem80-208ENSMUST00000145184 1805 ntTSL 5 BASIC27.78■■■□□ 2.04
Col18a1P39061 Gm10612-201ENSMUST00000162198 1681 ntTSL 1 (best) BASIC27.78■■■□□ 2.04
Col18a1P39061 Hyal2-201ENSMUST00000010191 1893 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC27.77■■■□□ 2.04
Col18a1P39061 Sdccag3-203ENSMUST00000114100 2099 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC27.77■■■□□ 2.04
Col18a1P39061 AC115037.1-201ENSMUST00000223391 2173 ntBASIC27.77■■■□□ 2.04
Col18a1P39061 Stk3-202ENSMUST00000067033 2471 ntTSL 1 (best) BASIC27.77■■■□□ 2.04
Col18a1P39061 Klf2-201ENSMUST00000067912 1847 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.76■■■□□ 2.03
Col18a1P39061 Rnf187-201ENSMUST00000094151 1949 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC27.76■■■□□ 2.03
Col18a1P39061 Mthfd2l-201ENSMUST00000071652 2159 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC27.76■■■□□ 2.03
Col18a1P39061 Cryzl1-203ENSMUST00000117644 1727 ntTSL 1 (best) BASIC27.76■■■□□ 2.03
Col18a1P39061 Gm14207-203ENSMUST00000156538 988 ntTSL 2 BASIC27.76■■■□□ 2.03
Col18a1P39061 Gm8520-201ENSMUST00000186517 868 ntBASIC27.76■■■□□ 2.03
Col18a1P39061 Med30-201ENSMUST00000037115 1007 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.76■■■□□ 2.03
Col18a1P39061 Ube2s-201ENSMUST00000079496 1238 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.76■■■□□ 2.03
Col18a1P39061 Wnt5b-204ENSMUST00000178696 2371 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.75■■■□□ 2.03
Col18a1P39061 Prmt1-210ENSMUST00000208829 621 ntTSL 5 BASIC27.75■■■□□ 2.03
Col18a1P39061 Myl6-206ENSMUST00000218127 691 ntAPPRIS ALT1 TSL 2 BASIC27.75■■■□□ 2.03
Col18a1P39061 Snrpc-201ENSMUST00000071006 870 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.75■■■□□ 2.03
Col18a1P39061 Fam3c-203ENSMUST00000163963 1617 ntTSL 1 (best) BASIC27.75■■■□□ 2.03
Col18a1P39061 Mogs-201ENSMUST00000032114 2780 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.74■■■□□ 2.03
Col18a1P39061 Nipsnap2-205ENSMUST00000186265 1600 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC27.74■■■□□ 2.03
Col18a1P39061 Espn-205ENSMUST00000084114 1645 ntTSL 1 (best) BASIC27.74■■■□□ 2.03
Col18a1P39061 Sh3rf3-202ENSMUST00000135526 1940 ntTSL 1 (best) BASIC27.74■■■□□ 2.03
Col18a1P39061 Camk2b-201ENSMUST00000002817 1872 ntTSL 5 BASIC27.73■■■□□ 2.03
Col18a1P39061 Gm39115-201ENSMUST00000211350 699 ntAPPRIS P1 BASIC27.73■■■□□ 2.03
Col18a1P39061 D130020L05Rik-202ENSMUST00000220889 769 ntTSL 3 BASIC27.73■■■□□ 2.03
Col18a1P39061 Foxj3-209ENSMUST00000162267 1391 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC27.73■■■□□ 2.03
Col18a1P39061 Acsl6-209ENSMUST00000108904 2594 ntTSL 1 (best) BASIC27.73■■■□□ 2.03
Col18a1P39061 Vps51-209ENSMUST00000160590 840 ntTSL 1 (best) BASIC27.73■■■□□ 2.03
Col18a1P39061 Fgf22-203ENSMUST00000219981 1070 ntTSL 1 (best) BASIC27.73■■■□□ 2.03
Col18a1P39061 Smim27-201ENSMUST00000129758 1044 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.72■■■□□ 2.03
Col18a1P39061 Dgcr6-209ENSMUST00000155387 1415 ntTSL 3 BASIC27.72■■■□□ 2.03
Col18a1P39061 Cant1-205ENSMUST00000106289 1600 ntTSL 1 (best) BASIC27.72■■■□□ 2.03
Col18a1P39061 Rcor3-206ENSMUST00000192491 1623 ntTSL 1 (best) BASIC27.72■■■□□ 2.03
Col18a1P39061 Zgpat-202ENSMUST00000108807 2072 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.71■■■□□ 2.03
Col18a1P39061 D130020L05Rik-201ENSMUST00000180800 2431 ntTSL 1 (best) BASIC27.71■■■□□ 2.03
Col18a1P39061 Klc3-201ENSMUST00000047170 1901 ntTSL 1 (best) BASIC27.71■■■□□ 2.03
Col18a1P39061 Rnaseh2b-201ENSMUST00000022499 1494 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.71■■■□□ 2.03
Col18a1P39061 Mrps23-203ENSMUST00000118784 1404 ntTSL 1 (best) BASIC27.71■■■□□ 2.03
Col18a1P39061 Lypla2-201ENSMUST00000067567 1626 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.71■■■□□ 2.03
Col18a1P39061 C1qtnf5-202ENSMUST00000114816 1259 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.71■■■□□ 2.03
Col18a1P39061 1700017B05Rik-204ENSMUST00000215298 1023 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC27.71■■■□□ 2.03
Col18a1P39061 Ddah2-201ENSMUST00000007255 1342 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.7■■■□□ 2.03
Col18a1P39061 Ankrd9-203ENSMUST00000135131 1563 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC27.7■■■□□ 2.03
Col18a1P39061 1700101I19Rik-202ENSMUST00000186712 510 ntBASIC27.7■■■□□ 2.02
Col18a1P39061 Tinagl1-203ENSMUST00000105999 1952 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC27.7■■■□□ 2.02
Col18a1P39061 9130213A22Rik-201ENSMUST00000180487 1581 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.7■■■□□ 2.02
Col18a1P39061 Rbmxl1-202ENSMUST00000211719 1622 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.7■■■□□ 2.02
Col18a1P39061 Ispd-204ENSMUST00000221452 1924 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC27.69■■■□□ 2.02
Col18a1P39061 Hnrnpab-203ENSMUST00000109103 1437 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC27.69■■■□□ 2.02
Col18a1P39061 A930001C03Rik-204ENSMUST00000154407 1402 ntTSL 1 (best) BASIC27.69■■■□□ 2.02
Col18a1P39061 Pcyt2-203ENSMUST00000106188 1486 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC27.69■■■□□ 2.02
Col18a1P39061 Zdhhc4-201ENSMUST00000001900 1364 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.69■■■□□ 2.02
Col18a1P39061 Tecr-203ENSMUST00000165740 1120 ntTSL 1 (best) BASIC27.68■■■□□ 2.02
Col18a1P39061 Prdx5-201ENSMUST00000025904 1262 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC27.68■■■□□ 2.02
Col18a1P39061 Nfkbid-203ENSMUST00000108176 2014 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC27.68■■■□□ 2.02
Retrieved 100 of 76,532 protein–RNA pairs in 21.6 ms