Protein–RNA interactions for Protein: Q62318

Trim28, Transcription intermediary factor 1-beta, mousemouse

Predictions only

Length 834 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (Experimental data)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
Trim28Q62318 Nmbr-207ENSMUST00000190751 921 ntTSL 1 (best) BASIC14.62□□□□□ -0.07
Trim28Q62318 Gm43401-201ENSMUST00000198829 394 ntTSL 1 (best) BASIC14.62□□□□□ -0.07
Trim28Q62318 Gm39397-201ENSMUST00000212331 228 ntTSL 5 BASIC14.62□□□□□ -0.07
Trim28Q62318 AC134601.2-201ENSMUST00000221071 130 ntBASIC14.62□□□□□ -0.07
Trim28Q62318 Psd-210ENSMUST00000225323 3398 ntAPPRIS ALT2 BASIC14.62□□□□□ -0.07
Trim28Q62318 Mad1l1-201ENSMUST00000031534 2640 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.62□□□□□ -0.07
Trim28Q62318 Rapgef3-204ENSMUST00000128775 3586 ntTSL 1 (best) BASIC14.62□□□□□ -0.07
Trim28Q62318 Tacc2-201ENSMUST00000033141 3940 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC14.62□□□□□ -0.07
Trim28Q62318 4930402K13Rik-201ENSMUST00000059967 1781 ntAPPRIS P1 BASIC14.62□□□□□ -0.07
Trim28Q62318 Ackr2-202ENSMUST00000214340 3015 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.62□□□□□ -0.07
Trim28Q62318 Polr1e-203ENSMUST00000107814 1470 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC14.62□□□□□ -0.07
Trim28Q62318 Gm26819-201ENSMUST00000180656 5128 ntTSL 5 BASIC14.62□□□□□ -0.07
Trim28Q62318 Gm5766-201ENSMUST00000160520 1977 ntBASIC14.62□□□□□ -0.07
Trim28Q62318 Mcam-202ENSMUST00000098852 2772 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC14.62□□□□□ -0.07
Trim28Q62318 Samd11-201ENSMUST00000179919 2610 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC14.62□□□□□ -0.07
Trim28Q62318 Aqr-201ENSMUST00000043160 4888 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC14.61□□□□□ -0.07
Trim28Q62318 Clec12b-201ENSMUST00000032261 1521 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.61□□□□□ -0.07
Trim28Q62318 Hddc3-201ENSMUST00000032747 1510 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.61□□□□□ -0.07
Trim28Q62318 Rragd-202ENSMUST00000084747 4295 ntTSL 5 BASIC14.61□□□□□ -0.07
Trim28Q62318 Rfx6-204ENSMUST00000219364 2682 ntTSL 1 (best) BASIC14.61□□□□□ -0.07
Trim28Q62318 Nr3c2-204ENSMUST00000109913 5916 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC14.61□□□□□ -0.07
Trim28Q62318 Lrrc8a-201ENSMUST00000095078 4301 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC14.61□□□□□ -0.07
Trim28Q62318 Capn2-201ENSMUST00000068505 3225 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.61□□□□□ -0.07
Trim28Q62318 Nfasc-203ENSMUST00000163770 3903 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC14.61□□□□□ -0.07
Trim28Q62318 Hrc-201ENSMUST00000085351 2411 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.61□□□□□ -0.07
Trim28Q62318 Ces2f-203ENSMUST00000212926 1430 ntTSL 1 (best) BASIC14.61□□□□□ -0.07
Trim28Q62318 Abca3-201ENSMUST00000039013 6476 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC14.61□□□□□ -0.07
Trim28Q62318 Epha5-202ENSMUST00000113398 4830 ntTSL 5 BASIC14.61□□□□□ -0.07
Trim28Q62318 Cdc42se1-203ENSMUST00000107200 637 ntTSL 3 BASIC14.61□□□□□ -0.07
Trim28Q62318 Ccdc151-202ENSMUST00000115336 2103 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC14.61□□□□□ -0.07
Trim28Q62318 Gm13981-201ENSMUST00000122360 447 ntBASIC14.61□□□□□ -0.07
Trim28Q62318 B230307C23Rik-202ENSMUST00000122450 1298 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.61□□□□□ -0.07
Trim28Q62318 Myl3-202ENSMUST00000124267 575 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC14.61□□□□□ -0.07
Trim28Q62318 Polr3c-205ENSMUST00000141377 808 ntTSL 1 (best) BASIC14.61□□□□□ -0.07
Trim28Q62318 Adora3-202ENSMUST00000164730 1219 ntTSL 1 (best) BASIC14.61□□□□□ -0.07
Trim28Q62318 1700088E04Rik-210ENSMUST00000190509 871 ntTSL 5 BASIC14.61□□□□□ -0.07
Trim28Q62318 Gm42660-201ENSMUST00000197733 947 ntBASIC14.61□□□□□ -0.07
Trim28Q62318 Nras-208ENSMUST00000200069 831 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC14.61□□□□□ -0.07
Trim28Q62318 Olfr1358-201ENSMUST00000204477 1064 ntAPPRIS P1 BASIC14.61□□□□□ -0.07
Trim28Q62318 4930447C11Rik-201ENSMUST00000204503 928 ntBASIC14.61□□□□□ -0.07
Trim28Q62318 Gm33080-201ENSMUST00000205429 172 ntBASIC14.61□□□□□ -0.07
Trim28Q62318 AC154361.2-201ENSMUST00000224747 943 ntBASIC14.61□□□□□ -0.07
Trim28Q62318 E330021D16Rik-201ENSMUST00000058713 1116 ntAPPRIS P1 BASIC14.61□□□□□ -0.07
Trim28Q62318 Aven-202ENSMUST00000099588 791 ntAPPRIS ALT2 TSL 3 BASIC14.61□□□□□ -0.07
Trim28Q62318 Jrk-201ENSMUST00000050234 5853 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.61□□□□□ -0.07
Trim28Q62318 Pprc1-201ENSMUST00000062322 5205 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC14.61□□□□□ -0.07
Trim28Q62318 Reps1-210ENSMUST00000164556 2537 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC14.61□□□□□ -0.07
Trim28Q62318 Wdr17-211ENSMUST00000175915 4619 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC14.61□□□□□ -0.07
Trim28Q62318 Asns-202ENSMUST00000115542 2016 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC14.61□□□□□ -0.07
Trim28Q62318 AC113282.5-201ENSMUST00000224330 1679 ntAPPRIS P1 BASIC14.61□□□□□ -0.07
Trim28Q62318 Smc4-201ENSMUST00000042901 4316 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.61□□□□□ -0.07
Trim28Q62318 Pacsin1-201ENSMUST00000045896 4190 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.61□□□□□ -0.07
Trim28Q62318 Lzts3-202ENSMUST00000089561 4169 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC14.61□□□□□ -0.07
Trim28Q62318 Nrg1-202ENSMUST00000207417 3138 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC14.61□□□□□ -0.07
Trim28Q62318 Wwp2-204ENSMUST00000212205 2758 ntTSL 1 (best) BASIC14.61□□□□□ -0.07
Trim28Q62318 Schip1-202ENSMUST00000169909 1517 ntTSL 1 (best) BASIC14.61□□□□□ -0.07
Trim28Q62318 Cnot8-202ENSMUST00000108843 2099 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.61□□□□□ -0.07
Trim28Q62318 Nudt21-201ENSMUST00000034204 5010 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.6□□□□□ -0.07
Trim28Q62318 Matn2-201ENSMUST00000022947 3551 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC14.6□□□□□ -0.07
Trim28Q62318 Klhl18-201ENSMUST00000068025 4530 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.6□□□□□ -0.07
Trim28Q62318 Gm45897-201ENSMUST00000212679 1998 ntTSL 5 BASIC14.6□□□□□ -0.07
Trim28Q62318 Hspa4-201ENSMUST00000020630 4618 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.6□□□□□ -0.07
Trim28Q62318 Pde4dip-205ENSMUST00000168438 8264 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC14.6□□□□□ -0.07
Trim28Q62318 Ccdc191-201ENSMUST00000122014 1822 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC14.6□□□□□ -0.07
Trim28Q62318 Bptf-202ENSMUST00000106762 11847 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC14.6□□□□□ -0.07
Trim28Q62318 Chst3-201ENSMUST00000068690 5985 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC14.6□□□□□ -0.07
Trim28Q62318 Gm24791-201ENSMUST00000104284 131 ntBASIC14.6□□□□□ -0.07
Trim28Q62318 1700071K01Rik-201ENSMUST00000117522 819 ntBASIC14.6□□□□□ -0.07
Trim28Q62318 Gm15196-201ENSMUST00000121406 482 ntBASIC14.6□□□□□ -0.07
Trim28Q62318 Gm16217-201ENSMUST00000124182 616 ntTSL 3 BASIC14.6□□□□□ -0.07
Trim28Q62318 Gm13709-201ENSMUST00000138573 614 ntTSL 1 (best) BASIC14.6□□□□□ -0.07
Trim28Q62318 C330021F23Rik-204ENSMUST00000151633 1297 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC14.6□□□□□ -0.07
Trim28Q62318 Gm17214-201ENSMUST00000164501 541 ntBASIC14.6□□□□□ -0.07
Trim28Q62318 Olfr1432-201ENSMUST00000180978 930 ntAPPRIS ALT2 BASIC14.6□□□□□ -0.07
Trim28Q62318 Gm28096-201ENSMUST00000191391 824 ntTSL 5 BASIC14.6□□□□□ -0.07
Trim28Q62318 4930402C01Rik-201ENSMUST00000192586 663 ntTSL 1 (best) BASIC14.6□□□□□ -0.07
Trim28Q62318 Gm44753-202ENSMUST00000208297 562 ntTSL 5 BASIC14.6□□□□□ -0.07
Trim28Q62318 Gm4903-201ENSMUST00000210462 405 ntBASIC14.6□□□□□ -0.07
Trim28Q62318 Chordc1-202ENSMUST00000213605 519 ntTSL 2 BASIC14.6□□□□□ -0.07
Trim28Q62318 Gstz1-203ENSMUST00000220574 971 ntTSL 2 BASIC14.6□□□□□ -0.07
Trim28Q62318 Mrps11-201ENSMUST00000032840 1056 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.6□□□□□ -0.07
Trim28Q62318 Rnf181-202ENSMUST00000069595 1191 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC14.6□□□□□ -0.07
Trim28Q62318 C330021F23Rik-201ENSMUST00000086479 1111 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC14.6□□□□□ -0.07
Trim28Q62318 2610028H24Rik-202ENSMUST00000105415 1464 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC14.6□□□□□ -0.07
Trim28Q62318 Gapdhs-203ENSMUST00000182634 1457 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC14.6□□□□□ -0.07
Trim28Q62318 Gm5641-201ENSMUST00000091130 1488 ntBASIC14.6□□□□□ -0.07
Trim28Q62318 Thoc6-202ENSMUST00000095579 1450 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.6□□□□□ -0.07
Trim28Q62318 Kansl3-201ENSMUST00000010597 4663 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.6□□□□□ -0.07
Trim28Q62318 Dnmbp-202ENSMUST00000212032 5074 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC14.6□□□□□ -0.07
Trim28Q62318 Rnf44-218ENSMUST00000177950 3941 ntTSL 1 (best) BASIC14.6□□□□□ -0.07
Trim28Q62318 Pidd1-202ENSMUST00000106005 2900 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.6□□□□□ -0.07
Trim28Q62318 Slc19a1-201ENSMUST00000105410 2347 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC14.6□□□□□ -0.07
Trim28Q62318 Dcaf11-203ENSMUST00000117701 2311 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC14.6□□□□□ -0.07
Trim28Q62318 Cast-212ENSMUST00000223309 1529 ntTSL 1 (best) BASIC14.6□□□□□ -0.07
Trim28Q62318 Arhgap4-201ENSMUST00000064376 3353 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC14.6□□□□□ -0.07
Trim28Q62318 Gm42498-201ENSMUST00000199981 1372 ntBASIC14.6□□□□□ -0.07
Trim28Q62318 Arid4a-201ENSMUST00000046305 4998 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC14.6□□□□□ -0.07
Trim28Q62318 Gm26703-201ENSMUST00000181370 2864 ntTSL 1 (best) BASIC14.59□□□□□ -0.07
Trim28Q62318 Clu-201ENSMUST00000022616 1810 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.59□□□□□ -0.07
Trim28Q62318 Arhgef9-206ENSMUST00000113884 3784 ntTSL 5 BASIC14.59□□□□□ -0.07
Retrieved 100 of 76,532 protein–RNA pairs in 55.4 ms